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序言
关于林龙江与三一教
东山乌石现麒麟
书香门第屡不第
弃名学道创三教
传奇人物卓晚春
祖孙倾向王阳明
授徒初试艮背法
辞去学籍起风波
倡教多方受毁谤
一卷全城传佳话
收尸瘗骸做功德
林墩抗倭传捷报
府城失陷惊海宇
独创书法逐鬼怪
威公再度扫倭贼
仙游军民抗倭贼
赈民救灾受表彰
毁家纾难传千古
鼋龟凤凰被放生
归儒宗孔正道业
心法折服刘思问
张三峰拜见林子
林子拒见杨四知
出榜禁教反自悔
门人始称为教主
竭力传播三一教
著书立说汇成集
嫡传弟子卢文辉
亲传弟子林至敬
三教高足张洪都
为人却病朱逢时
再传弟子陈衷瑜
三传弟子董直庵
二度花开话朱昆
附录：
三一教师徒诗词选
1. 林龙江诗词选
2. 卓晚春诗词选
3. 卢文辉诗词选
4. 陈衷瑜诗词选
5. 门人林兆柯赞三一教
6. 林山阳赞三教先生
三一教楹联集
林龙江年谱
《明倭难义冢》简介
后记
序言
鉴斋
我国是一个有着悠久历史的文明古国，宗教及其文化是我国灿烂文化的一个重要组成部分。明清之际的中国社会，虽然已处于封建制度后期，并呈衰败趋势，但封建统治者仍千方百计想维护自己的统治地位。伴随着中国封建社会生长的儒、道、释三教，仍然是明清之际封建统治时期的社会思想意识形态，也是封建社会末期思想文化的三大支柱。16世纪中叶，由于资本主义的萌芽和产生，封建社会传统的生活方式受到冲击。儒、道、释三教合一思想，已成为明清之际的一种社会思潮。在王阳明“心学”的影响下，明代后期，福建莆田出现了由儒学家变成宗教家、由三教合一论者变为“三一教主”的林兆恩（号龙江）。他认为，儒、道、释三教都是统一在宇宙的本源“心”，都是“心”的派生物。他创立的“三一教”，对封建社会和人们的思想影响很大。
民间文艺家、民俗专家柳滨先生，对“海上和平女神”妈祖和博大精深的妈祖文化有很深的研究，先后编著、出版了《妈祖传奇故事》、《妈祖传奇》（再版）；还编著了长篇叙事诗－－莆仙俚歌《梁祝传奇》，受到了海内外读者的欢迎，在社会上产生了一定的影响。他又搜集整理了《林龙江传奇》。这是一本融历史事实、民间故事、民间传说为一体现在民间文学读物。作者力求健康、鲜明、生动、通俗，并做到古为今用，推陈出新，雅俗共赏。在传奇故事中，我们可以看到林兆恩弃名学道、赈民救灾、毁家纾难、抗击倭寇、为国为民的伟大义举。他的后半生，主要是传教和著书立说，可以说是著作等身，今有《林子三教正宗统论》36册传世。不但在国内，而且在日本、美国、东南亚等国也珍藏他的许多版本。本书附录三一教师徒的诗词、民间信仰楹联、《林龙江年谱》、《明倭难义冢》，这对进一步了解林龙江和三一教是不可多得的资料；对培养人们的意志、振奋人们的精神、陶冶人们的情操、丰富人们的知识，也是有益的。
林龙江先生诞生于闽中沿海的一座小城，三一教创立于明代后期的福建兴化府莆田县；但它所产生的作用和影响却是全省性的，全国性的，世界性的。通过《林龙江传奇》，我们可以洞察时代的潮流，历史的变迁，人类的追求，社会的进步，以及由此而产生的种种思考和见解。如果说，宗教是人类认识自我的一面宝镜，那么，上帝、神圣、仙佛等具有全知全能力量的偶象，其实就是宝镜里的自我。可以说，宗教本身就是人类发现并外化自我本质的一条根本途径。佛家的智慧，道家的玄思，儒家的经济，都是人类文明的结晶，华夏民族的遗产。“悟彻三教，认识传统，也就了中华民族文化的精髓”。三教合一，万法归宗。夏教“透三氏之真言，悟一中之宗旨”。认得三教理，悟就一心人。因此，三教先生林龙江爱国爱民的义举和不朽的著作，我们应该给予继承和发扬。
众所周知，民族精神是一个民族赖以生存和发展的精神支撑。党的“十六大”报告指出：“一个民族，没有振奋的精神和高尚的品格，不可能自立于世界民族之林，在五千多年的发展中，中华民族形成了以爱国主义为核心的团结统一、爱好和平、勤奋勇敢、自强不息的伟大民族精神。”三教先生林龙江，正是中华民族伟大精神的一个缩影。他不畏艰险，不怕困难，敢于斗争，敢于胜利，为弘扬中华正气，振奋民族精神，作出了无私无畏的奉献，是“中国精神”的杰出代表之一，也是中国人民千秋万代的楷模。
在文艺园地里，民间文学这朵花是最瑰丽的，最有生命力的，最富有人民性的。我们相信，《林龙江传奇》对当代人民，特别是青年，少年儿童，能够起着强烈的教育和鼓舞作用的。同时，对激发信教和不信教群众热爱祖国、热爱家乡，也能起到不可替代的社会教育作用。并且，对文化界、学术界“研究林龙江，开创新局面”，继承民族优秀传统文化，建设和传播先进文化也不可缺少的。
《林龙江传奇》以弘扬林龙江文化、振奋民族精神为宗旨。她不但有鲜明的人民性、思想性，而且有文学性、艺术性；并不失史学价值、研究价值和收藏价值。是一本进行爱国主义教育的乡土教材，值得一读。
2003年8月15日于北京
关于林龙江与三一教
明嘉靖二十五年（1546年）至万历二十六年（1598年），福建莆田人林兆恩，创立了“三一教”，又名“夏教”。所谓“三一教”，就是儒、道、释三教合成一个教，把三教归于夏教。
（一）
林兆恩，字懋勋，号龙江，道号子谷子、无始氏。明正德十二年（1517年）七月十六日，生于福建莆田城东厢后埭街（今城厢英龙街赤柱巷）。他创立“夏午尼三一教”，又称“夏教”。倡儒、道、释合一学说，世称“三教先生”。他的远祖是“九牧林家”－－唐端州史林苇。祖父林富，明弘治十五年（1502年）进士，官至兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总制两广（曾任广西参政，广东布政司）。父亲林万可仞，恩荫太学生。林兆恩18岁补邑弟子员，博学能文。30岁前醉心于科举功名，但屡试不第。嘉靖二十五年（1546年），最后一次往福州应乡试，又名落孙山。归莆后，自己决定放弃举子业，转向从事研究“心身性命之学”。数年间，如痴如醉，如颠如狂，到处寻师访道。后经道士卓晚春“点化”，两人形影不离，晨夕谈讨，纵饮行歌，时人都以为“卓狂林颠”。嘉靖三十年，林兆恩“得遇明师，授以真诀”，开始创立“三一教”。
专家学者认为，三教合一是唐宋以后中国社会思潮的主旋律，至明代已达到极盛时期。明太祖朱元璋首先倡导三教调和、统一。在《三教论》中，他认为“天下无二道，圣人无二心。三教之立，虽持身荣俭之不同，其所济给之理一。然于斯世愚人，于斯三教，有不可缺者。”明中叶，王守仁的“阳明心学”为三教合一论提供了有力的理论根据。《明史?儒林一》称：“宗守仁者姚江之学，别立宗旨，显与朱子背驰，门徒遍天下，流传逾百年，其教大行，其弊滋甚。嘉、隆而后，笃信程朱，不迁异说者，无复几人矣。”继朱子学之后，王学曾盛一时，成为明中后期的“显学”。隆庆元年，朝廷追赠王守仁为“新建侯”，谥文成。万历十二年（1584年），钦准王守仁从祀文庙。
福建是朱子学的发源地，但也难免受到王阳明心学的挑战和影响。福建巡抚耿定向等，在福建开设学堂，广收门徒，大力倡导王学，程朱理学受到了不同程度的批评。素有“文献名邦，海滨邹鲁”之称的莆田，明代“科名之盛，甲于闽省”。各种学说都在这里传播，阳明心学也渗透其中，使林兆恩有机会接触和吸取不同流派的思想。其祖父林富民王阳明的关系十分密切，两人的政治主张和哲学观点相同。嘉靖十一年，林富致仕（辞官）归乡，在莆田“东山樵舍”设立讲坛，招授门徒，宣传王阳明的心学。林兆恩从祖父那里学到阳学心学，为后来创立三教合一论打下良好的思想基础。
嘉靖十八年以后，林兆恩与王学代表人物来往密切。嘉靖二十五年，他去江西拜竭江右学派的中坚人物之一罗洪先，后来两人常有书信来往，互相探讨三教合一论。嘉靖三十八年，楚人何心隐来莆造访，寓林府一个多月，竭力赞扬林兆恩的三一教是“第一等事业，第一大教门”；自己“不能为三教弟子，愿为三教执教鞭焉”。林兆恩的世界观和认识论，都受到阳明心学潜移默化的影响，他的“三教合一论”是以阳明心学为理论基础、顺应社会思潮而创立的。
林兆恩博览群书，研究和探讨了儒、道、释三者度世的宗旨和理论，认为三教淡但同源，而且在各个方面都不存在严格的差别和距离，它们所包含的内容也基本上相同。在阐明非非三教说和三教一致说的基础上，进一步提出了“三教合一说”。他认为，“心”是至高至尊的，既是宇宙万物的本源，又是三教的本原，同时也是三教的源泉所在。“圣人之道，人人具足”。他强调指出，这一至高至尊的“心”，并不是孔老释迦那样大圣人所独有，而是天下万世人都具备的。每个人的心都与孔老释迦一样，“至理咸具，欲为儒则儒，欲为道则道，欲为释则释，在我而已，而非有外也”（《三教合一大旨》）。
教授、专家、学者经学术探讨和研究，得出了这样的结论：林兆恩的三教合一论是以阳学心学（心身性命之学）为基础，以儒家的三纲五常为立本，以道教的修身炼性为入门，以佛教的虚空本体为极则，以士农工商“四业”为媒介，以归儒宗孔为宗旨的三教同归于心的思想体系。
（二）
嘉靖三十年至四十五年，林兆恩除了招收门徒，倡导三教合一论外，主要的功绩是协助莆田官方抗击倭寇，赈民救灾。据莆田县学教授刘仁锐查勘上报，列举林兆恩的义行有13项：（1）恤民还卷；（2）建立义田；（3）设立社仓；（4）倡平粜之价；（5）施钱米给避倭寇城内之乡村贫民；（6）分粥蔬给贫穷孤寡之不能自立者；（7）惠施棺材1300部；（8）礼助葬埋340柩；（9）与广东兵订千金之卷，以保全城池；（10）募兵百余人协助守城；（11）捐田30亩倡建戚继光生祠；（12）念乡夫守城之苦，以酒食迭赐于中宵；（13）率门徒收埋全尸三千余身，积薪火化者二万余数。以上一切费用，都是取自林兆恩的家产，故巨万家产变卖殆尽。作为一个布衣，能毁家纾难，赈民救灾，在封建社会是难能可贵的，也是中华民族传统美德的集中体现。
隆庆元年至万历二十六年，林兆恩的主要精力转向著书立说和传教活动。他的足迹几乎遍及八闽各地，还多次往返于江西、浙江、广东、南京等省市。除了著书和倡教外，他仍然热心于社会公益事业，如募建、修葺宫庙寺观，桥梁塔刹等；也时常赈济灾民，为百姓排忧解难。
为了使三教合一论能取信于民，广为流传，林兆恩还运用三教合一的内丹理论，独创了修身养性的方法－－“九序心法”。它由九个逐渐深化的修持程序组成，又围绕着“心”这一本体展开，故名“九序心法”，或“九序”。又因为第一序是“艮背”，故又叫“艮背法”。它在林兆恩思想和三一教发展演变中占着相当重要的地位。艮背法具有却病延年的功能，林兆恩及门徒通过传授却病，以达到向群众灌输三教合一论的目的。当时瘟役流行，他带领门徒用艮背法为平民百姓治病。许多官吏、士大夫对此也很感兴趣，按院朱光宇、开府刘思问、郁宪刘勋等，都登门求却病之方。据说，总戎戚继光驱倭时，不幸患病，在榕城拜竭林子，授以九序心法－－采用气功疗法，不久就获痊愈。林子的“九序心法”，一时名声大振，令人神往。应当绌，九序心法只能治疗一般的疾病，并非能治愈百病。九序心法借用道家内丹的名词术语和套用佛教的玄秘语言来表述，虽然有一定的理论依据，但缺少科学的说理方法。信徒及后人却把“九序心法”神秘化和宗教化，已失去了林子创立的本意和实质。
（三）
在历史上，任何宗教或学说要获得人民群众的信仰和支持，都需要有一个演变和转化过程，三一教也不能例外。林兆恩刚创立时，曾遭到戚属宗党和地方官绅的围攻，但林子“往往虚心善处而曲全之”。当时，有人以三一教之名，在外地谋取钱财，林子闻讯后给予制止。也有一些教徒借为人却病，骗取钱财，但都没有好结果。嘉靖四十五年以后，三一教的影响才超出莆田、仙游地区，在福州、古田、闽清、平潭、建宁、武夷、邵武、光泽、宁化等八闽大地和江西、浙江、湖北、安徽、南京、北京、河南、陕西、山东等地传播。信徒成千上万，而且日益增加。林子也成为信徒顶礼膜拜的偶像，三一教也逐渐朝着民间宗教的方向演变和发展。
林兆恩去世后，由于朝廷的政治压力，三一教也发生了分化。明末清初，三一教分化为两大派别：一派以堂弟林兆柯及门人王兴、郭乔泰、黄州等为代表，从学术研究方面继承和发展林兆恩的遗产，不搞神化，不宗迷信；他们合编《林子年谱》、《林子全集》，称林龙江为“先生”，不称“教主”。但这派跟随者有限，难以发展壮大，至清初就自行消失。另一派以卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时为代表，从宗教信仰的意识形态继承和发展林龙江的遗产。他们兵分三路，向省内外传教，尊林龙江为“三一教主”，三一教为“夏教”。他们进一步发展三一教的宗教哲学和宗教理论，完善三一教的教规、教仪、教阶制度，使三一教宗教化，拥有众多的信徒。这一派迅速发展为三一教的主流，达到了鼎盛时期，一直延续到现在。
应当指出，由三教嫡传弟子卢文辉存稿，再传弟子陈衷瑜编辑，三传弟子董史参订的《林子本行实录》，最能真实地反映晴末清初三一教徒对林兆恩一生进行全面系统的神化。其母李氏“梦丹轮明月飞入帐中”，就怀了孕；出生时“祥光烛天，异香袭人”。林兆恩创立三一教，除了“得遇明师，授以真诀”外，“复得孔子仲尼梦中授以《鲁论》微旨，……嗣是而老子清尼氏通之以玄，释迦牟尼氏悟之以空，而教主始言三教矣”。后来，弥勒佛、释迦文佛、钵怛多尊者还相继下凡与林子会晤，或密传功法，或授以法权。他们把林兆恩神化成为能超度鬼神、解冤释结、驱魔逐妖、法力无边的神仙。去世时“天乐铿锵，金光显焕”。此后，各地立三教祠堂，塑神像奉祀，信徒和百姓崇拜林兆恩为“神”。
为何当时信仰三一教的民众那么多呢？由于当初林兆恩反对道、释者流的出世观和修行法，提出了简单易行的在家修行法，宣扬中国传统的纲常礼教，劝人勤业行善，反对邪恶，要求教徒以身作则，身体力行。同时，他还主张僧尼、道士可婚姻，都应从事生产劳动，不可信教废业；因此，当时广为群众所信仰，入教受业者遍布城乡许多地方。在三教门人的策划下，到处建立三教祠堂，奉林子遗像。康熙十年（1671年），据林子的侄孙林向哲调查，祠堂数量相当可观。他曾这样记述：“吾伯祖龙江先生之教，盛于往日吴、越、燕、齐、豫章之区。……今先生之祠遍天下，即一郡之内，巨丽巍焕，金碧玲珑璀璨，雕绣桷薨，数里相望。”他反对到处建造三教祠堂，把林龙江作为教主崇拜。
在清初，三一教先后再次遭到打击。第一次是康熙五十五年（1716年），以教徒朱昆“迷惑少妇”为由，官府下令，三教祠堂被拆毁，全郡的三教门徒被株连，纷纷逃难。第二次是在乾隆五十三年（1788年）前后，鉴于明末白莲事件，朝廷组织纂修《四库全书》时，剔除烧毁一切不利于清朝统治的书籍，林兆恩的著作也被列为禁书，“属于军机处奏请全毁书目之列”，并批评《林子全集》是“猖狂无忌之谈”。三一教徒只好转入家庭隐蔽，或设学于文昌阁、玉皇庙，不做公开活动。当时，曾出现“继起无人，书多散失”的危险局面。
明末清初，三一教通过兴化人及门徒漂洋地过海经商和移民，传播到我国的香港、澳门、台湾和东南亚等国家。现在，港澳台和印尼、马来西亚、新加坡等国有三教的祠、堂、书院、洞和宫等。新加坡最大的三教祠堂是九鲤洞。马来西亚有三教祠堂1000多座。祠堂内奉祀林龙江、张三峰、卓晚春、卢文辉、林贞明、张洪都、朱慧虚的祖神像；也有奉祀孔子、老子、释迦牟尼的塑像。
近代（清末至民国以来），三一教还辗转传入欧美许多国家。在日本、西德、澳大利亚、俄罗斯、美国等国有研究三一教的专家、学者，成立三一教的研究机构。他们都有兴趣进行学术研究和探讨，还发表了许多学术论文。
（四）
400多年来，林龙江人思想、观念、精神和三教合一大旨，逐渐渗透到人们的日常生活中，并形成一种独特的意识形态，这就是林龙江文化，或叫做三教先生文化。
据史志记载，1949年，莆田县境内有三一教祠堂523所，教徒11820人。建国后，教徒多在家中修身养性。但在“文革”中，不少三教祠堂被毁，一切传教活动被迫停止。中共十一届三中全会后，才逐渐恢复。
林龙江一生博学多才，学贯三家，著述颇富。从嘉靖三十二年开始至万历二十六年去世，几乎是著作等身，每年都有数本著作问世。隆庆元年，开始把自己的著作汇编成集，名曰《圣学统宗》，共30余卷。以后，《三教正宗》、《林子圣学统宗三教归儒集》、《三教分内集》、《三教正宗统论》、《圣学统宗非非三教心圣集》、《林子全集》、《林子三教正宗统论》、《林子会编》等总集相继问世。据专家统计，国内外现存不同版本的林龙江全集有16种。
专家学者认为，宗教和信仰的诞生，是时代精神文明高度成熟的标志，是人类调节人与自然关系的一种必要手段，是情感和理想的外化形式，是智慧的结晶。《林子三教正宗统论》等著作，是三教先生林龙江感情的依托，思想的宝库，智慧的结晶。我们责无旁贷，应当给予继承和发扬。能够正确认识三一教和信仰，是现代的精神文明和物质文明建设将起着不可估量的作用，绝不可低估。
1989年4月24日，莆田市社会科学联合会、市政协、东岩山三教祖祠联合举办“林龙江学术讨论会”。来自北京、天津、上海、福州、厦门、泉州、台湾和美国、加拿大等国的专家学者100多人，共同讨论并交流了中国、美国、西德、日本、马来西亚和台湾学者研究三一教的成果，同时成立了“林龙江研究会”。
20世纪90年代，我国台湾和海外的许多三一教徒专程来莆田东岩山三教祖祠和华亭后角村“先生墓”参观、考察和朝拜。1991年，马来西亚兴安会馆夏教访问团来莆田东岩山三教祖祠考察时，捐赠了人民币120万元，在祖祠左侧兴建了“林龙江纪念馆”，陈列了林龙江一生的传教史迹。1995年，莆田县举办了“林龙江民俗文化学术研讨会”，市、县200多位专家学者出席了会议。现在，我们要根据党在新世纪初宗教工作的基本任务，切实做好三一教工作，为推进社会主义现代化建设，社现祖国完全统一，维护世界和平与促进共同发展作出应有的贡献。
鉴于林龙江先生的著述浩繁、深奥，使人望而生畏，就是教徒“不究经书”，也会“离经背道”。经适应时代发展的需要，紧密团结信教群众共同致力于建设有中国特色的社会主义的伟大事业，我们搜集、整理林龙江先生的生平事迹和有关民间传说，编写了《林龙江传奇》一书，奉献给广大信教和不信教的读者。旨在弘扬林龙江文化，发扬林龙江精神，全面贯彻党的宗教信仰自由政策，为改革发展稳定的大局服务。
由于本人才疏学浅，水平有限，书中难免出现差错。诚请专家和读者不吝赐教。
柳 滨
2002年6月于莆田
东山乌石现麒麟
道脉相传自有真，东山乌石现麒麟。混元五百三龙会，孔老释迦合一身。
这首诗是三教先生林龙江的嫡传弟子卢文辉对三一教主的评价和赞颂，收入《林子本行实录》中。
林兆恩，字懋勋，号龙江，道号子谷子、心隐子、常明先生、混虚氏、无始氏等。门徒尊称为三教先生、林三教、三一教主、又雅称为夏午尼氏道统中一三教度世大宗师。明正德十二年（1517年）七月十六日寅时，出生于福建省兴化府莆田县城内赤柱巷林府。
民间传说，当时林兆恩的母亲李氏，夜梦“丹轮明月飞入帐中”，就怀了孕。兆恩出世时，与常人也不同。人们看见司马第李氏居住的房间，祥光烛天，异香袭人。婴儿稍长，相貌庄严，形态好象一个小弥勒。到了对晬（周岁）时，母亲李氏和家人试晬盘，林兆恩只单独举起一个铜镜。相貌相当魁梧。祖父林富觉得很罕见，但又说不出其中的奥秘来。
时人看林兆恩相貌端正，“丰神卓异，眼一露一藏，左龟右凤”；左眼内有四颗红痣，外循至额，后面有三颗红痣。眉宇间有七颗红痣，其中有一颗红痣，时隐时现，在顶门息息出入。背上有十八颗黑子。耳朵肥大，而乳房垂腹，白嫩而丰厚。行坐笑语，形态很象一尊活的弥勒佛。有人预说：
龙华三派会于今，弥勒降生不用寻。东山开个无遮会，笑杀阎浮颠倒人。
有些善相的人，也都认为林兆恩的形相，是大圣人的相貌。他慈悲嘉舍，具有四无量之心。民间还传说，他是“真佛祖转世”。
兆恩四岁时，浙江余姚王阳明先生来莆造访林府，林富叫孙子林兆恩拜见他。王先生一见兆恩的容貌，就大加赞扬。他对林富说：“这孩儿相貌非凡，恐怕不是科第中的人才。但他后日的福量，必定远远超过先生啊！”
六岁时，林兆恩开始入学。但他记性相当差，又很愚钝，每次读书几行，要几十遍才能认识。林富以为他才不称貌，颇感失望。但又看他的行动与一般的孩子不同。有时看见孩子们玩弄神像，就大声呵止他们。大概是他天性如此，也不予计较什么。
十三岁时，林兆恩外出，经常把自己带的白金（银两），拿去赈济贫穷的人。母亲李氏以为他在外面乱花钱，就追问他：“你外出挥金如土，是何缘故？”兆恩回答说：“吾家世代富贵，天道恶盈，胡不以吾之有余者，补人之不足乎？”李氏听了，点头微笑，更加器重他。当时，里弄有唐时雨、方彦举二位先生，主张力行古道。兆恩每次途中见到他们，就马上变得严肃起来，不予理睬，使他们也感到难言之隐。
十六岁时，林兆恩文窍始通，下笔如流，词锋景焕。撰写《博士家言》，文词华丽通畅。林富读后，心领神会，大奇其才，就悉心教导他。嘉靖十三年（1534年），林兆恩多次参加考试，成绩都是优秀。督学潘潢来莆视察，校阅他的试卷，评为“见理之文”，拔置高等，补邑弟子员。当年，初聘侍郎陈公之女，兆恩不肯采纳。随后娶主事仙游郑主敬之女，第二年就死去。嘉靖十六年，续娶县令陈杰的孙女为妻，才“幽闲静一，淑惠天然”。
林兆恩24岁时，督学田汝成来莆视察，首次选拔他，又命他作《拟古诸书》。当年秋，他前往仙游九鲤湖祈梦，何真人托梦：“麒麟其事业，当代其文章。”后楚何心尹先生，曾对人说：“林子之文，我朝第一，即王阳明诸辈，皆不能及也。”可是，过了不久，他到福州应省试，落选而归。再过了三年，兴化郡节推章檗传印林兆恩的文稿《林生文略》。嘉靖二十二年（1543年）秋，兆恩前往福州应秋闱试，可是又名落孙山。
嘉靖二十三年，兆恩的父亲枞谷公－－林万仞病危时，吩咐其子兆金、兆恩、兆居三人，家中还有千金的债券，要全部还给负债的人，取消他们所欠的债务。过了几天，林万仞就去世了。料理丧事后，兄弟三人，遵父遗嘱，把负债的人都招集到林府，将债单全部还给他们。近邻远亲和兴郡百姓，都赞颂林家父子的良操美德和扶危济困的善举。
东岩山，古称乌石山。因为山形象麒麟，故又名麟山。林兆恩始祖的坟墓，就安葬在三一堂背后的麒山上。传说，林兆恩出世时，麟山上的“麒麟”活灵活现，预兆圣人即将诞生。
在“麟山祖祠”后面，有一株千年的古樟，胸围约14米，高15米，干分三大杈，其中一杈至今枝叶茂盛，郁郁葱葱；其余两杈虽已枯萎，龙蟠虬舞，仍似蕴藏着无限生机。有人称这株古樟为“三教合一树”。明代，三教门人黄胄有诗赞曰：
龙华三会，当来此时。豫樟千载，麟山应期。诸佛议举，帐月现奇。
禅玄圣教，悉归总持。五陵受法，万世瞻依。统领八百，终始两仪。
书香门第屡不第
林兆恩出生于莆田林氏望族，是”九牧林家“长子－－端州刺史林苇的后裔。祖先传至十九世儋州同知林琪，才迁居莆田城东的赤柱巷。这一家族，在明代文风极为鼎盛。
从林兆恩上推六代，分别是：第一代林洪，第二代林完，第三代林耀，第四代林垠，第五代林富，第六代林万仞，第七代林兆恩。
七世祖林洪（1369－1434年），字文范，洪武二十九年（1396年）举人，建文二年（1400年）登进士第，官至溪知县、沧州同知、儋州同知，著有《竹庵存稿》。第二代和第三代，文风中衰，没有人登第和出仕。第四代至第七代，文风达到鼎盛，一共出了11位进士。第四代有进士两人，他们是：林堪，字舜卿，成化十六年（1480年）举人，成化十七年进士，知云南曲靖知府；林塾，字从学，号秋旦，弘治十四年（1501年）举人，弘治十五年进士，官终浙江布政司参议，著有《拾遗书》、《石泉集》、《重修名臣录》等。第五代有进士三人，他们是：林富，字省吾，弘治十一年举人，弘治十五年进士，官至兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总制两广，著有《省吾遗集》、《林少司马奏议》、《两广疏略》；林应骢，字汝桓，号次峰，正德十一年（1516年）举人，正德十二年进士，官至户部员外郎，著有《梦槎奇游集》；林云同，字汝南，号退斋，嘉靖五年（1526年）进士，官至南京工部尚书，著有《退斋文集》、《药洲雅集》、《读书园诗集》等。第六代有进士三人，他们是：林万潮，字养晦，号石楼；嘉靖十三年举人，嘉靖十七年进士，官至赣州推官，著有《赣州诗》；林延升，字彦宾，万历八年（1580年）进士，官至雷州知府，迁广西按察副使；林谐，字邦介，万历十九年举人，万历二十九年进士，官至应天中式监利知县，著有《觉未轩诗集》。其父林万仞，恩荫太学生。第七代也有进士三人，他们是：林兆金，字懋南，号鹤山，嘉靖十年举人，嘉靖二十九年进士，官至南京户部主事；林兆柯，字孟鸣，万历元年举人，万历二年进士，累官蒙城知县、刑部主事、大司寇、安庆知府等，著有《宙合编》、《毛识多识篇》、《毛诗外篇》、《毛诗杂篇》等；林玑，字光仲，万历十一年举人，万历十四年（1586年）进士，衢州知府，官至刑部主事。
古语云：宰相门下无白丁，书香门第出才人。按道理说，林兆恩生长在这样一个书香门第，科第世家，应该走科举出仕的门路。当初，他也专心致志于科举功名，夜以继日攻读《四书五经》等古典名著。尽管启蒙时聪明花未开，显得有些愚钝，使祖父深感失望；但终于文理贯通，词锋景焕，大显奇才。无奈事不由已，难以如愿以偿。24岁赴福州应省试，落选而归；27岁往福州应秋闱试，名落孙山。
