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说明:
1.本流程攻略以日版为基础，不同版本细微差别请查看[版本差异]
2.流程攻略只对应一周目剧情，有关二周目请查看[EX模式]
3.涉及的场景地图、怪物、道具、装备等详情请查看相关页面
DAY1·Resonance|共鸣
1997年平安夜，纽约市大雪纷飞，众多高官名流来到卡内基剧院欣赏歌剧。纽约第17警局的警员阿娅和她的追求者一起前往剧院。进入剧场，一场浩劫开始了（CG）……
【舞台】第一战：EVE，HP40。当空中的光点逐渐会聚到一点时，她便发动激光攻击。可抓住攻击的瞬间左右移动避开。在战斗中，阿娅身体发热，她的PE（ParasiteEnergy）能力觉醒了。可使用手枪或警棍进行攻击，距离越近伤害越大。EVE第一形态的HP耗尽便会离去，舞台幕布后面有个洞，可以进入剧场后台，边上的道具别忘了拿，下去以后会发现一个幻影，引导着阿娅……
【后台】走廊上会遇到变异老鼠（华丽的CG），注意躲避其尾巴的火球攻击，以及注意不要在正前方靠得太近，从侧向或后方攻击怪物，轻松拿下。剧场后台走廊尽头左边房间的尸体可以拿到theatrekey| けぃこぽの键（剧场钥匙），同时可利用电话机存档。
在梅丽莎（MelissaPearce|メリッサ·ピアス）的房间的梳妆台上可以找到她的日记，了解关于她近期的状况，同时拿到另一把钥匙（"がくやの键"），逐一搜索所有房间，弹药道具不可错过，顺便还可以小练一两级。如果此时返回剧院门口，发现后援和救护车停在外面，与医生对话可恢复所有体力，与警官对话可反复取得大量弹药（约90发），然后可返回用剧场钥匙打开走廊尽头的门，第二形态的EVE正等着你。
【练琴房】第二形态EVE：HP80，攻击方式变为两束激光。战斗中操作摇杆走在激光中间即可，攻击仍注意靠近EVE，以便造成最大伤害。
击败EVE后，从钢琴旁边的洞进入下水道内。注意仔细探索下水道尽头，楼梯脚左侧是通往BOSS战的门，边上有M1911A1，尽头右侧的隐藏房间，拿到道具后再前进。
【下水道尽头】BOSS战，EVE召唤的鳄鱼怪：HP118，弱点：眠/热，分为头和尾两个攻击点，尾巴攻击方式为光波，头部攻击方式为光柱。先打掉尾巴，然后攻击头部。战斗中注意绕到BOSS侧面或后方，既能躲避攻击，又能给怪物造成大的伤害。
战斗结束，剧情返回剧院出口，阿娅的搭档黑人警官丹尼尔(DanielDollis|ダニエル·ドリス)等在门口，两人返回警察局，DAY1结束。
DAY2·Fusion|融合
卡耐基剧院的惨案造成了极大的影响，局长道格拉斯(DouglasBaker|ダグラス·ベイカー)交给阿娅一个改造许可证，用这个许可证可在武器保管部改造装备。
【武器保管部】前往警局地下室，从特雷斯·欧文斯(TorresOwens)这里得到一支新武器M16A1，然后便可以对武器进行改造。
【局长室】-【会议室】新闻发布会上，阿娅不顾局长在场，向外界公布了前一天卡耐基剧院惨案的详情，并透露了有关线粒体变异的情况。
【博物馆】丹尼尔和阿娅前往美国自然历史博物馆会见汉斯·克兰普博士(HansKlamp|ハンス·クランプ)，希望这位研究线粒体课题的专家能够给他们提供一些有用的线索，但是当博士听到EVE这个名字后，神色激动，阿娅他们没有得到任何情报，无功而返。
