爱华网关于一脉相承。在维护祖国统一、巩固人民政权的大旗帜下，新疆始终是分裂与反分裂斗争的主战场。新疆的每一个历史时期，都在发生着以颠覆祖国统一为目标的分裂破坏活动，虽然在不同的历史时期，民族分裂主义势力的背景不一，分裂手段不同，实施分裂破坏活动的主体人物在不断变化，但是不断地分裂、不断地破坏，希望最终把新疆从中国的版图割裂出去，始终是敌对势力针对新疆的奋斗目标。因此，解放以后，新疆分裂与反分裂的斗争一直没有停止，只不过在不同的历史时期，表现的形式和特点有所不同。
50年代，敌对势力以武装暴乱为主要形式，目标是搞垮我新生政权。参与活动的人员为国民党残渣余孽和部分旧政权留用人员，后台是美帝国主义和国民党残余势力。如在美国支持下，1949年11月至1951年9月，匪首乌斯满发动叛乱；1958年5月到1959年，富蕴县发生贾西提汉、哈里曼和居开两起武装叛乱；1958年10月17日，哈密县天山区二道沟发生以艾力库尔班、赛依提铁哈木提为首的暴乱。军队内部也出现过叛乱。1950年7月24日，在伊犁驻军中一个叫热合曼诺夫的排长策动叛乱；1950年8月18日至12月26日，昭苏驻军中发生叛乱。另外，在宗教幌子下的暴动，主要发生在喀什、和田。如莎车县荒地乡教经堂的阿尤甫阿吉接受了艾沙的任务后，利用依禅教(对此教派要高度重视)，妄图建立“东土耳其斯坦伊斯兰国”，活动猖獗，最终被我及时平息。解放以后新疆发生的20起反革命暴乱和叛乱，有16起集中发生在50年代。
60年代，世界上第一个社会主义国家苏联成为分裂主义分子进行分裂活动的主要国际背景。在这个背景下，自治区党政机关工作人员(甚至包括一些高级干部)、知识分子以及分裂思想严重的宗教人士浮出水面，策动分裂，目标是建立以分裂祖国为目的的政党。在原苏联“克格勃”特务的操纵下，主要发生了伊犁1962年“5•29伊塔事件”，7万多边民外逃；“东土人民革命党”重大反革命集团案，涉及到我们内部。斗争主要集中在北疆地区。
70年代，民族分裂活动相对沉寂，一方面中美关系逐渐改善，美国对中国的战略思想正由“遏制”向“接触——遏制——接触”转变，原苏联也因忙于与美国争夺世界霸权而无力他顾；另一方面，是我从中央到地方，各级政权机关为了维护新生人民政权(50年代)、为了警惕“苏修亡我之心不死”(60年代)，对民族分裂活动实行了严厉打击、绝不手软的政策，这一政策的后滞效应清除了民族分裂分子的生存土壤。到了70年代，国内政治斗争形势严峻，这种政治斗争的氛围虽然禁锢了人们的思想，但相对单纯一致的全民的政治目标，有利于形成拥护共产党的领导、同仇敌忾反对民族分裂的向心力，荡涤了民族分裂分子的生存空间。加之新疆侦破了“东土党”，当时的民族分裂“精英”多数遭到打击，其力量受到较大削弱。由于上述种种原因，整个70年代没有发生什么重大事件。