胜负乃兵家常事，求功名何惧落第。嘉靖二十五年丙午（1546年），林兆恩已经30岁了。他学富五车，颇有名气；谈经论文，辞章技巧，皆为上乘。这一年，正值秋闱乡试。他先往江西拜谒太史罗洪先，为叔父林万潮乞求墓志铭。后来，两人常有书信往来。他对这次省试也十分重视，临行前委托同族人到仙游九鲤湖为他祈梦。族人梦见盆中三颗骰子，掷出幺四四，独一幺旋转不住。解梦者以为，这是预兆他会考取八闽第一名。也有人认为，圣人无为而成化－－“无为成化者，大魁天下也”。当时，林兆恩在学校中也有名声，“如经义论表，传赋书辞，皆彬彬乎迈秦汉而上之”。督学田汝成，节推章檗，都曾经鉴赏他的文章，有《林生文略》传梓（刊印流传）。
嘉靖二十五年八月，林兆恩满怀希望前往福州应省试。族人们以为这次必中无疑，也有许多亲戚朋友为他赴省城应试送行。可是，谁也料想不到，第一场考试，他就觉得头晕脑胀，文思不清。连续三场考试，他更换了三条巾。这些都是不祥之兆，连陪考的书僮也为他惋惜。省试结果大大出于人们的意料之外，“放榜不与焉”－－再一次名落孙山。
二十五载寒窗苦读，三回落第死心而归。林兆恩也重演着以往读书人“读书－－应试－－落第－－再读书－－再应试－－再落第”的悲剧。在人生短暂的旅途上，第三次乡试落第，是决定他一生命运的转折点。
弃名学道创三教
功名随时过，科第转头空。林兆恩三次到福州应试，结果都落第而归。现实无情地打破了他求取功名的梦想，科举出仕似乎与他无缘，使他陷入了痛苦的沉思与反省之中。
三次落第，使他感前途迷惘，甚至绝望。于是，他开始导找和探索新的人生之路，毅然决然地放弃科举业，转而“锐志于心身性命之学，遍叩三门，自兹始也。”数年之间，他如痴如醉，如颠如狂。“凡略有道者，辄拜访之，厚币之，或邂逅儒服玄装，虽甚庸流，亦长跪请教，故莆人咸以教主为颠”（《林子本行实录》）。
林兆恩怀才不遇，曾一度悲观厌世，打算到深山密林中去隐居，以便寻师访道，超凡脱俗。有一天早晨，他独自一人，到南山寺去，坐了一会儿，躺了一会儿，细观禅林寺貌，忆前思后，终日留连忘返。到了深夜，他就躺在乌石山石床上；或饮酒唱歌，自得其乐，歌云：
经世学经世学成，无用著山中，乐山中。乐土堪耕凿瘿瓢，有酒同君醉。醉卧草庐谁唤
觉？松荫忽听双鹤鸣。起来日出窗林薄。
正当林兆恩徘徊在人生的十字路口，思想发生转变时，莆田南渚林道士卓晚春，望着天上的云气，前往林府登门拜访。可是，林兆恩已走出去，不在家中。其母李氏问：“道长从何而来？”卓晚春回答道：“贫道自渚林走来。”
李氏请卓晚春喝茶，卓晚春边喝边说：“你家府第屋顶瑞气缭绕，必定有不寻常之事！”李氏问他：“吾儿能登第吗？”卓晚春摇头说：“此非不寻常之事。”李氏再追问：“吾妇产贵子吗？”卓晚春也摇头说：“此亦非不寻常之事。”那到底是什么稀奇的事呢？卓晚春肯定地说：“必定是有人得道，故瑞气腾腾不散！”李氏就再追问道：“难道是吾二儿放弃举业，能得道吗？”卓晚春点头称是，便问：“兆恩往何处去？”李氏说：“方才外出游玩，你稍等就是！”
过了一会儿，林兆恩哼着小调回来了。卓晚春一见如故，就牵着他的手哈哈大笑起来。林兆恩开玩笑说：“听说小仙擅长神算，请问两个一是多少？”卓晚春说：“待我与你算来。”林兆恩再问：“小仙擅长吟诗，吾与汝联诗如何？”卓晚春迟疑了一下，便反问道：“吾与汝联诗吗？”说完不告辞就轻飘飘地拂衣而去。
几天过去了，不见卓晚春再来访，林兆恩感到后悔。他对家人说：“小仙众人都尊敬他。我是道人，反而不尊敬，与他开玩笑，这如何了得？”便叫胞弟兆居去邀请他来。
卓小仙闻林兆恩有请，就轻飘飘地来了。两人举杯对酌，极为快乐。三怀下肚后，林兆恩就请教他委托族人到九鲤湖祈梦之事，他说：“梦见幺四四是何意？独一幺旋转不住是何为？”卓小仙“哦”了一声，便说：“此乃何真人诱进你啊！幺四四而幺单独旋转不住者，九转还丹也。君后日自当知之。”
林兆恩听说卓小仙解梦，豁然大悟，感到超脱俗世成仙已是命中注定。卓小仙问他：“你学道吗？道书有云：‘夜来铁汉细思量，长生不死由人做。’如何讲解？”林兆恩回答道：“此无难解，只云学之在人尔。”卓小仙摇头说：“恐非如此。夜来铁汉细思量，长生不死岂由人做耶？须先人世世为善，累积阴功，故能一子成道耳。你家自先代以来，行善七世矣；你复弃名学道，广行阴德，岂有不得道的人吗？”自此以后，两人互相友好，每天喝得醉醺醺的，边走边唱，人们称他们两个是“卓狂林颠”。
林卓会晤，使林兆恩增强了弃名学道的信念。卓小仙指点，林兆恩觉悟，原来是他家祖先七世行善，自己又放弃举子业，转去学道，在祖德恩荫之下，可以名正言顺得道成仙了。他曾经写一首诗，自我解脱曰：
飘飘云外一闲人，释服道鞋（又＋圭）又儒巾。沿街呼我为颠子，颠字原来两个真。
自此以后，林兆恩与卓晚春结为方外游，两人几乎形影不离。数年间，流浪四方，“晨夕谈讨，纵饮行歌”。他们出入于通衢大道，有人讥笑，有人背后谩骂，但他们都不予理睬。而且二人所谈论的，都是古人未曾说过的，“小仙所言，人多不解”，唯有林兆恩能理解。有人问卓小仙“祸与福”，他只隐隐约约地回答他们。如果有人问他“修真要诀”，他就“默默不言”。林兆恩问他：“这是什么缘故？”卓小仙回答说：“非有玉帝敕命，敢妄传耶？”他的修真工夫，始终不肯轻易泄露。后来，“凡有登门访道者，仙人必启其端，而道人更详其意”。两人一唱一和，自得其乐。
嘉靖二十八年（1550年）四月，林兆恩与卓小仙到榕城去游览，二人住宿在福州西禅寺。游了十几天，他们就准备回莆。林兆恩触景生情，百感交集，吟诗曰：
白云出洞还入洞，独鹤上天复下天。道人此日归去后，云自无心鹤自还。
当年六月，林兆恩与卓小仙一同去游览莆田囊山寺。晚上，二人坐在山门外乘凉聊天，恍惚看见有一个身穿褐色衣服的老妇人走来，她怀抱一个孩子，向他们求救，转眼就不见了。到了次日凌晨，他们在山门外遇到了一小孩，手里捉两只小麻雀，一母一子。卓小仙看见了，就对林兆恩说：”这两只是昨夜求救的小鸟吧！“林兆恩即时领悟，就拿钱向小孩购买，把两只小麻雀放飞去。自此以后，凡是有遇到有生命的动物，也都用钱买了去放生。
嘉靖二十九年，林兆恩的哥哥兆金考中了进士。族人庆贺，规劝林兆恩复事科举，他却说：”恩究竟性命，从事圣贤，唯求无忝所生，为天下万世斯道虑，一身富贵非所志也。“当时，邑博士王武阳也劝他：”书香门第，进取举子业，乃众之所望，不可半途而废！“但林兆恩坚决不答应。
卓小仙与林兆恩结为方外游，深知兆恩已弃名学道，矢志不移，便赠龙江道人一诗云：
龙江原是好秀才，今日相邀步玉台。一心放去随流水，不是道人做不来。
当初，林兆恩学道时，每天清晨吃一粥，就往南山寺修炼，到了傍晚才回家。吃了晚餐，拜见了老母亲，再到东岩乌石山养心。晚上独自睡在石床上，咏歌自乐。卓小仙再赠一诗云：
神仙龙江林，古今有几人？一夜金丹老，同到万年春。
嘉靖三十年，林兆恩学道五年后，便宣称“路遇明师，授以真诀”，开始创立三一教。在明师的指点下，他的思想发生了根本的变化，逐步走上了倡导三教合一的思想道路。“不十年间，幸遇明师，怜我而教我也。直指此心是圣，而所以言者一皆四书五经。……若夫艮背、行庭微旨，尤且谆谆为兆恩言之”。明师还教他为人治病的方法：“试之以病，病已而人信之。”他还从明师那里得到三教合一的大旨：“幸闻三教合一之旨，其于孔子之贯一，老子之得一，释氏之归一，颇能通其理而会其机矣。”
由于有明师指点教导，使林兆恩创立三教合一更加神秘化，合法化了，也为授徒传教打下了良好的思想基础。民间传说，林兆恩的师父是卓晚春，也有人说是神仙下凡，为他“点化”。
传奇人物卓晚春
民间传说，与林龙江结为方外游的卓晚春，是一个富有传奇色彩的人物。
据《林子本行实录》和《福建通志》等记载，卓晚春，生于明嘉靖初年，祖籍原系醴泉柳营，后随嫁母在莆田南渚林。他自号无仙子，又叫上阳子，人呼为卓真人、或小仙。六岁丧父，八岁丧母，无依无靠，行乞于道。但别看他衣衫褴褛，是个手捧小瓯的“乞食仔”，他头脑却相当聪明。八岁时，就善于算法，不是简单的加减乘除，就是百、千、万的数目，他也能用小指头计算，绝对不会错。一时被人称为“神童”。言吉凶之事，无不奇中。
卓小仙孤苦怜仃，家道贫寒，没有入学门。但到了十四岁，却能够做诗。比如《劝善诗》，其诗云：
世间万物莫相欺，善恶是非神鬼知。日月高悬明似镜，为人处世要慈悲。
十六岁时，小仙能执笔挥毫，龙飞凤舞－－善写草书，在闽中颇有名气。唐顺之为他作《小仙草书歌》，其中有赞句：
小仙举笔秀才惊，笔走龙蛇一字成。横书竖立贯天地，点撇弯钩总是情。
当时，许多有权有势的王公贵族，都想与他拉关系，也都要召见他。可是，小仙不卖他们的帐－－偏与他们分庭抗礼。当道显贵亦以其能不屈，更加尊敬他。
说来也奇怪，小仙经常袒胸露肚，衣不蔽体。可是，他穿的衣服，一脱下来，就被人拿去，也不去讨还。他家里粮食没有“升斗之储”，也不怕挨饿。有人请他吃，稍微不合他的意思，虽然办的是山珍海味，也不肯去吃。他身上无分文，有人送钱给他，往往把钱都施舍给贫穷的人。他自己反而觉得“无钱一身轻，走南闯北可安心。”
数九严冬，天寒地冻。小仙身穿黑麻衣布裙，背加青纱帕子，霜夜露宿在石头上，也没有盖被子。长大后，虽然身着重绵，每逢下霜，他必定到溪边去洗澡。有一天，在天池漈洗身后，喝溪水十七瓯。第二天，在南门河洗澡后，饮水十八瓯。在《霜天浴于天池漈》诗中云：
朝来此溪中，沐浴不知寒。清霜与白水，漂我紫金丹。
后来，在《金丹》诗中，他又呤道：
大道金丹不在书，千言万语总是虚。中闽一点无人透，黄金屋里有真珠。
要是有人嘲笑他蓬头赤足，他就用诗回答：
披衣兼跣足，开口笑王侯。千年浑似醉，一世懒梳头。
如果有人看他披头散发，说是“疯癫”、“少神”（狂人）；他却诗兴大发，昂首挺胸唱道：
披衣散发白云留，尽在胸中细运游。一片野心天地阔，万年松鹤乐悠悠。
传说，少年时代，卓小仙到东峤普施井大姑母家里去玩，邻居及家人称他“卓表爷”。那天姑母在田头要戽水，小仙叫她：“阿姑，你回去煮软粿，我为你戽水。”姑母马上就转回家去。可是煮好了软粿，带到田头去，看小仙坐在那里玩，戽桶还没有动过，有点生气地问他：”表爷戽了多少水？”小仙就问她：“阿姑，你要戽一洋，还是戽一坵？”姑母回答说：“哎呀，一坵还未戽，哪能戽一洋？”小仙夹一块软粿放进嘴里，把一双箸子插进田头一块石头上。姑母问他：“表爷，软粿不吃了？”小仙把箸子一拔，泉水就从两孔涌出来，很快就灌满一坵田。姑母碱道：“水流太大了！”小仙就用软粿塞住一孔，还有一孔至今还流着泉水。你说奇怪不奇怪？
再说，卓小的姑母也嫁在莆田南门外，以酿酒为生，因资金不足，请求小仙帮助。小仙说：“阿姑不必担忧，就怕好酒喝不尽。”说着，他把几斤白麯捣碎，倒入水井中。过了一会儿，就叫姑母提酒上来。小姑母闻井有醇香的酒味，就提一桶上来，一尝如“琼浆玉液”。嗜酒者纷纷到她家里买酒，小姑母赚了不少钱。小仙问她：“如今生意如何？”小姑母感叹说：“好是好，无糟喂母猪！”此话流传至今，并成为民间俗语。
还传说，卓小仙曾在黄石珂里黄金富家中为食客，适逢黄家建造大厦。安装大门时，卓小仙站在门前贺诗句：
四角四角方，福堂后好安丧；兄不见弟死，父不见子亡！
当时，众人才听，以为是不祥之语，后来才知道是善意之赞。后人建祠一座，作为纪念。民族英雄朱继祚书额曰：“上阳仙洞”。
卓小仙每天纵酒行歌，云游四方，逍遥自在，有诗为证？
散发长歌踏紫霄，羽衣掩映碧桃花。醉来高卧虚无里，倒看青天吐月华。
林龙江也《赠送卓子云游》，其词曰：
别我去兮鹤一只，到处是家，无地为宅。一剑一琴，飘然羽客。
有人问小仙：“阳不用七而用九，阴不用八而用六是什么缘故？他回答道：“合九与六者，十之有五也。”再问：“天有时坏否？”答曰：“有生则有坏。子时一阳始生，自子至寅，阳气始全，自寅至午，阳气始盛，自午至酉，阳气渐微，自酉至亥，阳气复生，此天坏欤！”又曰：“无极者如年之十月也，太极者如年之十一月也。”有人问他：“日之乌，月之兔？”答曰：“此卯酉之说也。”还有人问海水的咸与淡，答曰：“此天地之精也，而水之淡者余气耳。”其他的谈论，大多也是如此。人们很少知道他的玄异说法，能够知道和理解小仙所说的，只有林龙江。因此，小仙与林子结为方外游，一唱一和，颇为默契。在《答问》诗中，他写道：
人人问小仙，小仙性气颠。日日醺醺醉，醉倒不知天。
嘉靖末期，倭寇屡次骚扰兴化郡，城外重兵集结，伺机攻入城池。有人问小仙：“莆阳的事情如何？”小仙口占曰：
君问莆阳事，官贪吏要钱。八方七不静，十室九无烟。黎庶苦中苦，乾坤颠倒颠。若过壬戌岁，方见太平年。
甲寅年（1554年），卓小仙托言北行，经过宇海桥，对路上行人说：“我去后，桥石折，莆阳变矣！”丙辰年（1556年），宁海桥果然石梁断了。壬戌年（1562年）十一月，倭寇攻陷兴化府城，居民深受其害。
据说，在城陷三日前，卓小仙手拿一根筷子，打一个磁碟，在城中边走边唱：
箸打筷，快出城！讲这话，无人听；三日外，无人行。
卓小仙不愧是一个先知先觉者，他的许多奇闻轶事，至今还在莆仙民间广泛流传着。
在倭患未平时，卓小仙就离开了莆田，但不知他的终局如何。传说，后来蜕化于杭州净慈寺，有诗流传于世，其诗云：
天上逍遥卓晚春，桃源深处老乾坤。倒骑黄鹤归沧海，脚带青天几片云。
林龙江先生也《口占赠卓子》一词，其词曰：
既跣足，复蓬头，独立缥缈之飞楼。楼前紫烟生玉树，驾鹤欲向蓬莱去。欲去却被白云留，如今啸傲在何处？亦居市，亦居山，人家形迹欲寻难。茫茫超出寒暑外，不在天地日月间。
后来，卢文辉题《上阳子卓小仙画赞》，其诗云：
蓬头跣足称小仙，纵横洒笔飞云烟。丹成驾鹤乘风去，莫是蓬莱刘海蟾。
祖孙倾向王阳明
明嘉靖年间，我国唯心主义哲学家、浙江余姚王守仁（字伯安，又称阳明）的心学极为盛行，并成为明中后期的“显学”。据《明儒学案》记载，王学在嘉靖以后有浙中、江右、南中、楚中、北方、粤闽、泰州七大系统，其中以浙中、江咸、泰州学影响最大。
王学是继朱子学之后，代表当时学术界的一种主流，并形成一种强大的政治势力，连朝廷最高统治者都给予追加称号和钦定。明穆宗隆庆元年（1567年），追赠王守仁为“新建侯”，谥“文成”称号。明神宗万历十二年（1584年），钦准王守仁从祀文庙。由此可见，王学在当时盛行的情况。
福建是朱子学的发源地，但也难免受到王阳明心学有冲击和挑战。王畿、耿定向等在福建设立讲堂，鼓吹王阳明的心学。尤其是耿定向（湖北黄安人），官居福建巡抚，带头在福建开办学堂，广收门徒，倡导王学，最具影响力和号召力。在文化比较发达的地区，王学的传播也比较普遍。素以“文献名邦，海滨邹鲁”著称的莆田，当时“科甲之盛，甲于闽省”。据统计，自洪武三年（1370年），至嘉靖七年（1528年），一共25科，乡举1111人，甲榜324人，状元2人，探花4人，会元1人，解元25人。在明朝中叶后期，士大夫讲学论道，已蔚然成风。各种学说互为渗透，争占席地，而王阳明的心学独占高峰。林兆恩的祖父林富和林兆恩本人，都受到王学潜移默化的熏陶。
林富，字省悟，明孝宗弘治十五年壬戌（1502年）进士。初任大理。他与王阳明关系十分密切，两人的政治主张和哲学观点基本上相同。林富任南京大理寺评事时，和王阳明一道，谈古论今，针砭时弊。因触犯权贵刘谨，不满他胡作非为，刘谨报复上告，两人都落了职。紧接着，皇上下诏查办，结果二人都被捕入狱。在狱中，两人心心相印，患难与共，经常在一起谈论心学和《易经》。林富在《狱中与王阳明讲易》诗中云：“寄居囹圄闲，讲易清夜阑；夜阑忽有得，明明寸心间。”
世事变迁，时来运转。林富和王阳明出狱后，都得到朝廷的重用。嘉靖七年（1528年）林富协助兵部右侍郎王阳明，镇压了八寨瑶族起义。过了不久，王阳明患了重病，就上疏朝廷，推荐林富接任兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总制两广。嘉靖十一年壬辰（1532年），林富致仕（辞官）回乡，在东岩山设立讲坛，自号“东山樵叟”，大力宣扬王阳明的心学。当时，林兆恩才16岁，一直到嘉靖十八年林富去世，他都跟随祖父在东岩山攻读举子业。对王阳明的心学，林兆恩也产生了兴趣。在林富的口授心传、耳濡目染下，阳明心学在林兆恩的心中扎下了根。
嘉靖十八年以后，林兆恩热衷于举子业。24岁赴福州应省试，落选而归；27岁往福州应秋闱试，也落第而回。30岁时，他往江西拜竭江右学派的中坚人物之一罗洪先，为他的叔叔林万潮向罗乞求墓志铭。后来两人常有书信来往，关系非同一般。嘉靖二十五年（1546年）八月，前往福州应乡试，不料又名落孙山。归莆后，决定放弃科举业，转向探讨王阳明的心身性命之学。数年间，如痴如颠，到处寻师访道，或途中偶遇儒服玄装之流，也长跪请教。因此，莆人都以为林兆恩“疯颠”、发狂。
嘉靖三十一年壬子（1552年），林兆恩下定决心向官府请求取消他的秀才学籍。督学朱衢不允许，他就在督府门前焚烧青衿，表示终生放弃功名。朱衢大怒，要下令拘拿他。幸好郡守董士衡劝说：“此人真为道不为名也。”朱衢才稍息怒，收回成命。
当年八月，太史罗洪先致书，林兆恩复函如下：
奉别于今六年矣，拜领翰教者，再即见公也。去岁闻公又有方外之游，岂传之者非真耶？兆恩前年亦曾在儒门中，以学儒者之道，而不得其要也。又曾在玄门中，以学道家之道，而不得其宗也。今皆弃去之。而幸闻三教合一之旨，其于孔子之一贯，老子之得一，释迦之皈一，颇能通其理而会其机矣。世之所谓三教之异者，三教之支派也。兆恩之所谓三教之同者，三教之原委也。但前日之所学者，今之而非之。而今日之所学者，又安知他日亦以为是耶？兆恩之所以惴惴焉而不敢自信者，以昔日汩没于邪经，几误此一生也。今敢不虚心志已，而至于自以为是也。道无终穷，而学又安有止法耶？伏惟留意，相期此天地间作第一等人物也。幸甚！
王阳明的心学实质上也渗透着儒、道、释三教的思想。罗洪先是江右学派中的中坚人物，林兆恩对他十分敬仰，复函中阐明了自己弃名学道的过程，并阐释了自己的三教合一论。最后还约请罗洪先“伏惟留意，相期此天地间作第一等人物”。可见两人“心有灵犀一点通”。
林兆恩除与江右学派罗洪先有密切关系外，还与泰州学派的何心隐有直接的关系。据《林子本行实录》记载，嘉靖三十八年已未（1559年），楚人何心隐抵莆，在林府住了一个多月。何心隐曾对林兆恩说：“昔儒道释三大教门，孔子老子释迦已做了。今只有三教合一，乃第一等事业，第一大教门也，兹又属之先生。我即不能为三教弟子，愿为三教执鞕焉。”由此可见，何心隐也赞赏林兆恩的三教合一论。因为三教合一论的理论基础与王阳明的心学有关，他们的思想都倾向于这一学派。
林国平教授在论述三教合一说中，得出了这样的结论：“林兆恩的三教合一论是一种以阳明心学为基础，以儒家的纲常人伦为主体，以道教的修身炼性为入门，以佛教的虚空本体为极则，以世间法与出世间法一体化为立身处世的准则，以归儒宗孔为宗旨的三教同归于心（天然自足的本心）的思想体系。”这是对大量的史料进行学术探讨和研究，综合归纳出来的。这样诠释“三教合一论”的思想内容是比较全面的，也是符合当时社会发展的思潮。
授徒初试艮背法
嘉靖三十年，林兆恩创立三一教后，公开倡导三教合一论，并锐意终身从事这一活动。起初，没有授徒。过了一段时间，才开始招收门徒。信徒黄州，一向与林兆恩友好，“每详察言动问，心悦诚服，及执贽长跪，愿为弟子受而教。”林兆恩看他立志受业，心意恳切，就收他为第一个门徒，并开始授予他“心法”。随后，黄大本、萧应麟、黄崶、朱廷柱、郑泳、黄阳、黄辉阳、林亹，以及胞弟林兆居、族弟兆诰、兆琼、兆豸等也相继受业，追随林子。
在历史上，任何宗教或学说的创立，都有一个草创和发展的过程，三一教的创立也不例外。林兆恩开始创立三一教时，曾遭到戚属宗党和地方官绅的反对和围攻。据《林子本行实录》记载：“时教主倡教，诸戚属宗党多有不率其化而讪毁之者，教主往往虚心善处善而曲全之。”莆田地方官郑一鹏，屡次拜会林兆恩不得见，就写作《莆阳舆议》，大肆攻击嘲笑他。莆田士大夫“谤讟朋兴，见教主所著书多忌之”。他们起初以“好名”嘲笑他，继而以“利口之人”讽刺他。地方乡绅也把三教合一视为叛经离道、惑世诬民的异端。正因为如此，林兆恩为了避免节外生枝，或无中生有，或造谣中伤，中招收门徒时十分小心谨慎，严格挑选。“凡来求教者，教主必稽其素行何如，又须介绍往返数次，然后受之。”
为了获得民众的信仰，抵御毁谤者的流言蜚语，林兆恩采取了以“艮背沁法”为人治病的手段，来宣扬和推行他的学说。起初吸收的三一教徒大多数是“儒林受业者”，他们有一定的文化水准，对宣扬、推广三一教起了很大的作用。林兆恩就把“试道妙为却病之方”，对黄州等人说：“此猎较微权也。大道久湮，圣学难明，若不先之以心法之余绪，小试之贫且病者，与夫服药之不效者，将三氏心性之学，骤以语之，谁其信之。故不得已而薄却病以引之，俾知病而可以心法愈之，始信道而可以心法造也。”
林兆恩的“艮背心法”，为什么能为人治好病，也有他的理论依据。《林子本行实录》载：“盖以人之病，皆本于心。心病则身病，心不病则身不病。其次又在于气，气逆则病，顺之则不病。故却之之法，在持其志。……从本原是用工夫，非由外铄。夫笃信力行，自有能不药而愈病者矣。”
据说，门徒黄州的女儿，不知什么原因，突然变成了瞎子－－眼睛看不见了。黄州请教林子，要如何医治。林子把“心法”传授给他，很快就把女儿的眼睛治好－－重见光明。乡都宪刘勋，眼睛也有毛病－－模糊不清，名医名药，百医无效。黄州求拜林子，林子看刘勋是真心实意要求治疗，就把“心法”授予他，刘勋的眼睛也很快治好了。还有一个姓陈的病妇，无医无药，生命垂危。林子见她家道贫寒，顿生怜悯之心，教给她“心法”，不久也恢复了健康。
林子初试艮背法，治病救人，效果显著，名声载道。那时，求医者“无不随病随却，随叩随应。其起死回生，扶危济厄，悉皆捷于影响者”。他有治病的“迂见”几十条，传授的规矩很严。惟有志学道者，才传授给他；有志立功者，才传授给他。而对那些见利忘义、唯利是图者，拒之教门之外。
林兆恩教人受持心法，以去除疾病，关键在于诚心诚意，专心而为。如果三心两意，还想兼治其他的病，那就一定不是诚心诚意。他认为，既然不是诚心诚意，安能心宽？安能根治心病？他又说：“既不能心广根治，体必不胖，面必不晬，至是而曰无见其效者，惑之甚矣。盖心为一身之主，或心有惊而面青，或心有愧而面赤，可概见于此矣。”比如，吐血这一疾病，林兆恩治法与世人相反。世人惟恐其血吐出来，但不过是止留在胸膈。时间长了，淤血更加壅塞，生命就有危险了。林兆恩的治法是先打通患者的胸膈，让淤血都吐出来，然后培养他的根源。这样，就没有治不好吐血的人。又如，医生治病，第一要禁止病人喝酒吃肉。林兆恩却“以酒能行血，肉能生血，不必禁之。惟在勤持心法而已。”他还告戒患病者：“若一心于道，一心于药，则心不专，病安能治？这就是说，要专心治病，不能心猿意马。
林兆恩遵照明师的教导，把艮背心法”试之以病，病已而人信之“。他的秘方，就是明师传授的真诀：”医者意也，而方固在汝之心矣。“
因为林兆恩的艮背心法，是由九个逐渐深化的修持程序组成，又围绕着“心”这一本体展开，故名为“九序心法”，或“九序”。他又把这套修身养性的方法说成是儒家秘密的“心传法门”，故又称为“孔门心法”。又因为九序心法第一序是“艮背”，或称“九序心法”为“艮背心法”。它逐渐成为林兆恩思想和三一教的重要内容。万历年间，先后编辑成《九序摘言》和《九序内景图》问世。后来，经门徒宣扬和试验，不断得到补充和完善。
辞去学籍起风波
嘉靖三十一年（1552年），林兆恩已经36岁，但他的身份还是属于学校生员，他的言行还要受到官方所规定的生员名份的种种限制。为改变自己的身份，摆脱官方的约束，他坚决向官府请求取消他的庠士（秀才）学籍。督学朱衢偏爱他的才识，不允许他弃名学道。
林兆恩的心志已定，坚决放弃功名，与府学决裂。他拜谢了朱衢，到督府门前，把象征学生员装束的衣巾野服，放火烧毁，怡然自得的走回去。朱衢知道了，勃然大怒。为了维护府学的尊严，以儆效尤，就下令要拘捕林兆恩。但郡守董士衡，老谋深算，觉得不妥，他劝朱衢说：“此人真为道不为名，何必揪他不放？”朱衢才息怒，不予追究。应该说，林兆恩焚烧衣巾野服，是对封建社会传统权威的一种挑战。他的举动，怎么不激起封建卫道者的愤怒和不安呢？
林兆恩的所作所为，其实也不奇怪。他在三次去省试中，都名落孙山，对科举已经绝望。两年前，他的胞兄兆金考中了进士，族人在庆贺时都极力劝他再攻读诗书去应试，但他坚决不答应，还对族人说：“恩究竟性命，从事圣贤，唯求无忝所生，为天下万世斯道虑，一身富贵非所志也。”县博士王武阳，爱好讲学，与林兆恩讨论“心圣”，希望能出奇制胜；但林子高谈阔论，观点鲜明，论据确凿，使王武阳十分便服。他劝林子复事举业，林子却不答应。由此可见，一个人的志向已定，要改变也难啊！
嘉靖三十二年，朱衢复命邑博王武阳，以作文征召林兆恩，想以此激发他复事举子业，但林兆恩推辞说：“兆恩不能文，即能文，说不过一小技耳。前数年颇有此癖，今稍知悟。而一念重内轻外之诚，愿为天地间一不识字村汉足矣。苟外为重而内为轻，虽高古如秦汉，美丽如六朝，退无益于身心，进无禆于天下，竟亦何为？”王武阳插话说：“莆阳乃文献名邦，先生文章盖世，岂能无用之时，复望三思而行！”林兆恩冷笑一声，他说：“传曰：‘身隐矣，焉用文之。’伏惟转禀文宗，以纵我山林野鹿之性。如有复我者，则兆恩当在武夷之曲，天台之墟矣。”王武阳难以说服，只好告辞而去。