【中央公园】17警局收到线报，得知EVE会前往中央公园的野外音乐堂进行表演。此时中央公园已经被EVE的能量所影响，阿娅只能一人进入。
路上怪物种类明显比第一天要多而且强，战斗要诀就是把握怪物行动规律，选好最佳位置躲避攻击和打击怪物。中央公园的事务所可取得动物园钥匙（zookey|CPの键），进入旁边的门，从玻璃墙的破裂处进入了种满亚热带植物的区域，绕到后面有箱子可以拿。同时这个院子里的工具（Tool）不要漏了，这是改造装备的必要道具。
从右侧通路一直走到底就是野外音乐会场。EVE正在舞台上表演，惨剧再次发生……（CG）
阿娅随后追上去，中间会有小女孩的幻影引导着你前进，不过可以不去理会，把公园里的路通通绕一遍，拿到道具后再走，路线并不复杂。来到一个石像小广场，穿出之后SAVE，准备BOSS战。
【公园深处空地】BOSS战：大蚯蚓，一共四段，分别HP为110、130、150、200，每消灭一段，剩下的部分会变得更大。战斗中要不停地移动，观察各段位置和出现时机，在安全的位置等到刚钻出地面时候给予打击。只剩下最后一段时，BOSS的攻击范围和攻击力都增强了许多，注意在远处恢复PE，然后靠近攻击，有点耐心就能通过。
【马车】BOSS战：EVE，HP300。EVE的主要攻击方式为爪（近）和能量弹（上空）。马车上很狭小，注意往其相反的方向躲避近距离攻击；在上空时，能量弹的出现会有一个光环的提示，此时往光环的对角方向跑即可避开空中攻击。
EVE再次败退，马因为受其影响着火而一路狂奔，马车失控……翻车后，阿娅昏了过去，此时EVE重新返回……DAY2结束。
DAY3·Selection|淘汰
前田(Kunihiko Maeda|前田邦彦)，这是从日本来的线粒体专家，一位关键人物登场了。
【SOHO】这里可以得到许多道具和装备，仔细搜索，不要放过任何角落。然后同丹尼尔和前田一起返回。
【博物馆】在实验室里，前田通过显微镜讲解了有关线粒体的原理，此时克兰普博士出现，告诉他们警局出现状况……
【第17警局】警局一片狼藉，EVE的能量已经影响到了这里！在地下室得知丹尼尔的儿子本(BenDollis|ベン·ドリス)以及警犬希瓦都失踪了，特雷斯遇害，韦恩(WayneGarcia)接替了他的工作。这一日剩下的剧情全在警局内完成，二楼拿到武器库（地下室走廊尽头）的钥匙，里面有一把MP5K，是相当趁手的武器。三楼拐角处的房间打掉犬人間（青），可获得射程较远的SG550；这一层还有一楼更衣室衣柜的钥匙，总之别放过任何角落。
【顶楼】警犬希瓦产生了变异，身体急剧膨胀，变成一只面目狰狞的三头犬，赶来保护本的局长向怪物连连开枪，但于事无补，很快弹药耗尽……（CG）
BOSS战：三头犬，三头的HP分别为320、450、220，使用激光柱攻击，注意在侧向躲避，各头之间会相互恢复HP，逐个击破便可。此BOSS能提供1000EXP，同时能获得M9改。
警局恢复了正常，DAY3结束……
DAY4·Conception|受胎
阿娅在恍惚的记忆中，发现幻觉出现的场景是弗朗西斯医院，于是她和前田一起前往医院寻找线索……
【警局】丹尼尔暂时取代了局长主持大局，在三楼鉴别室的前田告诉阿娅，EVE正在向完全体进化，这是个非常危险的信号。
