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明朝其实亡得很冤枉，中国气候在明末进入了一个小冰河期（从1580年开始），这个时期是人类有史以来最冷的时期，被称作“小冰河期”。历次游牧民族的南下均与气候的改变有较大关系，这个时期也是华北大地震最多的时期，明末的经济总量在全球位居前茅，海内外财富和物产均输入中国，普通市民生活质量很高，在那时，花几文铜钱就可以置办一桌酒食。明末通过海外贸易获取了西班牙在美洲抢掠的全部白银。如果不是特别巨大的意外事件，是不可能导致这样一个强盛的帝国为六十万人口的落后地方政权所篡夺的。
据英国天文学家蒙德研究证明，公元1595到1645年间，太阳上很少有黑子活动。这个时期，北欧气候非常寒冷。人们认为这个时期的寒冷和地震与太阳上少黑子有关。酷寒必将使降雨区域普遍南移。当时随之全国各地几乎连年遭灾。先秦晋，后河洛，继之齐、鲁、吴越、荆楚、三辅，并出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。从万历中叶开始，旱灾竟持继了七十年之久！！这对于一个以农业为本的国家来说，完全是致命的打击，崇祯年间的农民大起义就不足为奇了。
在频繁的旱灾的同时，鼠疫也随时威胁着这个多灾多难的国家，在几次小规模的鼠疫之后，一场波及华北数省的大鼠疫终于在山西爆发。万历八年（1580年），“大同瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者”。同年，在太原府（治今太原）的太谷县、忻州、苛岚州及保德州都有大疫的记载。次年，疫情传至辽州（治今左权），再传至潞安府（治今长治），疫情进一步扩大。
万历《山西通忘》卷26记载，潞安“是岁大疫，肿项善染，病者不敢问，死者不敢吊”。患者表现为肿项，传染性极强。万历十年鼠疫传到相邻的河北宣府（治今宣化）地区，这里是军卫密集的军事重镇。疫情发生时，“人肿颈，一二日即死，名大头瘟。起自西城，秋至本城，巷染户绝。冬传至北京，明年传南方。”此疫不仅造成怀来卫城中的人口大量死亡，并且传入北京。北京周围地区，直到清末光绪年间当地人仍然能够回忆：“万历十年四月，京师疫。通州、东安亦疫。霸州、文安、大城、保定患大头瘟症死者枕藉，苦传染，虽至亲不敢问吊。”“大头瘟症”就是颈项肿大。在疫区，死亡人口约占总人口的40％，如真定府（治今正定）新乐县，“万历十年春夏大头瘟疫，民死者十分之四”，武强、栾城二县的记载相同。另外，来自各地方志的资料表明，鼠疫还传播到了山东及河南北部等地区。
从崇祯六年（1633年）开始，华北鼠疫又开始了新一轮的流行。这次爆发地点仍是山西。一条来自山西兴县的报告说：崇祯“七年八年，兴县盗贼杀伤人民，岁馑日甚。天行瘟疫，朝发夕死。至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”。“朝发夕死”、“一家尽死孑遗”是对鼠疫发病迅速，病死率高特点的描述。崇祯十七年（1644年）秋天，鼠疫南传至潞安府，顺治十八年《潞安府志》卷15《纪事》记载这次疫情，“病者先于腋下股间生核，或吐淡血即死，不受药饵。虽亲友不敢问吊，有阖门死绝无人收葬者”。山西鼠疫也向周边省份传播。崇祯九年至十六年，榆林府和延安府属县相继发生大疫，如崇祯十年“大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。同样，河北地区也深受鼠疫流行之害。崇祯十三年，顺德府（治今邢台）、河间府（治今河间）和大名府（治今大名）均有大疫，并且是烈性传染病的流行，“瘟疫传染，人死八九”。崇祯十四年，疫情进一步发展。在大名府，“春无雨，蝗蝻食麦尽，瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶”。死亡人口的比率相当高。广平、顺德、真定等府，类似的记载相当多。崇祯十四年七月，鼠疫再一次传入了北京城。
崇祯时人刘尚友追述北京城中的情况时说：“夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春间又有呕血者，亦半日死，或一家数人并死。”“疙瘩”是对腺鼠疫患者的淋巴结肿大的称呼。崇祯十六年夏秋间北京城中的人口死亡率大约为40％甚至更多。北京郊区的疫情也很严重。在通州，“崇祯十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋传染，有阖家丧亡竟无收敛者”。昌平州的记载中称为“疙疽病”，而且“见则死，至有灭门者”。又如河间府景县，“崇祯十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。” 当时北京实际已是一座恐怖的疫城。如一份清代档案就提到崇祯十六年北京城的大疫情：“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者”。抱阳生在《甲申朝事小计》卷6中提到崇祯十六年二月的北京城，“大疫，人鬼错杂。薄暮人屏不行。贸易者多得纸钱，置水投之，有声则钱，无声则纸。甚至白日成阵，墙上及屋脊行走，揶揄居人。每夜则痛哭咆哮，闻有声而逐有影”。死人太多，白天已可见城中处处鬼影，真令人毛骨悚然。谷应泰在《明史纪事本末》卷78中说当时“京师内外城堞凡十五万四千有奇，京营兵疫，其精锐又太监选去，登陴诀羸弱五六万人，内阉数千人，守陴不充”。京营兵士在遭受鼠疫侵袭之后，元气大伤。以至于北京城墙上，平均每三个垛口才有一个羸弱的士兵守卫，怎么能抵挡李自成精锐之师的进攻。
事实上，北京城是不攻而克的。崇祯十六年，天津爆发肺鼠疫流行，上引同一份清代档案说：“上天降灾，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。”……一人染疫，传及阖家，两月丧亡，至今转炽，城外遍地皆然，而城中尤甚，以致棺蒿充途，哀号满路”，一片悲惨凄惶。奇怪的是，李自成的军队转战南北，文献中不见这些人死于瘟疫的记载。河南北部也是崇祯年间的鼠疫流行区，在汝州郏县、开封府的阳武、荥阳、通许、商水以及河南府、彰德府、归德府等地都有鼠疫流行的记载。如在阳武县，“瘟疫大作，死者十九，灭绝者无数”；在荥阳县，“春大疫，民死不隔户，三月路无人行”。人口死亡也是相当惊人的。据估计，明代万历和崇祯二次鼠疫大流行中，华北三省人口死亡总数至少达到了l000万人以上。由于鼠疫的流行与旱灾、蝗灾及战乱相伴随，所以，这一时期华北人口的死亡数应当更多。因此满清能顺利入侵中华也就不足为奇了。