过了不久，督学朱衢又召林兆恩讲学，林兆恩坚决不从命。他对王武阳说：“昔在学校，即可得而召之；今在山林，则不可得而召之。若欲相见，须以官临之。”王武阳说：“吾奉督学之命，来请你下山，有何不可？”林兆恩说：“大丈夫一言既出，驷马难追！”王武阳无可奈何，只好把林兆恩的意见，转告朱衢。朱衢听了回报，勃然大怒，就马上下文有司去拘拿林兆恩，非征召他去讲学不可。
林兆恩看督学朱衢催召甚急，又动用武力，难以推辞，就身穿平民的衣服，足着草履，前往参见督学朱衢，力请削去学籍，并对他说：“尧舜在上，下有巢由。”朱衢反问他：“你怎做得巢由？”林子又说：“周召做不得，以其权在人也。若巢由之责在已，要做何难？”
两人辩论了一个多钟头，朱衢不能强迫他服从，就以他无视学门，焚毁衣巾，违反圣制为由，要治罪他。为减轻罪责，必须保持诸生的样式，穿戴衣巾去讲学。林兆恩迫于无奈，只好暂且改变自己的态度，他婉转地说：“兆恩虽隐处六年，蒙宗师之爱，犹能名标学籍，亦诸生也。而纵情于山林，是以诸生之隐隐于山林也。今日承教，复以衣巾列于诸生，而不责以业举，是以山林之隐隐于学校也。”
朱衢听林兆恩这样说，心里也很高兴。这场“请削学籍”的风波，最后以林兆恩屈服于官府的巨大压力而告终。过了一段时间，林兆恩到榕城去，住宿在城西僧舍，与来访者谈论儒学。嘉靖三十二年秋，与黄大本、木子寿等数十名门徒同游，将他们的见闻、言论编辑成册，名曰《林子》。后来，朱衢阅读林子的著作，啧啧称为“卓识”，不得不折服。
当时，林兆恩与门徒准备江右之行，朱衢知道了，要以“邮符”引导他。林兆恩“以非山人所宜，坚决推辞掉。朱衢又约会林兆恩到武夷，林兆恩借故，居然不相见。
但是，为了使三一教不受夭折，能够继续发展，林兆恩只好委曲求全，与官府周旋。在关键的时候，他都亲自出马，找有关人士“协谈”，化解恩怨。正因为如此，才能逢凶化吉，化险为夷。当时，尽管三一教与李贽、何心隐等沉浮一样，被官方视为“叛经离道、惑世诬民”异端或邪教；但林兆恩比起李贽血溅囹圄和何心隐身首异处的下场要幸运得多。而且，他能享尽天年，寿终正寝。
倡教多方受毁谤
林兆恩与卓晚春相会后，情投意合，互相友好，每天纵酒行歌。世人都说“卓狂林颠”，连朝廷官员、乡绅和他的戚属宗党都毁谤、贬低林子的言行。
在封建社会里，一个书生出身的布衣，要成就一番空前未有的事业，难免要遭到来自各方面的毁谤和攻击。林兆恩所受到的家庭压力和社会压力，要比其他的人大得多啊！
嘉靖二十九年，林兆恩的哥哥林兆金，考中了进士，他的家族、亲戚朋友都登门去贺喜，大家都劝林兆恩说：“要走正道，复事举业！”家庭的现实，族人的议论，对林兆恩的思想压力是很大的；但他立志不改初衷，坚决不走读书出仕的道路，也不慕所谓的荣华富贵。
当时，邑博士王武阳，好受讲学，与林子“论心性”，不得不佩服。他劝林子要复事举业，林子心坚意决，表示“不为功名所惑也”。王武阳对他也有反感，认为是“不识抬举”。
或许有人说，林子原来不是科举的材料，三次省试落第而非归；因此，他对科举并不感兴趣，也失去了信心，才一心转向“心身性命之学”。其实不然。林兆恩18岁入县学，接受正统的儒学教育。嘉靖十九年（1540年），督学田汝成按察莆田，阅读林兆恩的文章，大加赞赏。“此乃科第之辈！”楚人何心尹曾说：“林生的文章，本朝如王阳明等皆不能及。”卓晚春也称赞曰：“龙江原是好秀才，今日相邀步玉台；一心放去随流水，不是道人做不来。”
那么，林兆恩为什么要弃名学道呢？这与当时的社会背景和他的祖父林富受廷杖下监狱有一定的关系。
林富任南京大理寺评事时，和王阳明一道，虽居官显要，但因触犯权贵刘瑾，两人都落了职。林富还被廷杖，结果都被捕入狱。其次是嘉靖时，黄一道任兴化知府，能施行善政，但才执政八个月，因他的座主林文俊（莆田人）的族弟杀死人命，黄一道不肯宽恕，被林文俊诬陷而离开兴化府。林兆恩目睹耳闻这些怪现状，便产生了绝意科举专研心身性命之学的思想。他曾经说过：“弃举子业而从儒学讲道，恐孔门授受之旨似不如是也；复弃儒者之学，而从二氏者流，又恐释迦、老子道似不如此也。忧愁愤闷，殆若穷人之无所归。”因此，他总结了南北朝以来学者“三教合一”的思想理论，创造出“道释归儒，儒归孔子”的三教合一新论。
林兆恩的创教和传教活动也不是一帆风顺的。在封建社会里，旧的势力，旧的文化，旧的影响根深蒂固。他的著作和传教活动经常受到误解和抵制。早期，在东山宗孔堂，他与诸生讲解五礼，著《四代礼祭图说》、《射礼冠礼仪节》、《宗礼堂》等。那时，“远近闻风求拜者，蒸蒸云集，于是莆士大夫谤讟朋兴，见教主所著书多忌之”。还有人当面对他说：“人咸以汝为好利也，我以为汝非好利也，特好名耳。”林子回答道：“三代以上，惟恐其好名；三代以下，惟恐其不好名。好名不犹愈于好利乎？且三代以上之士，亦惟恐其不好名也。”
据《林子本行实录》记载，当初，“教主倡教，诸戚属宗党，多有不率其化而讪毁之者，教主往往虚心善处而曲全之”。嘉靖三十八年，楚人何心尹到莆田，登门拜访林子。他赞赏林子的三教合一论，针对当前的风情民俗，给林子说舜的父母及其弟象的故事。当初，他的父母不理解舜的所作所为，曾要杀害舜，还恶骂毁谤，但也起了一定的激励作用。何心尹曰：“舜之父母及弟象，语其心则足以杀舜，然舜之有天下也，实惟其父母及弟之功。若父不顽，母不嚚，象不傲，则舜之玄德，四岳安得而举之？帝尧安得而闻之？”尽管其父母及弟毁谤恶骂，但“邑人聚人都人，皆不信其父母及象之言，而信舜之心者何哉？舜不幸遭人伦之变，其亦诗之所谓他山之石，孟子之所谓拂乱其所为者与。”他说的意思与林子的情况相孚契。林子把这些言论记录下来，编入《三教会编》。
嘉靖三十二年，林兆恩编辑其言论成册，名曰《林子》。进士出身的莆田人郑一鹏，官居吏部给事中（赠光禄少卿），因屡叩林子不得见，就撰写《莆阳舆议》，大肆嘲讽林子的言行。后来，他看到了林子的著作，没有异议，莆阳郡人的议论才平息下来。
万历十三年闰九月，福建按院杨四知因召见不到林子，就出榜文，行分守福宁道，正式禁止林兆恩传教。禁令指出，林兆恩是莆田县的“妖人”，他倡教立言，招集朋徒，聚众游说，“邪说横议，惑世诬民，大坏名教，法应严禁”。还说三一教是“孔子之所谓异端，孟子之所谓邪说”。下令将三教堂匾和《圣学统宗》等书版烧毁，勒令解散三教门徒。
万历十六年，兴化人柯守岳联合本地畲民发动农民起义，并利用“三一教”的名义进行组织和宣传活动。起义失败后，三一教徒很多受到牵连。
康熙五十五年（1716年）朝廷及下属也大规模禁止三一教活动。乾隆年间，编纂《四库全书》时，把《林子全集》列为存目，并通令毁版，严禁刊行。
虽然“三一教”在倡教和活动中屡遭挫折，但它在我国东南沿海一带仍然产生很大的影响，而且信教和传教的人不断增加，林兆恩的“三教合一”论逐渐成为一种社会思潮。
一卷全城传佳话
倭寇来自倭国－－日本。从元朝末年开始，日本的封建诸侯纠集一些武士、浪人和走私商人，在中国东南沿海进行武装掠夺和骚扰，为害时达200多年，历史上称为“倭寇之患”。明洪武二年（1369年）倭寇开始骚扰莆田沿海。
明朝中期，由于政治腐败，海防失制，武备废驰，再加上一些豪族、官家、奸商等与倭寇互相勾结，使倭寇更加猖獗。他们在福建沿海杀人越货、奸淫掳掠、无恶不作。从嘉靖二十二年（1543年）到四十二年（1563年），倭寇先生17次进犯莆田。其中几次还深入到莆仙内地。莆仙人民深受其害，民众称倭寇为“倭贼”。
洪武十三年，朝廷派江夏侯周德兴到福建观察形势，增加了许多卫所，民户三丁抽一，以充戍卒；筑城16座，增戍卒15000人。莆田县境沿海，北自迎仙（江口），南抵小屿（醴泉），建置了六个小寨，即迎仙、冲沁、嵌头、青山、吉了、小屿。中间杂以墩台，总共59所，使民丁看守，传递声息。若遇有倭寇来犯，白天举发狼烟，夜间燃起烽火。在闽浙环海200余里，互相为策应。这个联防抵抗计划，到了洪武二十年，还未能发挥多大作用。
因为莆田地处我国东南沿海，自然首当其冲。再加上宋明之世，兴化文风特盛，高官显爵和缙绅之家驰名全国，更为倭寇所垂涏和劫掠的目标。所以，遭受长期的磨难也更为深重。倭寇所到之处，除了洗劫财物、掳掠少壮、发拙家墓外，还用灭绝人性的残暴手段屠杀无辜的百姓。有的用沸水浇烫婴儿，“视其啼号，拍手笑乐”；有的把大肚子孕妇剖腹，“赌猜男女”；有的青年妇女被洞胸而死；有的乳房被割而死；有的被削去五指后刺死；有的被砍掉双臂，再割去耳朵、鼻子而死；有的被断舌、肢解、钉壁而死；有的……据不完全统计，仅1543年至1563年的倭患期间，死在倭寇屠刀下的数以万计，再加上疫病流行，致使“一坊数十家，而丧者五六；一家数十人，而丧者七八，甚至尽绝者。哭声连门，死尸塞路。孤城之外，千里为墟，田野长草叶，市镇生荆棘”。
林兆恩目睹家乡的惨状，变卖家产，协助官方抵御倭寇，赈民救灾。嘉靖三十四年（1555年）十二月，倭寇进逼福建莆田城，防守甚急。时值严冬，又多夜雨，守城的将士苦不堪言。林兆恩经常叫家人捐赠酒、粥、钱、米等慰劳守城的将士。嘉靖三十五年，莆田疫病流行，不少人被传染，病死了。许多贫穷者，没钱买棺材埋葬。林兆恩变卖田产数十亩，购买棺材，施舍给他们。
嘉靖三十七年四月初十，数千名倭寇攻围福清，其中有千余人乘胜南下，在三江口登陆，驻扎在新桥头。涵江、镇前、洋尾等村庄被焚掠一空。十四日，倭寇进逼莆田府城，情况十分危急。当时，城内已无兵可用。正好有一队千余人的官军－－广东兵（一说湖湘麻阳兵）经过莆田，驻扎在城里。在城池岌岌可危，数以万计的人民的生命财产面临着严重威胁的紧要关头，广东兵却视而不见，按兵不动。
为了全城人民的利益，林兆恩挺身而出，召集莆田乡绅商议，合资聘请广东兵追贼，并与广东兵订立契约：击退倭寇给予二千金的奖赏。这样，广东兵才缒下城外，渡河奋击，斩杀倭寇2人。倭寇害怕了，才向后撤退。
事后，广东兵索取奖赏，乡绅们因广东兵在击退倭寇后到处掠夺居民的财物而拒付赏金。林兆恩虽然先付给他们百金，但广东兵不满足，乱喊乱叫，鼓噪街巷。他们把林兆恩捉去，绑在演武场，鞕打棒击，强迫他到几个失约的乡绅家里去讨赏金；否则，就要杀死他。但林兆恩神色不变，从容地对广东兵说：“昔与汝等许盟千金，以图安此城也。今倭夷既退，汝等复肆遍掠乱之，是何道理？吾宁死不忍为也！”
乡绅们听见林兆恩宁死不屈，都非常感动。他们为了解救林兆恩，就向府衙先借官银一千九百两，广东兵才释放了林子。官军抗倭不但要用钱雇用，而且乘机捞一把。由此可见，当时的政治已腐败到何等地步。
林子释放回家后，全身肿痛，卧床不起，却咏歌如常。督学胡庭兰躬访林子，听到他的歌声，如出金石，铿锵动听，更加赞叹不已。胡庭兰感动地说：“此真道人也。非堪破生死关头者能如是耶？”
这件事影响很大，城里人把保住全城之功归于林子。他们共设彩帐，横额书着“一券全城”四个大金字，以表彰林子为民驱倭的义举。按院樊献科也赠送题为“尚义”的金匾，以表扬布衣林子主持公道、甘于为民承担风险的正义行为。
收尸瘗骸做功德
嘉靖三十九年，倭寇猖獗，城外避难者散处城中及寺观，不计其数。他们都睡在地上，以受饥挨饿，苦不堪言。林兆恩等集钱、米和柴草，赠送、施舍给他们。他的哥哥兆金，弟弟兆居也捐金帮助难民，共度兵灾。难民和贫病者都感谢林子一家的善举。
嘉靖四十年（1561年），自夏至冬，倭寇三次围攻兴化府城。这一年，参将侯煕率兵来莆，与都司白震共同守城。侯熙是漳州人，部卒一半以上是家乡的壮丁，其中不少人是为倭贼作间谍。白震是广西人，部卒是闽中的兵丁。候熙与白震的部下互相仇杀，放火烧南门。烟焰冲天，一连烧了两天两夜，侯熙和白震都束手无策。那时，城效的村镇大多数被倭寇践踏，破烂不堪。唯有荔浦一个村，当地群众自发组织“团练”，修筑堡垒，抗击倭寇。因此，倭寇十分恼怒，就集中兵力强攻，荔浦村危在旦夕。该村离兴化府城只有五里，当村民到城下告急时，参将侯熙站在北谯楼上，见死不救。倭寇就趁机进行大屠杀，血流成河，把斗门的水染红了。
这一年冬天，倭寇兵临城下，加上疫病流行，死者相枕。林子命其弟兆居、弟子黄仕钦70多人，值日雇工，在府城内外收尸。林子作《收尸歌》三首，以安亡灵。其歌曰：
与汝形骸一气分，数声木铎不堪闻。风幡挥泪缘何事？与汝形骸一气分！
与汝形骸一气分，数声镣钹不堪闻。风幡挥泪缘何事？与汝形骸一气分。
与汝形骸一气分，数声石磬不堪闻。风幡挥泪缘何事？与汝形骸一气分！
这一次，门徒们共收尸2000余具，分男女性别，礼葬于城西门外的太平山。
当年十二月，林子著《常明教》，刘璋作跋，并付梓发行，以安民心。学者都称林子为“常明先生”。
嘉靖四十一年正月，林子为使死者不暴尸，幸存者能安宁，也不病于疫，他聘请北京僧无闻、漳州僧静圜、平海僧净圆等在10余人，在莆田城内外收尸，集中火葬，并作《招魂歌》三章，祭奠亡灵。积薪火化尸体，有5000余具。他又命僧人云章等，八个月共收埋尸骸10000余具。郡守陈瑞龙，捐献钱和米，赞助林子聘请僧人和门徒收尸瘗骨，而且表彰他们。
那年三月，兴化府城中，疫疠流行，毒气冲天，污染十分严重，许多居民中毒而死。城里谣言四起，装神作鬼者，纷纷出笼。夜间他们听见林子唱歌上东山，就惊叫起来：“三教先生来了！”赶紧逃避而去。那些被疫气传染的病人，请求林子驱邪治病。林子对他们说：“人心既不正而阴矣，则失其人道之常。而自妖自诞，恍惚之际，若有魑魅魍魉之祟，见其形而舞其灵者，盖心中自邪，即是心中自鬼也。”他应百姓之请，用黄纸写了两行字：
道高龙虎伏，德重鬼神钦。
许多被疫气传染的人，看了林子的题词，很受鼓舞。他们有了自信心，没有服药，就都站出来，与“病魔妖怪”对抗。当时，府城内外，不少读书人和平民百姓，把林子的题词写成对联，帐号在大门框上，以避“恶魔鬼怪”。
同年五月，天气转热，在莆田南北洋还有许多尸骸，暴露在烈日下，臭气冲天，污染严重。林子命僧云章、道士何佐等10余人去收尸，积薪火化。分葬于附近山上的尸体有11000余具。
同年六月，倭寇再次侵犯莆田城郊，伺机攻入府城。他们驻扎在南门外的蔡宅、杭头诸村，并堵塞护城河上游的水道，致使数以千计的船民断绝生计。船民们怀着深仇大恨，自发组织起来与倭寇决战。当船民们一鼓作气，歼敌100多人，倭寇即将败退时，参将侯熙竟派兵掩护倭兵，阻止船民杀敌。那里，又有华亭猎户数百人起来抗倭。他们潜入杭头村，用毒箭射杀敌人。倭寇败退到白杜村，猎户们预先潜伏在附近，准备迎头痛击。可是，侯熙的部下，竟把这一行动计划密报给倭寇，使猎户们反中埋伏之计，死伤100多人。为数不多的幸存者，只好解散，退归山中。
从此之后，倭寇在莆田更加肆无忌惮，横行霸道。他们以林墩作为巢穴，妄图长期凭险据守，为非作歹，残杀生灵。
林墩抗倭传捷报
嘉靖四十一年（1562年）八月，倭寇4000多人，入侵莆田，驻扎在宁海、林墩（原名林埔）。这些劫掠成性、久战沙场的老贼，在林墩修筑防守工事，建立倭营，使林墩成为倭寇在闽省的三大巢穴之一。兴化府城东南距林墩只有10余里，倭寇兵临城下，再度危急。
正当莆田人民遭到倭寇的蹂躏之际，浙江参将戚继光在取得宁德横屿、福清牛田大捷之后，乘胜进兵莆田。农历九月十二日夜，宿营江口。十三日，戚继光派把总张谏、叶大正、金科、曹南金等领兵1600多名，配合中军张元勋，速往涵头（今涵江）。半夜出师，防堵宁海桥，待命（以鼓为号）进攻林墩的东北面。
元戎戚继光亲自率领把总吴唯忠、胡大受、陈大城等主力部队，从江口出发，偃旗息鼓，走囊山寺前的旧大路，十三日夜晚，开进兴化府城。当天晚上，分守翁时器等地方官绅为戚继光设宴洗尘。戚继光了解了兴化的形势和敌情后，毅然赴宴，开怀畅饮，暗地里已做好了歼敌的准备。
到了半夜三更，传令将士吃烧饼（即光饼）为早餐后，戚继光紧急集合队伍。为保军事机密，严防倭谍刺探情报，特工人员采用打手势、隐语、诗句等为接头暗号，迅速快捷传递情报和消息。将士“衔枚”（默不作声），乘着清凉的月光，悄悄从东市（今荔城东大路）出发，经阳城（今洋埕）、清浦到西洪。四更时，月还未落，命将士就地休息，待命。等到月落后，传令前进。拂晓时，到达林墩，就从倭营南面发起进攻。
盘踞在林墩的倭寇有4000多人，他们凭着三面沟渠交错，在外围增设栅栏，凭险据守。天快亮了，才发觉戚家军来了，就仓皇应战，死守前面一个小桥。双方展开血战，戚家军三进三退，作废惨重。前哨周能等战死90多人，不能迅速取胜于敌。
倭寇看着戚家军人马众多，攻势凶猛，就放弃小桥，入巢防守。这时，日前埋伏在镇前的部将张谏等，听到进兵攻击的战鼓紧擂，就领兵冲过宁海桥，从北面发起进攻。
倭寇腹背受夹攻，仍据桥恃险，负隅顽抗。有一队倭兵绕道涉水，袭击戚继光的阵后。那里，后队数百人阵脚动摇，以为是倭寇有埋伏，反受攻击。戚继光站在路口，亲自督阵，把退缩的哨长刘武等10余人，亲自斩首。于是，军威大振，将士个个奋勇敌，冲破贼巢。他们应用“鸳鸯阵”的战术，与倭寇展开短兵巷战。战鼓频催，杀声震天；尸横遍野，血流成河。
经过两个多小时的激战，一连攻克倭营60座，歼敌2000多人，倭贼落水淹死900多人，救出被掳的群众2100多人。残寇向黄石之南逃窜，躲进空瓦窑里。戚家军用火攻，一举扫歼。这就是震惊中外的林墩大捷。
捷报传来，莆田人民喜出望外，纷纷扶老携幼，箪食壶浆，出城迎接凯旋的戚家军。城中的士大夫，早已在熙宁桥（今阔口桥）迎接。忠门人在城里、涵头炊“宝糕”、“菜包”的，也争先恐后去慰劳戚家军。在兴化府城，旌旗彩带，挂满大街小巷。家家户户陈设香茶、美酒，招待劳苦功高的戚家军将士。
林墩大捷后，林子派门徒10余人，往林墩收尸。在当地群众的大力支持下，把戚家军战亡将士和倭贼被歼灭抛下的二千余具尸体埋葬。每埋一处，上面就堆成一个土墩，共有九十九墩之多。后人就把林墩这个地方，叫做“九十九墩”，俗称“林墩”。这就是林墩地名的由来。
为纪念戚继光挥师来莆平倭的功德，百姓倡议建立纪念戚继光的生祠。林子积极响应，捐田30亩，并发布告示，动员城乡慈善者踊跃募捐。后来，他又捐田20亩，供戚继光祠春秋致祭之费用。
附记：戚继光（1528－1588年）字元敬，号南塘，晚号孟诸，祖籍山东蓬莱，是明代杰出的军事家、抗倭名将、民族英雄。嘉靖三十四年（1553年），他奉命调浙江防倭，翌年升任参将。嘉靖三十八年，他亲赴浙江义乌，精选3000余名农民和矿工，训练成一支军纪严明、作战勇敢的劲旅，史称“戚家军”。此后，戚家军飙举电发，屡战顽寇，连战连捷，所向披靡，迅速扭转了整个战局，威震闽浙沿海，倭夷闻风丧胆，百姓夹道称颂。入闽后，戚继光升任总兵。
府城失陷惊海宇
嘉靖四十一年（1562年）八月中旬，有一天晚上，风清月朗，光如白昼。林子同黄州、刘献策、林直方等，在东山露天坐着。但见林子心事重重，感叹说：“此地风光甚好，曾奈不久何！”黄州等部他：“此是何故？”林子感慨地说：“城必破矣，民糜烂矣！世数如此，将如之何？”黄州等听了，无不感到震惊。林子望着天上的明月，谈论兵灾的胜负，他所说的都是令人不爽快的事。
倭寇屡犯兴化府城，林子曾著《防倭管见》，他主张：：“不宜清野，不宜闭城，不宜遏籴，不宜惜费。滨海以至城邑，乡人各自团练，首尾救应。则无地非城池，无人非官兵矣。不然，聚处孤城，适以自困耳。”但是，地方官及缙绅不采纳他的主张和建议，只指望朝廷派兵来救援。结果只落得兵败城破，百姓遭殃。
八月中秋之夜，林子和卓晚春到府城南门外的五帝庙去看戏。他们一到戏棚兜，就看见许多看戏的人，没有头胪。两人四目相对，沉默寡言，忧心忡忡。卓小仙感叹道：“天意如斯，岂能泄矣！”林子点头示意，无心观剧。两人即时离开戏场，分手而去。
果不出所料，半夜三更，倭贼从沿海爬上来，破门闯户，杀人放火，不少人掉了脑袋。有的全家老幼都被杀害。只有那些把碗砸在门口的人家，才幸免于难。因为倭寇惨无人道，怕漏杀和重复，劫杀了一家，就在门口砸碗做记号。传说，卓小仙和林了也暗地里挽救了许多百姓人家。
林墩大捷之后，戚继光于十月初一，从兴化府城班师回浙江。以毕高代参将侯堪免，守卫兴化府城。
十一月下旬，倭寇又纠集5000人，卷土重来，全力围攻兴化府城。那时，城中粮草将尽，加上疫病流行，但知府陈瑞龙亲自指挥守城，城中居民也大力协助。一些城关的民众还随同守城的将士出城作战，而壮烈牺牲了。
兴化府城告急，福建巡扶游震德调总兵刘显，从江西率兵来救援。刘显带领本部人马700多人，刚走到迎仙寨（莆田江口桥附近），逗留不敢前进。他怕兵寡敌众，畏寇如虎，就在那里安营驻扎。府城分守翁时器写信去催促，刘显为掩盖逗留之罪，才派包把总带“天兵”（衣甲缀“天兵”二字）200多名，往府城送书信。倭贼埋伏在路口要害处，追杀天兵。包把总自己逃命去，天兵人地人疏，分散逃跑。也有一部分被杀死，最后只有60人到达府城。
兴化府城再度告急，请求救援。十一月廿八日，刘显又派健卒8人，由小道送公文去府城。因为健卒身穿缀有“天兵”的号衣，刚走到半路，就被倭贼发现了，都遭到杀害。
第二天，倭贼化妆，冒充刘显的士兵，送假公文到城下。分守翁时器阅了公文，竟不辨真假，就让8名倭寇间谍缒城而上，并委派他们守住北门。
署知府奚世亮、通判李邦光觉得刘显派来的兵卒形迹可疑，请求把他们暂且禁闭，另作安排。但翁时器大发脾气，他说：“城池危急，何必多此一举！”接着，自己与参将毕高都到城中防守。
倭寇贼谍还谎称：刘总兵约定，乘夜袭击贼营，城中人皆衔枚，不必擂鼓打更。
贼谍散布谎言，守城的将士信以为真，他们都放松了戒备。
廿九日夜四更，倭寇里应外合。贼谍把守城的兵卒杀死，贼众一千多人自西门四铺（今四路岭），登梯上城。他们寻到城垛，从容入城。贼众举起火铳，城中兵士以为援兵到了。待回头一看，光头放火杀人，死者相藉。
府城失陷了，分守翁时器、通判李邦光、参将毕高等贪生怕死，仓皇缒城逃命。署知府奚世亮、训导卢尧佐等人力战不降，为国捐躯。
倭寇分守四城门，吏民不得逃脱。他们丧失人性，进行大屠杀。城中被杀害的进士19人，举人53人，庠士（秀才）356人。他们不但抢劫杀人，而且还放火烧毁楼舍。府县公厅儒学堂、四门城楼、古谯楼、各衙分署及许多官舍民房等，都被放火烧毁。许多少女、少妇被蹂躏，义不辱者被刺死、杀死。城中死于刀锋、火烧者将近二万人。林子在一片混乱中，从北门逃出去，幸免于难。
兴化府城陷落，全国震惊。这是明代唯一的被倭寇攻陷的府城。
由于守将贻误战机，抗敌不务，致使兴化府城失陷。巡按李邦珍上疏朝廷，嘉靖皇帝大怒，马上下诏：福建巡扶游震德罢官回原籍查看；分守翁时器、参将毕高、通判李邦光押往边远地区充军。朝廷为加强福建沿海的防御，再命戚继光为总兵，谭纶为巡扶，赴闽再平倭。
独创书法逐鬼怪
林子创立三一教，名声越来越大。黎民百姓，士农工商，对他都非常崇拜。林子的一言一行，引人注目，发人深思。他的书法，也不同凡响。大凡名言警句，文人传抄，百姓张贴。据说，能驱妖辟邪，消除灾祸。嘉靖四十一年（1562年）春，他为百姓书写的对子“道高龙虎伏，德重鬼神钦”，被兴化府百姓作为门联，贴在大门上，影响很大。
林子年青时，苦读诗文，勤练书法，为的是操举子业，有朝一日能金榜题名。弃名学道后，无意功名，专心创立三一教。他虽无心再练习书法，但功底还是深厚的。少年时代，他跟随祖父林富学书习文。16岁时撰写《博学家言》，言之有物，文词华丽，语句通畅，深得林富的赞赏。此后，林富悉心教导，苦心栽培。林子的文章更通达，书写更超脱，这也为后来独创书法打下坚实的基础。
创立三一教后，林子书写的大多是“正气名言”，以楷书和行草为主。64岁后，书体有所变化。他自己写了一副对联：
吾志在三教，此心满六虚。
这时候，他的书法与众不同，另有一种风格。写的草书好象蛇惊虎伏，凤舞龙飞，没有丝毫烟火气。后来，又变换他的书体为“飞白”。字迹大多是挥毫连书，一气呵成。这样，书写既快捷，又美观，给人一种刚柔飘逸的感觉。自隆庆庚午年（1570年）开始，他改用扁笔书写，体出独创，与古之飞帛不同。他往往把宣纸展开，静神凝思，胸有成竹，一笔书成，无可捉摸。这就是“所谓心手两忘处，满空飞白云者是也”。
民间传说，林子的书法，既是吉祥的象征，又是驱逐妖魔鬼怪的法宝。百姓遇到妖魔鬼怪作崇，不得安宁，或有天灾人祸，或有生命危险；只要把林子的“正气”书法贴在门前或室内，就可逢凶化吉，转危为安。因此，有人把林子的书法当作“神符”，张贴在大门上。
靖四十一年（1562年）八月，倭寇4000多人，骚扰莆田沿海。他们驻扎在宁海和林墩，犹如虎狼野兽，到处奸淫掳掠，无恶不作。还在林墩建立倭巢，伺机围攻兴化府城。
兵临城下，万分危急，谣言四起，人心惶惶。真倭假倭，肉眼难辨；是人是鬼，模糊不清。城中疫病流行，居民纷纷外逃；城外百姓，苟且偷生。
九月上旬，有一个跳神童子，趁机满城造谣惑众，从中渔利。他身穿奇装异服，手持金鼓，又唱又跳，大喊大叫，怪声怪气地演唱：
父老兄弟用功听，天灾人祸将来临；我是玉皇三太子，救苦救难救生灵。野鬼凶神大王爷，见我未拜心先惊。谁敢不尊违天意，休怪天公不留情。
跳神童子，从城南跳到城北；又从城东门唱到西门。全城群众不辨真假，以为大祸即将来临，纷纷焚香跪拜，题缘金，祈求神明保佑。跳神童子还扬言：“吾持祸福生死之柄，顺吾者昌，逆吾者亡！”