【医院】坐电梯到二楼，遇见了一直出现在阿娅幻觉中的小女孩，此时电梯突然出现故障并停在B1层。阿娅必须先找到三根保险丝恢复电力。第一根可以在右侧杂物间的柜顶找到。出房间又看见小女孩的幻象，追过去，在左边的一个放有电话的房间抽屉里找到一把钥匙，可用来打开解剖室的门。从左方进入病房，然后从下方的门离开，这个时候楼梯过道尽头的楼梯坍塌了，再返回解剖室，进入上方的房间，在一具烧焦的尸体上找到蓝色钥匙卡，并在这个房间上方的药箱处得到第二根保险丝。
利用这张卡打开锁着的门，再次看见小女孩，从侧面的门进入房间，右下角取得第三根保险丝，返回恢复供电。注意顺序先接电线，再装保险丝，最后开电源，否则要触电……
搜索完毕可坐电梯返回一层，会看到两个小女孩的影象，记忆越来越清晰，这个医院的确是阿娅曾经来过的地方。进入上方的房间与护士交谈，获得绿色钥匙卡，进入电梯旁的门，在房间右下方打开阀门，接着就可以乘电梯到13层。
【13层】门口有焦尸的房间是进不去的，不用浪费时间，进入对面的门，推开左边墙上的一个炉子，就能打开通往天台的电梯。钥匙在右侧小房间，里面有道具不要忘了，同时可以储存进度，为BOSS战做准备，最好带一些移动限制治疗药（Cure-M）。
【天台】此时美国海军也加入到了这场危机的解救工作中，战机从母舰起飞，呼啸着掠过市中心……（CG）
BOSS战：大蜘蛛，HP850，主要攻击方式为吐网，然后发射火球。如被网粘住，最好第一时间解除来躲避随后的火球攻击，趁其攻击间隔靠近给予打击。消灭后，战机迫近，但此时EVE的力量已经长了一大截，飞行员受其影响直接熔化，战机失控，撞向天台。所以这个时候一定要及时移向天台左下方，进入一个升降机确保安全，否则只顾着看CG，就准备GAMEOVER吧，DAY4结束。
DAY5·liberation|解放
由于EVE的再度逃脱，寻找她的踪迹已经刻不容缓，进化中的EVE，无疑是一个巨大威胁的存在……
【唐人街】街面地图非常简单，一直往前即可，途中不要漏掉道具。走到尽头，前田正在调查地下水道入口处的一些可疑肉块，阿娅再次只身前往下水道探索。
【地下水道】这里虽然交叉口比较多，但地图仍然简单，建议花上几分钟时间绕过每一个死角，里面的道具还是值得一拿的。出了下水道，爬上楼梯，经过一座桥，这里是一个储水区，能看见大量的黏液。前往泵房，打开电源，并操作水泵排出黏液，再关闭，这样就可以通过泵房的小门离开，经过抽干水的水道，进入废弃的地下铁道。
【地下铁道】存档，搜刮道具然后前进（两条路都一样），在两条铁轨的交汇处，会碰上一个强劲的对手。
BOSS战：蜈蚣，HP900，行动迅速，攻击带有毒属性，后期分裂为四段，提起精神，集中火力一一击破。
这附近有一截废弃的车厢，不可错过。之后一路往前，调查北面桥上的尸体可获得离开地下铁道的钥匙，DISC1到此为止，换盘。
【第3码头仓库】可去可不去的地方，不过建议转一下，搜罗一下工具和其他道具以及碰一下最深处的 BOSS。
BOSS战：大螃蟹，HP830，攻击方式和攻击力都较为可观，嘴巴吐出的水泡是有毒的，而眼睛的激光攻击伤害非常大，剩余HP过低有可能被激光直接挂掉。正确的打法是先打掉两只钳子，尽量不要在正面，对于水泡可以迅速移到另外一测，完全可以躲避。击败后获得火箭筒AT4——垃圾一个，收集罢了。
【博物馆】阿娅再次来到博物馆拜访克兰普博士，他很有可能掌握着更多的秘密而没有透露。但一进门就发现他在躲避，阿娅一路追踪（地图上逆时针方向经过），最后发现没有出口，原路退回。
