爱华网1659年闰3月，由于永历朝廷和李定国逃入了万径人踪灭的边境山区，追剿清军只好放弃了重点进攻，收兵返回昆明。
此后，清廷就是否出兵缅甸捉回永历进行了讨论。由于路途艰险，满洲兵将不适应当地气候等原因，罗托、多尼、赵布泰等满州都不愿担此重任，希望早日班师回京休息。
清廷的一惯做法是：硬仗由八旗兵来打，扫尾工作交由汉军办理，顶多留少量满军以壮声威。清廷兵部会商的结果体现了这个原则，会商意见是：多尼属下固山额真宜尔德镇守省会昆明，平西王吴三桂为统帅，以汉军和绿营兵为主，会同固山额真卓罗带领的少数满洲兵一道进军缅甸。
6月2日，清廷批准了兵部的意见，命经略洪承畴部署具体进军事宜，但是洪承畴不并赞成进兵缅甸，他上疏朝廷指出云南地方残破，粮饷、兵力不敷，地方局势动荡，一旦主力部队入缅，云南残留的南明势力可能会乘机反扑。
因此他建议本年内不出兵缅甸，待明年（1660年）秋收后再行动，当前的工作重 点放在稳定地方，巩固以有成果上。至于兵力部署，洪承畴建议只留部分精锐满兵由卓罗统领驻扎省城，吴三桂的军队则分驻于迤西永昌、顺宁、云州、景东各要害处所。
由于洪承畴的稳健，永历得以再喘息一段时间。此后，清军的重点工作转向强化控制云南，招降各路明军，对永历朝廷主要采用政治手段解决，1659年9月，洪承畴奉清朝“皇帝特谕”致书缅甸当局和云南边境土司，要他们主动交出朱由榔、沐天波和李定国。
由于军事压力跟不上，缅甸政府没有交出永历，但是平定地方却取得了长足的进步，各路清军招降纳叛，忙得不亦乐乎。
当时，南明军队为数尚多，分别退到边境地区。除了李定国、白文选、祁三升等在云南迤西边境地区外；还有贺九义、李承爵、雷朝圣等部在元江府边外；邹自贵、马得鸣等部在顺宁府边外；李如碧在云龙州边外；廖鱼等在澜沧边外；马宝、马惟兴、刘镇国、高启隆等在丽江边外。但是由于明军撤退时没有一个通盘的计划，兵将虽多，却陷入一片混乱当中，指挥系统失灵，且多处于穷荒之地，条年异常艰苦。
永历帝仓皇逃入缅甸，李定国转入滇南边境地区，散处西南各地的南明文官武将实际上失去了领导核心，对前途失去信心，在清军的招降下，多支队伍向清军投降，兵员总数大约在3万名以上，其中不少队伍拥有相当多的马匹、器械，能征惯战的将领也不乏其人，如马惟兴、马宝、杨武、祁三升等。1659年7月，吴三桂奏请朝廷批准，把投降明军分作十营，以马宝等人为十营总兵。
四川方面在清军的政治和军事攻势下，也很快放下了武器。1659年闰3月间，明庆阳王冯双礼率军进入四川建昌，部将狄三品等叛变，活捉冯双礼向清方投降。7月清军由保宁发起进攻，军事行动基本上没有遇到任何抵抗，四川明军不是弃城而逃，就是纳土投降。清军先后收取灌县、绵竹、什邡、汉州、简州等地，26日进抵 “满城荆棘”的省会成都。
部队分散且实力弱小，是明军无法抗拒清兵，进而纷纷投降的原因。我们不知道，明军在撤退途中像蒲公英一样四散解体的原因是李定国无法控制军队，还是为了出于游击的需要实施的化整为零。
不战自溃和避实击虚这两个截然不同的词语在现实场面上并没有太大的区别，实际情况是明军四散逃窜了，李定国失去了领导权，他本人只拥有一支为数不多的嫡系部队，和其他散处在各地的将领没有太大区别，主力和统帅这样的字眼与他无关了。
有一个问题非常值得深思：民军在失去地盘和战场主动权的情况下，为什么没有像崇祯年间一样开展大范围的流动作战呢？普遍的看法是清军过于强大，事实上这种观点并不能成立。
满清入关后，兵力捉襟见肘，八旗兵大多呆在北京地区，对地方的控制薄弱，因此脆弱的永历政权竟然坚持了十几年的时间。特别是八旗兵实力下降后，地方的稳定一般依靠汉兵汉将来维护，地方政府的军事能力并不比崇祯年间强，而大顺军和大西军余部的力量远比崇祯年间更加强大，完全有能力纵横驰骋。
另一方面，民间人士大多不愿剃发，复明思潮始终存在，民军如果开展运动战，将会得到广泛的响应。在这种情况下，民军为什么没有流动起来，李自成、张献忠时代精彩的运动战为什么没有再次出现？
究其原因，并不是许多人所认为的清军力量的强大，而是民军自己放弃了流动作战。过去的流动作战掠夺的对象是官府、士绅、大户人家甚至是平民百姓，这既是他们的目的也是他们解决后勤问题的手段，事实上，这样做是不折不扣的流寇，是破坏者，这一点连民军自己也不予否认，从大顺军和大西军转变政策的时的言论都可以看得出。
在国家和自身都遭受巨变之后，民军经过反思，改正了过去的做法，不愿再劫掠民间和官府，不愿再背负流贼的骂名，他们在打起反清扶明旗号的同时，也放弃了过去的生存和活动方式，虽然此时地方政府己经是为清朝服务，但是民军己无意对其进行打劫。
在这种深刻观念因国破家亡而产生，由于其印象过于深刻而难以扭转，因此在失去战场主动权的情况下，他们也难以恢复李自成、张献忠时代精彩的运动战。大顺军余部走上了占山为王的道路，夔东十三家最终被清军以各个击破的方式剿清，而大西军余部失去云南后虽然被迫流动，但因观念的限制使这一流动失去主动性而没有活力，最终无路可走选择投降，从崇祯初年开始的大规模民变由此走到了尽头。