有人请教林子：“童子受命下凡，应如何奉祀？”林子早已知此事，他告戒民众说：“城其亡乎？将兴听人，将亡听神。今不弊，智者策之，勇者兵之，顾乃媚邪神以徼福觊利，不亦惑乎？”意思是说：府城会灭亡吗？将要兴起，就听人说的话；将要灭亡，就听神说的话。如今不能营私舞弊，造谣惑众。聪明的人用计谋来想办法，勇敢的人用兵器来保卫城池；但称神童子却用邪神来谋取暴利，不也是蒙骗人吗？
林子还把这段话，用大字写在门扇上。城中居民看到了，奔走相告，也写在自己的门扇上。因为有三教先生的正气在此，凡是歪风邪气，即时都会消除。跳神童子看到全城家家户户大门扇上都写林子的这段话，好象丧家之犬，赶紧夹着尾巴偷跑出城去。
九月十四日，林墩抗倭大捷，震惊中外。十月初一，戚继光班师回浙江。十一月二十九日，兴化府城失陷，林子从北门逃出去，住在镇前佘立裕家里。过了不久，他到广业里八凤冲避难。
倭寇入城后，看到大街小巷家家户户大门扇上都写着林子的题词，觉得他是一个不平凡的大人物。有些倭寇久闻林子的大名，又见其书，非常羡慕，都想去拜见他。有的还在林子的府第门前树立旌旗，不敢放火烧毁。当时，抢劫掳掠不计其数，而林子全家幸免于难；城中的建筑物被烧毁数以千计，而林子的府第安然无羌；这与林子的为人和名气有很大的关系。因倭寇在莆已有七八年了，许多人学会讲莆田话，对林子也有所了解；所以，对他尊敬有加，不敢冒失行事。
威公再度扫倭贼
倭寇盘踞兴化府城60天，犹如虎狼猛兽，到处杀人放火，奸淫掳掠，鸡犬不留。莆田许多官第民舍，被焚劫一空。倭贼杀人盈城，肆无忌惮。水关头有一个青年女子，被倭贼抓去，迫奸不从，大骂倭贼畜牲不如，舌头被割断后，再一节一切斩之。他们在城里，以奸淫屠杀为乐事，无恶不作，惨不忍睹。那时，不但在城中惨遭浩劫，而且连离城东20里的黄石，市巷巨室，也全部化为砂砾。远在海隅的平海卫，公房私屋也都被放火，仅存天妃宫和孔子庙。府城外的许多宫庙、寺观，也化为灰烬。那时，庭堆白骨，鬼哭荒村。
冬去春来，城中腥味难闻。倭寇获悉明朝援军将到，才于嘉靖四十二年（1563年）正月廿九日退出兴化府城。这天晚上，外出逃难的幸存者，有一部分逃回城里。农历二月初二，他们才陆续回来。大家悲喜交集，既为生者幸存而庆幸，又为死者不幸而悲伤。城中尸骸遍地，惨不忍睹。亲友之间互相探望，问长道短。因家家都没有过大年节，就决定在初四夜补过，初五早上吃寿面。以后为了纪念那段惨痛的历史，民间相约以除夕为小年夜，正月初四为“大年夜”，也称“做大岁”（仙游是初五“做大岁”）。并以正月初二为“探亡日”，亲友互不登门，以示对死难亲人的悼念。此风相传成俗，至今犹存（后因春节期间互不登门，很不方便，就变通为初一有到亲友家拜年，初二就不必忌讳了）。
再说，倭寇退出府城后，占据崎头村（今东峤赤岐）为巢穴。都司欧阳深率兵1000多人入城，巡视府库，扶慰难民。第二天，他就移营东萧（今东峤萧厝村），距倭穴不到15里。欧阳深视寇如仇，急于出兵挑战。部将周冕劝他，暂避倭寇锐气，据营寨等候时机，再战也未迟。可是，欧阳深杀敌心切，急速进兵，周冕只好令其子岳镇随阵冲锋。不幸遭倭贼伏兵之计，欧阳深中矛重伤，仍杀死二个倭贼，为国壮烈牺牲了。他率领的700多名新兵，都战死沙场。倭寇乘胜攻陷了平海卫城。不久，七股倭寇10000多人，集结平海卫为巢穴。
倭寇继续奸淫掳掠，为非作歹，民不聊生。福建巡扶谭纶紧急上书朝廷，请求再召戚继光回师救援。
农历四月，正是黄梅雨时节。倭寇估计明朝官军至少要十多天才能到来。因此，他们在平海一带，放心地大吃大喝，嬉戏狂欢。他们料想不到戚家军有夜间快速行军的习惯，而且能日行120里，出其不意地打击敌人。
四月初八，戚继光率部再度入闽。十三日，大队人马刚走到福清，倭寇听说“戚虎”将至，心惊胆寒，就贿赂守备许朝光，数千人从平海乘船，逃脱回国。留下三千精兵，移驻渚林许厝，踞险结巢；又与赤崎山下的倭寇联为犄角之势，妄图长期傎守。
四月十七日，戚继光的主力部队到达烽头。十八日经过黄石，十九日抵达东亭。二十日，在巡扶谭纶和副使汪道昆的周密部署下，与总兵俞大猷、刘显合兵会集三大营。戚继光的主力部队为中哨冲锋，悬示赏银二万两；刘显、俞大猷二部兵马为左右哨，互为犄角之势。定于二十一日，兵分三路，乘夜“衔枚”而进，逼迫倭巢。
黎明时，戚家军到达五侯山，形成合围之势。以胡守仁为先锋，戚继光督后。突然，发起进攻。倭寇骑兵百余人，拼力冲出，杀声震天。但见我军环山飞炬，拥队放枪，烟火冲天，马惊贼溃。我军与步倭短兵相接，猛打冲杀，勇往直前。
经过一个多小时的激战，群倭胆寒，拊心相告：“戚虎来了，快跑！”他们有的被杀死，有的被砍伤，有的喊爹叫娘逃窜，有的抱头躲进许厝巢穴，还有大队人马妄图突围逃跑。这时，戚、俞、刘三军及时追到巢穴，三面合围血战。倭寇被我军重重包围着，负隅顽抗，垂死挣扎，大部被歼灭，一小部分突围逃命。我军乘风放火，把许厝倭巢烧为灰烬。
这一仗，共擒斩倭贼2531人，缴获各种兵器3961件，印信15颗；救出被掳的壮丁、妇女3000多人。凡赤身裸体的妇女，发给他们衣服或布条，叫她们赶快回家去。
许厝大捷后，俞大猷、刘显合兵，又乘胜追到平海卫，破城而入，消灭了据城的倭寇，收复了平海卫，取得了抗倭斗争的又一胜利。
四月二十三日，派遣中军总哨胡守仁等，兵伏要路，追剿倭贼漏网之鱼，又擒斩逃敌171人。当事者以为劳苦功高，非常高兴，而戚继光独偢然有“松柏之下厥土不肥”之惑。
四月二十四日，戚、俞、刘三军凯旋，进入府城。扫腥秽，修庙宇，建土城，招扶流亡，安厝民社，莆阳人民才重见天日。儿童们高兴地拍手唱道：
戚我爷！戚我爷！日里盼，夜里咽。爷未来兮民咨嗟，万物俱哑；爷既来兮凶妖荡尽，草木生芽。欲报之德，昊天无涯！
这首歌把戚继光比比作长辈，恩同再造。但情深义重，广大无比，无法报答。这既表现了戚继光横扫倭氛、拯救民众的丰功伟绩，又抒发了江南赤子感恩戴德之情。现已收进山东蓬莱戚继光纪念馆中。
倭寇败退后，积尸成丘。林子变卖田产，取得资金，命弟子刘献策、僧法从等18人，在莆田城内外收尸，积薪火化。葬于南北河尾二山，约有4000具，余骨百余担。又命弟子朱禹、雍文命等9人，往崎头收尸，积薪火化。葬于城外之山者，有800余身。林子作《寇退收尸歌》，以安亡灵。其歌曰：
与形骸一气分，满城鬼哭不堪闻。藁舁风化缘何事？与汝形骸一气分！
仙游军民抗倭贼
当莆田人民受到倭寇骚扰的时候，仙游也不能幸免。仅1550年至1560年，先后就有三股倭寇侵犯仙游，其中两股还从仙游一直焚掠到永春、安溪等地。
嘉靖四十二年（1653）四月，倭寇在莆田被戚继光等率领的官军打败了，但贼心不死。那些漏网的倭寇，从平海逃脱，满载金银财富回国，引起了岛夷们的羡慕。农历十月，倭寇头目到平潭等地，又集合一万余人；再纠合从莆田县管辖的南哨、西港、圳上、后藩、吉了、石城等处逃遁的倭贼，总共有15000多人。十一月初七，他们乘68艘海船，自莆仙交界的东沙（今灵川东沙）登陆，其中4000多人，直逼仙游县城。他们建立东、南、西三个倭巢，把仙游县城重重围住。
倭寇人数众多，来势凶猛。他们除了用竹牌、木梯猛烈围攻外，还用“吕公车”（用大杉木制成，下装木轮，上架云梯，进退迅速）轮番攻城，局势十分紧张。
仙游知县陈大有（广东湳海县人），临危不惧。他一面派人向省城福州请求救援，一面率领全城军民日夜坚守。他大义凛然地表示：”吾誓与此城共存亡，敢缒垣出城者斩！“在他的激励下，能干刘群芳，一连杀死登城的倭贼好几个人。他自己身受重伤，仍坚持战斗，因被毒箭射中，最后壮烈牺牲。城内人心振奋，同仇敌忾，军民同心协力加固土城，增设木栅，多次击退攻城的倭寇。他们还趁倭寇不备之时，组织敢死队，出城偷袭倭营，使倭贼日夜提心吊胆，惶惶不可终日。
仙游城被围困50天，军民坚持战斗，但也危在旦夕。十一月中旬，巡抚福建都御史谭纶，命总兵戚继光督师救援。当时，浙江兵在福建，仅有6000多人，因防地辽阔，不能全力来救援仙游，只能先防后援。
为了预防倭寇从仙游窜犯泉漳，戚继光派鸟枪手一哨，带火器到惠安城协助防守。命哨官杨宇、叶应春带领200名精兵到仙游城协守。再派守备胡守仁、把总蒋伯清等，引兵驻守城外的铁山（仙游鸡子城），据险为垒。又选派500名勇士防堵，与贼相持，以分其势。戚继光亲自带领一支精兵，到石码驻扎。
倭寇发现戚家军兵力不足，就再用吕公车，大举进攻县城。十二月初六，拥冲车到城下，局势更加紧张。当夜，戚继光派哨官高太平、武生王如麟、龚腾霄带领数百精兵，从北门缒入城内，协助守城。
为了救援仙游，戚继光率兵赶到仙游城外，先用疑兵之计，不时鸣炮鼓噪，不时故意调兵诱敌。夜间用几米长的木板做灯架，上置灯笼10盏，命令士兵每人举灯一架，逼近县城。倭寇以为来了千军万马，先自胆寒，不敢逼城，慌忙向北转移。
十二月二十五日，戚家军分为五路进兵，悄悄地向仙游县城全速前进。这天夜里，大雨如注，道路难行，戚家军由新岭前进。雨后，大雾弥漫，咫尺不辨。次日凌晨，才将近抵达县城。
早上，倭寇制吕公车八座，都比城堞高一丈多，三面用木绵毡遮蔽，内作层梯，藏贼百余人，下用辗轮推到城堞下。车顶别架飞桥，可以度越女墙，城中人危在顷刻。
清晨七点，戚继光的前锋童子明，带领300多名战士，忧心忡忡抵达南门，倭寇发现“戚虎”来了，就匆忙应战。
紧接着，戚家军大队人马如天兵而降，从东、南两路风驰电掣而来，奋勇攻击，打得倭贼喊爹叫娘，抱头鼠窜。
戚继光率部亲自攻破倭贼北巢，倭贼败走西北门，逃往九龙潭诸山。此时，前锋童子明截断倭寇的退路。倭寇逃脱不得，犹如困兽，再三反扑。仙游城的军民，配合戚家军，共同围攻倭寇，一连与敌人打了18回合，杀得天昏地暗，倭贼尸横遍野。那些逃遁的倭贼，有的坠下崖谷而死，有的突围未遂在“九战尾”成了无头鬼。残寇500多人，逃入大蜚山麓的一个山谷中，也被戚家军全部歼灭。
这一仗，摧毁了倭营3座，歼敌1000多人，生擒通事一人，缴获器仗622件，吕公车俱毁，救出被掳3000多人，取得了抗倭斗争的重大胜利。
从此以后，倭寇再也不敢深入莆仙内地骚扰了。后人把仙游城西门外小山坡上的古战场，叫做“十八战”；大蜚山麓将军山下的一个山谷，叫做“五百洗”。
嘉靖四十三年（1564年）春，林子命许梦笔、吴梦龙、僧明珪等15人，往仙游收尸800余具；又为莆仙等地埋尸处荐拔幽魂，洒清衢道。他的目的是使“生者不病于疫，死者得安其灵”。平倭之后，为了纪念有功的将士及死难烈士，仙游人民建立了4座纪念祠堂。在仙游县城南街下郑建立一座“崇勋生祠”，纪念抗倭名将戚继光；在县城东效和枫亭北门街各建一座“报恩堂”，纪念戚继光、陈大有、陈贤及死难军民；在县城城隍庙之后，建立一座“恤劳祠”，以追念刘群芳等抗倭死难的勇士。
赈民救灾受表彰
嘉靖四十三年（1564年）春，朝廷命新郡守易道谭到兴化府任职。可是，易道谭获悉兴化积尸盈城野，才走到福清，就停车不敢上任。等到林子及门徒收尸洒道，才坐轿入城。
易道谭上任后，下令县学查勘林子行义的事实。教授刘仕锐受命后，进行调查，并记录成文，呈送府衙，向易道谭详细报告林子的所行义举。兹将报告原文抄录于下：
堪得原莆田邑儒学生林兆恩，性资英迈，德器渊宏，早录泮宫（旧时学校），而文誉屡腾于场屋。旋弃举业，而志趣高尚乎山林，讲学授徒，发明心性之旨，黜奢崇礼，挽回淳朴之风。孝友笃于家庭，仁义孚于中外。诵大祖喻民之数语，以匾于堂；刻圣训冬至之祝文，而教乎俗。恤民还券，志实继乎先人；举义建田，德丕沾乎族党；贷谷立社仓之规，而不取其息；发粟倡平粜之价，而不逐乎时；乡村穷民之避寇城内者，人施以钱以米，至于再而至于三；贫穷孤寡之不能自存者，日分以粥以蔬，及于老而于幼；惠施棺木，约有一千三百之丧；礼助葬埋，计有三百四十之柩。凡兹十余年之举，费有千余两之金。戊午岁，倭寇迫城，订广兵千金之券，而城池赖以得全。庚申岁，兵荒荐臻，周学校三十之金，而贫士借以举火；体分守翁公之建议，则募兵百余人；倡总戎戚公之生祠，则捐田三十亩，仍刻像以报功，分与民而共祀。念乡夫守城之苦，而酒食迭赐于中宵；激垛夫瞭望之勤，而铜钱亲颁于外向。爰历辛酉、壬戌之岁，民多兵疫死亡之灾，率门徒黄仕钦等三十余人，收埋全尸者三千余身，积薪火化者二万余数。穴别男女，而葬之以礼，奠设酒肉而慰之以文。迨客岁春，倭寇离莆之时，复入省鬻田，为城中掩骼之举。率门徒姚秉德等二十余人，凡南洋北洋处所，荒野地宿露之冤，暨崎头仙游地方，遗骸有安措之感。此其清贞出世，既有凤翔鸽举之际，而操行超群，又存民胞物与之量。前蒙按院樊公、郡守陆公，俱行奖励。郡守董公、二守文公、通判来公、推官孙公、大尹贺公，咸造其庐。是诚振古之人豪，非直一乡善士者也。
新任郡守易道谭，看到了刘教授的详细报告，很受感动，他说：“林子所为，皆非常人之义举。”他特地造门请教，并赐题为“清修”的金匾，以表彰他的义举。
三月，林子命僧明丰、道士何佐等，前往金陵募捐，要修复凤山寺。他还致书都宪念堂林润，倡缘助金，共同修复寺宇。
当年夏，林子著《心圣直指》，但不轻易拿给人看。刘经邦问他：“此书发明微旨，独详他集，而不以示人何与？”林子曰：“汝独不闻仲尼所罕言者，非命与人与，而门弟子的不可得闻者，非性与天道与。”此书到了万历戊寅年，才“更定付梓”。
那时，林子紫金丹温养未就，纯阳吕祖在泉南显化，他装作卖草药的人，把口诀传授给林子的门人杨质斋。说来也真奇怪，杨质斋回到莆田，把口诀转授给林子，林子听了豁然开朗，而杨质斋竟不解其义。再询问他，他却说：“我都忘记了，无法再复述。”林子点头微笑着。由此可知，“大道真秘密也”。
当年秋，林子要榕城传教，总兵戚继光不幸患病，就去拜谒林子，请求医治。林子授与他“艮背心法”－－采用气功疗法，很快就痊愈了。戚公赞叹曰：“吾炙先生不觉病之去体矣！”
此后，稍有空闲，戚公就到林子的住处拜访，往往都是谈了一整天才回去。林子也称赞戚南塘：“有古名将风度！”后来，两人也有书信往来。
万历十八年（1590年），岁旱民饥，林子命门人密访城中赤贫者，登记造册，复核其实，就分发救济款和粮食。一日分遍全城，共施济谷子数百石，白金（银子）百余两。而且按人丁户数分发，有条不紊。一向精打细算的大尹孙继有，看了十分佩服。他说：“林子施济赤贫庶民，筹划如神。”扶院开府赵参鲁，行分守道徐秉政，听到了这件事，都褒奖林子说：“山人林兆恩，学行并崇，恩施独厚。”于是赠送题为“壶山高士”的金匾，以彰扬他赈民救灾的义举。
据《莆田县志》记载，万历十八年和万历二十二年，县内先后两次饥荒，林兆恩又捐银二万余两，谷子数百石赈济灾民。
毁家纾难传千古
书香门第、官宦世家出身的林兆恩，一生愿为布衣。他能弃名学道，毁家纾难，赈民救灾，这在封建社会是难能可贵的。他不但得到百姓的推崇和爱戴，而且也深受地方官吏的敬重。
按院樊公，郡守陆公、董公等都给予表彰和奖励。督学耿定向把他作为山林隐士疏荐于朝，南京山东道御史林润也有荐拔之意；但朝廷都以无隐逸之科，不能批准了们的请求。然而，无论是当时还是后来，是赞同三教合一的，还是持不同见解者，对爱国者和慈善家林兆恩爱乡爱民的义举，无不交口称赞。
林兆恩除倡导三教合一论外，大量的时间和精力用于协助官言抗击倭寇，赈民救灾。据莆田县学教授刘仕锐查勘呈报的，归纳起来，林兆恩的义行有13项，这就是：（1）恤民还券；（2）建义田；（3）立社仓；（4）倡平祟之价；（5）施钱、米、草给避寇于城内之乡村穷民；（6）分粥蔬给贫穷孤寡之不能存者；（7）惠施棺材1300部；（8）礼助葬埋340柩；（9）与广东兵订千金之券以保城池；（10）募兵百余协助守城；（11）捐田30亩倡建戚继光生祠；（12）念乡夫守城之苦，赠酒食、铜钱；（13）率门徒数十人收尸瘗骸三千余身，积薪火化二万余数。
以上一切费用都是林兆恩自己家里捐献的，故巨万家产都变卖殆尽，但他无怨无悔，继续着著书立说和倡教。到了隆庆元年，林兆恩家里经济拮据，不得不接受门徒的赞助。
嘉靖后期，倭患最为严重。浙江、福建、广东等东南沿海深受其害。嘉靖三十六年至四十五年，倭寇侵犯福建境内达151次，受害的福宁州、福州府、泉州府、漳州府、兴化府、建宁府、邵武府、延平府、汀州府的36县。城池被攻陷10余座，子女和财物被掠夺数百万；官军和吏民抗倭战死及被杀被掳者，不下10万余人。林兆恩的家乡兴化，又是受倭害最严重的地区之一。仅1558年至1563年，倭寇侵犯莆田有九次，并攻破了兴化府城。这是明代唯一被倭寇攻陷的府城，受害也最为严重。据《林子三教正宗统论》第30册《续稿》载：“屠戮之众，而遗骸如积。虐焰之炽，而村落为墟。加上无用之兵，重为民生之苦，触目惊心，惨不忍言。”
在这兴化人民受苦受难的紧急关头，林兆恩挺身而出，变卖田产，毁家纾难，赈民救灾。据《林子本行实录》、《林子年谱》、《林子续稿》等记载，林兆恩组织门徒70多人，先后6次在莆田、仙游城乡收尸瘗骸，总共有23800多具，其中收埋全尸3000余具，火化20000余具，埋葬遗骨百余担。如果再加上由死难亲属收埋的，那数量是十分惊人的。据不完全统计，总数不下3万人。倭寇除了杀人、抢劫掠夺财物外，还放火焚烧官庾民舍，被烧毁的房屋不计其数。
倭寇在莆、仙一带肆无忌惮，横行霸道，焚杀掳掠，激起了军民的极大愤怒。嘉靖三十四年（1555年）农历三月，倭寇船偷袭莆田忠门沿海，参将黎鹏举率领军民在忠门半岛吉了澳，击沉倭船3艘，斩倭100余人，俘虏87人，还有许多倭贼溺海而死，取得了抗倭斗争的第一次大捷。嘉靖四十一年（1562年）九月，戚继光率师援莆，取得了林墩大捷。嘉靖四十二年四月，戚继光二度挥师援莆，在许厝歼灭倭寇，取得了抗倭斗争的又一重大胜利。嘉靖四十二年十一月，戚继光率师在仙游抗击倭寇，又取得了抗倭斗争的重大胜利。战后，林兆恩都命门徒收尸瘗骸，“荐拔幽魂，洒清衢道”。
莆仙军民委斗争的胜利，在中华民族反侵略斗争的历史上写下了光辉的一页。莆仙人民永远怀念为抗倭斗争的胜利作出重大贡献的戚继光、林兆恩等人。
三度扫倭氛的元戎戚继光，山东蓬莱人，有明一代的名将，平倭的功臣，中华民族的英雄。林兆恩捐田30亩，倡建戚继光生祠。莆仙人民为缅怀他的恩德，纪念他平倭的功绩，纷纷立祠纪念他。莆田百姓在黄石水南龙塘湖畔，建立了一座庙貌巍峨的“戚公祠”，国史黄东崖撰写了一副楹联，其联云：
元戎三度扫倭氛，不爱发肤殊死战；父老千秋严伏腊，犹思离乱得生还。
此外，在江口镇建立了“惠德祠”，涵江建立了“功德祠”，林墩建立了纪念堂。其他受倭害沉重的地方，也先后立祠纪念。林兆恩还捐田20亩，作为戚公祠春秋致祭的费用。
如今，戚公祠和三教祠已成为千秋万代莆仙人民敬仰的爱国主义教育基地。
鼋龟凤凰被放生
嘉靖四十五年（1566年）冬，林子把东岩山的“天心楼”改为“海日楼”，并自题一副楹联，其联云：
扶桑初日分天地，沧海无波属圣贤。
莆人礼部尚书陈经邦，看了林子的题句，触景生情，即席为海日楼题写一联，其联曰：
碧天连海海连天，眼空尘外；赤日是心心是日，身在云间。
两人一虽一和，主题是围绕三教归儒之说，三纲复古之旨，并突出一个“心”字，与“海”和“日”紧密相连在一起。
隆庆元年（1567年），林子已经51岁了。正月中旬的一天，他觉得清闲无事，回顾自己走过的人生旅途，喜悲交集，感慨万千。于是，提起五寸管毫，自题一联云：
今已五十一年，每欲作人，回首竟成春梦；尚余万八千日，幸毋老我，此心更烈秋风。
二月，林子往榕城，住在洪塘金山寺，借僧地方丈，在岐山洪江之心，建筑一座小楼，名曰“借借室”，并题一联云：
江山寄迹元非我，天地为庐亦借人。
后来，他自己又说：“切莫认真，除此一心，虽形骸亦假，云何是借？岂唯万物，即天地为虚。”又口占七绝一首，诗云：
茫茫天地一闲身，寄迹榕城今几春？日暮潮平沙欲合，隔江还有未归人。
当时，编著《三山拾言》、《说夏篇》、《玄镜铭》、《心身性命图说》。《何思何虑解》和《存省规条》等文章。
八月，林子回莆后，仍著书立说。有一天，沿海两个渔民，捕到一只大鼋鱼（即海鳖），有一百多斤，运到城里云卖。门人林峦在集市上看到了，就回去告诉林子：“林先生，有两个渔夫捕到一只大鼋，进城来卖，如何是好？”林子不加思索地说：“你赶紧把大鼋赎回来，再放回大海去！”林峦“遵命”，就叫王兴一起去操办。
那时，林峦和王兴还没有赎回来，忽然从金洲塔那里刮来一阵腥风，大家都感到很奇怪，而林子说：“此风夹带腥味，日后诸位知其由来。”
林峦和王兴把大鼋赎回来了，林子就叫他们给大鼋“挂红”和“挂脰”，准备再放回大海去。
第二天，林子带领几个门徒，特地把大鼋放回大海去。可是，这只大鼋与别的鼋鱼不一样。林峦和王兴把它放进海水里，它却回过头来，不肯入海去。它还伸着头，两眼对着林子，好象有什么话要对他说似的。林子即时领会，向大鼋点头示意，就秉笔在它的背甲上写了一首诗，其诗云：
位居北海不知情，行雨摧舟害众生。谪贬为鼋还夙债，伏祈赦免送归程。
林子写完之后，大笔一挥，命大鼋回归大海去。大鼋点了三下头，就悠然自得地向波涛滚滚的大海游去。
当天夜里，一更时分。突然，在一阵海风吹来，浪涛涌进海日楼内室。紧接着，一个衣冠整齐、身材高大的神人出现在眼前，左右有两个卫将举旗跟随着他。他们绕林子三周，叩首于阶上。林子受之不疑。
那个神人和两个将走了，王兴和林峦感到很惊讶，就问林子：“林先生，这是怎么一回事？”
林子坦率地告诉他们：“此乃北海龙王，因行雨损舟，害命甚多；玉帝贬之为鼋，以还夙债。昨日徘徊不去者，恐去而此业未消，又不免入人之手，故求余数言以释之。今玉帝赦其罪，特来道谢。”
隆庆二年戊辰（1568年），沿海有一个渔民捕到了一只大海龟，约有180斤，运到城里去卖。门徒发现了，告诉林子。林子就命王光、林峦赎回来。
按莆田沿海的风俗习惯，在海里拣到或捕到鲎公、小海龟，就在其背甲上刻字（做记号）后，再放回大海。以后别人再捕到了，看背甲上有刻字，也同样这样做。据说，这也是做功德，好让它们传子传孙，繁衍后代。林子为预防这只大海龟以后被人再捕去杀掉，就用小刀在它的背甲上刻一首诗，其诗云：
神龟修炼已千年，无奈迷津爬上滩。今日赎回归大海，无须谢客把家还。
下面落款是“林三教子谷子，戊辰岁某月某日”。
那一年四月，有几只凤凰聚集在水南塔麓墟地上。有人说是“野鸟”，有人说是“鹍鹏”（大鹏鸟）。众说纷纭，其一。陈经邦著《鹍凤辨》，以此来比喻它。此时，山里有人捕到一只凤凰鸟，林子命门人赎回去放生。
过几几年，又有几只凤凰聚集在东岩山新都。有人要用弓箭射杀，有人要用鸟网捕捉。林子规劝道：“此乃吉祥之鸟，不可捕杀，亦不能妄为，宜让其自由来往！”
后来，门人洪文谊画《四凤图》，奉献给林子祝寿，也都是取义于儒道释夏午尼之意。
归儒宗孔正道业
隆庆五年（1571年）十二月，林子在东岩山建立儒、道、释三座亭和东西四小轩。起初，请地师林直方选择座向。第一次定向，林子不同意；第二次更改方向，林子不赞成；第三次再修正，林子才许可。
亭旁有一株大樟树，不知是数百年前栽培的。但见它树枝横斜，势如卧龙，形态怪异。林子坐在树头上，忽然，树身萌芽三枝，挺拔直上，堪称奇观。大家都觉得很奇怪，有人说：“这是物象征候－－可称三教合一树！”
隆庆六年正月，林子命门人把三亭四轩改为三纲五常堂，中间为合一堂。所谓“合一”是要合道、释者流而正之以三纲五常和士农工商之业，并与儒者为一。
为什么中间称为合一堂，不说是二氏（道释）宗孔，而说是三教宗孔呢？林子认为：“以今之儒，非孔子之儒也，故亦儒之而孔子之也。”他把东西二堂分作三纲堂，又把东西边二堂分作五常堂。三纲五常堂落成后，他写了戒律，张贴公布，以告门徒和民众。戒律一共有四条，兹抄录于下：
一、士者能持受孔门心法，能时习举子业，而两不相妨碍者，是吾弟子也，入；若不能持受孔门心法，即与俗儒无别，非吾弟子也，勿入。或能持受孔门心法矣，而以举子业为相妨碍，轻弃去之，谓之士也可乎？亦非吾弟子也，勿入；其入者坐于东舍，毋越他舍混坐。
二、农者工者商者，能持受孔门心法，各守常分，各安常业者，是吾弟子也，入；若不能持受孔门心法，即与俗农俗工俗商无别，非吾弟子也，勿入。或能持受孔门心法矣，而不守常分，不安常业，谓之农谓之工谓之商也可乎？亦非吾弟子也，勿入；其入者，坐于西舍，毋越他舍混坐。
三、布衣之士，能持受孔门心法，兼理家政，而仰足事俯足畜者，是吾弟子也，入；若不能持受孔门心法，即与俗流无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法矣，而仰不事，俯不畜，谓之布衣之士亦可乎？亦非吾弟子也，勿入；其入者，坐于东之东舍，毋越他舍混坐。
四、道释之徒，能持受孔门心法，又且诵习经典，而奉其戒律者，是吾弟子也，入；若不能持受孔门心法，即与俗僧俗道无别，非吾弟子也，勿入。或能持受孔门心法矣，而不习经典，不奉戒律，谓之道释之徒也可乎？亦非吾弟子也，勿入；其入者，坐于西之西舍，毋越他舍混坐。
卢文辉指出：“教主以事心之教人，亦且谆谆然，令不失业。盖惊恐其借口学道，而流为规避习懒之徒耳。”
林子为了使门徒和民众进一步了解三教宗孔的大旨，就写作《道业正一篇》。在开头，他加以总述和说明：
余所谓“三教合一”者，欲以辟道释者流而儒之，以广儒门之教而大之也。然“三教合一”之旨有二：谓三教之本始，不待合而一者，非余所谓“三教合一”之大旨也。余所谓“三教合一”之大旨者，盖欲合道释者流而正之以三纲，以明其常道而一之也；合道释者流而正之以四民，以定其常业而一之也。如此，则天下之人无有异道也，无有异民也。而天下之人亦无曰我儒也，亦无曰我道也，亦无曰我释也。此其唐虞三代之盛，而无有乎儒道释之异名者，故谓之一。一之而归于正也，作《正一篇》。