70年代末、80年代初，解放思想、拨乱反正，我们国家走上了励精图治的发展之路，政治背景趋好，但打开窗户进来了新鲜的空气，也飞进了苍蝇和蚊子。意识形态领域同时进入了一个各种思想、思潮相互激荡、碰撞的时期，从上到下，执政理念、政策理论都在进行新的思考、调整和被实践所检验。民族、宗教这一具有特殊背景、特点的客观存在，由此也就具有了更多的复杂性。由于这种复杂性，国家政策决策层中，对民族宗教问题的认识产生了相当大的不一致，导致了国家民族宗教政策上、思想一L的不统一和不和谐。这一时期最突出的表现就是在落实政策中搞“一风吹”，放纵了宗教势力，给一批被打击处理过的老牌分裂分子平了反，有的还在人大、政协安排了职务。在这种情况下，出现了私办经文学校、大肆修建清真寺、出国朝觐热等宗教狂热现象，一些民族分裂分子，也借机争取群众，培养骨干，为90年代的分裂破坏活动特别是暴力恐怖活动，作了重要的思想和组织准备。如叶城县阿不力克木•买合苏木等人提出“十年舆论宣传，十年游击战，十年正规战”，在此期间他培养了“800弟子”，成为十多年来搞分裂活动的先锋和骨干。这一时期的民族分裂活动突出表现在：宗教极端思想有了复活、生存、发展的缝隙，宗教极端思想回潮，骚乱闹事不断，极端民族思想抬头。反映在社会面上，出现了80年代民族分裂势力的活动特点是更多地借口民间发生的不同族别群众中的纠纷、摩擦以及文艺、文化作品中的一些不周之处进行挑动、煽动，甚至直接策划闹事、骚乱和政治性动乱，并且裹胁少数民族群众参与到纠纷之中，形成一系列群体性的、具有政治意图的骚乱和闹事，如：1980年阿克苏“4•9”事件；1981年叶城“1•13”事件；1981年伽师“5•27”暴乱；1981年喀什“10•30”事件；1985年乌鲁木齐市“12•12”事件；1988年乌鲁木齐市“6•15”事件；1989年乌鲁木齐还发生了“5•19”冲击区党委的打、砸、抢骚乱事件。新疆的分裂与反分裂斗争由此进人了一个比较活跃的时期。联系到进入90年代之后发生在新疆大地上的“三股势力”的一系列破坏活动，可以说，80年代的民族分裂活动是经过了从50年代到70年代我人民政权严厉打击镇压之后的复苏。这一时期，相对封闭的文化社会背景，相对独立的新疆地区范围内的活动区域，使民族分裂分子的活动从组织纲领到活动表现都形式相对单一，事件相对独立，挑头的人物、背景相对简单。
进入90年代，随着国家进一步开放，国际一体化的加剧，特别是国际民族独立、极端宗教势力的抬头，国际上各种思潮相伴着国际经济的一体化互侵互动，针对新疆的民族分裂活动的国际化背景越来越浓厚，各个民族分裂组织也越来越具有思想化、组织化、统一化的趋向，具有了新的、更多的、更具复杂性的特点。但是无论过去还是进入90年代以来至现在，民族分裂活动一脉相承的指导思想和目标始终没有变，即：分裂中华人民共和国，分裂中华民族，颠覆共产党的政权，脱离中央政府的领导。这是我们与民族分裂势力长期斗争的焦点。
关于四起波峰。据不完全统计，自1990年至2007年，境内外“东突”恐怖势力在我国新疆境内制造了200多起恐怖暴力事件，造成各族群众、基层干部、爱国进步宗教人士等162人丧生，440多人受伤。近20年来，按照这些恐怖暴力事件发生的时间、密度及危害程度，可划分为四个发案波峰。
第一个波峰期。1990年至1995年。事件是以1990年4月5日阿克陶县巴仁乡反革命暴乱为先导。这一时期发生的规模影响及危害较大的民族分裂事件如下。
