我们做实验室有时会用到别人已经用过的引物,但如何才能知道这个引物是否正确呢?我通常利用prime 5.0来验证引物。
下面我用常用的内参G3PDH将验证过程介绍如下:
G3PDH的引物序列来自一片外文文献:
上游:AATGCATCCTGCACCACCAA
下游:GTAGCCATATTCATTGTCATA
所得片断为516bps。
首先在pubmedline中查到G3PDH的mRNA序列,如图
然后打开primer 5.0,点file→new→DNAsequence,将上面的mRNA序列复制到new sequence 框内,注意选择as is:
先加上游引物,点Primer→s→edit primers, 将上游引物复制到引物区,注意选择asis。点analyze→prime,可见下图,引物与反义链匹配。
点ok,重复刚才的操作,加下游引物。点Primer→A→editprimers,将下游引物复制至引物区,注意此时应选择reversed。可见下游引物与正义链匹配。
最后点ok,即可见下图