爱华网洛克和杰克看着炸开的舱门下无底的黑洞面面相觑。杰克设法将所有人都劝回了营地，看来在舱门内藏身是个彻底失败的主意。但是洛克和凯特公开反对杰克的决定，两人执意要去探索那个洞口。
与此同时莎伦在丛林中疯狂的找寻着沃尔特的小狗文森特。终于有人别人愿意信任并把珍爱的东西托付给她照看，她绝不能就此丢弃了这份嘱托。但是她在黑暗中突然见到了全身湿透的沃尔特！当萨伊德赶来的时候，那个面带惊恐的孩子已经消失无踪了。
考虑再三后，杰克还是决定跟随洛克和凯特一起去探索深洞，在他穿过这片怪异的丛林回到洞口的时候，洛克正被一把枪顶住头部。当看清了持枪男子的面目，杰克陷入一种无法描述的震惊之中：他见过这个名叫雷斯蒙德的人，就在他抢救前妻萨拉的那个晚上……
第二集
索耶吃力地把失去知觉的迈克尔拉出水面，沃尔特被绑架了，金在海浪中失去了踪影，索耶的肩膀也因枪伤而流血不止，他们仅依靠木筏的残片漂流在大海的中间。
时间返回到之前杰克抵达洞口之前。洛克在入口出发现了失去知觉的凯特，雷斯蒙德随即出现在他们面前。他命令凯特捆绑洛克，但是洛克成功得令他相信应该捆住凯特。随后，洛克得知雷蒙德斯已经在这个洞中居住了好几年，他的任务是每隔108分钟就向一台电脑输入一串数字序列。
海面上伤心的迈克尔把沃尔特的绑架怪罪在索耶的头上，这时更糟糕的事情接踵而至：一条巨大的鲨鱼被血腥味吸引过来，想要伺机掀翻木筏攻击两人。在几码远的地方漂浮着一块较大的碎片，迈克尔用手枪集中了鲨鱼，使索耶安全地抵达了木排。
黎明时分，迈克尔和索耶顺着潮水飘回了孤岛，两人跌跌撞撞地爬上了这片未曾探索过的沙滩。这时双手被捆在背后的金突然从丛林中冲出，大声叫嚷着要他们快跑。
丛林的边缘出现了五个身影——“其他人”来了。
第三集
时间再次回到凯特进入洞口的时候。她被雷斯蒙德锁进了食品室，最终逃出的时候毁掉了他的电脑。
杰克向雷斯蒙德质问关于这一切的答案。雷斯蒙德解释说自己曾试图驾驶单人帆船环球航行，但是在附近海域触礁。一个名叫凯文的男子把他带到这里并交付了这个任务：每108分钟输入一串数字——用以拯救世界。杰克对此感到难以相信，雷斯蒙德告诉他可以从一部名叫《方位》的电影中寻找答案。杰克认为这一切不过是一个智力游戏，甚至只是心理实验，但是雷斯蒙德对此深信不疑，他试图修理电脑继续履行使命。
与此同时，迈克尔、索耶和金被捆绑后丢入一个深坑，同处困境的还有一个女性幸存者安娜-露西亚。
由于无法修复电脑，雷斯蒙德选择了逃跑。凯特找来萨伊德继续修理工作，108分钟的间隔所剩无多，洛克必须说服杰克接受眼前的事实并继续雷斯蒙德的工作。
第四集
雷斯蒙德的洞里有着丰富的食物储备，赫尔利被授予了清点并分配食物的任务，女乘客罗丝是他的助手。
在孤岛的另一个角落，索耶、金和迈克尔被拉出了深坑，他们的捕捉者原来也是航班上的乘客，机位部分最初有23个人生还，但是现在只剩下了五个人，这里一定发生了些可怕的事情。唯一令索耶等人欣慰的是，罗丝的丈夫伯纳德是五个幸存者之一。
海滩上克莱尔捡到了曾系在木筏上的消息瓶，她把这个消息悄悄告诉了宋。为了保存其他幸存者的希望，宋把瓶子秘密埋葬了。
萨伊德在洞中继续探索，他发现这里带有磁性的墙壁堪比切尔诺贝利核电站的建筑规格，似乎有人想在这里掩盖些什么。
赫尔利几乎难以承受分配食物的压力，他最终决定既然食物储备足以维持一段时间，何不慷慨一些呢？于是孤岛上的幸存者们在坠机数月后第一次享受了一次盛宴。