回到大厅，从正前方进入，会找到通向2层的楼梯。[补充：其实在博物馆里可以随意乱转，能进就进，碰到答题机还可以玩迷你游戏赢道具，攻略的路线只是效率更高，少走弯路]然后一路走到左上角的房间，在门后可以发现处于室外的紧急阶梯，可通1层和3层，这样1楼大石像房间的道具就能拿到了。
阿娅在三楼调查时，突然发现被人锁了门，只有另寻出路。在中部有一个房间里的玻璃窗是破的，利用这个缺口返回二楼，沿走廊前进到控制室，有存档点，解除警报，电梯开启。先别急着离开，在房间右侧还有个隐藏电梯，里面的物品不要忘了。
正在阿娅出门的一刻，不可思议的一幕发生了，大量黏液涌向一楼展厅的霸王龙骨骼化石，迅速滋生开来……它活了！（CG）
回到二楼右侧克兰普博士的办公室，发现了前田，有关这个事件的内幕越发明晰了起来，玛娅（MAYA）和阿娅的是两姐妹，她们在小时候曾经接受过来自日本的器官移植，捐献者为出车祸的母女，而这对母女的丈夫和父亲正是研究细胞生物学的专家，因此阿娅也具有PE能力，在EVE事件中觉醒，而当时主刀医师就是克兰普。克兰普在研究线粒体的无性繁殖，而联系此前一天在弗朗西斯医院的人工精子库的相关调查，不难发现梅丽莎也曾经使用过这类器官，由于她经常使用药物来抑制排斥反应，慢慢地身体抵抗能力变弱，觉醒的线粒体细胞逐渐控制了她的身体乃至意识，完全变成EVE，开始了向人类世界的报复……。
正在此时，绝望的克兰普突然扑向阿娅，幸好丹尼尔及时赶到，将其制服。而克兰普也遭到了报应，他的身体起火了！取得克兰普的钥匙，就能去博物馆剩下所有此前未曾到过的地方。
【3层】左下的房间，BOSS二连战：三角龙，HP2000，其EXP高达50000，为整个游戏之最！三角龙以电击和冲撞为主要攻击手段，当头部被打掉后，行动突然加速，横冲直撞，小心应付，同时要注意留一部分药物对付下一个BOSS。
【1层】BOSS二连战：霸王龙，HP2500。当打完三角龙后，没有机会去其他地方，就会被推下一楼，落在霸王龙所在的展厅。攻高防高的大块头，口吐火龙和尾巴横扫是主要的攻击方式。只是有些笨，同样要远离正面，慢慢耗即可。打完回到三楼，最左下角房间会有隐藏房间，里面有一周目最强武器——M9改2[注：美版的M9改2比日版要多2点攻击（53+2），相对的M8000也多4点攻击（57）]，如果此前工具不是浪费了太多的话，现在是到了用武之地了，多余的BP值爱用哪里用哪里，因为随后就是更为紧张的BOSS连战。
【4层】终于又遇到了EVE，此时的她肚子高高隆起，谁都不知道她所孕育的会是怎样的一个胎儿。就当阿娅把枪对准EVE的时候，纽约城的地下蠢蠢欲动，无数令人恐怖的黏液从下水道冲天而起，在空中交织成一个巨大的人形黏液怪，把EVE带走了。
美国海军的武装直升机紧急出动，迅速从四面八方包围了这个巨大的怪物，但是发射的导弹去完全穿不透怪物的保护罩，相反，直升机却被它轻松击落。阿娅不顾劝阻，亲自驾机带领又一个进攻分队起飞，在还未靠近的情况下，其他直升机纷纷爆炸坠毁。孤军奋战的阿娅在极近的距离攻击成功，终于击倒了怪物。爆炸产生的巨大冲击力，推倒了自由女神像……（CG）
【自由岛】就在众人击节相庆的时候，阿娅发现怪物倒下的地方，EVE仍然存在！
BOOS二连战：第四形态EVE，HP2000+1650+2400，分为头、身、尾三个目标，攻击方式多样，先打尾部，不要靠太近，否则被抓住可是非常痛苦的事。关键是把握各部分的攻击方式和规律，使自己的躲避和攻击都有高效率，循序渐进从下到上消灭目标。