林子以天地父母之心和纲常人伦的角度批评道释者流脱离五伦，不娶妻生子，不士农工商，企图成仙作佛。这是违背天道自然发展的规律，造成了深重的罪孽，“故道、释不婚，则阴阳不和；阴阳不和，则天地不位；天地不位，则万物不育”。他指出：“能尽士农工商之常业而周旋于人伦日用之间者，能得道也。不能尽士农工商之常业而周旋于人伦日用之间者，且不可以为人，而况能得道乎？”他告戒人们：“常道也者，万世常行之道不可得而变也；常业也者，万世常守之业不可得而变也。彼若不信余谆谆以信万世常行之道常守之业，则常行之道常守之业固达之天下万世而无敝者也，而彼自不信尔。”他还希望道释者流也可以“反而思之矣”。
林子认为，儒、道、释三教不仅同源，而且同义，都是心性的学说，三教应当合一。这是什么缘故呢？因为“孔子之儒之所以可宗，是因为心身性命之学，三纲五常之德，士农工商之业，皆备于孔子教”，所以，道、释应当归儒宗孔。他所创立的“三教合一”论，始终都贯穿着“以儒为立本，以道为入门，以释为极则”的思想体系。
再传弟子陈衷瑜，在《道业正一篇》跋中曰：“吾师以天地父母之心，倡三教合一之旨。欲尽天下万世之人而常道之，而常业之，使夫国无异人，人无异道，以极中和位育之功，以复唐虞三代之盛。若是篇也，实谆谆之而不置也。奈何今之道释者流犹然不三纲也，犹然不四民也，自外于圣化，而且不知其非，啧啧然簧鼓天下！”
鉴于当时道释者流不复常道，不守常业，生居在华夏之中，反越圣化之外，尚未改邪归正，宗孔合一；陈衷瑜期望“将此辈正而一之以三纲，正而一之以四民，则天下之人无异道也，天下之人无异民也，庶几哉复唐虞三代之盛，书吾人位育之功，而慰吾师惓惓度世之志矣”。这些都针对当时社会存在的弊端提出来的，有一定的借鉴和倡导作用，但要现实其宗旨却是不可能的。
心法折服刘思问
万历七年（159年），林子往榕城传教，先寓洪塘，后居南台。开府刘思问得悉林子在榕城，就派遣使者拿侍生贴，到南台去请林子。门下林君教一见是“侍生”请帖，就马上掷回，并对使者说：“吾师非门生不受！”
使者回到开府，把门人拒收请帖的情况，如实向刘思问汇报。刘思问听了，勃然大怒，他说：“林三教如此无礼，非门生贴不见，岂有此理！”就下令府衙派差役去拘拿林子及门徒。
那时，风声甚急，传者都说，被开府抓去九死一生，“按法必斩”、但林子脸不改色，心不跳，他对门人说：“开府持权，我有心法，分庭抗礼，义不往见！”
当时，跟随林子身边的门徒有10余人。有的立场比较坚定，誓与林子同命运，共患难；有的意志比较薄弱，思想发生了动摇，害怕被刘府抓去，有生命危险；有的借口有紧急之事，赶快离开林子；有的推托有病，把刻书经费百余两银子，连夜潜带回莆田。唯有闽清门徒王兴，从家里星夜赶到榕城，愿为林子辩护，替他“去死”（受罚）。
林子为自己有这样坚强的门徒，感到欣慰。他鼓励王兴说：“君为吾出生入死，定能取胜而归！”就命门下能人为王兴赶制三纲巾和三纲五常衣。
次日凌晨，王兴头扎三纲巾，身穿三纲五常衣，脚穿三纲履，打扮得象林子的模样，就雄赳赳、气昂昂的前往军门去找刘思问，要与他辩个水落石出，泾渭分明。
王兴从中门进入开府，见到刘思问，长揖不下拜。刘思问见他仰着头，挺着胸，无所畏惧的样子，就问他：“你是林三教吗？”
王兴摇头摆手说：“我不是林三教。本人姓五名兴。林三教者，我家师父也！”
刘思问看他不是林三教，就问他：“你家师父说要什么人称门生？”
王兴回答说：“要去请师父接见的人，一定要称门生。我师父平日都这样遵守。而掷回尊贴，非师父本意，乃门下林君教所为。其人素有颠气，见师则神定；不见师，则宿疾复发。兹无乃疾作时所为，安与计较？”
刘思问再追问：“你家师父对求教者，要求发誓何言呢？”
王兴看刘思问没有怨气，态度平和，就开门见山地说：“道之本原出于天，岂有传道而不告天之理？具备疏天之辞，不过是要人发心为善，坚持接受孔门心法，以为圣为贤罢了，岂有他哉？”
刘思问点了点头，王兴取出《告天疏》呈上。刘思问接过文稿，即时阅读：
具疏臣林兆恩谨疏。为依靠天地神灵，以自恐惕，以求无忝所生。窍念臣兆恩弃去举子业，以从事于道，以倡明三教，以归儒宗孔者旧矣。誓愿自今伊始，如有一念不协－－
天心而存于心也，即是愧天，即是作人，即是心死！夫人之所以异于禽兽者，以其有此心也，心既无矣，而可谓之人乎？惟天其鉴之，以崇降不祥之殛死！臣兆恩无愧也。誓愿自今伊始如有一事不动－－
天心而见于行也，即是愧天，即是作人，即是心死！夫人之所以异于禽兽者，以其有此心也。心既死矣，而可谓之人乎？惟天其鉴之，以崇降不祥以殛死！臣兆恩无愧也。
孔子曰：“罔之生也幸而免。”兆恩则曰：“罔之生也不幸而免。”夫心既死矣，而愧天也，而作人也，不谓之罔之生邪？纵天心仁爱而怜我也，而不崇降我以不祥，而不殛死我也。则彼有识者虽不言，殆将于我乎禽兽之矣。是非不乐乎生也，而彼有识者，将于我乎禽兽之矣，岂非生之不如死哉？臣故曰：“不幸而免。”为此具疏，日日焚－－
告，臣兆恩不胜悚粟战惧之至！谨疏。
刘思问拜读了一遍《告天疏》，心里的疑虑就消除了。他对王兴说：“吾患足疮，且口时烦渴，想要领教心法如何？”
王兴满有把握地说：“此甚易，请以香烛拜天传受之！”
刘思问令仆人备了香案，自己拈香拜天帝。王兴传受了一会儿，刘思问口里就生津液，足痛也稍有减轻。他长叹一声，对王兴说：“病不用药而药在吾身，不待医而医在吾意，尊师心法，灵验如此，吾可不拜下风哉？”
刘思问接受林子的心法，治疮却病，收到了良好的效果，令其叹服，甘拜下风。于是，请王兴进入餐厅，办宴招待他，并称为“王先生”。还约定日期，在平远台会见林子。刘思问同他和两个儿子，“执贽以求教”。
十一月，要子著《心圣教言》、编刻《心经诸咒》。十二月，著《九序摘言》，其一曰“艮背”，以念止念以求心；其二曰“周天”，效乾法坤以立极；其三曰“通关”，支窍光达以炼形；其四曰“安土敦仁”，以结阴丹；其五曰“採取天地”，以收药物；其六曰“凝神气穴”以媾阳丹；其七曰“脱离生死”，以身于地；其八曰“超出天地”，以身太虚；其九曰“虚空粉碎”，以证极则。
九序心法是林子独创的修身养性的方法，是他经过近30年的探索和实践才创立的。它是围绕着“心”这一本体展开，故名“九序心法”，或“九序”。也有人称为“孔门心法”、“艮背心法”。九序心法是林子创教思想和三一教的重要组成部分。刘思问能折服也是可想而知的。
张三峰拜见林子
万历八年（1580年）秋，林子住在囊山寺，与僧众研读经书，谈古论今。有一天清晨，他上山去采气，忽然有一物从顶门直下神室，圆转如丸，没有痛苦的感觉。他自己也很奇怪，但不知这是什么东西。
过了十多天，他去游涵江上生寺，道士张三峰真人，化名桃文羽，特地从远道而来拜会林子。林子一见如故，就把在囊山寺的“奇遇”，告诉张三峰。张三峰点了点头，就果断地对林子说：“此名黑铁丹，古今稀有之物，全靠功行。功行未及，孰臻其极？”就与林子谈及“火候微旨”。而火候之说是“圣人之所深秘”的理论，安能外泄？
张三峰还给林子讲“历劫前因”，又有八百地仙名录，尚有考察，进退靡定。那些未拜会教的和未出生的人，其中也有名字。旧有谶语曰：
八百相逢岂偶然，一千二百四十年。两头尖处皆应度，始信江南隐大仙。
张三峰，名君宝，字全一，号三峰。因为他不拘小节，不修边幅，又号“张邋遢”，或“张落拓”。据说，他是辽东懿州人（也有人说是天目人、宝鸡人），是元末明初一位传奇式的全真道士。他的言论，都是以“忠孝仁义”劝世。史书上描写说，身材高大魁伟，龟形鹤背，大耳圆目，须髯如戟。无论是寒冬腊月，还是炎夏酷暑，他只穿一件道士的百衲衣和一件破旧的蓑衣。他食量不小，一顿会吃几升或一斗；或数日不食，也不喊饥叫饿。他记性相当好－－“经书过目不忘”，而后会一字不漏地背出来。他云游的地方没有固定，今日在东山，明日在西岭。有时能一日千里－－神出鬼没。他很滑稽，有风趣，时常在大庭广众面前，嬉戏说笑，旁若无人。
据《明史》记载，由于张三峰“踪迹秘幻，莫可测识，而震动天子”。洪武二十四年（1391年），明太祖派遣三山高道，访于四方，找了几年，不见张三峰的影子。永乐年间，明成祖遣使致书“真仙张三峰足下”；复命礼部都给事中胡潆、道录任一愚、岷川卫指挥杨永吉寻访名山，结果是“遍历荒徼，积数年不遇”。特敕正一品孙碧云，花费百万巨资，在武当山建造宫观，“设官铸印以守”，恭候数载，仍不见踪迹。正统元年（1436年），明英宗诏封张三峰为“韬光尚志真仙”。嘉靖四十二年（1563年），明世宗诏封张三峰为“清微元妙真君”。由此可见，张三峰在明代享有很高的声誉，君、臣、人等对他都十分崇拜。林子对张三峰也是推崇备至。
张三峰会晤林子时，还口授《玄歌》、《玄谭》。请看张真人口授的一章《玄歌》：
道情非是等闲情，既得玄微不可轻。先把事情齐放上，听我玄歌次第吟。
未炼还丹先炼性，未修大药先修心。心静自然丹信在，性清然后药苗生。
药苗生，雷声隐隐震虚空。电光烁处寻真种，风信来时觅本宗。
岂曰风雷并电烁，许多境象须跟踪。若还到此休惊怕，稳把玄神守洞门。
心身寂然俱不动，如猫捕鼠又如鹰。许多境象虽非外，一点红光是至真。
这些一点春意足，其间若有明窗尘。一点元是先天药，远似葡萄近似金。
到此全然宣谨慎，丝毫念起丧天真。待他一点自归伏，身中造化四时春。
一片白云香一阵，一番雨过一番新。终日绵绵如醉汉，悠悠只守洞中春。
身中阴气都剥尽，变成纯阳不坏金。几回气绝如小死，打成一片号全真。
至是洪名班列籍，却宜人世积阴功。或成一日天书至，纯阳出现了真灵。
斯言莫与非人说，漏泄天机霹雳轰。嘱咐仙童并道侣，不逢达者莫轻论。
其中句句通玄理，此真之外更无真。收拾锦囊牢固闭，他日行功可印心。
可印心，五十二句要君寻。三峰若有虚花语，万劫轮回地狱中。
后来，林子把《玄歌》、《玄谭》附印中自己的全集第35卷中，并作了说明：“近得览三峰先生《玄歌》一章，复命梓氏标于《玄谭》之上。然《玄歌》乃以修身炼性为先，而所谓真种本宗、阴剥阳纯、住世累功者，是皆玄门之渐教也。若《玄谭》则以外景无无为至，而所谓窍中窍、长胎住息、紫金黑铁者，不谓玄门之极致乎？学者诚能此而观之，则天下之道无余蕴矣。”林子还郑重其事地把《玄歌》、《玄谭》推荐给自己的门徒。
据说，张三峰真人去拜会林子，一般都是在更深夜静之时，其他的人都很难见到他。跟随林子的晚童，曾经问林子：“三峰真人何时来呢？”林子回答说：“今日晚上。”晚童很想见到张三峰，晚上就在那里等候。可是，等到张三峰来时，他却呼呼地睡着，不能醒。张三峰会见了林子，走出了门，晚童才醒过来。
陪随张三峰来访的，有翠湖仙童，“貌可十数岁，隐现莫测”。只有翁梦龙与之有夙缘，可觉之，并与之同游。于是，人们称梦龙为“翁仙”、可是，后来翁梦龙溺爱于世缘，也不能成仙，令人嗟叹不已。
林子拒见杨四知
万历十三年（1585年）三月，按院杨四知初次到福建，他与尚书陈瑞年是好朋友，就向陈尚书了解林子的情况：“久闻林三教道德，如雷贯耳，何由得见之？”
陈瑞年为巴结讨好杨四知，就马上答应要去调林子来奉陪杨大人。他对杨四知说：“要见到林三教是容易的事。我素与他相知，只怕他突然?到严命，或许不肯来。何不如我先邀请他到草亭，等他来了再接见，也很方便。”杨四知点头说：“好，此事听从你安排就是。”
陈瑞年亲自修书一封，拿了见面礼，特派小吏前往莆田林府。小吏见到了林子，就自我介绍说：“按院杨爷，特遣小吏，扳迎尊驾！”
林子接过信件，取出书信一看，却是尚书陈瑞年的亲笔信函。其书曰：“偶构小亭于水磨之间，气象不凡，花鸟清幽，敢扳道驾偕乐。”但字里行间都没有提及与按院杨四知会见的事。
林子直言不讳地说：“致词则称按院，其书只出陈公，是何缘故？”
小吏只搭讪：“小吏奉命差遣，内中何故未知。”
林子沉吟了一下，就马上回函“恳辞”－－决定不去会见。
当年四月，开府赵可怀，被提拔为苏门道，途经武夷，委托林玉峰，卑词厚礼，恳请林子到武夷。他以为，现在如果不能见到林三教，是空来邹鲁之邦，将终生遗憾。
林子看到赵可怀的手书，觉得是诚心诚意。要邀请他，同时又有门要林玉峰作介绍，就马上答应去会见赵可怀。
赵可怀一见到林子，觉得他是一个不平凡的人物，就虚心向他请教三教合一的许多问题。林子循循教导，使赵可怀折服，两人相见，真有见之恨晚之悔。
后来，赵可怀高兴地对林玉峰说：“林三教不惟道德卓越古人，即丰仪也古今罕见。能如约相会，何幸如之。”
再说，赵可怀见到林子后，精神百倍，心情爽快，便致书杨四知。书中云：“林三教道德卓越，相貌亦奇，不可不见。吾见之后，心旷神怡，终无遗憾。”
杨四知看了赵可怀的来函，若有所思。他心里老是有“疙瘩”，就把来函的内容告诉陈瑞年，还对他说：“开府会晤林三教，按院有何不可？”
陈瑞年领会杨四知的心意，自己也感到难为情，但他对杨四知说：“老拙实在无能。区区介绍，终不若林玉峰为人有力量，能随召随到，以开眼界。”这话说的意思是要激起杨四知的愤怒，看他有什么办法能调治林子。
果然不出所料。杨四知听了陈瑞年这样旁敲侧击，话中有话，更加忿怒起来。那时，还有一些忌妒林子的人，也乘机挑拔离间，说什么“林三教择人而见，见好人不见歹人”；“大官小官，他都不看在眼里，更何况是按院”；“当官者有权有势，还不如平民百姓有能耐”……
杨四知偶尔听到这些议论，更加愤恨林子，就想要向朝廷揭发林子的“罪状”。他马上下令太史陈文可，前往莆田调查林三教的罪过并要求他详细笔录，非置林兆恩于死地不可。
陈文可受命后，与几个随行人员，来到兴化府城，寻到府县有关人员，只说是奉命差遣，不说是按院要收集林三教的材料。因此，无论是官员，还是平民百姓，对林三教的言行和义举无不交口称赞。他们有的说：“林三教是莆田的秀才和乡贤，他弃名学道，创立三一教，教人从事四业，信徒日益增加。”有的人说：“嘉靖时，倭寇猖獗，林子一券保全城。他毁家纾难，赈民救灾，把巨万家产都花费干净。”有的人说：“倭患时，林子带领门徒在莆田、仙游一带收埋尸体，不知有几千几万具。”有的人说：“林子到省内外去传教，还写了很多书，如《圣学统宗》、《非非三教》、《心圣集》、《三教会编》等。你们可去查看，便知说的是什么，做的是什么。”有的人说：“林三教博学多才，能为人治病，求医者不远千里而来。”还有的人说：“不信，你们到东山去看，还有三教祠堂，也有人在传教……”
官与民的反映，使陈文可十分为难。本来要调查林三教的罪过，但说的都是他做的功德，这回去要如何交差呢？
回到福州后，陈文可把收集的材料整理成文件，及时呈报杨四知。不过，他把许多正面的材料，故意写成反而的“罪状”。
杨四知看了陈文可汇报材料，沉吟了一会儿，就下令道：“你可将这些罪恶写成榜文，我要分发出去。事实要显著，措词要严谨。切勿传其功，颂其德！”
陈文可受命起草榜文，不过，他也觉得五寸管毫虽小，重有千斤。若不尊重事实，是违心杜撰；若不杜撰，又交不了差。真是左右为雄，进退皆忧。欲知后事如何，请看《出榜禁教反自悔》。
出榜禁教反自悔
万历十三年（1585年），福建按院杨四知被尚书陈瑞年激愤，对林子有成见。他又听别人从中挑拔说“林三教择人而见，见好人不见歹人”，更加愤怒起来。为解自己心头之恨，他想要上疏朝廷，弹劾林子。又命太史陈方可把林子的罪过写成榜文，要分发出去。
那时，刚好大中丞詹仰庇来榕相见，杨四知就把此事向他汇报。当时，詹仰庇协理院事，就用带有嘲讽的口气对杨四知说：“林三教吾未之识，但闻其收骸恤贫，讲学穷经，名重闽中久矣。今当道是之者众，倘疏上不行，徒益重其名耳。不如出榜文禁革，犹足以散其徒也。”
从大中丞对杨四知的谈话，可知林子在当时的义举和对社会的影响是很大的。其实，他是不同意杨四知向上去告状，只是用婉转的口气，劝告杨四知不应该那样做；否则，反而使林三教更加出名起来。
当年闰九月，杨四知按院中大丞的建议，开始出榜文，发生到分守福宁道，想把林三教的“罪状”公之于众他是不从反面宣扬了林兆恩的正义行为。
榜文开头写道：“访得莆田邑妖人林兆恩，倡教立言，招集朋徒，从游数千余众，士大夫多出其门，初亦信其有道之士也。”从这里，我们可以看出林子创立的“三一教”是符合历史发展的潮流，也是深得人心的；否则，会有那么多人信仰和跟随他吗？不仅士、农、工、商信教、传教，而且连许多“士大夫”也参加了，并认为林兆恩是“有道之士”。
榜文又写道：“博访其人，观其妖书，狡猾隐怪，字字占地步，事事师奸状，邪说横议，惑世诬民，大坏名教，法应严禁。”这恰恰说明桃园著书立说是有根据的，不是凭空捏造的，也不是闭门造车或杜撰出来的。如果是“邪说横议，惑世诬民”，哪能“字字占地步，事事师奸状？呢？因为杨四知是站在维护封建传统宗教的立场上，竭力反对林子的”三教之说“，错误地认为他不过是”诱愚人之术“。又说：“今兆恩之书，乃曰《圣学统宗》、《非非三教》、《心圣集》，不曰圣而曰统宗，是欲兼辟圣之统而总之也。”他还不打自招地说：“兆恩见闽有文公，止以儒称也。乃兼儒道释而有之，直欲超于文公之上。公文不过集诸儒之大成，彼乃集群圣之统宗。蛊惑愚人，使一方翕然尊之。”这些说明了“三一教”对统治中国数百年的程朱理学的冲击，忧心忡忡形成了一种新的袝思潮和意识形态。杨四知之流产生思想抵触和反对也是必然的，不足为奇的；而许多“愚人”尊敬林子，到处倡教也是客观存在的，不可否认的。
林子及其门人，除了在省内各地倡教外，还深入到省外和全国各地去传教。榜文中写道：“昨岁经由延建江浙地方，倡集千有余众，称为道人，所得颇厚；迩来夜间，通城纷纷鸠众诵经礼佛者，皆率其教也。”这说明“三一教”在省外的传播和影响，信教和参与活动的人也是不少的，连那些“每日游荡不检之徒，淫赌胥吏之类”，也都参加了“三一教”组织。
为了林兆恩的“罪状”，榜文还写道：“昔年兴化破城，积骸遍野，兆恩令其弟子，拾而掩之。家资颇富，积聚棺木，贮顿三教堂中，遇贫民故，即给与之，而薄收其值，以故人称之，似有足取者。然就其所著《三教会编》，载历代帝王事迹，文王之一下，即书埋枯骨，人归一节，以形容自己，总是络笼之意，非有为善之真心也。愚人无足责矣，乃闽中士大夫亦被络笼，甘为弟子而不辞。”试问，林兆恩在兴化府城失陷后，命门人在城乡收埋尸骸，施舍棺材，这不是慈善义举是什么呢？官府腐败无能，一个布衣出身的道人能毁家纾难、赈民救灾，怎不令人敬佩？而杨四知把它列为罪状，公之于众，岂不被天下人取笑笑、闽中士大夫也被“络笼”。甘为“三一教”弟子，这不是历史发展的必然规律吗？
兴化节推祝致和奉杨四知的意旨，取《圣学统宗》书版，并“宗孔堂”牌匾，烧毁在府学前面。尔后，他向杨四知汇报此事，杨也觉得后悔，他说：“林三教书，大半劝人为善，焚亦可，不焚亦可。即此处焚之，而天下之传刻者，亦多矣。吾本意只要挫他一番耳。”
后来，杨四知又对二司说：“焚版非本意，此奉行者过也。”把责任推给祝致和。
祝致和也很后悔，等到他回任后，就全家执贽为三教弟子。
杨四知在京都时，曾与翰林院诸名公议论林子，诸公都不屈服他。他又与邹元标辩论三一教的邪与正，邹公以三教合一论批驳他，杨四知竭力争辩，难以使对方信服。邹元标说：“讲学随人意见，不能强词夺理，何必力争？”杨四知被驳得羞愧脸红，哑口无言。
门人始称为教主
万历十五年（1587年），林兆恩已经71岁了。早春二月，有一天，他获得奇怪的音信，感到很特别，就走进内室，把它收敛起来。顿时，只觉得紫气陶陶，一片清亮。他一走出内室，紫气就消散了。但又觉得“六虚无碍，亦不知身之所以为身，神之所以为神矣”。当时，翠湖真人有诗为证，其诗云：
了际如如犹天地，来时不觉我之宗。金炉不炼空来相，摘月穿山景外风。
八月，林兆恩的从弟槐门，有良好的境遇。未赴京应试时，他对林子相当崇拜。初登进士后，回归就执贽去拜见林子，并要求受业。林子感到惊讶，不知是何缘故。而槐门对他说：“同年袁了凡，询问三教先生之事，弟以家兄回答他。了凡说，年兄何幸，躬闻至教。弟以未拜师答他。了凡笑着说：“年兄不也是你东家吗？”槐门只点头不语。后来，袁了凡读书时，遇到许多疑难的问题，自己不能理解。有一天，他偶然得到几本林兆恩的著作，阅读后，觉得茅塞顿开，百结能解。地是，他就当空五拜，尊林兆恩为“三教老师”。
那时，莆田乡学有一个庠士（秀才），姓林名著，因被畜蛊毒害，病情严重，精神失常，就上书诬告三一教信徒僧慧性，其中言词牵涉到林子。莆田县尹孙继有（余姚人），因为刚来上任不久，对林子不能谅解，就附票拘拿林子，严惩不贷。
林子接到传票后，知道其中有诈，就不戴帽子，拦腰草履去见孙县尹，要与他分辨清楚。但孙继有一见到林子，觉得容貌不俗，神态自若大方，就以宾主之礼相待。
孙县尹首先审问林蕃：”你被毒虫所害，与林子何干？“林蕃回答说：“慧性是三一教信徒，当然有关。他以治病为名，用毒药陷害我！请大人为我伸冤！”
孙县尹惊堂木一拍，大声喝道：“有何真凭实据，从实招来！”
林蕃摇轩脑地说：“三一教徒都是歹人，用毒药治病，这是事实，也是证据！”
孙县尹看他神经不正常，言辞颠倒不清，就马上下令：“来人哪！将林蕃押下杖打四十大板，以儆效尤！”
学官叫差役把林蕃押下去惩罚，林蕃大喊大叫：“湖涂官神湖涂案，还要打人！”
第二天早晨，孙继有亲自往林子家中求教。林子命门人转告孙县尹：“昨日得罪公堂，今日安敢相见？”
孙县尹既然来了，非见到林子不可。他站在门外等候了半个多钟头，再三竭力恳求，林子才答应：“准孙县尹相见！”
接见时，林子以宾主之礼招待，孙县尹也虚心请教。两人谈古论今，不时会心地哈哈大笑。门人及诸友听到这个有趣的新闻，有的人称赞林子的胆略和学识；有的人致书林子，认为这是“降志辱身，有损尊严”。林子看后，觉得内中隐含微辞，就马上复函。兹录于下：
来翰以区区生平，每与当道贵显诸公分庭为礼，义不往见。夫孰不以为抗，至是为人所诬讼矣，则敝衣拦腰，不冠不罔。夫孰不以为辱，若能知所以比而视之，真可谓礼有所当尊，则不得不尊，而不为抗。分有所当屈，则不得不屈而不为辱。区区虽窍不志，尚不能稍窥礼分二字之藩篱以为忧也。岂曰“尊而不抗，屈而不辱耶”？孔子曰：“不降其志，不辱其身。”又曰：“降志辱身，君子之处世也。”岂其以不降志不辱身为可，而以降志辱身为不可耶？孟子曰：“庶人召之役则往矣。”又曰：“迫斯可以见矣。”而况为人所讼，顾乃不之往不之见耶？若孙父母之所以处区区者，礼分不愆，诚为古人之所难能也。始而听讼公堂也，即能以朝廷之法处我，更不敢以分借人，而执法何其严也。既而任临草舍也，又能以士这礼处我，更不欲以位自尊，而神情上何其恭也。
万历二十年（1592年），孙继有调往南方为官，也曾亲笔推尊林子，并说是“开辟以来第一人”啊！
那时，门人朱有开奉林子之命，前往建安倡教。浙江有一位方士，名叫扶鸾，画三教合一图，并对朱有开说：“近诸神朝天见玉皇天尊，所事者乃三教合一像，即令今之三教先生也，可传祀之。”
朱有开听了，信以为真，就与友人谋划，雕刻印制林子画像，广为散布。还有题词：“儒仲尼氏执中一贯圣教度世大宗师，道清尼氏守中得一玄教度世大宗师，释牟尼氏空中皈一禅教度世大宗师。”
朱有开及友人还发文给许多三一教信徒。从这时候开始，门人称林子为“三一教主”。
竭力传播三一教
林兆恩创立三一教后，自嘉靖三十年（1551年）至四十五年（1566年），除招收门徒，倡导三教合一论外，主要的精力用于协助兴化官方抗击倭寇和赈民救灾。而从隆庆元年（1567年）至万历十三年（1585年），主要的精力转向传播三一教。他的足迹几乎遍及福建，还多次往返于江西、浙江、广东、南京等地。
嘉靖四十五年三月，林子做一条布巾，名叫“三纲巾”；一双布鞋，名叫“五常履”；衣服是前三幅后五幅，名叫“三纲五常衣”。并自号“三纲先生”，又标他的论文集曰：“《三纲复古集》。当时，李廷春先生题词曰：
平生心事苍天鉴；万古纲常赤手扶。
当年四月，赴榕城传教，住在洪塘金山寺，后到大中寺，撰写《道释人伦疏稿》。六月，在华林兰若避暑。有一个方士见到他，就赠送一张厚棉絮。林子不接受下来，又感叹说：“余以三教归儒之说，三纲复古之旨，而思以易天下后世者，殆犹溽暑而挟重絮与。虽然余第袭而笥之，以俟时焉耳。”
七月，林子往闽侯传教，顺便去游览雪峰寺。九月返莆。十一月，把东山的“天心楼”改为“海日楼”。
隆庆元上二月，往福州传教，住在洪塘金山寺“借借室”。编著《心身性命图说》、《说夏篇》、《玄镜铭》、《何思何虑解》等集子。六月，再去游雪峰寺。八月，回到莆田。编辑生平著作，总称为《圣学统宗》。
十二月，林子往武夷传教，并修建“止止庵”和“珠帘洞”。有一天，登接笋峰，遇到翁离阳和刘古松在山上运气。林子给予指导，翁、刘二人跟随他到城中光孝寺受业。
隆庆二年三月，林子从建阳返莆。四月，往福州传教。七月回莆，著《心镜指迷》。
隆庆三年二月，林了要往武当山，因故滞留在江西万年县。当时，途中执贽行礼者云集，拥道不能走过。数日后，回到福州。门徒洪文谊、洪嘉善，捐银200两，要为林子建造书院，以便宣讲心性、非非三教及归儒宗孔等。林子辞退曰：“我之教尚未深信于人，俟既信建之未晚也。”
八月，返回莆田。他去游壶山凌云岩时，题了这样两句：“举首去星辰不远，挺身在日月之间。”
隆庆四年二月，莆月有人以三一教的名义在金陵谋取私利。林子闻讯后，就前往金陵制止。途经连江县丹阳，凡是大夫、士庶及诸官寺，素闻林子大名者，都焚香拜于道左。到达金陵后，居住在朝天宫西山道院，拜访的人很多。后来复居城外普惠寺，上门的人特别多。林子命余芹在金陵倡教，兼管书籍，置立义冢。九月初二，告别诸生，返回莆田。