罗丝偷偷为丈夫藏起了一根巧克力，她始终坚信伯纳德仍活在这个世界上。
第五集
宋惊慌地四处寻找她的结婚戒指，虽然营地成员们都前来帮忙，仍没有发现戒指的踪迹。绝望之下她毁掉了自己亲手营造的花园。
在海岛的另一侧，机尾的幸存者们准备着穿越丛林所需要的食物和饮用水。金协助安娜-露西亚，迈克尔被安排与利比一起采集水果，但是迈克尔一心找回儿子沃尔特，擅自深入了丛林。安娜要求幸存者们立即出发，以防迈克尔被抓后向“其他人”泄漏他们的行踪，但是金坚持要先找到迈克尔。被金的决心和忠诚所打动，艾柯先生自愿和他一起寻找迈克尔。
在寻找迈克尔的过程中，他们见到了被“其他人”所杀乘客的尸体，并且险险躲过了他们的视线。艾柯和金躲在灌木丛中等待“其他人”离开，他们见到了其中的一员：一个拖着玩具熊的孩子。
宋终于在被掩埋的消息瓶里找到了结婚戒指，在她的心中再次燃起了与丈夫重聚的希望。
第六集
萨伊德为莎朗搭了一顶舒适的帐篷，两人愉快地一同搬进了新居，但是当天半夜在萨伊德外出取水的时候，莎朗突然看到浑身湿透的沃尔特走进了帐篷。莎朗的尖叫声几乎吵醒了山洞中的所有人，但是当萨伊德冲进帐篷的时候，沃尔特已经消失不见了。萨伊德安慰说这只是梦境，但是他的不信任令莎朗既生气又伤心。
克莱尔受够了查理对她育儿技巧的指手画脚，当洛克帮忙哄孩子入睡时，她不由得抱怨对查理所知甚少——他也许是个怪异的宗教狂人，否则为什么总是随身携带一个圣母像呢。洛克闻言立刻意识到，查理又走上了危险的老路。
迈克尔他们与机尾幸存者们继续在丛林里跋涉，彼此之间的不信任感和对“其他人”的恐惧使行程倍添艰难。突然他们发现队伍中失踪了一个成员，随之而来的倾盆大雨令精神极度紧张。
萨伊德在丛林深处终于拦住了带着小狗文森特的莎朗。歇斯底里的莎朗承认自己也许疯了，但是比起令人恐惧的丛林，她更害怕得救之后萨伊德会弃她而去，因为她的每个亲人都抛弃了她。萨伊德对她说出了“我爱你”，两人投入了对方的怀抱。
但在此时，萨伊德看到了沃尔特的身影，两人毫不犹豫地追入丛林深处。
第七集
时间重回到发生坠机的48天前，815航班巨大的机尾掠过天空，坠落在孤岛附近的水域，艾柯、安娜-露西亚、伯纳德等人尽力从海中救起落水的乘客，这时幸存的人们共有23个。
与杰克那群幸存者不同，机尾部分的23名幸存者从一开始就意识到岛上早有常住客，并遭到了“其他人”的袭击，一开始先是最强壮的成员被逐个杀死，然后孩子们被接连掠走，虽然安娜和艾柯等人在抵抗中杀死了数个敌人，但是当迈克尔、金和索耶被冲上海滩的时候，机尾的幸存者只剩下了寥寥数人。
安娜、艾柯、伯纳德和利比与迈克尔等人一起穿越丛林向杰克的宿营地进发，这时他们发觉前方有可疑的响动，安娜立刻扣动了扳机……
但是被当胸击中的却是追踪沃尔特而来的莎朗。
第八集
安娜小心翼翼地走向被射中的目标，几乎精神错乱的萨伊德也正朝她冲来。在这个诡异的孤岛上，莎朗是唯一能令他感到生活还有希望的人，但是他却只能看着她死在自己的怀抱里。艾柯奋力打昏了渴求报仇的萨伊德，安娜则取走了萨伊德的手枪，并向其他人明确表示：队伍的行动必须由她说了算。
安娜命令所有人暂缓前进并放弃失去知觉的索耶，迈克尔和金对此愤怒万分，艾柯成为第一个违抗她命令的人，他扛起索耶向杰克所在的山洞方向走去，热切期盼与妻子罗丝重聚的伯纳德随后也离开了安娜。