“4•5”巴仁乡反革命暴乱事件。1990年4月5日晨，在克孜勒苏自治州阿克陶县，“东突伊斯兰党”头目艾则丁•玉素甫动员组织了数百人，打着手电筒，高喊“万物非主，唯有真主，穆罕默德是真主的使者”等，表示“圣战”决心，并向乡政府开进。他们在乡政府门前集体做乃玛孜后，起而围攻乡政府，围攻中大肆叫嚣“消灭异教徒”，成立“东突厥斯坦共和国”。对乡政府围攻未果之后，进而劫持10名人质要挟政府，并在交通要道炸毁2辆汽车，用冲锋枪、手枪等武器向被围困在汽车上的政府人员射击，投掷炸药包、手榴弹。随后又拦截被派往事发地阻止事件发生的县武警边防大队的车辆，对我6名武警干部战士施以棍打刀捅，予以残杀。直到我后续平暴部队到达暴乱现场，击溃设伏的暴乱分子，并对残余暴徒围困追捕，暴乱才最后平息。整个巴仁乡事件中，我武警、民兵等共死亡8人，重伤7人。暴乱中抱经宣誓的暴徒和被胁迫群众共1600多人(其中被胁迫的1112人，参与暴乱的500余人)。在我平息暴乱和围剿逃往山区暴徒的战斗中，共击毙暴乱分子17人。其后，对事件的处理中，共收容审查508人，依法判处无期及有期徒刑40人，其中判处死刑3人。
“东突厥斯坦伊斯兰改革者党”制造的系列恐怖案。1990年11月至1992年7月，“东突厥斯坦伊斯兰改革者党”重要成员依米提塔力甫和依德力斯汗在叶城县伯西热克乡布赫苏依村阿不力克木•依沙木丁家后院建立了一个训练基地，举办了三期训练班，训练了60余名骨于。这批人员在依米提塔力甫和依德力斯汗的指挥下，制作定时爆炸装置，制造了一系列恐怖案件。主要包括：库车“2•28”爆炸惨案、“10•5”抢劫案、偷运武器案、“2•5”乌鲁木齐公共汽车爆炸案等。1991年2月28日，该团伙在库车县客运站录像厅投放定时爆炸装置，造成1人死亡、13人受伤。同日，恐怖分子还在县城一个体商店安置了炸弹，爆炸未遂。1991年7月，该组织指使境外关系人从巴基斯坦将7支手枪、180发子弹藏在电视机、电风扇中托人偷运入境。1992年2月5日，该组织派出由买买提•色依提为首的5人小组称“伊斯兰改革者党突击队”，在乌鲁木齐市2路、30路公共汽车上安放定时爆炸装置，策划制造了“2•5”公共汽车系列爆炸案，造成3人死亡，23人受伤，两辆公共汽车被炸毁。该组织成员还在乌鲁木齐市群众剧院、天山区文联家属楼中各安置了一枚定时炸弹，被发现后排除。该组织的活动一直延续到1992年7月，以依米提塔力甫等主要骨干成员在库车县、沙雅县、叶城县被我公安机关抓获，依德力斯汗、买买提•色依提在越境外逃中被我围捕击毙和抓获，方告结束。
南疆地区系列爆炸案。1993年6月17日至9月6日问，“2•5”爆炸案骨干分子阿力木江与皮山县“东突厥斯坦民主伊斯兰党”合谋，网罗一批暴力恐怖分子相继在南疆地区的商场、集贸市场、饭店、文化场所等处制造了10起爆炸案，造成2人丧生、36人受伤。其中，6月17日喀什市地区农机公司办公楼被炸，造成大楼坍塌，2人丧生、7人受伤；6月30日，叶城县公安局政保股长停放在一饭馆门前的三轮摩托车被炸，无人员伤亡；7月1日，犯罪分子在英吉沙县2处放置了炸弹，因发现及时被排除；7月22日，自治区卫生厅工作组停放在莎车县一民族餐厅前的丰田越野车被炸，无人员伤亡；8月1日在莎车县外贸公司录像厅施放并引爆爆炸装置，造成15人受伤；8月10日晚，喀什市红旗照相馆陈列橱窗被炸，16日，喀什市人武部武器库房顶被炸，均未造成人员伤亡；8月21日在和田市文化宫前象棋摊实施爆炸，造成6人受伤。9月5日，他们在英吉沙县公安局局长家门上安装了一个爆炸装置，因发现及时被排除。同时，他们还制造了一系列暗杀案件，6月21日，一伙恐怖分子闯人叶城县公安局政保股副股长家行刺，因遭反抗未能得逞；8月24日，数名恐怖分子将叶城县爱国宗教人士、该县大清真寺主持阿不力孜大毛拉刺成重伤，开启了暗杀爱国宗教人士的先例；9月6日，犯罪分子在和田市郊杀害了汉族群众一家3口。