隆庆五年九月初一，林子再往榕城传教。十月，住在金山寺，夜梦上沉请他回归天庭，复令有主此三教者。林子就预草遗嘱、圹志及殡葬仪节。十一月，著《宗孔迩方》、《三教归儒一览》、《三教合一大要十条》、《三纲卦》、《信难篇》、《原教》等。十二月初二，林子返回莆田，在东岩山构筑儒、道、释三亭，东西四小轩。第二年春季，把三亭四轩改为“三纲五常堂”，中间为合一堂，匾其堂曰“三教宗孔”。
隆庆六年四月十九日，林子往樵阳传教。有些信徒把林子当作神灵，参拜者如云。那些贫病交加的残疾人，有的扶杖而来，有的匍匐而赴。林子认为“是皆吾兄弟之颠连无告者”。就教授他们“九序心法”。患疾病者“自庆得生”，顶礼膜拜。还有人绘画肖像，加在崇拜，奉祀。九月，还回莆田。
万历元年（1573年）二月，林子往江西传教，住在豫章涨沙寄室。王子贵戚，都虚心请教三一教。也有人“以烹炼飞升之术”责问他，而林子以“心圣语之，无不悦服”。那时，著《豫章答语》及续语。
万历三年二月，往榕城传教。后来，应按院朱光宇的邀请，前往延平为他治病，于六月回莆。万历五年十月，往仙游等地传教。
万历六年（1578年）五月，往广东新安传教。有一个富家之子得肺痨病，他的母亲是寡妇，因为不能亲眼去见林子，就竖木架一个棚对着林子隹的房间朝拜。林子知道了，就亲自到她家里，为其子治病。那时，拜访的群众有数千人。县尹知道了，十分惊疑，他说：“邪说诱众，如何得了！”就令四尹去讽刺林子：“何方江湖说客，来此卖膏药？”次日，林子就起程离开那时。经过古杭，缙绅文士召集名流，与林子辩论，林子以三教合一论，给予批驳，无不叹服。过了不久，往浙江传教。九月初，从杭州起程返莆。
万历七年春，往榕城传教，住在洪塘借借室。开府刘思问派人持帖去请林子，门人掷回请帖，刘思问大怒，下令拘拿林子。门徒王兴为林子辩护，刘思问才收回成命。四月，林子回莆。
万历十一年五月。林子从福州洪塘乘船往武当山。途经闽清水口，因遇风暴而返棹南旋，寓于福州南台洪文谊草亭，闭门谢客。二十余日后回莆。林子见到金华节推徐万仞、县尹汪可受，义鸟县尹俞士章来函，求教却病心法。他就命门徒陈一虁往金华、义乌面授。
万历十三年春，林子为答复外来人士求教，命门徒黄九思到漳州传教。四月，按院杨四知召见林子。林子拒不往见。五月，游武夷，会见赵可怀。接着，要往武当，因故中途而返，寓建宁白云寺。九月，林子回莆。按院杨四知出榜文，下令焚毁三教堂及林子书版。幸蒙督学王世懋为林子辩护：“道人著书立说，焚毁何益？”杨四知才稍息怒，收回奏疏，但宗孔堂牌匾及《圣学统宗》书版被烧毁了。
林子先后有十四年，往返于外地传教。万历十四年，已是古稀高龄，再也没有到外地传教了。他的大部分时间，隐居在莆田北山或自己家里整理生平著述。但四方人士，不怕艰难险阻，从远道来求教者，仍络绎不绝。
著书立说汇成集
林子一生博学多才，学贯三家，著书立说；传世之作，颇为丰富。翻开《林子本行实录》、《林子年谱》等著述，只要浏览一下，便知林子从嘉靖三十二年（1553年）开始著书立说， 直到万历二十五年（1597年），几乎每年都有几种著作问世。流传在莆田、仙游和闽台民间及馆藏常见的有《林子三教正宗统论》（共36册）、《林子本行实录》、《夏午真经》、《夏午尼经训》、《林子年谱》、《卓午实义》、《明夏集》、《九序要诀须知》、《林子门贤实录》等10多种。在国内外现存的不同版本的林子文集有16种。
现在，社会上流传最为广泛的林兆恩著作是《林子三教正宗统论》，这是现存的林子全集中较好的版本。在福建省内多次再版、重印，被三一教门徒们奉为经典，在海内外产生了很大的影响。许多专家、学者都把它作为研究林龙江思想的主要文献，对三一教的演变也有较高的学术价值和科研价值。
据《林子本行实录》记载，万历二十二年（1594年）十一月，礼部下文，收购天下遗书，郡县都迫切征求林子的著作。因为原版被焚毁，林子命卢子曰：“遇变则革，乘其时也。余生平所论著诸书，每未暇删校，即为诸子录而梓之，是以多有叠出而未定，今子其为余再删校而编定之。”卢子承命，将《圣学统宗》、《分内集》、《分摘》、《标摘》、《约摘》、《拾余》等书，再编次之，标其名曰《林子三教正宗统论》凡36册。
卢子，是林龙江的嫡传弟子卢文辉，是林子的得意门徒。“聪明天挺，纯粹性成，得儒道释之正宗，明圣玄禅之秘旨，真可谓传道得人，三门之赤帜也”。他是林龙江著作的主要编辑者。林龙江审阅了《林子三教正宗统论》初稿后，对卢文辉的编订删校工作表示满意。在自序中，他写道：“兹集删定，颇得余心。”由此可见，《林子三教正宗统论》比《林子全集》、《林子会编》等未经作者审阅编印的集子，更能比较全面准确地反映林龙江的思想主张。它是以《圣学统宗》为蓝本，再吸收了林子以往所有集子的，反复删校编订而成的，内容也比以往许多的集子更丰富，有较高的史料价值和学术研究价值。
应当指出，卢文辉于万历二十三年编校完成的《林子三教正宗统论》，是为了应付礼部征文，时间紧迫，有许多不足之处，或重复，或遗漏，或缺文，不能全面系统地加以删校。又因为有60余册，门徒和读者要随带和阅读也不方便；所以卢文辉在涵江倡教时，“复加编订，去其重复。又将《四书正义》之标摘与续者更加删汇，与道释诸经释略而合之。三教之旨灿然大明，共三十有六册，分元亨利贞四函，卷帙不繁，又且周悉，览者无不称快”（《目录纪因》）。
虽经再度修订、删校，但《林子三教正宗统论》卷帙还很浩繁，不便观览。万历二十三年，林子又命卢文辉，把正宗采辑，结为《三一教主夏午尼经》三十六卷，这就是“《夏总持经》三卷、《夏讯释经》三卷、《如来性经》三卷、《众妙玄经》三卷、《大成时经》三卷、《反身诚经》三卷、《度世正一经》三卷、《中和位育经》三卷、《明光普照经》三卷、《最上一乘经》三卷、《洞玄极则经》三卷、《道统中一经》三卷，分作十二册。据《林子本行实录》记载：“结集之夜，圆光吐华，斗母下降，教主起备衣冠，率卢子瞻拜。复语之曰：‘今夜之瑞，为子结经现也。’卢子遂彻夜一笔结成。教主喜曰：‘吾之经至今而始结，吾之书至今而始定。机缘世数，夫岂偶然。’遂刻刷以应征取。”
万历二十五年正月，林子担忧诸经卷帙浩繁，又命卢文辉于所集者，纂其大要，以便人之观览，一共四卷，题名曰《三一教主夏午尼诸经纂要》，又著《训经》一卷。后来，诸经纂要，又称《夏午尼经纂要》、或《夏午真经纂要》，共四卷。第一卷：《夏总持经纂》15章、《道统中一经纂》16章；第二卷：《最上一乘经纂》9章、《夏讯释经纂》15章、《如来性经纂》4章；第三卷：《众妙玄经纂》5章、《大成时经纂》4章、《反身诚经纂》3章；第四卷：《度世正一经纂》9章、《中和位育经纂》10章、《明光普照经纂》13章、《洞玄极则经纂》10章。《林子三教正宗统论》最后完成编订付梓工作，是在崇祯十七年（1644年）前后。莆田、仙游民间现藏的《夏午真经纂要》，是光绪二十三年（1897年）的刊本。在莆、仙民间，还有数十种单册卷的手抄本。
据专家统计，国内外现存的林龙江全集还有10多种。诸如，北京图书馆藏：《三教正宗》2册，嘉靖年间版本；《三教正宗统论》，6册20卷，明万历二十八年版本；《林子全集》41册，崇祯四年版本；《林子会编》30册118卷，明末版本。南京大学图书馆也有馆藏以上之书。福建师大图书馆、莆田仙游民间、台湾民间均藏：《林子三教正宗统论》，36册，是光绪20版本。台湾中央研究院史语所藏：《林子三教正宗统论》107卷，是明天启版本。在日本尊经阁藏：《林子圣学统宗三教归儒集》4册，《林子全集》40册。日本间野潜龙藏：《林子分内集?三教分摘便览》，10册62卷。日本内阁文库藏：《林子全集》20册40卷。日本学习院藏《林子全集》32册112卷。日本京都大学人文科学研究所藏《林子全集》119卷。日本京都府立大学和日本蓬左文库也藏《林子全集》，册卷数及版本不详。美国普林斯顿大学馆藏《林子全集》48卷；清研究所也藏此书。在马来西亚、新加坡、泰国、印尼、菲律宾等国家的华人、华侨家庭藏书中，也有《林子三教正宗统论》、《林子全集》等。
从以上这些记录和不完全统计，我们不难看出林龙江著作在国内外的传播和影响。
嫡传弟子卢文辉
光阴似箭，日月如梭。林兆恩忙于著书立说和传教，不觉已经70多岁了。在”人生七十古来稀“的时代，他也迫不及待地想要寻找自己的接班人。
那一年，他到榕城去，居住在借借室，闭门谢客，连续七天吃素食，祈求上苍天派人为他传道。第七天晚上，夜深寂静，他不能入睡。五更时分，做了一个梦。早晨一起床，他非常高兴地对门人说：”我传道有人了！“
门人们见，都争先恐后询问：“你说的是什么人？”林子慢条斯理地说：“有姓卢的人，传我的道啊！”
许时，林子门下没有姓卢的，只有泉郡门徒才有人姓卢。后来，凡有姓卢的人，听到这个消息，都非常高兴。门人们遇到姓卢的，便说：“三教之传，不在我将在你啊！”
可是，谁也没有料想不到，事后几年，林子往榕城去寻找卢子，东访西寻，都没有找到他。他感慨万千，自吟曰：“茫天地一闲身，寄迹榕州今几春。日暮潮平沙欲合，隔江还有未归人。”
当时，卢文辉赘于榕城，为妻子林氏之病求医寻药。回到莆田后，他就去拜谒林子。林子授与他“九序心法”，卢子一听，就情投意合，非常羡慕，“歆然惟道是求”。他的妻子死了，林子对他说：“不要忧伤，你现在可以学我的道了”。从此以后，卢文辉笃信力行，真心实意向林子学道。每有所得，不怕20里的路程，每天两次步行进城去拜见林子。
卢子，讳文辉，字延征，道号性如，又号子觉子，门徒尊称为“夏心尼氏统承中一三教嫡传大宗师”。出生于嘉靖四十三年甲子（1564年）十一月初三子时，莆田涵江卢峰人。他“性资英迈，眉宇绝伦”。20岁补郡弟子员。在文学和书法方面均有造诣－－文学盖当时，又善书法，凡真草篆隶，各擅其妙。邑丞林国宁，看他有才能，有见识，就把女儿配予他为妻。
卢文辉勤学好向，刻苦攻读，深受林子的器重。为了编辑生平著述，林子请他到家里，“以结集经书，时时提醒焉。间一茶之久，唤之者再三，至夜间，起而唤之亦再三。不愆十数年，果然内外兼修，心性明了，教主乃以中一授之”。
万历二十一年（1593年）十一月，林子著《道统中一经》，命卢文辉为他结集。而《中一绪言》、《性灵诗》是卢子的心得体会和真情实感的流露，抒发了林子未曾抒发的情感。林子又向卢文辉口授《太虚先天图》、《太极后天图》、《天地人图》、《天圆地方图》，并对他说：“此道统中一之大旨也。”卢文辉把这诸图笔录，放在经的卷端。
万历二十二年十一月，礼部移文购天下遗书，郡县向林子征求。因书版在福州杰，命卢文辉峒校编梓生平著作，标其名曰《林子三教正宗统论》。二十二日，结经之夜，“圆光吐华，莹然如玉”。由于卷帙浩繁，卢文辉受命复加编订，共36册。二十三年乙未（1595年），卢文辉受命采辑《林子三教正宗统论》的主要内容，编成《三一教主夏午尼诸经纂要》四卷，以便信徒观览。
九月上旬的一天，林子对孙子齐岳说：“能显扬吾道者，卢生延征也。当善而事之。”十二月，林子病重，他对卢文辉说：“孔子、老子、释迦，同来请我，主持三教，普度三门，我将归矣。”又指着自己的身体说：“一心无挂碍，本体本虚空。”再嘱咐说：“真心无灭，明此心了此性，天外徘徊；吾今归后，道属尔躬，尔其勉之。”然后把道统托咐于他，以继承三教重任。
万历二十六年（1598年）正月十四日，林子归寂时，在侧的人有卢文辉、陈济质、黄九章、黄启谟、周启明、李应麟等。
林子逝世后，龙江学派开始分化为两大派别，其中一派以卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时等代表，从宗教的意识形态继承和发展林龙江的遗产，极力神化林龙江，尊他为“三一教主”，立偶像建祠堂奉祀他。卢文辉退居涵江后，四方人士、王公显贵、素慕林子而不得见者，无不执贽于嫡传卢子门下。那些同门之士，知道卢子是道统的继承者，“亦无不北面事之”。有人题联句赠给他，有人写诗词赞颂他。“一时俊彦尽在甄陶之中”。内阁宰相周如盘，赠送题为“三教嫡传”的匾额；台谏刘会，赠送题为“斯道指南”的匾额；大中丞陈子贞、郡守马梦吉、节推殷宗器等都登门虚怀咨访，拜领心法。卢子日夜小心谨慎，“唯以教主之心为心，教主之事为事，考订经书，垂训万世”。
以前，卢子为林龙江编辑的许多文集，书版藏在清江。后来，有人嫉妒，故意把书版破坏，搞混乱，难以再印刷成书。卢子知道了，也不予计较，凡重新再订付梓。又著《夏心集》、《卢子要言》、《三教真传》等集。
万历三十六年（1608年），卢文辉在涵江瑶岛建立三教祠，规模宏大，我之曰“大宗”。三十七年，命陈衷瑜纂辑《三教龙华醮祷》、《兰盆科仪》等，并作为三教中的一件大事。四十一年，他又重新整理修授教堂，名曰“结经馆”；还林龙江的偶像放在中间，自己的偶像从傍配之。并题诗赞颂，其诗云：
正气浩然周一切，六虚遍地广无际。度天度地度鬼神，度已度人度万世。
在卢文辉的倡导下，门人们纷纷著书立说，继承和发展林龙江的宗教观。卢文辉带头著《卢子要言》、《夏心集》、《三教真传》、《放生仪文》、《龙华三会忏文》、《中一绪言》、《性灵诗》等；陈标著《三山小草》；王兴著《九序心法》；林至敬著《明夏集》、《龙会别传会语》、《卓午实义》；朱逢时著《心海真经》；黄州著《金光丹鉴》；陈衷瑜著《明道要言》、《道要论》、《陈子会规》、《三教龙华醮祷》、《忏悔科仪》、《兰盆科仪》；董史著《东山集草》等。
应该指出，卢子吸收了佛教的“八正道”，“五戒”宗教观和戒律，并加以改造发展，编著了《龙华三会忏文》，令门徒要早晚跪诵。忏文共20则，每则又分“忏文”和“说赞”两部分，还提出一整套清规戒律。这完全与林龙江的初衷背道而驰，也改变了三一教的实质。
万历四十二年（1614年）九月，卢子的继室郑氏，生了一个男婴，复字世乾。卢子高兴地对门人说：“吾纲常备矣！”四十五年，大宗祠略成，妆塑林龙江的映像，安座其中。卢子高兴地对陈衷瑜说：“余家世欠寿，若先君子之年，余今亦当归矣。”衷瑜感到惊讶。
万历四十五年十一月，卢子命陈衷瑜到泉州扶阳祠，筹建兰盆大会。二十四日，陈衷瑜写疏时，忽然心惊眼跳，不能坐定。他预感到可能发生危急之事，就直接赶回涵江，去见卢子。此时，卢子端然危坐，对陈衷瑜说：“道统中一之传，今在吾子矣，子其勉之矣。”遗嘱吩咐完毕，就拱手而归。享年54岁。
肖顺治二年乙酉（1645年）十二月，门人陈衷瑜率东山、涵江、嵩东、尚阳、鏊峰诸祠门徒数百人，前往延寿里澄山卢子之墓致祭。远近参拜者，不计其数，犹如云集。
亲传弟子林至敬
林至敬，道号坦乐，又号贞明子。明嘉靖三十年（1551年）四月初四日，生于莆田新安里鹘宿村（今忠门镇岳秀村）。父亲是三教门人。至敬幼年从塾师训读《四书》，清明道义；少年时好为乡人解难。
青年时代，他拜林龙江先生为师，谨守师训，倡行三纲五常为日用，入孝出悌为实履，士农工商为常业。戒暴饮之酒，戒斗气之勇，戒淫邪之行。日搜已过，痛自忏悔，每天素食一餐。在林龙江的指导下，修习“立本”，以明人伦；精研“入门”，以明心法；磨炼“极则”，以体太虚。
林至敬修习“九序心法”，颇有心得：“一序艮背，以念止念为求心；二序周天，效乾法坤以立极；三序通关，支窍光达以炼形；四序安土敦仁，以结阴丹；五序采取天地，以收药物；六序凝神气穴，以构阳丹；七序脱离生死，以身天地；八序超出天地，以身太虚；九序虚空粉碎，以证极则。师成之后，回家乡开设学馆，收徒讲授。宣讲三教合一大旨和”九序心法“，从学者甚多。
林龙江称赞：”贞明子勤劳好学，倡道传教，以明心法。“但有些门人却不服。有一天，林龙江与诸门人到岳秀访问，林至获用果盘盛饼及茶，招待他们。门人顺林先生：“这是什么礼教？“林先生说：”蜜饼比天之圆，果盘比地之方。以天地之礼为敬，复有何言？”门人们听了心自叹服。
嘉靖年间，倭寇入莆，大肆烧杀掠夺，民不聊生。林至敬跟随林龙江先生，在莆田、仙游一带，收埋被倭贼杀害的无辜百姓，并为遇难的父老兄弟姐妹治病。万历十八年（1590年），他在岳秀建三教祠。后来，他与同门师兄弟卢文辉、张洪都、朱逢时在莆仙等地设馆传教，时间长达30多年。一生著有《丁戊本纪》、《卓午实义》、《龙华别传会语》、《明夏集》等。世称林对敬为林龙江亲传弟子。在民间，至今还流传着他的许多传奇故事。
传说，在林至敬的家乡－－忠门岳秀海滨，在一座“佛子公庙”，左右两边小耳房是专为收藏死人骨骸的。每年农历十月十五日，林至敬把野外收拾的骨骸（无主家的），都放进小耳房里。乡亲们看每年小耳房都装满了，可是到了次年，他又把野外拣回来的骨骸再放进去，又装满了两边小耳房。奇怪的是，一年复一年，那两间小耳房，好象无底洞似的，装满了又再装，不知装进了多少担骨骸，还是保持原状－－骨骸堆到了门口。人们对他既感到惊讶，又很钦佩，大家都叫他“神仙明”。
再传说，那一年寒冬十二月，林龙江做寿和“谢恩”。亲戚朋友主门人纷纷到他家以贺喜。可是，到了黄昏时，林至敬还没有来。林龙江出门观望，不自言自语地说：“忠门贞明子为何未至？”话音未落，一个头戴斗笠，腰扎草绳，肚前插一双草鞋的赤脚大汉，突然出现在眼前－－他就是忠门的林至敬。林龙江叫闲人倒水给他洗脚，他却说：“我自己来！”只见取一个縩筐圆周是炊柴做的，底是竹篾编的，象蒸笼模样），就顺手把屋檐下的雨水，舀起来洗脚，筐底却不会漏水。接着，他又舀了半縩筐清水，坐下来洗脚。等他洗完了，有几个好奇的小孩，争着要去倒水。但是，他们一提起来，筐底水都漏下去了。观者无不目瞪口呆，把他视为“怪人”。
次日上午，暴雨将至。林龙江命卢文辉、林至敬、朱逢时等诸门人上筵讲经作醮。林至敬看天要下雨，马上把四张黄符贴在东西南北四根棚柱上。众人各司其事，各负其责。“进表”未完，棚外四面暴雨倾盆而下，唯独埕内及周围不见雨点。林龙江与林贞明等刚离开埕场，才走到陇顶，大雨哗啦啦地降下来……
又传说，后来林至敬修成了正果－－得道成仙。有一天，他在岳秀山东麓做“风水”（墓）时，刚好林龙江先生来访。林至敬请林先生赐教，林龙江看了墓地的风水穴位后，笑着对林至敬说：“贞明子要做太老爷！”林至敬听出了先生的弦外之音，没有当场表态，只回答说：“后来自然明白，多谢先生赐教！”林龙江也点头示意。
时值中午，林至敬煮薯干请林龙江先生。母亲唠叨着：“先生来访要煮点心！”至敬回答说：“我煮薯干孝敬娘亲，为何不能请先生呢？”林龙江听见了，哈哈大笑说：“父母大如天，给慈母吃的食物，请先生有何不可？”此事在门人中传为佳话。
万历四十六年（1618年），林至敬将要归寂时，吩咐亲戚说：“待我归真后，下葬时把棺材悬吊起来，不能着地！”亲戚问他：“为何要吊起来？”至敬感叹说：“嗨！吊起万人丁，放下绝户地。”林至敬逝世后，亲戚就按他的吩咐照办。
后来，有一位地理先生来察看坟墓，他对乡人说：“此墓背倚秀山，面朝琼山，乃仙壞吉地。棺材若坠地，会出贵人，可是琼山百姓会遭殃，甚至会绝户。贞明林夫子乃得道之人，不思伤利已。”这个传说，一直流传至今。
还传说，林至敬逝世后，留下两件法宝－－一把白扇，一面旌旗。谁家孕妇难产，只要拿出这把扇子，在产房门口扇几下，孕妇就会安全生产。后来，一家孕妇头胎难产，家人把这枝白扇，急急忙忙拿进产房打开，结果“触了乌气”－－不灵了。那面旌旗，也另有用场。如果村里发生瘟疫，只要要村头竖起这面旌旗，瘟神就逃之夭夭了。
民国16年，（1927年）10月，莆田三教门人在岳秀山麓重修了“贞明林夫子之墓”。此墓用石块和石灰混凝土为材料，至今保存完好。每年农历四月初四，林至敬生日，城涵及仙游等地的三教门徒，会成群结队地到忠门岳秀山，为林贞明先生扫墓和祭典，以纪念他生前为民济世的功绩。
附记：林龙江逝世后，林至敬继承他未尽的事业，在莆田、仙游等继续传教，收授门徒。他的门徒中最负名望者有翁悟道，后被称为林龙江先生的“继传弟子”。
明未清初，三一教中出现少数教徒借不却病和装神弄鬼盛等骗取群众钱财的现象。如林至敬的门徒翁文峰、翁满、吴以贯等人，“书符作药，啖鬼为神，冒大道为谋利之本，依却病为养命之源。作种种邪术，以惑世诬民，为世人所掩鼻，而君子不齿也。”（《林子门贤实录》）。
三教高足张洪都
在莆田市荔城区黄石镇西洪村东至，有一座玉溪祠，这是明万历二十一年（1593年），里人张子升、张洪都父子创建的，距今已有400多年的历史了。
西洪玉溪祠是兴化郡内三一教的主要祠堂之一，历史悠久，明清时此地属于莆田县连江里。张洪都，号翼林，是林龙江先生的高足，也是三一教的四大门徒之一。他与卢文辉、林至敬、朱逢时，合称为“四配”。
张洪都是三一教的忠实门徒。万历十三年（1585年），林子命他和游思忠前往金陵倡教，翻刻要子诸集。万历二十年二月，林子命他主编《四书标摘正义》，后改名为《林子四书正义》（共20册）。他还编著《林子本行纪略》、《林子行实》等。林子去世后，他“自弃产业，刻印书籍”，与朱真懒（号了玄，莆田水南人）倡教于江左、江右、南直隶、金陵等地。万历三十八年，在北京顺天府玉河桥畔建三教祠。他一生毁家纾难，四出倡建和传教，深受群众的敬仰。
张洪都的父亲张子升，原任江南四尹，后来在燕京任学官。他为官正直，有民如子。张洪都少年时，专攻儒业，本来可以走科举出仕之路，也可以世袭为官。但因其父年老，致仕回归故里，就携洪都去拜林龙江为师，嘱咐林子传授心法。于是，弃名学道，济世为民。在民间，至今还流传着许多张洪都的传奇故事。
传说，张洪都弃名学道，在家饲养耕牛，耕田种地，每年都获得好收成。在农闲时，他去学肩挑，每天挑大米到城里市场去卖，而且早晨都是头一个到达，也都是头一个下市场出售－－米价比别人低一些，只赚工力钱。这样下去，同行的贩仔对他意见可大啦！经了解，他每天早晨是搭沟船过渡往城里去，因此能早到达，抢头市。于是，米贩仔就与船主勾通，拿点船租作贿赂，不让张洪都早过渡，早上市。可以，他们赶到城里市场开市时，又见到张洪都头一个到达，又再抢头市。后来，米贩仔查问船主，才知道他搭不到沟船，就用自己的扁担当沟船，手提米袋过沟去。米贩仔听了都目瞪口呆，不知说什么好。
再说，有一年，张洪都到仙游传教行医。当时，瘟疫流行，百姓请他治疗，他用“九序心法”，很快就把患者治好了。因为请求治疗的人很多，张洪都日夜被病人和家属围住，连上茅厕都有人跟着。那时，正当春耕大忙季节，他无法脱身，就借故到溪边去取青草药。突然，“卟嗵”一声，跳进溪里，不见了。百姓们知道了，纷纷跳下去打捞、抢救。可是，捞了半天，不见人影儿，也不见尸体，以为他溺死了。有人跑到他老家－－黄石西洪去报丧，却在附近田地里看到张洪都在挥鞕犁田。后来，仙游的百姓都传说，“张洪都已得道成仙－－会变化”。时至今日，每年正月二十五日，张洪都生日，仙游的群众会成群结队到玉溪祠进香朝拜。
现在，玉溪祠西侧有一座玉溪祖祠，原来是张洪都的祖居地。传说，当时建房选址钉桩时，刚好林龙江先生巡游到此。他看了房地座向就对张洪都说：“张生翼林，此地进前万人丁，退后状元地，居中为绝地。三尺之差，祸福相依。”张洪都拱手作揖，回答说：“承蒙先生指教，门下居中不移！”林先生笑着说：“贤徒有道，不虚此行。”后来，张洪都的母亲知道了，啼哭不已，要求按林先生说的“进前或退后”。张洪都对母亲说：“进前三尺，后代发家致富，能居万人丁；但人多有权势，难免欺压百姓；退后三尺，可望代代出大官，而一世为官百世冤。我选居中为绝地，不求财丁贵，只要圣道行。”母亲无言可对，便依子之愿建房。此后，原来分居在东张（东至）和西张（西至）姓张的百余户人家，其宗族逐渐衰败。东张现已绝户，西张只剩下几户，人口也不多。为纪念三教高足张洪都，后人在东至张厝建玉溪祖祠奉祀。
还传说，万历四十年（1612年），张洪都在北京传教时，用艮背法为民治病，名声大振。当时，皇太后患乳痈，太医用尽灵丹圣药，久治不愈，皇家出榜招医，“凡能治愈太后乳痈者，必有重赏”。可是，榜出三日，不见揭者。那一天，刚好被张洪都看见了，就马上揭榜入宫为皇太后治病。朝臣上奏：“福建莆田神医张洪都能治太后乳疾！”皇上准奏，就命太监引进。到了后宫，张洪都叫太监取三个茶杯，放在桌上。又命宫娥把药线接于皇太后的乳蒂。但见他运了一下气，就把中杯提起，左右二杯具悬空中。可是，谁也料想不到，正当他把茶杯放下，皇太后乳痈中的毒脓已被收入茶杯中。
太监入宫禀报：“太后乳痈治愈了！”皇上半信半疑，就同太监到后宫查－－太后乳痈消失了。张洪都治病有功，皇上重赏他，他不接受；皇上封官，他谢绝。皇上问他“有何请求”，他只说：“吾乃三一教门徒，治病救人，无须封赏！”皇上无奈，就赐宝剑一把，特许他在全国各地为人治病和传教。张洪都感谢皇上的恩赐，在京继续为人治病和传教。可是，谁也想不到，张洪都于万历四十二年（1612年）客死于北京。
为人却病朱逢时
朱逢时，道号慧虚，明嘉靖十七年（1538年）四月十六日，生于莆田黄石井埔村。幼年读私塾，是一个文弱书生。因家道寒贫，考取秀才后，拜读林龙江的著作，受到启迪，就放弃举子业，执贽拜林龙江为师。他与林至敬、张洪都、卢文辉等，紧跟林龙江，在莆田、仙游和到外地传教。著有《心海真经》一卷和《三教先生年谱》。后被三教门人称为林龙江的亲传弟子，成为三教门中“四配”之一。
据莆田阳水南太源湖门人编辑的《夏午高贤录》记述，朱逢时虽然家道寒贫，但他事母至孝，经常外出谋生来赡养。万历二十六年（1598年），林龙江病危时，他与卢文辉等门人在一旁伺候。林龙江视他为可靠的亲传弟子，把一枚刻有“儒道释夏”的印章交给他，并吩咐他说：“你要先行，马上离去！”