安娜觉得这一切令她无法再忍受了：她使他们活过了这48天，现在他们决定要离开了？安娜解开了萨伊德的捆绑，并把手枪仍还给他。萨伊德承认如果自己与安娜的位置互换，他也会对任何可疑的目标扣动扳机。但是，死去的是他深爱着的莎朗，报仇的念头令他捡起了手枪……
第九集
随着新一天的到来，金与宋共享着重逢后的甜蜜时光。在舱口里，索耶仍陷入伤口感染导致的昏迷，杰克清理伤口的时候突然听到他呼唤着凯特的名字并不断呓语着“我爱她”。震惊的杰克正试图理清思绪，凯特匆忙赶来照顾索耶。
杰克主持了莎朗的葬礼，萨伊德的悼词令所有人潸然泪下。与此同时舱口中发生了超过凯特承受能力的事，当洛克和杰克回到舱口时，他们发现无人照顾的索耶和几乎倒计时归零的电脑。
凯特挣扎在对杰克和索耶的复杂感情之间，与此同时艾柯与洛克交流着对孤岛神秘现象的想法。杰克向安娜-露西亚伸出了友谊之手，他明白她比任何时候都需要朋友的支持。迈克尔在电脑上得到了一些新发现，这也许有助于他找回爱子沃尔特。
第十集
艾柯听说圣母玛丽亚的塑像后，反应异常激烈，他打破了其中一尊让克莱尔看里面装的是什么。克莱尔不愿再与瘾君子查理讲话，但他谎称自己不知道塑像里藏有海洛因。他们的谈话被艾柯打断，他要求他们带他去塑像被发现的地方，飞机坠毁的地方，原来走私毒品的正是他。
(闪回)埃柯还是小男孩，在尼日利亚的家乡，为了救弟弟耶米(Yemi)，被征召入伍，长大后成为毒贩，而耶米成为一位牧师。埃柯买下300个圣母玛丽亚的塑像用来藏毒，准备走私出国，耶米拒绝与他合作，但艾柯软硬兼施，答应用赚来的钱帮助村里的穷人，并威胁耶米要烧掉教堂。耶米企图阻止艾柯登机却中枪并被拖上飞机，艾柯反被拉下，面对赶来的军部，他冒名顶替了耶米的牧师身份。
艾柯和查理来到飞机坠毁的地方，通过十字架辨认出耶米的尸体。艾柯为死者祈祷后放火烧掉了飞机和里面的所有东西，只留下一尊塑像给查理，作为打破那一个的报答。
与此同时，新加入者安顿下来后，洛克觉得应加强安全管理，把所有的枪都锁起来，但迈克尔另有想法，他想学射击。尽管洛克知道他想去找沃尔特，最终还是拒绝了他的要求。
查理回到营地，向克莱尔发誓他绝不会碰毒品，当天夜里他却偷偷溜进丛林深处，把他的塑像和其他几尊藏在一处。
第十一集
(闪回)一对父女慕名来找杰克，杰克不顾父亲克里斯蒂安的反对，同意为上了年纪的病人动手术。接触中他与病人的女儿加布丽拉熟悉起来，克里斯蒂安警告他与之保持距离。病人最终死在手术台上，杰克自责不已，更对加布丽拉产生双重歉疚，他向妻子萨拉说出真相，却被告知她已经有了外遇。
迈克尔带着军械库搞来的枪出去寻找沃尔特，杰克和洛克一起去救他，索耶围随而来，要向开枪打自己的人寻仇，凯特要求同行被杰克赶了回去。三人在丛林中看见一张熟悉的面孔，正是打伤索耶掳走沃尔特的男子，他命令杰克等人缴械投降，回到来的地方去，并开枪打伤索耶的耳朵以示警告。男人告诉杰克沃尔特很好，但是迈克尔永远找不到他们，他还有许多后援。
杰克仍然拒绝放下武器，这时男人打出王牌、落入他们手中的凯特，无奈之下，杰克只得屈服，换回凯特的命。凯特为自己的过失感到内疚，想道歉却遭到杰克的冷遇。满心郁闷的杰克显然不愿如此轻易放弃，他请教阿娜，组建一支军队要多长时间。
第十二集