“东突厥斯坦正义党”制造的“7•18”系列爆炸案。1994年7月1813开始，以新和县渭干乡副乡长艾沙•玉山为首的“东突厥斯坦正义党”以政府机关、重要公路桥梁为目标，先后在阿克苏、新和县制造了6起爆炸案，该团伙成员还暗杀无辜群众2人。
“7•7”和田骚乱事件。1995年7月7日，和田市因更换拜吐拉清真寺主持，不法宗教极端分子煽动数百人冲击、打砸和田地委、行署和公安机关，骚乱事件中共打伤我维持秩序的公安民警20多人。
伊犁“8•14”上街游行事件。1995年，伊犁地区出现了利用“麦西来甫”(一种民间娱乐活动)、足球赛等形式进行非法聚会、搞“太比力克”非法宗教宣传的情况。8月上旬，伊宁市少数别有用心的人再次准备搞所谓“足球赛”，被公安机关依法制止。8月14日，少数坏人以此为借口，煽动伊宁市数百名群众(主要是青少年)上街游行，并与我维持秩序的公安民警发生冲突。
1990～1995年公安机关共破获109个危害国家安全的团伙和组织案件，成员达1831名。其中，1995年共破获32个，是80年代以来新疆地区破获危害国家安全的组织、团伙案件最多的一年，比1994年的17起增多15起，增长近一倍。这些组织和活动表现出的特点是注重组织发展。成员依组织而行动，且不少成员具有多重组织身份，其依存的组织被破获或打散后立即转投或组建新的分裂组织；注重舆论宣传，积蓄人员和武装力量；活动重点在南疆；搞恐怖暴力活动；成员多为具有反动思想的宗教塔里甫背景。
第二个波峰期。1996年至1997年，“三股势力”以“炸桥赶汉”为口号，实施所谓“断桥行动”，制造恐怖事件，疯狂地杀害、袭击、恐吓爱国进步宗教人士、基层优秀的少数民族干部和汉族群众，暴力恐怖活动升级。这一时期为新疆解放以来民族分裂分子活动最为猖獗的时期。
“断桥”行动计划。1996年3月上旬，分裂分子在新疆医学院召开秘密会议，制定了所谓的“断桥”行动计划。该计划针对优秀的少数民族干部和爱国进步、积极向党和政府靠拢的少数民族群众及宗教人士，实施爆炸、暗杀等活动，以恐吓广大少数民族干部群众和宗教人士，切断宗教界、少数民族群众与政府之间的联系，削弱我反分裂斗争的正义力量。在此计划下，他们制造了一系列暴力恐怖事件，造成了极为恶劣的社会影响。
1996年3月22日9时45分，以阿不都拉•卡生木为首的2名歹徒蒙面闯入新和县热斯特清真寺副主持阿克木司地克阿吉(男，维吾尔族，85岁，该县伊斯兰协会常委、爱国进步宗教人士)家中，用小口径手枪将其杀害。3月22日和27日，他们又在沙雅县连续持刀抢劫了两家爱国进步宗教人士，抢劫财物2万余元。