朱逢时遵照林龙江的嘱托，马上就走了。当他走到阔口桥时，被几个师兄弟追到，就问他：“慧虚兄，你要往哪里去？儒道释夏的印章拿去了没有？”朱逢时“哦”了一声，把阔袖一拔；不料，印章落桥下去。“卟嗵”一声，水花一溅，不见了。
兄弟们都埋怨朱逢时不小心，把“儒道释夏”的印章失落了。朱逢时却不慌不忙，回到林龙江身边，并请教林子：“我是文弱书生出身的，应往何处去谋生呢？”林龙江只简单地回答他：“可向东方而行！”
朱逢时听林龙江的话，徒步向东而去。当他走到北高时，遇到了一个卖草席的人。两人对视一下。卖草席的人看朱逢时步履匆匆，好象是要到哪里去做什么，就问他：“先生要往哪里去？”朱逢时回答道：“要去做墪师。”卖草席的说：“那正好，我乡里正需要墪师，你就到我乡里去吧！”
朱逢时马上答应，就跟卖草席的回乡去当墪师。开馆不久，附近村子里，晚上有一处，金光闪烁，好象有什么宝贝在哪里。朱逢时问他的弟子（学生）：“昨夜那一处金光闪闪，是什么缘故？”弟子回答说：“我家在海里捕到一条大鱼，腹上有一个印，印上有刻字，会闪烁生辉。“
朱逢时灵机一动，便心中有数，就吩咐弟子说：”你回家去，把那条大鱼拿来，借我一观，或给你买。”
弟子跑回家去，把那条大鱼拿来。朱逢时一看，鱼腹果然有“儒道释夏”的印章，便知这是那天在阔口桥上落下去，被这条大鱼接去，镶在鱼腹上。如今“物返原主”，怎么不叫人称奇呢？每年正月十五元宵夜，乡人迭印“儒道释夏”的黄纸烤十张，分发给民众。传说，可以“却病”，见效如神。
关于朱逢时用“九序心法”，为平民百姓治病解难的民间传说不少，这里选讲几则，以飨读者。
当时，朱逢时在涵江传教和为人治病。涵江有一个慈善人，名叫陈存孝，他的母亲吃死牛肉，结果病倒了。请医生去看几次，服了几贴水药，都不见效。后来，他听别人说，三教门人朱逢时用“艮背法”，为人治病很灵验，就特地去请朱先生为母亲看病。
朱逢时看了病人，了解了病情，举起右手，运用“气功”－－三招一按，陈存孝的母亲即时吐出了积压在肚子里的臭牛肉。顿时，她觉得一身轻松－－病去如抽丝。
为了酬谢朱逢时治病救人，陈存孝取出三百两银子，作为医疗费。但朱逢时坚决不接收，并对陈存孝说：“这笔资金你用去做生意本，赡养你的娘亲。”
陈存孝感谢朱逢时，为了治病不取分文，还教他去学做生意。那时，正值龙眼收成季节，陈存孝就用这笔资金收购桂圆干。可是，事情难以预料，因为是“大年”，桂圆干价格跌落。陈存孝把此事告诉朱逢时，朱逢时微笑着对他说：“你可大量收购，不用担心，日后自然明白。”
陈存孝听朱逢时的话，继续大量收购桂圆干。过了几天，台风大作，果树受损严重，龙眼产量剧减，桂圆干价格日益高涨。陈存孝赚了三千多两白金（银子）。万历二十年（1592年），朱逢时等在莆田水南后洙倡建太湖祠，陈存孝把所赚的白金，全部充为修建太湖祠的费用。
朱逢时到了晚年，眼睛近视，看不清远物。当太湖祠遮阳板（祠檐）造就时，他用手去摸－－从西边摸到东边，并对木匠说：“这板千年不朽。”木匠听了，马上对他说：“朱先生，若真如此，我辈何以生存？”朱逢时“哦”了声，他说：“那就留一角给后人修理吧！”不知怎的，东边一角，老是有损坏。请木匠修好了，不久又是如此。这个谜，至今人们还解不开。
再说，在太湖祠前，有两株龙眼树。金秋时节，树上硕果累，令人垂涎三尺。朱先生知道，夜间有贼仔来偷摘龙眼，就预先在果树的周围布下“八卦阵”。晚上，果然有一个贼仔去偷摘龙眼。他爬上去，摘了几大串，就要爬下来；可是，双手抱着树干，老是下为来。天快亮了，他实在忍不住了，就大喊大叫起来：“有人偷摘龙眼，快来捉呀！”
偷果贼叫喊不止，朱先生听见了，就回行绕树一周，他才滑下来。朱先生警告他：“此乃吾祠所用之果，窃之不得！”从此以后，再没有贼仔敢去摘龙眼了。
又传说，在黄石井埔附近，大乡的无赖之徒，晚上把一具尸体放在井埔乡。然后捏造事实，到府衙门去报案，要求治罪井埔人。乡人请求朱逢时先生解救。朱先生去看现场后，把尸体一拔，并对他说：“你睡已久，速家乡，不得在此停留！”不知怎的，“死人”马上复活过来，而带晦气，狼狈逃窜而去。
与此同时，府县官员到井埔乡查办案件，不见有命案，勃然大怒，就去惩办大乡诬告的无赖。后来，人们才知道，原来是朱逢时先生施展法力，使“死尸复活”，乡仇缓解。
太湖祠建造竣工后，朱逢时把碗、瓯，用木杖鞭挞，敲碎。正月十六日，在石城箕护拱手而去。
朱逢时圆寂西归后，门人承其志遗，把他安葬在朱先生生前的卜葬之地－－程口赤屿山。当门人们护送棺椁，由箕护运回，途经邹曾徐地界，被乡人阻挡过路，要索取“彩钱”。门人们说：“朱先生家道寒贫，系三教门人中成道之人，焉有彩钱？”乡人讨不到彩钱，就故意刁难说：“朱先生既然成道，其灵验何在？”话音刚落，棺椁就自动进前三步。众人看了，都感到惊讶，忙下跪参拜；并纷纷护送棺椁，助葬于赤屿山。
再传弟子陈衷瑜
陈衷瑜，字汝经，道号聚华子，门人称为“明道开教继承中一三教再传大宗师”。生于万历十七年已丑（1589年）二月十三日，福建莆田醴泉里柳营人。
据说，陈衷瑜的父亲念斋公陈显，是林龙江的门徒。当初，他同黄芳、陈召南等，在马峰建三教祠，并奉祀林龙江的偶像。母亲黄氏，性情温和，不追求名利，乐善好施。凡是僧尼、道士及年老多病的残疾人，到她家“化缘”、乞食，她就把自己家里的口粮和零用钱送给他们。并简单介绍当地的民情风俗，使他们感激不尽，挥泪而去。
可是，念斋公夫妇二人，年逾五旬，尚未得子。念斋公向林龙江求嗣，十几年间，做各种慈善的事。林龙江授给他正宗遗书百篇。念斋公不理解其中的含义，林龙江对他说：“你之后，当为我成之。”当天晚上，黄氏做了一个梦：仙乐悠扬，一个武高武大的将军抱送一子，手持遗书一帙，黄氏“感而有娠”。奇怪的是，她怀胎才七个月，就生下了一下男婴－－长大后就是再传门人陈衷瑜。为何陈衷瑜在母亲怀中只有七个月，就提前出世呢？据民间传说，陈衷瑜受书于林龙江，因度人度世心切，不恋久住母胎；所以，才怀胎七个月，就提前出世了。这虽是神话传说，但也说明陈衷瑜是与众不同的罕见的人物。
在幼年时，他既灵敏又聪明，凡世间最细小的事，一见就知晓。长大后，专攻举子业，“文辞峻丽，一气如决江河”。乡缙绅卓真初先生，称他为“不世之才”。16岁时，执贽拜三教嫡传卢文辉为师，就有“灵悟”。于是，放弃举子业，并认为“章句误人，纵得侥幸功名，又误及天下万世矣”。他就矢志于“立本”、“入门”、“极则”，认为这是“明体适用之学”。著《立本忏修》，悔改前非，以证后觉。
21岁时，卢子命陈衷瑜为开教始祖，组织兰盆大会，编著《忏悔科仪》。只用一个月时间，他就写好了科典。卢子看了，觉得很罕见，又很可爱。每次开大会，就命他讲说经书，发挥大道微旨。听众都赞叹说：“从未听过这样的讲话。”又命他唱《醒心诗》，声音响亮如洪钟，发音又很自然，深受听众的好评。在家里，经常父歌子和，有人讥笑他是“疯颠”。
万历四十五年（1617年），卢子去世时，陈衷瑜才27岁。他不敢贸然上任，就往金陵、松江等地游览，“以寻先正”。京都人士，闻风而从者云集。他所到之处，“从皆异之，莫不长跪请教，尊以师礼”；但后来“竟叹无人而归”。
陈衷瑜恪守大道20余年，才开始在涵江、东山、嵩东、尚阳和榕城的鳌峰、金鼎开教，以诱进后贤，倡明大道。当时，郡司理史允琦，折节求教；乡阁部黄鸣俊，执贽于其门人，每次都感叹说：“若能得见陈夫子，死且不朽尔！”但陈衷瑜并不以此为满足，他仍然刻苦自励，每天匆匆忙忙，“其心惟恐教主之道，不明于天下万世，以为已忧也。”他给人讲说经书，“惟求实际，不事空谈，绝未尝强论著书以动人”。后来门人到处搜集他的遗稿，只有1000多字，并标之名曰《陈子明道要言》。
回莆开教后，陈衷瑜还兴建嵩东三教祠，修建东山、涵江、尚阳等的的三教祠和寺观庙院。重新编订奉行三教经书，凡卢子所未补的补上，所未完成的完成。他的所作所为，“皆在辟邪以归正，使教主之道重明，如日月之中天。”
清顺治十一年甲午（1654年）冬，他复修《林子本行实录》。次年（乙未）春，他把书稿交给董史，并吩咐他说：“你替我完成这本书稿。”董史很惊讶，预感到这是回归预言。
顺治十二年二月初十日，陈衷瑜病倒了，忧心忡忡三日卧床不起。董史去探望他，听陈子之言有归寂之意，“悲惧交集，身心俱痛”。就同陈大桥和他的儿子秉期，侍候在侧，以关照寝食。十三日中夜，陈衷瑜对董史说：“吾将以斯道付与汝矣。”董史又惊又泣，稽首师前以谢曰：“史固黄口孺子，安敢当此大任？”陈衷瑜微笑着而歌曰：
董史回头好自看，人或以汝一人要作半人难；把向铁树高中坐，照顾他人汝敢作等闲看？
陈衷瑜唱着，满面春风，绝无病人的神态。他整天逍遥自在，咏歌不断。并对门徒们说：“吾功成果满，三教重任已付之董生。”还吩咐于某日设醮，送他“归真”。门徒们答应他高醮祭典，他高兴地又歌曰：
吾生不为久，亦不为不久；七个月日胎，六十七风岁寿。亦嵬！可惜当年早不来，好把天壶八面开；人人共酌壶中酒，始知滋味过蓬莱。石麟脯，人人口里自嚼裁！
他命董史继续唱下去，董史拱手拜谢。
自此以后，陈衷瑜不食经人间烟火之物，只饮酒数杯，还说这是“太和汤”。设祭那一天，门下老友孔昌期去拜见。因他有纯厚古风，陈衷瑜一向对他很敬重。他赞叹陈衷瑜是“真圣裔也”，恳切挽留他。陈子回答说：“镜破磨难明，花落不上枝；大限已来到，归真亦有期。”孔昌明再拜恳求，才答应延留十天。临终前，他要求董史、陈大栋为他“炼吾魂”，不教他们“炼魂之法”。
顺治十二年乙未（1655）年二月二十六日昌，陈衷瑜命门人为他穿好了“归真衣服”，就拱手而归。
十二月十三日，董史同陈衷瑜之子秉斯，率领东山、涵江、尚阳、鳌峰、林埔等诸祠门徒数百人，自涵江大宗祠，奉陈衷瑜的灵柩，归葬于嵩山之东（昔嵩东祠之旧址），祠宇今迁于柳营，改名为“壶南祠”。
三传弟子董直庵
按三一教门徒的说法，林龙江先生的嫡传弟子是卢文辉，再传弟子是陈衷瑜，三传弟子是董史。
董史，字直庵，明天启四年（1624年）十月二十七日，出生于福建莆田尚阳。21岁考中秀才。25岁拜读《夏午尼经训》、《林子三教正宗统论》、，毅然放弃举子业，执贽拜三都教再传弟子陈衷瑜为师。自此以后，潜心于林龙江著作的研究、校订、付梓和传教浩劫。著有《东山集草》、《林子门贤实录》等。
清顺治十二年（1655年），董史已经31岁了。他承接陈衷瑜先生的遗命，主持三一教门，并着手参订三教嫡传门人卢文辉存稿、再传门人陈衷瑜编辑的《林子本行实录》。在序言中，他写道：“我三一教主林大师，间气而生，上接三尼之统绪，下开万世之愚蒙，著书数千万言，不过以纲常为立本，见性为入门，虚空为极则，分庭为礼，以道自重。不唯不顾毁誉，亦且不顾荣辱；不唯不顾荣辱，亦且不顾利害；不唯不顾利害，亦且不顾生死。”由此可见，他是遵循林龙江先生的三教合一大旨，加以宣扬和发挥，为三一教“鼓与呼”。并指出：“儒之执中，即道之守中；道之守中，即释之空中；儒之一贯，即道之得一；道之得一，即释之皈一。夫如是，则道统中一之传，使天下万世，得以共知而共见者也。”他认为，“三氏之道，至林子而始明。”
董史还告戒世人，学习林子著作时，“不知林子道统中一之传，而以林子之道，竟为之空谈，竟为之说怪；或以治病来存养之源，或以大道为谋利之本。不唯林子之道失其传，而林子之教，亦且扫地矣”。他的恩师陈衷瑜，在生时就再三考虑这个问题，“将卢子所遗未成之稿，择其可删者删之，可补者补之”。这样，有了《林子本行实录》，后世之人就知道林子的所作所为，即使有“规利之徒，空谈说怪之辈，亦不得而影之响之者”。最后，董史还竭力宣扬和推崇其恩师陈衷瑜，他说：“天不生林子，则三氏之道不明于天下万世矣；天不生陈子，则林子之道又不明于天下万世矣。此余所以推崇陈子之功，不在孟子下者，未始不为是也。”因此，他把陈衷瑜顺治甲午年（1654年）编辑的《林子本行实录》参订，并把自己顺治乙未年（1655年）秋在涵江三一堂明宗包写的《夏午尼三一教主本行实录序》，命门人一并付梓。他还写了《林子本行附跋》，简介自己是“承吾师陈子遗命为之完成《林子本行实录》……复附卢子、陈子本行于其后，以示道统之传”。
《林子本行实录》再修订和出版发行，对全面系统地神化三一教主林龙江起了很大的作用，也保全三一教进一步宗教化。
清顺治十八年（1661年），董史为“林子之嫡传、后学之鼻祖”卢文辉结集的《三一教主夏午尼经训》作序。他认为：“圣人之言，圣人之真心也。以已之真心，不蔽乎物者，以为天下万世之人见而行之，行之以为圣人也。由此以观圣人者，我之真心也。”并称林子之言，象尧舜、孔子一样，都是圣人之言。“所谓圣人之言，圣从之行也；圣人之言，圣人之真心也”。他还说，由仲尼而下，言之可行于天下万世者，非林子是谁呢？“《夏午尼经训》足以垂训于天下万世矣。
明末清初，民间为纪念林龙江，纷纷建立三教祠堂，以供遗像，”上而延、建、汀、邵，下而晋、安、清、漳，皆有三教堂。林子的故乡－－莆田、仙游，几乎村村都有三教祠。康熙八年（1669年），董史重建崇祯二年（1629年）董应阶创建的莆田尚阳三教祠。他自己高兴地对门徒说：“当代祠宇遍于寰。”
董史与卢子、陈子一样，当初都宣扬林龙江先生的三教合一大旨，编印林子的著作；接着自已著书和传教，后来都把自己神化，甚至“离经背道”。
康熙二十七年（1688年）左右，董史在莆田病逝。
二度花开话朱昆
在莆田、仙游民间，至今还流传着“三教被朱昆败”的俗语。这与当时的社会背景和历史条件有关。我们不能单凭道听途说，或人云亦云；也不能站在对立面，轻易地评判。
在清朝初期，满清政府为巩固自己的统治，就下诏调查禁民间宗教。顺治三年（1646年），吏部给事中林起元上书朝廷：“近日风俗大坏，异端蜂起，有白莲、大成、混元、无为等教，种种名色，以烧香礼忏，煽惑人心。因而或起异谋，或以盗贼，此直奸民之尤者也。……如遇各色教门，即行严捕，处以重罪，以为杜渐防微之计。”清世祖采纳了林起元的建议和意见，下诏严禁“基邪教”。民间宗教－－三一教也难免被殃及。
康熙五十五年（1716年），清廷下诏拆毁三教祠堂，整治合郡三教门徒。这与三教门徒朱昆“迷惑少妇，淫乱教规”有很大的关系。为澄清事实，辨明真相，事情还得从头说起。
朱昆，莆田城郊人。他成为三一教门徒后，刻苦学习林龙江的“九序心法”，为城乡百姓“祛病健身”。并收到了显著的功效。一时被郡人称为“神医”，也有人说是林三教“九序心法”的“嫡传弟子”。每天登门求医治病者络绎不绝，名扬兴化郡。
当时，“九序心 法”不但被平民百姓视为至宝，而且也引起了许多士大夫的浓厚兴趣，请求朱昆治病的土豪、绅士、官员也不泛其人。
传说，朱昆运用“九序心法”，不但能为人治病，而且还能使生物“二度花开”。这种反季节的人工“园艺”，被世人称为“催花术”，连一些发育不良或不能怀孕生育的女子，也去请求朱昆治疗。
城郊有一财主，良田百亩，家资巨富，他的一个媳妇患了不育之症，请求朱昆去医治。朱昆诊断了症状，找到了病因，授以“艮背法”，并运用气功，只一个疗程，就把财主的媳妇治好了。财主十分高兴，到处颂扬朱昆高明的医术。为了感谢他，除了赠送一面题为“妙手回春”的锦旗外，还办了一担礼盘，内加二百两白金，亲自登门去“谢劳”。
朱昆为财主媳妇治病的奇闻，象无脚的春风，很快传遍了兴化大地。莆田县令杨鳌（祖籍安乡），听到这个新闻，喜出望外。因为他的夫人－－二奶奶生得又白又胖，十分标致，但已经二十三岁了，还未生男育女，这怎么不叫杨县令着急呢？
杨县令半信半疑，就派人请朱昆来为夫人治病。朱昆心里想：“若能治好县尹夫人的病，其功可不小啊！”他就答应到县衙去看病。
朱昆拜见了杨县令，首先试探一下县老爷的口气，好为他夫人治病。县尹问他：‘朱郎中，卑职舍人至今未生男育女，百医无效，你能医治否？朱昆满有把握地回答说：“杨夫人之病，我用二度催花之术，一次性可治愈！”
杨县尹对朱昆说：“若能治愈，必有重赏；若出偏差，休怪律法无情！”
朱昆“遵命”为杨夫人治病，并为她进行“体检”。他诊断，杨夫人是“名器受阻，难以怀胎”，或者说是“吞母”。他下决心要治好她的“不育症”。
朱昆运用“二度催花术”－－摆香案，指手划脚，吸气输功为杨夫人治病。谁知杨夫人春情大动，欲火难禁，把朱昆紧紧抱住。这还得了，杨县尹看见了，气急败坏，恼羞成怒，大发雷霆，当场骂道：“朱昆该死，胆敢迷惑少妇！”朱昆明知有口难言，赶紧把杨夫人推开，转身就逃走。
可是，杨夫人三日昏迷不醒，县尹疑心重重，以为被朱昆调戏作弄，上当受骗－－把一个年轻标致的白娘子治死了。他叫人用棺材收殓，暂且寄厝在郊外，派人日夜守着，以防被贼开棺偷窃。
再说，两个差役在看守里厝。到了三更半夜，突然，从棺材里传出来杨夫人的叫骂声：“哎呀！朱昆无理，害我半生死；生人当作鬼，埋在棺材里！”
看守的差役吓了一跳，好一个杨夫人从里面站起来。她好象比以前瘦了一些，反而变得更年轻，更标致了。
杨夫人为何能“死而复活”呢？据说是朱昆在异地用气功，使她“起死回生”。
在封建社会里，男女授受不清，岂能有越礼行为。杨县令下令拘拿朱昆，风声甚急。朱昆明知县老爷是不好惹的，早就逃跑出去避难。于是，“朱昆迷惑少妇”的奇闻，传遍了兴化郡，大人小孩都埋怨“朱昆无天理，害人半生死”。
事后，全部的三教门徒，都受朱昆事件牵连，纷纷逃避乡下，许多三教祠堂也被拆毁。有的门徒，把林龙江的偶像寄在玉皇殿或文蛙宫里，才赖以保存。
时至今日，朱昆还被人诬为“迷惑少妇”的罪魁祸首，该不该为他平反昭雪呢？
附录
三一教师徒诗词选
1、林龙江诗词选
醒心诗（81首选27首）
悟入风花不尽诗，狎情鸥鸟坐忘机。
欲将三教明归一，汉代由来有是非。
只有金针解指南，由来三教不为三。
虚心每爱孔夫子，问礼殷勤向老聃。
下有鱼兮上有鸢，道散两间只自然。
生生化化元无尽，一物由来有一天。
睡起凭栏看月华，疏松影里尽烟霞。
春风自有真消息，不向西园问落花。
人生何地无曹溪，弹指不劳身已西。
自得两轮日月在，春风到处有莺啼。
何虑何思只寂然，儒家静即佛家禅。
行亦能禅动亦静，由来三教在心传。
尽心知性有谁知？了性明心便属疑。
未明心性元无物，独坐空山总是驰。
随柳傍花愿不违，清风明月许谁知？
滔滔浩浩长江水，正是仙人吹笛时。
一气天然相始终，屈伸阖辟自无穷。
徘徊云影天光外，自在清风明月中。
火风地水却非真，住世百年有此身。
若道此身能不死，古今谁是长生人？
学问能求心放逸，便为主敬实工夫。
始识纷纷争辨者，支离元不是真儒。
十载烟霞寄此山，民胞物与每相关。
天然一气无分别，万古襟怀宇宙间。
道在青松月在花，清风万里泛归槎。
此心不是元无物，何处月明何处花？
山北山南水满渠，动中自有静工夫。
不妨逸兴千篇在，每到忘言一字无。
由来物物有真机，无限风光无限诗。
自是天然无粉饰，些儿着意便支离。
浩然正气与天同。呼吸便能赞化工。
何处不来天上月？野花啼鸟自春风。
栽莲种菊本无着，直寄衷情草木知。
须知弄月吟风意，即是角巾漉酒时。
醉舞春风海上楼，白云不尽在溪头。
一声铁笛斜阳外，世事都将付野鸥。
莫言黄菊已离披，万物归根自有时。
能解天然开谢意，犹堪载酒向东篱。
春风何意催花柳？花柳无私自春风。
心性精微六籍外，乾坤浩荡一丸中。
为爱天边月一轮，天风为我吹浮云。
浮云散尽清光在，此境无人堪与论。
草木无心草木闲，自凋自发自深山。
乾坤亦在虚无里，不尽虚无杳霭间。
作人须作万古人，万古之人只此身。
浑沦天地吾非我，颠倒阴阳主是宾。
休道前身我是谁，冥冥杳杳有谁知？
今生不省前生事，知命从来更不疑。
尽心知性便知天，自是篇章难尽传。
惟了古人言外旨，亦儒亦释亦神仙。
五山作
我在南山南又南，南山坐破几蒲团。
出山不识南山路，云散南山山外山。
我在北山北又北，山上有岩下有谷。
山北清溪日夜流，出山骑鹤还山鹿。
我在东山东又东，东山习习正春风。
雷击地裂龙蛇醒，李白桃红造化工。
我在西山西又西，西山斜日草妻萋。
挥戈指日西山上，卓午中天未易低。
我在中山中又中，西山泰华岱山东。
霍山南峙恒山北，我是山中一老翁。
山中作
山下清溪山上云，山中麋鹿自成群。
莫道山人无好况，只将呼吸赞乾坤。
答俗人
缥缈烟云是我乡，清歌能短复能长。
倒骑黄鹤不归去，万顷波涛空夕阳。
刻标摘正义竣事
谈儒谈佛亦谈玄，孟浪人间六十年。
欲悉三门归孔氏，也曾标摘有新编。
律诗二首
生生每不穷，一气自鸿濛。得意鸢鱼外，忘形俯抑中。
春风披绿草，秋雨滴寒蛩。代谢错行里，盈虚相始终。
水流花自发，吾亦任吾真。兴入啼莺外，风来弱柳春。
观化知无物，达生识此身。居尘尘不染，方是出尘人。
月亮
飒飒飘风，茫茫雨雪。须臾吹散万里云，现出青天一轮月。一轮月，临丹阙。山有时而催，海有时而竭。照尽万古此乾坤，清辉炯炯长不灭。
书像自赞
余不知天地生人之始也，距今几万岁；又不知天地生尔之形也，距今几个身。一岁复一岁，苟求其故至于寅；一身复一身，身身皆毙却非真。故丹青之所能寄者我之形，而丹青之所不能寄者我之神。
尔不言，意何为？肚里好坏（原作“怀”疑为“坏”）惟我知。达则兼善乎天下，穷则修身见于时。若所云三教合一之旨，岂曰能破万古斯世之疑？
方袖方领，见影愧影。索镜按图，吾今识吾。自惭七尺一丈夫，非释非道亦非儒。倦来睡一着，兴到酒数盂。鼎鼎百年内，安用此微躯？
尔似我，我似尔，尔我相似分尔汝。我与尔也却能忘形骸，尔与我也相对没言语。
饮溪山草堂醉后走笔一首
君不见羲和驾日车，鞭策六龙欲安如。朝挂扶桑枝，薄暮没四海。一夕复一朝，万古长不改。人生闪烁如电光，昔时俊逸少年郎，今朝双鬓生秋霜。所以贤达人，相呼入醉乡。兰亭曲水流玉觞，竹林七贤皆若狂。吁嗟乎！此人之徒死已久。恩也千载而下，何人对酌花间酒？
题兰水图赠别张屦山归泰和
君昔来兮梅花岭头白，君今去兮芳草崖边碧。君乃江右之逸人，余亦闽南之狂客。手持青囊经，别我何所适？千里西风寒，飘翩鹤一只。时披兰水图，谁道江山隔。霞外若相思，浩歌在岩石。
2、卓晚春诗选
跣足二首
天上逍遥卓晚春，桃源深处老乾坤。倒骑黄鹤归沧海，脚带青天几片云。
披认兼跣足，开口笑王侯。千年浑似醉，一世懒梳头。
霜天俗于天池漈
嘉靖癸丑正月望日昧爽，值霜天寒甚，西塔院僧如勖、如山等，恳请小仙浴于天池漈。先具茶饼，会七寺诸僧及远近来观者，浴罢饮水十七瓯。次日，又浴于南门河，饮水十八瓯。
朝来此溪中，沐浴不知寒。清霜与白水，漂我此金丹。
金丹
大道金丹不在书，千言万语总为虚。中间一点无人透，黄金屋里有真珠。
吕真人
志气昂昂星斗寒，腰悬一剑过南山。人道蓬莱万里远，我说桃源咫尺间。
西湖
两岸桃花依旧开，英雄一去几时来。歌舞千年流不断，宋家明月照苍苔。
画梅自题
草笔写悬崖，月明以为家。未见黄金弹，先吐白玉花。
山中之作二首
步入青山身转悠，碧溪春水年年流。金谷不如农夫乐，一度花开一度秋。
一片青山倚碧天，白头不老几千年。夜凉常有神仙卧，月皎云飞鹤啸泉。
开帘见月
落花流水两无情，流水落花几度春？开帘惟见庭前月，遥指婵娟作故人。
题自己之像
披衣散发白云留，尽在胸中细运游。一片野心天地阔，万年松鹤乐悠悠。
桃花
乔石清风在，神仙去不回。山头无一事，碧桃花自开。
广化寺同吴分守宴饮作
三人共酌五壶酒，邂逅人间豪杰友。莫道陶潜今不在，与君夜话顷刻久。
醉后作
昨日南山采绿霞，一溪春水涨丹砂。如今醉酒忘归去，洞口碧桃几度花？
偶题五首
桃花问明月，不知今几春？山头无俗客，天风作故人。
飘然出云中，野花溪头开。万里秋风夜，青霄鹤未来。
秋云山头流，桃花几回春。逍遥云外去，古今一闲人。
归去华山下，碧水流落花。山头秋月白，神仙老故家。
答问
人人问小仙，小仙性气颠。日日醺醺醉，醉倒不知天。
九鲤湖
道士来时江月留，伊人今去海山秋。不知何处吹横笛，湖里梅花空自流。
洗脚
等闲小船坞脚步青云，步入青山几度春。且看桃花随水去，不知何处是乾坤。
春燕
燕子飞来话古今，一年发去一年新。山头白石依然在，树上桃花也笑人。
武夷
云在山头碧水连，水流山下几千年。洞天卅六于云外，身在武夷第一天。
月华
散发长歌踏紫霞，羽衣掩映碧桃花。醉来高卧虚无里，倒看青天吐月华。
3、卢文辉《性灵诗》选
心性
未发之前心是性，已发之后性是心。心性源头参不透，空从往迹费搜寻。
性命
性命双修是嫡传，冥冥杳杳玄又玄。谁知本体无生死，死死生生孰使然。
七窍
一阳动处众阳来，七窍通时万窍开。惟向身中求造化，不从海上觅蓬莱。
活神仙
由来方寸有真仙，九转丹成只自然。身在尘中尘不染，堪称世上活神仙。
孔子仲尼氏赞（选》《其一》）
道祖唐虞精一传，周公梦寐契先天。春秋大义天王重，二百余年南百权。
孔子仲尼氏赞（选》《其七》）
六经删定古文章，洙泗源深教泽长。经往开来参造化，大成至圣道之纲。
道清尼氏赞（选》《其一》）
金台玉局绕丹云，上有真人称老君。八十一化长生诀，五千余言不朽文。
释迦尼氏赞（选》《其一》）
雪山苦行六年多，自性金刚断众魔。四偈擘开千佛秘，瞿昙花下笑弥陀。
林子午尼氏赞（选》《其一》）
道脉相传自有真，东山乌石现麒麟。混元五百三龙会，孔老释迦合一身。
东山宗孔堂
东山积石似麒麟，毓秀钟灵出至人。夏午传来惟一中，古今道统属谁身？
登石竹山
穿云远树郁葱哉，楼阁清虚傍石开。峰顶丹霞千万片，拟招仙子下瑶台。
春日送周生如文之粤东，兼示刘、姚、李、陈、萧、江、邓、曾之诸生（二首）