(闪回)小时候的查理在圣诞节的早上收到了一架全新钢琴，还来不及高兴的他很快发现礼物是有代价的，母亲希望兄弟二人在乐坛上能够出人头地。查理在岛上陷入令人绝望的孤独中，十分想念克莱尔和她的宝宝，但她似乎并不在意他，和洛克相处得十分融洽。
赫利开始采取行动想吸引丽比的注意。同时，索耶和凯特开始意识到杰克与阿娜-露茜亚的接触越来越频繁，这让他们两人的感觉都很不舒服。查理产生幻觉，克莱尔的儿子阿朗处于危险中，是他救了孩子。抱着婴儿的查理他试图向克莱尔和其他人解释，他只是想救孩子，却招致她更大的不信任。
查理向洛克示好，希望他站在自己的一边，却遭到拒绝，无奈之下，查理只得去找Eko，意外受到他一番话的启发，决心挽救自己爱的人。洛克认为查理在吸毒，暗中跟踪他来到毒品藏匿的地点，他的误解让查理赎罪的希望化为泡影。
查理为了摆脱众叛亲离的困境，决心使出最后一招，但这可能会付出他的生命为代价。
第十三集
洛克和杰克联合起来，负责将散落在岛上四处的武器安全地收藏在军械库中。洛克告诉杰克，药品最好也集中保管，因为索耶又不问自取了。面对杰克的诘问，索耶辩称谁找到是谁的，结果杰克在他的帐篷里找到了药品。
索耶告诉凯特杰克和阿娜打算组建一支军队，要与“其他人”相抗衡。与此同时，赫利试图接近香侬死后一直垂头丧气的萨伊德，拿来从毒品飞机上找到的电台让他修，希望他能振作起来。
正在花园里干活的宋突然被人蒙着脸拖进了丛林，索耶和凯特循着尖叫声找到了被绑着昏迷的她。回到营地后，阿娜推断，“其他人”又回来了。洛克提醒应该等宋醒来说出真相再做打算，索耶和凯特觉得此事十分可疑。孙醒来后却说不出所以然，金无法再等待下去，要求武装起来。
杰克来到舱里，看见索耶坐在电脑前。他打开军械库发现里面空空如也，索耶抢在杰克之前向洛克发出警告。杰克要求洛克带他去新的藏枪地点，这时索耶出现了，他不知怎样发现了藏枪的地方，并设计让杰克与洛克产生对立，并最终赢得枪支控制权。
第十四集
(闪回)第一次海湾战争，一群美国士兵俘获了掩体中正在硝毁文件的伊拉克士兵，唯一会讲英语的萨伊德成为美军盘问的目标，追问谁是他们的头儿，忠心耿耿的他为了保护长官塔里克(Tariq)撒了谎，以为骗过美军的他却在另一间房间里看见了被绑在椅子上的塔里克。美军通过萨伊德的翻译审问塔里克，他们在寻找一个失踪的直升机飞行员，塔里克是知情人，但他拒绝合作。萨伊德被引见给一个男人，那人告诉他，失踪的飞行员非常重要，要他帮助他们从Tariq嘴里问出下落。萨伊德带着刑具回到囚室，问出了美军想知道的情报。
岛上，法国女人丹妮尔出现在营地附近，她告诉萨伊德，有重要的东西给看他，并将他带进林中的空地里，交给他一名被网住的男子。男子自称亨利-盖尔，来自明尼苏达，他企图逃跑时被丹妮尔用箭射伤，丹妮尔警告萨伊德小心提防，因为他是“其他人”。
萨伊德把受伤的亨利带回舱中，听起来他似乎与他们一样，也是空难受害者，他自称四个月前与妻子乘坐热气球坠落在岛上。萨伊德为了证实自己的怀疑，把杰克锁在门外，动用对付Tariq的残酷手段拷问亨利的真实身份。遭到杰克阻止的他最终认定，亨利正是“其他人”中的一个。
第十五集
