六框阅读翻译DNA序列 dna序列分析软件-爱华网

六框阅读翻译DNA序列

usestrict;

usewarnings;

my$dna='';

my$protein='';

my@file_data=();

my@filedata;

my$revcom='';

#打开文件

@filedata=get_file_data();

#得到序列

$dna=extract_sequence_from_fasta_data(@filedata);

#六框阅读翻译

print"n---------------------ReadingFrame1-----------------n";

$protein=translate_frame($dna,1);

print_sequence($protein,70);

print"n---------------------ReadingFrame2-----------------n";

$protein=translate_frame($dna,2);

print_sequence($protein,70);

print"n---------------------ReadingFrame3-----------------n";

$protein=translate_frame($dna,3);

print_sequence($protein,70);

print"n---------------------ReadingFrame4-----------------n";

$protein=translate_frame($dna,4);

print_sequence($protein,70);

print"n---------------------ReadingFrame5-----------------n";

$protein=translate_frame($dna,5);

print_sequence($protein,70);

print"n---------------------ReadingFrame6-----------------n";

$protein=translate_frame($dna,6);

print_sequence($protein,70);

subget_file_data

{

#Asubroutinetogetdatafromafilegivenitsfilename

#读取文件的子序列

my$dna_filename;

my@filedata;

print"pleaseinputthePathjustlikethisf:\\perl\\data.txtn";

chomp($dna_filename=<STDIN>);

open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("cannotopenthefile!");

@filedata=<DNAFILENAME>;

closeDNAFILENAME;

return@filedata;#子函数的返回值一定要记住写

}

subextract_sequence_from_fasta_data

{

#*******************************************************************

#AsubroutinetoextractFASTAsequencedatafromanarray

#得到其中的序列

#fasta格式介绍：

#包括三个部分

#1.第一行中以>开头的注释行，后面是名称和序列的来源

#2.标准单字母符号的序列

#3.*表示结尾

#*******************************************************************

my(@fasta_file_data)=@_;

my$sequence='';

foreachmy$line(@fasta_file_data)

{

#这里忽略空白行

if($line=~/^s*$/)

{

next;

}

#忽略注释行

elsif($line=~/^s*#/)

{

next;

}

#忽略fasta的第一行

elsif($line=~/^>/)

{

next;

}

else

{

$sequence.=$line;

}

}

$sequence=~s/s//g;

return$sequence;

}

subprint_sequence

{

#Asubroutinetoformatandprintsequencedata

my($sequence,$length)=@_;

for(my$pos=0;$pos<length($sequence);$pos+=$length)

{

printsubstr($sequence,$pos,$length),"n";

}

}

subcodon2aa

{

#第三种方法

#也就是运用哈希

#我们将所有的密码子作为hash的key，然后将代表的氨基酸作为hash的value

#然后进行匹配

#codon2aa

#AsubroutinetotranslateaDNA3-charactercodontoanaminoacid

#Version3,usinghashlookup

my($codon)=@_;

$codon=uc$codon;#uc=uppercase;lc=lowercase

#也就是大小写转换，uc表示将所有的小写转换为大写

#lc将所有的大写转换为小写

my(%genetic_code)=(

'TCA'=>'S',#Serine

'TCC'=>'S',#Serine

'TCG'=>'S',#Serine

'TCT'=>'S',#Serine

'TTC'=>'F',#Phenylalanine

'TTT'=>'F',#Phenylalanine

'TTA'=>'L',#Leucine

'TTG'=>'L',#Leucine

'TAC'=>'Y',#Tyrosine

'TAT'=>'Y',#Tyrosine

'TAA'=>'_',#Stop

'TAG'=>'_',#Stop

'TGC'=>'C',#Cysteine

'TGT'=>'C',#Cysteine

'TGA'=>'_',#Stop

'TGG'=>'W',#Tryptophan

'CTA'=>'L',#Leucine

'CTC'=>'L',#Leucine

'CTG'=>'L',#Leucine

'CTT'=>'L',#Leucine

'CCA'=>'P',#Proline

'CCC'=>'P',#Proline

'CCG'=>'P',#Proline

'CCT'=>'P',#Proline

'CAC'=>'H',#Histidine

'CAT'=>'H',#Histidine

'CAA'=>'Q',#Glutamine

'CAG'=>'Q',#Glutamine

'CGA'=>'R',#Arginine

'CGC'=>'R',#Arginine

'CGG'=>'R',#Arginine

'CGT'=>'R',#Arginine

'ATA'=>'I',#Isoleucine

'ATC'=>'I',#Isoleucine

'ATT'=>'I',#Isoleucine

'ATG'=>'M',#Methionine

'ACA'=>'T',#Threonine

'ACC'=>'T',#Threonine

'ACG'=>'T',#Threonine

'ACT'=>'T',#Threonine

'AAC'=>'N',#Asparagine

'AAT'=>'N',#Asparagine

'AAA'=>'K',#Lysine

'AAG'=>'K',#Lysine

'AGC'=>'S',#Serine

'AGT'=>'S',#Serine

'AGA'=>'R',#Arginine

'AGG'=>'R',#Arginine

'GTA'=>'V',#Valine

'GTC'=>'V',#Valine

'GTG'=>'V',#Valine

'GTT'=>'V',#Valine

'GCA'=>'A',#Alanine

'GCC'=>'A',#Alanine

'GCG'=>'A',#Alanine

'GCT'=>'A',#Alanine

'GAC'=>'D',#AsparticAcid

'GAT'=>'D',#AsparticAcid

'GAA'=>'E',#GlutamicAcid

'GAG'=>'E',#GlutamicAcid

'GGA'=>'G',#Glycine

'GGC'=>'G',#Glycine

'GGG'=>'G',#Glycine

'GGT'=>'G',#Glycine

);

if(exists$genetic_code{$codon})

{

return$genetic_code{$codon};

}

else

{

printSTDERR"Badcodon"$codon"!!n";

exit;

}

}

subdna2peptide

{

my($dna)=@_;

my$protein='';

for(my$i=0;$i<(length($dna)-2);$i+=3)

{

$protein.=codon2aa(substr($dna,$i,3));

}

return$protein;#这个词错误找了一晚上，没有返回值，所以结果总是没有内容，以后要引以为戒，子程序一定要有返回值

}

subtranslate_frame

{

my($seq,$start,$end)=@_;

my$protein;

unless($end)

{

$end=length($seq);

}

returndna2peptide(substr($seq,$start-1,$end-$start+1));

}

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