朝来话别上河梁，马首垂垂杨柳长。东望粤山云五色，凭谁剪破绚文章。
草色青青动去骖，手中龙剑拂飞岚。莫云前路无知已，吾道于今到岭南。
4、陈衷瑜先林龙江
三尼间气，数过二千。笃生教主，夏日中天。明中一旨，统圣玄禅。归儒宗孔，体用兼全。经世出世，至教别传。了证极则，洞彻玄玄。居太极前，还无始先。果圆弥勒，普度人天。位补释迦，掌握法权。金身本体，化现无边。虚空真宰，终始地天。真阳来复，亿万万年。
5、门人林兆珂、赞三教
钟元夏午，貌禀四灵。涵三宗孔，序九觉冥。应麟其业，荷象厥经。出有入无，斯道日星。
6、 林山阳赞三教先生
弃名学道铁心肠，大旨如雷传四方。御寇赈灾保社稷，毁家纾难为家邦。著书立说千秋在，倡教归儒万古扬。虽有三传和四配，兴衰嬗变是沧桑。
三一教楹联选
春光；夏午。
立德；行善。
专心；立志。
参禅；悟道。
清风；明月。
道高；德重。
道明；理顺。
修心；笃志。
正气；明心。
浩天；大道。
道高龙虎伏；德重鬼神钦。
道从心里得；静在动中求。
祥烟绕圣阙；紫气霭琼筵。
开金台玉宇；放正大光明。
四垓之内皆兄弟；三教原来是一家。
理顺古今开夏午；道明日月照春秋。
沧海青阳辉万里；东山明月照千秋。
学贯三家垂万世；乐传五乐祝千秋。
三教麟山开道统；千秋马鬣郁长林。
元气所充皆正气；本心无忝即明心。
圣学统宗皈一夏；玄机大道绍三尼。
枝叶相连承道脉；纬经并接悟玄机。
道炳乾坤扶万古；学参天地贯三门。
南海慈悲尊大士；东山道德敬先生。
但得个中无限乐；悟来性里有真机。
白云有幸飞千里；明月无私照万家。
心源洞达参三氏；道气周流满六虚。
倡明三氏归原道；博览百家见本源。
淡饭尽堪充一饱；锦衣那得有千年。
德善夏门昭正气；纲维午运复真阳。
溪山叠叠云为伴；涧水潺潺月印心。
石现麒麟山毓秀；樟临彩凤地钟灵。
教有三门儒是主；功分九序艮为先。
乌石祖祠千古仰；麟山道脉五洲传。
大道无偏而后倦；至诚不息自先知。
花月为邻能自乐；诗书作伴足承欢。
三一教传心传道；五百年名世名山。
金谷园中皓月照；玉华洞里彩云飞。
花间酌酒邀明月；石上题诗扫绿苔。
世事风尘书作拂；人心海水理为堤。
祠宇功成双凤舞；歌台乐奏九龙飞。
敬君子方为有德；让小人不是无能。
寿极高悬昭夏午；星辰拱照耀秋天。
忍一言风平浪静；让三步海阔天高。
紫气东来朝海日；白云漫渡醉薰风。
三教经书传善事；万民锣鼓庆长春。
晚日霞光临慧眼；春风温暖拂金身。
江山寄迹无非我；天地为庐亦借人。
文章学问明心性；道德渊源阐圣贤。
扶桑初日分天地；沧海无波属圣明。
诗史关怀深雨露；文章总额会风云。（书院）
东言旭日暖桃李；山岳春风拂竹樟。
圣德馨千年俎豆；文章启百代科名。（书院）
鸢鱼无意忘天水；鸥鸟有情乐竹林。
理学渊源垂宇宙；儒宗粤旨立津梁。（孔子庙）
千载芳名垂史册；万年庙宇壮江山。
象山有鸟皆成凤；醴水何鱼不化龙。（书院）
书未有兮经我读；事无不可对言。（朱子殿）
夏门普及亚欧美；圣道贯通天地人。
痴迷不醒如履长夜；知觉启蒙恰似初明。
同心同德四民迪吉；能悟能修三教永兴。
教主立言，功德无量；凡人悟道，圣贤可为。
开一夏法门道昭日月；阐三门真谛德并乾坤。
学道功夫修身养性；心法无他复礼为仁。
三门阐教炳千秋圣哲；一夏中天开万古愚蒙。
吾本虚中明乎即圣；道无无后达者为师。
天地人万物，均同斯道；圣玄禅三教，只此一心。
世第流芳治家肃法；名门毓秀教子有方。
悟至道方可参透宇宙；明玄机便能燮理阴阳。
献南山颂星辉七月；倾北海樽寿祝千秋。
世事让三分词严义正；心田留一雨子种孙耕。
儒道释俱尊理无别；圣玄禅是一道不殊。
礼义廉耻乃立身至宝；忍辱柔和是学道妙方。
谈经书惊醒世间名利客；宣道义唤回苦海梦迷人。
天理地理人理理理如存天理；善心信心良心心心皆向善心。
道不远人，只在人伦日用；性无不善，有何贵贱贤愚；
眼空耳空五蕴皆空，空即是色；心静意静万般俱静，静而能安。
讲学时，论是非，不论利害；应事时，顾利害，不论是非。
集三氏大成三教灿两轮日月；开一夏妙道一中扶万古纲常。
重纲常习四业奉公守法；遵圣训悟一中学道治家。
寿极高悬映无山庆晚春不老；辰星拱照庇梓里祝真人无疆。
引道释以归儒，儒归孔子；贯天人而立教，教立先生。
乾为天坤为地阴阳会处而万物育；春而夏秋而冬风雨顺是则四民安。
祝寿诞，八乐十音歌一曲；祭圣贤，六斋五果并三牲。
真心诚意劝个个爱民爱教；苦口婆心愿人人利国利家。
事在人为莫道千般皆是命；道由心学须知万法总归心。
天地人已列三才，妙用非我还是我；儒道释今标一夏，总持是心却非心。
振纲常世复唐虞，三教灿两轮日月；修道德心宗孔孟，一中扶万古乾坤。
贤此心，圣此心，天地亦此心，主敬最要；
家吾事，国吾事，宇宙皆吾事，集义为先。
贤等莫欺余，生死第一关，果尔能看得破；
我今试问你，义利两个字，岂其无愧于心。
手泽活梓桑，莆口皆碑，功德曾覃百里地；
心传著薪火，麟山导脉，馨香今遍五洲侨。
一而天，下而地，中而人，天地人三才都归真我；
圣而儒，玄而道，禅而释，儒道释三教只此一心。
毁誉，荣辱，利害，死生，这四关须立定脚跟，方打得透；
孝悌，忠信，礼义，廉耻，这八德毋徒腾口说，要见诸行。
非我之我元是我，而天，而地，而民，而物，亦皆备于我；
无心之心岂有心，乃圣，乃神，乃武，乃文，总不外此心。
鸢飞鱼跃总天机，木石有情，江山无恙；
兔走鸟飞参道妙，烟霞不老，风物常新。
林龙江年谱（1517-1598年）
林龙江，原名林兆恩（下称林子），系出唐九枚端州刺史林公苇之后。字懋勋，号龙江，又称子谷子。世居福建莆田城东赤柱巷。祖父林富，弘治壬戌进士，官兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总制两广。父亲林万仞，恩荫太学生。母亲李氏，系知州孚先公之女，生兆金、兆恩我、兆居三子。
明正德十二年丁丑（1517年）
七月十六日寅时，林子生于福建认化府莆田县城内赤柱巷林府。
正德十三年戊寅（1518年）
林子周岁时，试晬盘，独举一个镜。他相貌魁梧俊伟，祖父林富觉得很罕见。
正德十五年庚辰（1520年）4岁
王阳明先生造访林府，林富令孙子兆恩拜见。阳明赞曰：“此儿丰姿卓异，殆非科第中人。其后日福量，过于先生远矣！”
嘉靖元年壬午（1522年）6岁
林子入县庠小学。每读数行，须数十遍方能认识。林富以为才不称貌，有些失望。
嘉靖八年已丑（1529年）13岁
林子每次外出，经常把白金（银两）施舍给贫穷的人。母李氏以为其妄费而诘之，答曰：“胡不以吾之有者余，补人之不足乎？”
嘉靖十一年壬辰（1532年）16岁
林子文窍始通，下笔如流，撰《博士家言》，文词华丽通畅。林富又“大奇其才”。
嘉靖十三年甲午（1534年）18岁
林子成试俱优，督学潘潢阅其试卷，评为见理之文，拔置高等，补邑弟子员。
初聘侍郎陈公之女，不录。随后娶主事仙游郑主敬之女，愈年而卒。
嘉靖十六年丁酉（1537年）21岁
续娶县令陈杰之孙女为妻。“幽闲静一，淑惠天然”。
嘉靖十九庚子（1540年）24岁
督学田汝成校莆，首拔林子，并命其作《拟古诸书》。
秋，往仙游九鲤湖祈梦。后楚何心尹先生曾对人说：“林生之文，我朝第一，即王阳明诸辈，皆不能及也。”
初次赴福州应省试，落选而归。
嘉靖二十二年癸卯（1543年）27岁
郡节推章檗传梓林子文稿《林生文略》。
秋，往福州应秋闱试，落第而归。
长子纶出生，字方治（后补郡弟子员，更名锡命）。
嘉靖二十三年甲辰（1544年）28岁
其父林万仞病逝，林子兄弟三人遵父遗嘱，将债单全部还给债务人，叫他们不要还债。
嘉靖二十五年丙午（1546年）30岁
往江西拜谒太史罗洪先，为其叔父林万潮求墓志铭。
八月，前往福州应乡试不第，绝意科举。归莆后，决定转向探讨心身性命之学。
嘉靖二十六年丁未（1547年）31岁
次子纨出生，字方质。
嘉靖二十七年戊申（1548年）32岁
莆田南渚林道士卓晚春登门拜访，两人一见如故，结为方外游。数载之间，形影不离，晨夕谈讨，纵饮行歌。时人称“卓狂林颠”。
后有《寐言录》二集传世。
嘉靖二十八年已酉（1549）33岁
四月，与卓晚春一道入榕城，寓居西禅寺。
六月，与卓晚春同游囊山寺。
嘉靖二十九年庚戌（1550年）34岁
其兄兆金登进士第，族人庆贺，规劝林子复事科举，他不应允；邑博士武阳也劝林子复事举业，他不答应。
当时兆恩每日清晨即往南山寺，至晚方归。拜谒母亲后，又到东岩山，常夜眠石床上，咏歌自适，数载如此。
嘉靖三十年辛亥（1551年）35岁
在东山“宗孔堂”讲学，倡立三教。其友黄州（城厢乌衣巷人）最先入教。后有黄大本、萧应麟、黄崶、林亹、朱廷柱、郑泳、兆居、兆诰、兆琼、兆豸等相继受业。兆恩开始用“心法”（艮背法）为民治病。
嘉靖三十一年壬子（1552年）36岁
林子请求取消他庠士（秀才）名籍，督学朱衡不允许。
林子在督学门前拜谢，焚青衿而归。朱衡大怒，欲擒林子。郡守董士衡进言曰：“此人真为道不为名也。”朱衡方息怒。
八月，太史罗洪先致书，兆恩复函，阐述三教合一之旨。
嘉靖三十二年癸丑（1553年）37岁
督学朱衡令邑博士王武阳，以作文召林子讲学，林子不从命。朱衡檄下有司拘拿兆恩。往省城参见督学，力请削去学籍，朱衡不允。旋居榕之城西僧舍，谈论儒学。
秋，编辑其言论成册，名曰《林子》。莆地主官郑一鹏撰《莆阳舆议》，嘲讽林子言行。
时莆田仙游一带乡绅纷纷议论林子的言行，难免有微辞。故凡来求教者，林子必稽其素行如何，又须介绍往返数次，然后受之。
嘉靖三十三年甲寅（1554年）38岁
林子自号“心隐子”，汇集《林子旧稿》，著《非三教》、《明经堂》、《崇礼堂》、《山人》。
嘉靖三十四年乙卯（1555年）39岁
八月，母李氏病危，林子不脱衣冠，在家侍候。
十月，母李氏病逝，两年后葬于石门山。
十二月，倭寇进逼莆田城，防守甚急。时值严冬，又多夜雨，守城将士苦不堪言。林子令人携酒、粥、钱、米等救济他们。
嘉靖三十五年丙辰（1556年）40岁
时瘟疫流行，许多人病殁。林子变卖田产，购办棺材，施舍给无法购置棺材的贫困者。此后，岁以为常。
嘉靖三十七年戊午（1558年）42岁
春，在莆田东岩山宗孔堂宣讲五礼，著《四代礼祭图说》、《射礼冠礼仪节》、《崇礼堂》。
四月，倭寇数千围攻莆田城，形势危急。林子倡仪诸缙绅与路过莆田城的广东兵（亦说湖湘麻阳兵）订立契约，击退倭寇给予千金奖赏。广东兵缒城、渡河奋击，倭寇退却，解城之围。广东兵讨取赏金，林子给予百金。
诸缙绅以广东兵击退倭寇后，又抢掠当地居民财产，拒绝付给赏金。广东兵大怒，把林子抓到演武场殴打，并威胁要杀他。众缙绅见势不妙，乃筹齐赏金，广东兵才释放林子。事后里人归功，共设彩帐感谢他，揭曰“一券全城”，以表彰林子的义举。
嘉靖三十八年已未（1559年）43岁
楚人何心隐抵莆，拜谒林子，并大力赞扬三教合一论，认为这是当今的“第一等事业，第一大教门”。
著《醒心诗》81首。
嘉靖三十九年庚申（1560年）44岁
五月，摘注《醒心诗》36首解注，又著《三教要旨》。
时倭寇猖獗城外，村民纷纷进城避难，散居城中及寺观，许多人贫病交加，痛苦不堪。林子遣派门徒赈以钱米，兄兆金、弟兆居亦捐金救济难民。
嘉靖四十年辛酉（1561年）45岁
冬，倭寇迫城，疫疠并臻，死者相枕。林子命黄仕钦、林兆居、吴三乐等70余人门徒，在城内外收尸2200余具，掩埋于太平山，并作《收尸歌》祭奠。
十二月，著《常明教》，学者称林子为“常明先生”。
嘉靖四十一年壬戌（1662年）46岁
正月，林子命请北京僧无闻、漳州僧圆圜、平海僧净圆，在莆田城内外收埋尸体，积薪火化5000余具，并作《招魂歌》三章以祭奠。
三月，疫疠流行，鬼怪奇谈四起，造谣惑众。林子用正白体大书曰：“道高龙虎伏，德重鬼神钦。”以安定民心。
五月，命僧云章、法从，道士何佐等10余人，在南北洋等处收,4000余具，积薪火化。
六月，在天心楼著《三教会编》。
九月，戚继光在莆田林墩大败倭寇，民众倡议建祠堂纪念他。林子首先捐田30亩，又帖告示募捐建造戚光祠。后又捐田20亩，供戚光祠春秋二祭。同月，著《防倭管见》，但当时缙绅不从其议。
十一月二十九日夜分，倭寇攻陷莆田城。林子从北门逃出，幸免于难。
嘉靖四十二年癸亥（1563年）47岁
春，倭寇退出莆田城，林子变卖田产，命刘献策、僧法从等18人收埋尸体，积薪火化，葬于南北河尾二山约有4000多具，又安葬百余担遗骨。
二月，命梓《三教会编》。
三月，命朱禹、雍文命等9人，往崎头收尸，火而瘗之者800余具，又拾遗骨不计其数。
十一月，开始著《诗文浪谈》。
嘉靖四十三年甲子（1564年）48岁
春，命许梦笔、吴梦龙、僧明珪等10人往仙游收埋尸体800具，并亲自荐拔游魂，洒清衢道。
郡守易道谭听说兴化积尸盈城野，遂停车福清，不敢不任。及闻林子收尸洒道，方敢入城。遂下令县学查勘林子行义事实，教授刘仕锐呈文上报，列举十三项认举。易道谭遂造门请教，赠送题为“清修”的匾额。
三月，命僧明丰、道士何佐等，往金陵（南京），请都宪念堂林润倡助，复建凤山寺。
夏，著《心圣直指》。
秋，赴榕城。部戎戚继光力疾拜谒林子；一闻先生指示，不觉得病之去体。“于是戒事稍暇，辄来访道，必竟日而去”。林子也“每称戚南塘有古名将风”。
十月，还莆。
十一月，著成《诗文浪谈》。
嘉靖四十四年乙丑（1565年）49岁
著《本体教》、《夏语》、《原宗图说》、《倡道大旨》等集。在《夏语》中题云：“大寤总归一夏，真空遍满三千。”故门徒尊称之为“夏午尼氏”。
七月，著《圣学要心》、《玄宗大道》、《性空宗旨》、《歌学解》。
嘉靖四十五年丙寅（1566年）50岁
林子制作三纲五常衣。李廷春题赠曰：“平生心事苍天鉴，万古纲常赤手扶。”
四月，往福州，寓洪塘金山寺。复入大中寺，著《道释人伦疏稿》。
六月，寓华林寺。
七月，游闽侯雪峰寺。
九月，还莆。
冬，改东山“天心楼”为“海日楼”。
隆庆元年丁卯（1567年）51岁
二月，往榕城，寓洪塘金山寺，借僧地方丈，建一间小楼，取名“借借室”。著《三山拾言》、《说夏篇》、《玄镜铭》、《心身性命图说》、《何思何虑解》及《存省规条》等集。
六月，复游雪峰寺。
八月，还莆。
十二月，往武夷，修止止庵及珠帘洞，登接笋峰，遇见翁离阳、刘古松两人在山上运气，林子嘲之曰：“不运气气自运，运气反令气不顺。”两人无言以对。又至建阳城外岳山庵，有万云阳道人教人日夜静坐。林子嘲之曰：“静不在坐，坐岂能静？心一无他，是为主敬。”万云阳似有领悟，随至城中光孝寺受业。
隆庆二年戊辰（1568年）52岁
三月，从建阳返莆。
四月，又往榕城传教。
七月，返回莆田。因远出传教，贽仪仍不足用，林子又向前来求教者收取赆仪（财物）。
是年，著《心镜指迷》。
隆庆三年已巳（1569年）53岁
二月，欲往武当山，因故滞留江西万年县，途中执贽瞻礼者云集，道拥不得行。返榕后，门徒洪嘉善、洪文谊两人共捐银220两，欲为林子建书院，以便讲解三教合一说。林子以“我之教未深信于人”而坚决制止。
八月，归莆。游壶山凌云殿，题一联云：“举首去星辰不远，挺身在日月之间。”
是年，刻印《心圣直指》、《非三教》、《归儒宗孔》等集。
隆庆四年庚午（1570年）54岁
时有人以三一教之名在金陵谋私利。林子闻讯后，于二月前往金陵制止。
六月二十一日抵金陵，居朝天宫西山道院。又居城外普惠寺，拜者众多，命余芹在金陵传教，兼管书籍，置立义冢。
九月初二，别诸生返回莆田。
隆庆五年辛未（1571年）55岁
九月，往榕城。
十月，寓金山寺，预草遗嘱、圹志及殡葬仪节，文载《林子续稿》。
十一月，著《三教合一大要十条》、《宗孔迩言》、《三教归儒一览》、《六美条答》、《原教》、《初学篇》、《信难篇》、《三纲卦》。
十二月初二返莆，在东岩山构筑儒、道、释三亭，东西四小轩。
隆庆六年壬申（1572年）56岁
正月，改东岩山三亭四轩为三纲五常堂，匾其堂曰“三教宗孔”。著《宗孔堂》、《道业正一篇》。
四月十九日，往樵阳传教，盛子祥、李昌隆、李儒林等入教，有些信徒绘制林子肖像，当神加在膜拜。著《樵阳教语》。
九月初二返榕，旋归莆。
万历元年癸酉（1573年）57岁
二月，前往江西传教，寓豫章北沙寄室，拜者众多。著《豫章答语》、《豫章续语》。
五月，返莆。
冬，命刘献策辑《经传释略》，后更名《四书正义》。
万历二年甲戌（1574年）58岁
撰《告天疏》，文具《疏天文稿》篇。
万历三年乙亥（1575年）59岁
二月，寓榕城。旋应按院朱光宇之请，前往延平为他治病。不久便归莆。
是年，著《三教正宗》。
万历四年丙子（1576年）60岁
二月，往榕城，寓洪塘。
著《心本虚篇》、《心本虚直指》、《先衍》、《心圣教言》等集。
万历五年丁丑（1577年）61岁
著《丝银喻》、《七窍答问》、《易解俚语》，又命刘献策标摘《四书正义》。
十月，游仙游麦斜岩，捐银建上帝殿和山门。时宗念九问导淮之道，林子为之著《导淮迂谈》。
万历六年戊寅（1578年）62岁
五月，往广州新安传教，宿于梅林数日，从者甚众。顷往浙江，古杭缙绅文士数百的，更迭辩难，无不叹服。
九月，从杭州起程回莆。
万历七年已卯（1579年）63岁
春，往榕城，居南台，开府刘思问遣人持帖约会林子，门下林君教见请帖上写有“侍生”二字，便掷回请帖，曰：“吾师非门生帖不受。”使者还报，刘思问大怒，下令拘拿林子及门徒。传者说开府按法必斩，林子毫不动色。有些门徒惧怕受惩罚，推托患病，带走刻书经费百余两潜回莆田。惟闽清门徒王兴，从家里星夜赶到刘府，为林子辩护，又呈上《告天疏》，刘思问才收回成命。
四月，返回莆田，郡倅许培之赠“南剑儒宗”匾额。
十一月，著《心圣教言》，编刻《心经诸咒》。
十二月，著《九序摘言》。
万历八年庚辰（1580年）64岁
居古囊。后游涵江上生寺。张三峰真人（化名桃文羽）来见林子。有《玄歌》、《玄谭》传录。
著《金刚经统论》。
万历九年辛巳（1581）65岁
二月，入榕城，游鼓山。
夏，往武夷，著《机说别传》。又往宁化传教。
八月，归莆，寓涵江上生寺，著《心经释略概论》、《常清静经释略》、《正宗要录》。
时倡建囊山寺，又倡建梅峰寺正殿。
万历十年壬午（1582年）66岁
倡建玄妙观玉皇殿，命朱有开、朱有临、杨玉夫等董其事。复修建三清、真武、东岳、文昌诸殿，命林自周、染如霖、林筠、林缙、林延珪效其劳。
万历十一年癸未（1583年）67岁
著《梦中人》、《道一教三》、《无遮大会》、《真我昌言》、《欲仁篇》等集。
五月，欲往武当山。途经闽清水口，遇风暴而返榕，寓洪文谊草亭，闭门谢客，20余日后归莆。
金华节推徐万仞、县尹汪可受，义乌县尹俞士章致书求教却病心法，林子命陈一夔往金华、义乌面授之。
万历十二年甲申（1584年）68岁
再编生平所著书87集，分元、亨、利、贞、乾、坤六函，总题名曰《圣学统宗非非三教心圣集》。
夏，著《元神实义》。
是岁，门徒黄芳等在莆田马峰建三教礼堂。
万历十三年乙酉（1585年）69岁
二月，募建赤屿、岩沁、宁海三塔。
秋，赤屿塔建成。其他二塔因当地村民反对而未建，林子把原来用以建塔的田产充入庞、商、戚、三公祠，作为春秋二祭之费。
命黄九思传教于漳州，金来相倡教于荆楚。
时，文人王豫来访，谈论井田之法，后来又将所著《随槎集》呈览，林子为之撰《读<随槎集>记》。
三月，按院杨四知召见林子，林子拒不往见。
四月，游武夷，会见赵可怀。旋欲金陵，中途而返，寓建宁白云寺。九月，归莆。
闰九月，时按院杨四知下令焚毁三教堂及林子书版，并欲以“惑世诬民”之罪上疏朝廷。承蒙大中丞詹仰庇、督学王世懋相劝，杨四知才稍息怒，收回奏疏，仅焚宗孔堂牌匾及《圣学统宗》书版。
十一月，隐居北山，著《无生篇》。
十二月，命游思忠、张洪都倡教于金陵，翻刻林子诸集。
万历十四年丙戌（1586年）70岁
是年，隐居北山蔡公岩，四方人士求教者络绎不绝。
著《山中报礼》，撰《炼丹诗》五章，作《鼻渊论》。
是年，鼎建蔡公岩旧址，为诸人寄寓；又建法堂及放生池，砌登岩之道路。
万历十五年丁亥（1587年）71岁
是年，仍隐居北山。
八月，归家。有庠士林蕃诬讼三一教信徒僧慧性，牵连到林子。县尹孙继有初任，不谅林子，附柰拘捕林子。林子拦腰草履入见。孙氏一见林子容貌，知乃不俗之人，遂分庭作宾主礼。
朱有开奉林子之命倡教建安，浙江有一方士扶鸾画三教合一图，诡称：“近诸神朝见玉皇开尊，所事者乃三教合一像，即今之三教先生也，可传祀之。”朱有开与友人谋划，雕刻林子画像广为散布，至是门徒尊称林子为“三一教主”。
万历十六年戊子（1588年）72岁
正月，传梓《弥勒尊佛经》。
六月，著《道德经释略》。
命门徒分类摘编林子诸集，名曰《林子分内集?三教分摘便览》共10册。又编辑《分摘拾余》3册12卷，《三教经解》10册24卷，《三教原编》10册28卷。
是岁，门徒苏簧、林自明等在涵江上生寺建堂讲学。
万历十七年已丑（1589年）73岁
命门徒陈标于诸集中摘录出24章，分上下卷，名曰《夏一》。
太史袁道致书林子，请问艮背、行庭、通关、安土敦仁、采取天地等问题，林子复函云：“读来翰，知好道之深，相爱之至矣！”并一一给予解答。
太史萧云举致书请问收心之法，“愿闻指南之方”；林子复函云：“读来翰，而向往之心可谓切矣！”并给予解答。太史王图致书启问“逐尘烦恼息妄念”之功，林子复函云：“读来翰，可谓慕道之切矣！”并给予复函说明。
是岁，林亹、林梦熊等建三教祠于瑶台。
万历十八年庚寅（1590年）74岁
时大旱民饥。命门人密访城中赤贫者，并造册登记。林子施济谷数百石，白银百余两。扶院赵参鲁、行分守道徐秉政，褒奖林子，赠予“壶山高士”匾额。
太史吴应宾致书启问三教合一之旨，南阳太守林敬冕致书请教：“中黄未有真息”、“逐尘无补”等，林子均复函详答。
时山寇曾廷邦、何泉南，作乱其党，军师陈文章诈称“三教第三子”，以此来惑众。县尹孙公鞠得其情，即以其事刻于《莆阳讯语》。
是岁，林红等建祠于美澜，陈芹等建祠于塘下，林至敬等建祠于岳秀。
万历十九年辛卯（1591年）75岁
林子命僧明丰等，呈报县尹孙公，收回永福禅寺旧地，迁守备司于演武场。
九月，建塔于芦浦，至四层时，因附近居民反对而停建。林子将其地及若干亩田租收入，送充庞、商、戚三公祠祭费。
礼部主政俞士章致书启问性命之旨及长生不死之说，林子复函详答。
万历二十年壬辰（1592年）76岁
二月，命张洪都编次《四书标摘正义》，又补充《林子分内集》中有关内容。改名为《林子四书正义》共20册。
四月，捐银百余两修建常泰里渔沧溪桥。
六月，按院陈子贞赠“高风劲节”匾。
是年，张谋、张原甫等建三教祠于莆田冲沁，朱逢时等建三教祠于莆田水南后洙。
万历二十一年癸巳（1593年）77岁
春，按院因倭惊所，下令在东岩山设火器局，备值向林子购买用地。林子无偿献地。开府许孚远赠“义先保障”匾额，给予嘉奖。
松江门徒姜云龙、陈济贤、徐光启、吕克孝等谓林子著作“浩瀚难窥，宜掇精要”，遂编辑《林子第一义》二卷，校定命梓，并致书林子，呈送《林子第一义》。林子喜曰：“此所谓知其解者，旦暮遇之也。”
十一月，著《道统中一经》。向卢文辉口授《太虚先天图》、《太极后天图》、《天地人图》、《天圆地方图》。
是年，张子升等建三教祠于莆田玉溪。
万历二十二年甲午（1594年）78岁
三月，岁歉民饥，林子捐银70两，呈送府县赈之。又输谷100石，充东厢龙坡社义仓。
五月，藏在福州李章园亭中的所有林子书版，因火灾被化为灰烬。
十月，命蔡经俊倡教于金陵，建三教祠于南京国子监前。
十二月，礼部移文购天下遗书，郡县向林子征求。因书版被煨，乃命卢文辉删校编梓生平著作，标其名曰《林子三教正宗统论》60余册。林子嫌其浩繁，命卢文辉复加编订，凡36册。
是岁，李应善、黄大寅等建三教祠于莆田清江。
万历二十三年乙未（1595年）79岁
六月大旱，太守陈公屡祷不雨，请求林子施法解救。林子设坛于凤山寺，三日果降甘霖。
命卢文辉采辑《林子三教正宗统论》的主要内容，编成《三一教主夏午尼经》36卷。
是岁，周启明等在莆田岐山建三教祠。
万历二十四年丙申（1596）80岁
七月，四方门徒8000余人，先期举行80大寿庆典。
九月，游莆田清江、玉溪、水南等地三教祠。
是岁，林馨等在莆田谷清硎头建三教祠。
万历二十五年丁酉（1597年）81岁
正月，命卢文辉摘其所著精要，编纂《三一教主夏午尼诸经纂要》四卷，以便信徒观览。又著《经训》一卷。
江西益王仙源赠“道绍三尼”匾，又为《众妙玄经》作序而梓之。
十二月，林子病重，虽平时熟悉来访，多不忆其姓名。
林子对门人卢文辉曰：“吾将归矣……一心无挂碍，要体本虚空。真心无坏，真性无灭，明此心了此性，天外徘徊。吾今归后，道属尔躬，尔其勉之。”
是岁，林鸣梧等在莆田奉谷林宅建三教祠。
万历二十六年（1598年）82岁
正月十四日寅时，林子寂然拱手而逝。但见他肢体和柔，须鬃转黑，神色淡黄，不少殒落。
讣闻，远近门人无不奔走悲号，如丧考妣。赴吊者，有万余人。
万历三十年壬宣（1602年）
正月二十八日，孙齐瀛奉先生灵柩于莆田县文赋里石门山（今华亭镇后角村）。执绋为刍者，七千余人。
二月四日安厝。
是岁，林凤仪等建祠于石城。王克芳、寥德馨、林速等建祠于枫亭。陈天祐等建祠于安民铺。王兴同福清林则志等建三教祠于化北上泽埔。
附记：本年谱根据《林子本行实录》、《林子年谱》、《林兆恩生平事迹年表》等综合整理。
