爱华网尼奥和设计师的这段对话可以说深奥之极，能听一遍就懂得人恐怕不多，我也是在反复琢磨之后才终于明白设计师到底告诉尼奥些什么，首先，我们得出一个振聋发聩的结论，锡安也是假的，也是设计师设计的一个 Matrix 而已，莫非斯他们并没有得到真正的自由，他们仍然活在 Matrix 中而并不自知。人类自他们出生的时候，Matrix 分配每个人一个角色. 99% 的人接受这个角色，让这个角色控制他们的大脑。所以与其说这些人是人，还不如说他们只有一个附着在生命体上的一段意识而已，这段意识被 Matrix 所左右。他们没有自主的意识，取而代之控制大脑的是由 Matrix 编写的具有人类意识特征的程序，由于这些人愿意接受分配给他们任何角色，所以他们可以被特工控制思想，被 Smith 复制。另外 1％的人他们自主的潜意识如此的强，他们不愿接受 Matrix 分配给的角色，并且能隐约感到有些地方不对劲，开始思考自身存在的方式，这种对 Matrix 分配过来的角色不兼容性，如果不进行控制会导致系统的不稳定和崩溃。因此编写 Matrix 的设计师，编写了一套不同于 Matrix 的另一个系统模拟程序，为了诉说的方便我把他称之为 Matrix2，并给那些自主意识很强的人编写了另外的角色，这些人指的就是片中莫非斯,崔尼悌等叛军。设计师编写 Matrix2 （其实这个创意是先知--Matrix 之母想出来的）的目的有两个，一个是让这些不安分的人有一个区别于大多数安分的人的不同的生存空间，他们是不稳定因素，这样就可以把这些不稳定因素从 Matrix 中剔除，保证 Matrix 的稳定；另一个就是 Matrix2 也是一个研究程序，用来研究这些不安分的人的行为，就像人类研究那些特别不安分的猴子一样，掌握他们的特性，从而更有效的控制他们。还有一个设计师没有明说的目的，我觉得也是显而易见，莫非斯这些人不断地去寻找、解救 Matrix 中那些不安分的人类，等于是从某种程度上在帮助 Matrix 净化环境，省了很多设计师的力气。那么，尼奥又是怎么回事情？在这里，我想引用网上一段很知名也很经典的一段论述来说明尼奥是何许人：
Who am I? 这是在第一集里 Neo 苦苦追寻答案的问题。
Why am I here? 这是 Neo 在第二集追寻的问题。
我们随着电影的进度，也在苦苦思索着答案。Neo 也如上面所说的那样即是 program, 又是人。但他是很特殊的人，很特殊的 program. 我们在这里应该把 The one 和 Neo分开。The one 指 pogram, Neo 指附载 The one 的人的身体。先从 program 角度说。The one 不是由 Matrix 编写的program. 也不是由编写 Matrix 的 Architect（AI机器)编写，他是由更上一层即编写Architect的人（指真实的人）编写的或者具有这一层的代码。因而他在 Zion 和 Matrix 都有超能力即破坏系统的运行规则。编写 The one 这 program 的目的是为了完善 Matrix, 从而让机器能永远控制人类。在 zion 中的那些 program 因为允许部分人类的意识存在，并且人类意识在不断的加强，到了一定时间人类的意识会超越 program, 导致这部分人苏醒，这是机器所不允许的，所以在这个时刻来临之前，zion 必须被消灭。但是在 zion 这些 program 已有更好表达人类自主意识的代码，这些代码对完善Matrix是非常重要的。The one 的作用就象影片中 Arichetect 对 Neo 的谈话中提到的：
Your life is the sum of a remainder of an unbalanced equation inherent in the programming of the matrix. You are the eventuality of an anomaly which, despite my sincerest efforts. I have been unable to eliminate from what is otherwise a harmony of mathematical precision. ..... The function of the One is now to return to the source allowing a temporary dissemination of the code you carry reinserting the prime program.