克莱尔的孩子发起高烧，她焦灼不安。杰克检查过后认为没事。法国女人丹妮尔出现在营地，告诉克莱尔她的宝宝可能“被感染”了，凭借丹妮尔引发的记忆“片断”和丽比放松锻炼的引导，克莱尔想起自己怀孕时和被绑架期间曾被注射过某种药物。她确信唯一能救儿子阿朗的方法就是找到疫苗，于是向丹妮尔和凯特求助，请她们帮助自己找到她被绑架期的地方。三个女人深入丛林，在凯特和丹妮尔的带领下，克莱尔慢慢把遗失的记忆碎片收集在一起，回忆起与推荐她前往洛杉矶的医生相处的细节。
与此同时，杰克和洛克打算继续把亨利的存在瞒住营地其他人，保守秘密的难度越来越大。艾柯来到舱洞想借工具，发现他们在武器库里藏了一个男人，他向杰克要求与犯人交谈。亨利坚持自己不是其他人，艾柯承认杀死了两个他的朋友。杰克与洛克之间的关系为了控制权变得紧张而微妙，亨利利用这一点对他们进行离间。
第十六集
金担心宋的安全，毁了她在林中的园子。宋感到恶心呕吐，做了早孕测试后证实她怀孕了。但她并没有显得欢欣鼓舞，反而十分矛盾。(闪回)金为了摆脱岳父的压力，急切地盼望宋能早日受孕，此时她却计划逃往美国，偷偷跟着JaeLee学英语。盼子心切的金带着宋去看妇科专家，医生告诉他们宋患有子宫内膜异位症，不可能怀孕，金大失所望，宋却如释重负。JaeLee鼓励宋和自己留在韩国，并向她示爱。
岛上，金终于得知宋怀孕，喜出望外，宋透露了一个他不知道的真相，当时查出患不育症的是金，医生害怕遭到金的报复撒了谎。宋发誓她没有别的男人，金相信她怀孕是一个奇迹，但是宋似乎另有隐情。
同时，洛克瞒着杰克，让安娜-露茜亚帮助盘问亨利。她软硬兼施，拿到亨利画出的地图，上面标有气球坠毁的地点。安娜觉得杰克不信任自己，没有告诉他们两人，另外请萨伊德和查理帮忙去寻找气球。
第十七集
(闪回)幸福满足的洛克还是个验房师，正准备向女友海伦求婚之即，从报纸上看到了偷走他一个肾的库柏的讣告。很快他得知父亲诈骗了70万美元，并诈死以逃过追踪。库柏要洛克去银行帮他取钱。洛克为了赢得父亲的爱，决定再帮他一次。他遇到了追踪父亲的人，海伦也受到威胁。结果他不但没有得到父爱，连海伦也失去了。
杰克要亨利再画一张地图，洛克提醒他，安娜他们已经走出很远，亨利趁机再离间他们两人。洛克听到奇怪的倒计数声，随后四周的铁门落下，他和亨利被困舱内。为了撬开房门，他放出了亨利。洛克被门挤住，他只能依靠亨利去为电脑输入数字。
杰克和索耶玩纸牌，赢回了所有的药品。杰克和凯特发现了一个坠落伞和食物，也遇到了回来的安娜等人，他们找到了气球，却发现墓里埋着一个叫亨利-盖尔的男人。
第十八集
丽比与赫利的关系越来越近，她鼓励他多运动以塑造体形，赫利承认他“有病”——那就是对食物的贪婪，并给她看了自己的私藏品，在丽比的开导下，赫利终于扔掉所有的食物，卸掉了思想上的包袱。
就在此时，营地的人们发现了从天而降的食物，开始你争我夺，赫利似乎看到一张熟悉的面孔，情绪激动地跟着他跑进丛林，拾到一只鞋子。那个人是他曾经的精神病院病友，赫利怀疑自己的神智是否正常，与索耶打了一架后他决定离开营地独自居住。
养伤的洛克不忘为“亨利”开脱，同时亨利承认他是“他们”中的一个，危急时刻，安娜推开了萨伊德指向他的枪口。艾柯告诉查理他在建一所教堂，希望得到他的帮助。面对洛克的盘诘，亨利承认他那天没有按动按钮，但事实是，什么也没发生，世界末日并没有到来，洛克困惑不已。
第十九集
伯纳德想召集人们在海滩上做一个巨大的SOS标记，寻求救援。罗斯表示反对，认为这会给别人带来错误的希望。(闪回)伯纳德向罗斯求婚，她告诉他自己活不了多久，他仍然坚持。为了治好她的病，蜜月期间伯纳德带着妻子去澳洲看巫医，罗斯根本不信这一套，却对他撒谎说巫医的信仰疗法对她有效，为的是保留他的希望。