BOSS二连战：第五形态EVE，HP2300。处理完第四形态的EVE，相信这里应该能相对轻松地过关了，注意她在空中时候是无法瞄准的，当然也不需要靠得很近才瞄准，因为BOSS移动非常快，同时别忘了及时解除不良状态，消灭EVE只是时间问题。
EVE的脸在扭曲，身体在融化，她终于被消灭，这漫长而艰难的一天，也过去了……
DAY6·Revolution|进化
EVE被消灭，海军正在进行清理工作，大家纷纷向阿娅表示祝贺，众人走向甲板……空气中充满着怪异的气氛，EVE的那个胎儿在此时降生了！这个怪婴拥有着邪恶而强大的力量，它周围的舰船、飞机纷纷爆炸，海军立即组织所有人员撤离。但阿娅决定留下来，她明白，只有她才可以对付这个完全体。前田似乎要给阿娅什么东西，但被心急的丹尼尔拎走了，阿娅整理装备，面对最后的挑战……
【准备室】在这里可以同NPC对话，选择命名的武器和防具，可以带到二周目，同时可以得到一部分补充药品，以及存取所有必要的道具，做最后的存档。
【甲板】最终BOSS四连战
完全体1：HP1300，婴儿状态，没什么威胁，注意及时躲避其大范围攻击即可，轻松击破，然后第一次变身。
完全体2：HP1200+1800，前半部分打完后，完全体2会分身，一个为空中的翅膀，及一个趴在地上的婴儿。观察BOSS的攻击方式，保持对地上目标的一定距离（靠得太近会被扑到），利用激光攻击的间隔狠狠地打就是了（只需打地上一个目标即可），注意空中部分的袭击，取胜后BOSS第二次变身。
完全体3：HP4300，这是最强状态，行动十分迅速，而且造成的伤害不菲。如果躲不过就拼药，当然，也可以一次耗尽满格PE来一个华丽的Liberate（LV33习得，打到这个份上，一般不会低于35级），然后就轻松多了。击败完全体3，再一次变身。
完全体4：HP8000。此时阿娅的攻击只能造成1的伤害，远在直升飞机上的前田才说刚才要给阿娅的是注入了她细胞的弹夹，丹尼尔一把抓过，奋不顾身地跳出机舱，在下落的过程中准确的把弹夹掷给了阿娅……绿色的巨大怪物在甲板上挣扎，但它居然没有死！
最后的时刻，不是打，而是逃。进入舱门，会提示战舰示意图，此时千万不要试着去存档，否则就准备再去打一次最终BOSS吧……一定要一路前进。不管阿娅跑得多快，切换场景后怪物总跟在后面，当然也不需要惊慌，在有分叉的走廊左拐，经过动力室的时候记住开启自爆装置，此时怪物已经追了下来，不过不需要理会，绕过它，跑到下方的楼梯处，然后一条路奔到底就可以了。
阿娅浮在海面上，看着火光熊熊的残骸，这一切终于结束了。
前田向阿娅解释着她的过去，原来阿娅在七岁的时候，右眼还曾接受过玛娅的眼角膜移植，这意味阿娅经常出现幻象，其实是玛娅最后的记忆，但这并无科学证明。当这部分线粒体进入阿娅体内的时候，也许经历着和EVE不同的进化过程……而与阿娅共生的线粒体，依然具有EVE的能力。线粒体之于人类如同人类之于这个生存的环境，其目的就是为了将自己的基因遗传下去……
[结尾]大家又回到修复后的剧场，观赏同一幕演出。阿娅的眼睛又感受到了异样的变化，剧场里其他观众的眼睛也开始变红了……
STAFF名单过后，耐心等待存档画面，接下去可以进入二周目，将会增加一座77层的克莱斯勒大厦，真正的结局等着你去完成。