(你的生命是 Matrix 固有程序中一个失衡因式的残留总和。你是一个偏差的偶然性，是尽管我竭尽全力，仍不能消除的影响数学精度和谐的一个偏差。尽管它不断地制造麻烦让我小心翼翼地处理它，但它并不是不可预测的，它仍然处于控制范围之内。它引导着你来到这里。)
正如我上面所说，The one 是一个特殊的 program，它有伪装的code，它开始没有能意识它自己核心的 code. 因而才有片中死后重生的过程。在第一集开始的时候，Neo 是由最外层由 Matrix 编写的角色 program 控制，Morpheus 等在 oracle 的引导下，找到 Neo, upgrade Neo到第二层 code（即与Morpheus等相同的代码）, Neo 在第一集死掉的时候，这层代码消失，释放出 The one 的核心code. 使 Neo 意识到自己的超能力。这部分 code 早已存在，只不过现在才起作用，控制了 Neo 的大脑。这一次的再生，可以说使 Program 的苏醒，并不是人的自主意识的苏醒。所以这时候 Neo 可以叫做 The one 的 program. 再从人的角度来说 neo, 作为程序的生物载体，他的人类的自主意识在一，二集里还并没有苏醒，仍然由 program 控制，只不过是不同 program 控制。但 Neo 是不同与一般人的躯体，也许他身上有最初编写 Architect 的人的遗传基因。他潜在人类自主意识很强，所以他才能接受 The one 这 program. 并同时影响 The one 这 program. 所以在 1，2 集里他都在对自己真实身份不断进行思索。当他面对 Architect 的时候，他的人类意识已经济苏醒了很多，虽然还没有控制大脑。但当面对有可能导致全人类灭亡的选择的时候，前 5 任 Neo(The one) 的人类意识退缩（这种对人类的爱正如 Architect 所说即是人的最强的地方，也最弱的弱点），让 The one 这 program 完成它的任务，回到 Matrix 的 source, 升级Matrix, 从而苏醒的人类意识再度消失。之后 The one 按照程序设定的选择 23人重建 Zion, 新的循环开始。而第六任 Neo 出现不同，他经历和 Trinity 的爱(这是程序安排好的，为研究人类的情感，所以 oracle 告诉 Trinity 她会爱上 The one)，而这个爱超越前五任对 Trinity 的爱，人类潜在的意识使他选择重回 Matrix, 去救Trinity. 这是机器没想到的，The one 的 program 也没有这代码。这也意味着 neo 的人类意识开始超越 The one 这 program, 所以再回到Zion 后，他感觉到了新的变化，并能再zion中使用超能力。我对上面的论述基本表示同意，尼奥其实是 The One 6.0 版本，但是我们要注意到设计师一开始的一句话“虽然整个过程改变了你的意识，但你依然是不折不扣的人类”，尼奥确实是有着生物属性的人类，这跟先知、法国人他们不同，这就注定了尼奥在第三集里面的能力必然还会提升，他太与众不同，在第二集结尾的时候，尼奥用空手杀死了四个八爪鱼就已经在预示着第三集中尼奥的超能力，这同时也很有力的证明了锡安只是 Matrix2 的结论。在尼奥杀死4个八爪鱼之后，尼奥昏迷。
如果说第一集只是让我看到了一个很精彩的故事的话，那么随着第二集那个振聋发聩的结论的得出，我已经开始感到我不仅仅是在看电影，有点像在看一个哲学故事了，想起了庄周梦蝶，庄子不知道是自己做梦变成蝴蝶了还是蝴蝶作梦变成了自己。锡安也是假的，可怜的莫非斯他们从一个梦中醒来又跌进了第二个梦，他们还是在梦中，那么到底什么是真实，或许正像第一集里面莫非斯向刚被解救的尼奥解释什么是 Matrix 一样，什么是真实？真实就是我们看到的、听到的、摸到的，归根到底就是大脑皮层的反应，那么既然理论是这样，我们又何必管他我们有没有真正的躯体，只要能看能听能动，我们不就是真实的吗？