杰克打算用亨利换回沃尔特，后者告诉他这不可能。杰克让凯特陪他一起去找其他人谈判。
罗斯向伯纳德承认她说了谎，并告诉他坠机后她感觉身体好转了，看到飞机上坐着轮椅的洛克在岛上能够四处行走，更加怀疑岛上的生活对自己的病情有帮助，所以不想离开。伯纳德意识到罗斯不想获救是担心病情再次发作，出于对爱情的信仰，他停下了SOS的标记工作，并告诉她他们永远不离开这里。
洛克想凭记忆画出他在舱门上看到的地图，却总是不得要领，在罗斯的鼓励下，他返回舱室继续作画。杰克和凯特紧张地等待着弗雷德利的出现，这时，迈克尔跌跌撞撞地从林中走出，倒在他们脚下。
第二十集
杰克听从凯特的劝告，放弃了与“其他人”的当面谈判，先把神智不清的迈克尔带回舱中进行医治。
(闪回)安娜遭到警察上司同时也是她母亲的盘问，一名男子被枪击身亡，在此之前他承认向安娜开枪。安娜不愿接受母亲的帮助，辞去了警察一职。在酒吧她认识一个男人——杰克的父亲，受雇为他的保镖，跟他一同前往悉尼。
舱里，安娜-露茜亚称绝食的亨利是“杀人犯”，突然被激怒的他发动袭击，陷些置她于死地，多亏洛克赶到，救下安娜。洛克问亨利为何当初不趁他行动不便时对他下手，亨利告诉他，自己从落入陷阱到被他们抓住完全是个预谋，他身负使命而来，没有完成任务将面临死路一条，正当他将说出进一步的详情时，杰克等三人回到舱里。
安娜去找索耶要枪对付亨利，遭到拒绝，她动起粗，却根本不是身强力壮的索耶的对手，但在她的美色诱惑下，索耶还是缴械投降。赫利想发展与莉比的关系，邀她去一处僻静的海滩野餐，他的笨拙和缺乏经验让莉比感到好笑。
迈克尔醒来后告诉杰克他们，“其他人”并不如他们想像得那么强大，他们完全可以凭武力救回他的儿子和被抓走的人。杰克去找索耶要枪支，得知他的枪被安娜偷走，洛克意识到问题的严重性。
安娜拿着枪来到舱里却无法下手，迈克尔提出由他来干掉亨利，毫无防备的安娜说出密码后，被他开枪射杀，无意闯进来的莉比也遭到枪击，生死未知。
第二十一集
迈克尔伪造出枪伤，造成亨利为了逃跑枪击安娜、莉比和他三人的假相，杰克等人回到舱中为他处理伤口，救治昏迷不醒的莉比，迈克尔主动提出由他来照料唯一知道真相的丽比，让杰克和洛克去追踪亨利。艾柯受到死去的安娜和兄弟耶米的指示，要他协助约翰也就是洛克前往丛林深处。杰克和凯特留守，照看伤者。迈克尔心急如焚，坐立不安。得知莉比受伤后，赫利赶到舱中，徒劳地想挽救她的性命。
艾柯和洛克前往林中寻找线索，在坠毁的小飞机附近，艾柯从梦中得到启示，爬上一座高坡，他往下看时发现一片奇怪的空地，似乎是人为形成。艾柯和洛克推开飞机，从地面上发现另一座舱门。两人进入航洞中，惊骇地发现杰克等人在舱中的举动全部受到这里的监视，还有一盘指示参与者如何进行实验的录像带，上面有着明显的八褂标志。
在赫利的呼唤中，莉比蓦然从昏迷中醒来，临终前却只来得及说出“迈克尔”的名字，没能揭发出事实真相。
第二十二集
舱中的惨剧发生之后，迈克尔再也不愿拖延，表示要立刻采取行动，救回沃尔特。杰克决定先安葬安娜和莉比，再商议与“其他人”的最后一战。
