每日一生信--multiple_rarefactions_even_depth.py(qiime) alpha rarefaction.py

在beta多样性分析的时候single_rarefaction.py（single_rarefaction.py的说明见http://qiime.org/scripts/single_rarefaction.html）重新提取的out矩阵只有一次，而做jackknife分析时，利用该脚本multiple_rarefactions_even_depth.py多次提取。

为了bootstrap, jackknife, and rarefaction分析，otu table必须被二次抽样

multiple_rarefactions_even_depth.py

-i 输入的otu_table.biom

-o 生成的文件夹

-d 每个样品提取的序列数，根据最小的那个样品的序列数来设定

-n 重复抽样（默认的是10次，这样生成的文件为10个）

--lineages_included 生成的out文件中保留物种分类信息

-k 保留空的Otus,因为随即抽样的过程中容易出现所有的样品的序列数都为0的otus,这样一般是被丢掉的

例子

python/usr/lib/qiime/bin/multiple_rarefactions_even_depth.py -iotu_table/otu_table.biom -d 3703 -odiv_jack/rarefaction/

生成了10个文件，rarefaction_3703_*.biom

参考资料：

http://qiime.org/scripts/multiple_rarefactions_even_depth.html

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