第一集的故事主线很明确，人物也很简单，就是叛军和特工，多的没了。但是到了第二集，整个剧情得到了极大的扩展，千头万绪，众多人物向观众们倾泻而下，Smith 先知保镖，法国人，双胞胎，开锁人，设计师，每一个人物似乎都充满了谜。我甚至开始为沃卓斯基兄弟担忧了，场面已经搞大了，这第三集将如何收场？剧情该如何走向？网上讨论的热烈也开始趋向白热化，各种猜测都接踵而至，我注意到一种有趣的现象，讨论最热烈的以程序员为主，看了很多各种各样的评论，写的好的也大多是有计算机背景的，看来，要看懂 Matrix，还得有点技术基础。好在第二集到第三集的间隔并不算太长，关于第三集剧情的猜测可以比较快的得到答案。
2003年11月5日，电影史上又一次史无前例的行动，全球60多个国家同时公映，这意味着全球60多个国家的2万多家影院中的几千万观众在同一时刻揭开Matrix 的最后面纱，同一时刻目睹尼奥和Smith 的最后决战，这是何其壮观的一件事情。第三集一开始，尼奥和本恩（被Smith附身的那个人）头对着头躺在医疗床上，这又是一个画面化的寓言，影片的开始是尼奥和Smith这对冤家碰头，而影片也以尼奥和Smith的对决作为结束的。尼奥的思想已经被囚禁到一个叫 Mobile Ave 地铁车站里面，这这里他碰到了三个人物，三个流放者，他们是一个三口之家，也就是三个即将被删除的程序，他们正等着那个法国人来搭救他们，还记得吗，这个法国人就是专门收留这些即将被删除的程序的。在这里，尼奥和三个人中的男性有很长的一段对话，从对话中，我们开始知道，这个车站其实是一个法国人编写的走私程序，是专门负责来运送非法程序的，法国人就是通过这个车站来运送那些即将被删除的非法程序，而要逃离这个地方的唯一办法就是搭乘“车主（也是法国人的手下）”驾驶的地铁离开。尼奥当然要借助他人的力量离开，谁？当然只能是崔尼悌和莫非斯，在先知保镖的协助下，他们胁迫法国人把尼奥营救了出来，通过法国人我们又知道了先知保镖其实原先也是法国人的手下，也是一段将被删除的程序，后来离开了法国人，成了先知的保镖。这时候，电影分成了两条主线，一条主线是以锡安的生死存亡为线索的，另一条则是尼奥寻找机器之主为线索的。尼奥和崔尼悌选择驾驶飞船去寻找机器之主，而其他人回去帮助锡安抵抗几百万个八爪鱼的入侵；有一个插曲是尼奥在Matrix2中和Smith的化身本恩的决斗，尼奥付出眼睛受伤的代价杀死了本恩，但是这时候眼睛对于尼奥来说已经是多余的了，因为尼奥已经开始认识到所谓的锡安世界也只不过是Matrix2而已，这一点从之前尼奥与先知的对话中可以证明，尼奥见到先知马上问的问题就是“为什么我能空手杀死八爪鱼？”。这时候在尼奥的眼中，所谓的真实世界也变成了距阵，尼奥眼中的Matrix是绿色的矩阵，而Matrix2则是橘红色的矩阵以示区别。这一集的从视觉效果上来说的第一大看点就是主线之一的锡安保卫战，锡安的战士开动着巨大的机器人要面对几百万只八爪鱼的进攻，场面我只能用“喘不过气”来形容，但是这些战士是可怜的，他们并不知道自己不是在真正的真实世界中，他们看到的八爪鱼也只不过是程序创建的，永远也打不完，对于机器之主来说，他想要多少八爪鱼就可以有多少，ctrl+c就轻松搞定了，因此尽管锡安的战士竭尽了全力也无法阻止八爪鱼的进攻，面对成百万个八爪鱼，他们能做得只剩下一件事情了，“尼奥，不管你现在再做什么，都请你快点！”。回到尼奥这里，尼奥和崔尼悌驾驶着飞船直奔“农场（第一集中的人类养殖场）”而去，那里是八爪鱼的老家，尼奥手一伸，飞船周围的成千上万的八爪鱼都爆炸了，尼奥终于可以在Matrix2中用自己的意识击溃八爪鱼了。但是，八爪鱼实在太多了，尼奥的“能力”（这时候是否已经可以说是“权限了”）不够，未能阻止飞船的坠毁和崔尼悌的牺牲，但是尼奥终于能够和由成千上万的八爪鱼组成的机器之主面对面的对话了。尼奥的要求很简单，不要杀死锡安中的人类，尽管他们也是活在一个Matrix中，但那些毕竟是有着思想的人类，他们也代表着一个生命。机器之主问：你向我提出了要求，但你有什么可以交换的？尼奥说，我可以帮你平定你现在最大的威胁——Smith。机器之主短暂考虑后答应了尼奥的要求。为什么会答应？Smith为什么会成为机器之主最大的威胁？我们现在来说这一集中的另一条暗线，就是Smith。