此前迈克尔在寻找沃尔特的时候，遭遇了“其他人”并被他们俘获，然后被带到他们的营地——另一处海滩，采取了血样。他见到了儿子，“其他人”提出条件，只要他设法救出被杰克等人抓住的亨利，再带来他们指定的四个人，就放了他们父子，迈克尔与对方达成交易，并要求一艘船离开。
查理不知从哪里为克莱尔和孩子弄来牛痘疫苗，金和宋看到迈克尔归来又惊又喜。迈克尔决定了次日袭击“其他人”大本营、营救沃尔特行动的人员名单，杰克、凯特、洛克、索耶和赫利，偏偏把萨伊德排除在外，赫利却拒绝参加。在沃尔特的爱犬文森特的带领下，查理发现了索耶藏有海洛恩的圣母像，他把塑像全部扔进海里，被洛克看在眼中。
萨伊德警告杰克，迈克尔有可能沦为“其他人”的帮凶，想带他们跳进陷阱，并要他不露出色，掌握主动。安娜和莉比的葬礼上，索耶和赫利百感交集，杰克注意到迈克尔复杂的表情，赫利决定和他们同行。海面上突然出现一艘小船，直向他们驶来。
第二十三集
杰克、萨伊德和索耶游向海中的船，意外地在舱中发现戴斯蒙德，将其带回岛上。戴斯蒙德绝望地告诉杰克，他们永远无法离开小岛。萨伊德很肯定地向杰克表示，迈克尔已经背叛，正准备带他们进入一个陷阱，他决定利用戴斯蒙德的小船，由水路进发，对“其他人”的营地出其不意地进行侦查，并约定以黑色烟雾为信号与他们会合，他要杰克保守秘密，先不要告诉凯特和索耶。对迈克尔心存防备的杰克在给他的枪里没有装子弹。
萨伊德不会航海，他请宋转告金，希望得到他的帮助，金不愿离开怀孕的妻子，宋告诉他自己将和他们一起前去。宋要同行，萨伊德大感意外表示反对，宋提醒他，他和金语言不通。
(闪回)戴斯蒙德在英国服役时因为违纪遭到开除，为了和心爱的姑娘相守，他接受一个名叫伊丽莎白(正是莉比)的女子建议，参加情人父亲举办的环球航海大赛，遭遇风暴后他被冲到岛上，落入一群神秘人的手中。洛克想阻止埃克继续按电脑按钮，反被他赶出舱。他联合戴斯蒙德把埃克关在门外，准备不再继续按按钮，以证实自己的推论。
丛林中，凯特发现有人跟踪，开枪击毙一人，另一个逃走。杰克被迫揭露迈克尔的真实意图，迈克尔最终承认了自己的所作所为，赫利想折回头，被杰克阻止。
第二十四集
埃克在查理的帮助下，找到炸药准备用来炸开舱门。查理极力劝说洛克打开舱门，他却固执己见不为所动。
萨伊德找到了迈克尔所描述的“其他人”营地，发现所有的帐篷空无一人。杰克等人在林中发现一大堆筒装传送的文件，还看见远方升起的黑烟。紧接着索耶、凯特和杰克先后被麻醉枪击中，失去知觉。
(闪回)戴斯蒙德从凯文尔那里得知，有一把钥匙可以摆脱他们周而复始不停输入字符的困境。他跟踪凯尔文来到一处海滩，发现了自己的小船，原来凯尔文想乘船离开，争斗中凯尔文被误伤，戴斯蒙德拿走了他的钥匙，赶回舱中的戴斯蒙德险些来不及输入字符，整个舱开始剧烈摇晃，几乎崩溃。戴斯蒙德从文件记录中发现航班的坠毁正是自己那次延误输入造成的，他改变主意，要重新输入字符，洛克坚决反对，并摔坏了电脑。查理和埃克在爆炸中受伤，戴斯蒙德打开舱门冲出去，寻找钥匙去结束危机，临行前他告诉洛克一切都是真的。系统进入倒计时，舱中磁场开始增强，一片混乱中，洛克承认自己判断错误。
杰克等人被带到海边，见到“其他人”、“大胡子”以及亨利。天空突然出现的刺目强光令所有人难以忍受，惶惑不安。亨利遵守约定，给了迈克尔一艘船，放走他们父子，并答应不会伤害杰克等人。“其他人”解开赫利的绳子，要他回营地告知其他人决不可以再来侵犯。杰克三人被套上布袋押走。
第二季 （完）
