爱华网1999年合同法上的意思自治原则与平等原则、公平原则并列入法，形成一个统一的原则体系。在法律原则的适用上，整体地考虑各个原则之间的内在联系是必要的。因为，你必须考虑，当你在某一原则上摆开阵势的情况下，对方会在另外一个阵地上向你开火。意思自治原则就是如此，它往往成为另一方当事人对平等原则和公平原则主张者发起攻击的武器。例如，当一项关于某合同或者合同条款的公平问题以及协商中的平等问题被提出来请求司法审查的情况下——它可能真的存在不平等或者不公平的问题，但是，它可能就是当事人在签约当时的真实意思表示，那么，在私法允许当事人对其权利自愿处分的法制原则条件下，平等原则和公平原则就不能随便适用了。
意思自治作为一项民事权利，来源于公民对其自权利有权进行处分的合法权利，即：公民享有对自己所有的物或者人力资本在使用方式上的决定权和处分权，这些权利的行使是由权利人自己的意思来决定的。合同法第四条的规定：当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。这一规定在人民法院已经得到了普遍的应用，是一条已被社会公众所接受的的合同原则。
意思自治与合同自由是对来自于合同当事人以外的其它组织或者个人的非法干预行为设置的禁止线，它意味着对于其它任何第三方组织或者个人来说，合同当事人之间是否订立合同，如何订 立合同，以及订立怎样的合同，是自主的和自由的，是不受任何个人或者单位干涉的。但是，在合同双方当事人内部，各自独立的意思表示没有任何意义，只有经过协商达成一致的意思表示才有意义。因此，意思一致的过程就是在各自表达愿望的基础上相互让步的痛苦过程。由此可见，对于合同以外的其它第三方组织或者个人来说，意思自治不是合同双方当事人各自单独享有的权利，它是合同双方当事人共同享受的共有权利
但是，在法律上，意思自治具有禁止反言的法律后果，即：在人民法院司法审判的特定条件下，形成合同的双方当事人都不能提出从原先协商妥协的那个条件下向后撤退，——哪怕那个合同是不平等不公平的，撤退就意味着对合同的反悔，这首先就是一个过错。这是因为如此，意思自治原则又是合同当事人各自必须信守不能逾越的禁止线。
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几乎所有的民商事司法判决都体现了意思自治原则在司法活动中的实际应用，虽然在法官做出的判决书中一般不会采用如同本书所作的上述论证，也不会直接援引法律中关于意思自治的法律规定，但是那些做出判决的法官一定不会忘记在判词中说：某合同的签订是双方当事人的真实意思表示。形成这一结论的推理形式——尽管它是错误的，但是它很管用，因为，法官会问：如果你不同意那个合同，为什么会在合同上签字呢？或者说，你用什么证据或者方法来证明你的签字是被胁迫的和不自愿的？至少，这一点就会使你面临许多难以突破的困难。因此，法官的判决就是安全的和难以更改的。意思自治原则的厉害之处就在于此。
指出逻辑上的错误往往是徒劳的，人们几乎不可能发现那些改判的案件缘于法官在逻辑推理上出了毛病。如前述所说的那个判决，如果法官将那些反问直白地写在判决书里，你也不能指望通过通过指出推理上的错误翻案。民事案件讲究的是证据双方证据的比较，只要达到盖然性的要求即可，那种要求必须的绝对的惟一的结论在法律上没有依据。