Smith到底是什么人，第一集中，我们认识到他是Matrix的入侵检测程序——特工，在第二集中从他自己的口述和行为上我们认识到他已经升级为不受Matrix控制的独立程序，而且向病毒一样在Matrix中蔓延，到了第三集，我们从先知的口述中认识到了Smith正是尼奥的另一面，就是说尼奥是正面，Smith是负面，还记得设计师说尼奥是方程式中所有不和谐的残留余数的总和吗？那么先知这次就明确的说了，尼奥你就是正数，有正必有反，Smith就是负数，多么有意思的比喻，尼奥是正数代表着正义，而Smith是负数代表邪恶，邪恶的Smith像病毒一样Matrix中不断蔓延、自我复制，甚至连先知也未能逃脱被Smith的感染，尼奥和Smith的对决就像是正负电子的对撞，注定了正负相抵，打平手。虽然结局是一定的，但是这场旷世大决斗还是拍的没有让任何人失望。动作导演是大名鼎鼎的袁和平，他安排的暴雨中的对决，而背景的音乐则是气势宏大的交响加合唱，其气势之恢宏，视觉效果之壮烈，正如沃桌斯基自己说的那样，要“终结所有的两人对打”，尼奥和Smith两个人打遍全宇宙，从地面打到空中，在失重的情况下对决，又打到地下，最终的结局正如我预料的那样，Smith复制了尼奥，但是这种复制就像是正负电子的对撞，结局是两者的融合，或者说湮灭。尼奥和Smith都死亡了，被Smith复制的所有人都恢复了原形，八爪鱼也停止了对锡安的进攻，一瞬间，Matrix被重构（Reboot），就像操作系统被重启，一切又回到了原样（第二集叫Reload我看第三集叫Reboot既对仗工整又说明主题），Matrix又回到了第一集中我们看到的模样，如果这时候放映第一集，我们就可以认为是Matrix IV，故事完成了一个循环。顶着灿烂的阳光，设计师这个长得像肯德基老头的人走向先知说你玩的这个游戏很危险知不知道；先知说知道，但是它能换来稳定；老头说这个稳定能维持多久；先知说能维持多久就让她维持多久，你打算怎么处理那些想出去的人？老头说我会给他们自由；先知说是真的吗？老头反问，你以为我是人类吗？微笑一下转身走了。影片完。最后这一段对话很多人可能不能理解，到底在说什么，我的理解是这样，影片中的一切，都是先知设计的一个Matrix的升级程序，尼奥的诞生和Smith的出现虽然她不能预计到所有的后果，但是基本的进程是在她的设计中的，但是不可否认，这个升级程序有一定的危险性，有很多不可控的因数。先知最危险的举动就是让Smith复制自己，这就好像我们要杀病毒，在没有被病毒感染的时候，我们很难知道病毒的特性从而清除他，往往要让病毒感染了文件以后，我们才能有效的研究出病毒代码，先知就是置之死地而后生，选择被Smith感染来了解他，但这无疑是很危险的。设计师他会给那些想出去的人自由，当然指的就是锡安的那些叛军，这个自由可以做两种的理解，一种理解是维持锡安的稳定，让他们在锡安中继续安居乐业，给他们自己认为是自由的自由，锡安的人到目前为止也没有一个人明白他们身处Matrix2；另一种理解是设计师可能真的会让他们脱离试管，回到自己真正的真实世界，Matrix2就是以真实世界为原型设计的，这些锡安人也会很快的适应真实的世界的生活；先知问你说的是真的吗？老头反问你以我是人类吗？这句话再明白不过，只有人类才会欺诈，我不会骗你的，我会遵守我和尼奥之间的协议。到这里，我们也明白了，机器之主在Matrix中的代言人就是设计师，就像网络游戏的设计师也需要一个在游戏中的角色去体验一样。
影片看完了，所有的谜底都揭开了，这个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的终点就是机器文明的起点，那么机器文明呢？他已经开始进化了，必然也有其终点，他的终点又是什么的起点呢？我想，这大概是影片留给观众的最大思考……