1996年4月29日6时许，以牙生毛拉买提为首的十余名歹徒分别闯入库车县阿拉哈格乡库纳斯村卡吾力托卡(男，维吾尔族，78岁，原乡党委副书记兼村党支部书记，全国劳动模范，六届全国政协委员)等4户人家，采用爆炸、枪击、刀刺等手段杀死村干部及其亲属4人，杀伤3人。其中，卡及其妻被炸成重伤，卡的弟弟阿吾力托卡被恐怖分子连刺7刀致死，阿的妻子被刀刺后又遭枪击身亡，卡的儿子安尼瓦尔被恐怖分子连刺9刀、头部遭枪击身亡，安的妻子也身中8刀、头部中两枪身亡。村支部书记加如甫买买提明被刺成重伤。5月2日，“4•29”爆炸杀人案的9名恐怖分子被我公安武警围困。在我强大的围捕攻势中，恐怖分子自爆身亡，并在自爆时身绑炸弹炸毁我警车。
1996年5月12日晨7时许，78岁的自治区政协副主席、喀什市艾提尕尔清真寺主持、爱国进步宗教人士阿荣汗•阿吉在前往艾提尕尔清真寺主持乃玛孜的途中，被以阿不都拉为首的3名歹徒施以暗杀。阿荣汗•阿吉身中21刀，其子艾尼瓦尔身中12刀，均重伤。5月27El此案告破，喀什公安机关击毙主犯1人，击伤抓获1人。
1997年3月22日凌晨，以吐尔逊吐地为首的一伙恐怖分子，闯入阿克苏地区金银川垦区原党委书记艾买尔江家，将艾夫妇杀害；同年7月3日凌晨，这伙恐怖分子又闯入阿瓦提县拜什力克乡一村支部书记吐尔地尼牙孜家中，将吐夫妇2人杀害。
1997年6月4El，4名恐怖分子闯入和田地区墨玉县恰其克乡荒地村支部书记买买提肉孜•买买提家，对买连捅11刀致其死亡。
1997年6月26日凌晨4时至5时，分裂分子在伊宁连续实施了四起暗杀事件：村治保主任、中共党员卡斯木•乌守尔被捅伤致死；乡联防队员尼亚孜在巡逻中被3名歹徒捅伤；村民吐尔逊买买提•阿克木被捅伤致死；村民赵永杰夫妇被20多名暴徒围在家中杀害。
1997年7月7日凌晨，刚刚受过表彰的霍城县三道河乡沙木尔村共产党员伊斯马洪•托乎提同志被蒙面暴徒杀害。
1997年11月6日凌晨，以买买提•吐尔逊为首的恐怖团伙，秉承境外“东突”组织旨意，将全国和新疆伊协委员、阿克苏地区伊协主席、拜城县清真寺主持尤努斯•斯迪克大毛拉枪杀于去清真寺做礼拜的途中；1998年1月27日，这伙恐怖分子又将去清真寺做礼拜的叶城县政协常委、县大清真寺主持阿不力孜•阿吉枪杀。
作为暴力恐怖分子“断桥计划”的一部分，在此期间，自治区范围内还发生了一些重大血腥的暴力恐怖事件。
温宿县“2•10”案件。1996年2月10日，阿吾提阿布拉等6名恐怖分子经过密谋，装扮成警察，携带武器，先后对温宿县博孜墩牧场5户牧民实施暴力抢劫，抢走步枪3支、猎枪2支、子弹272发、猎枪底火4000发、火药及部分现金。事发后逃跑途中，极其残忍地杀害了我2名边防干警和1名报案的维吾尔族群众。
塔里木监狱暴乱事件。1996年4～7月间，塔里木监狱(位于新疆阿克苏地区沙雅县)在押犯库尔班毛拉买提(19岁，新和县人)、阿巴斯吐尔逊(22岁，库尔勒市人)等10人经多次密谋，成立了“东突厥斯坦伊斯兰正义党”反动组织，并密谋越狱。7月15日，库等10人乘外出劳动之机，杀害4名押解武警和他们认为是告密者的6名犯人，抢夺八一式全自动步枪4支、手枪1支后，鼓动另外2名犯人一起暴狱。暴狱出逃途中，他们沿路持枪打死打伤群众多人、抢劫多辆机动车，并抢劫了武警沙雅县中队武器库10支枪、350发子弹后逃离。后经我公安、武警、解放军一昼夜的围堵，击毙暴徒9人、抓获4人，平息了事件。事件中暴徒共杀死21人(公安民警2人，武警战士5人，解放军战士1人，群众7人，同狱犯人6人)，杀伤2人。
英吉沙县“8•1”事件。1996年8月1日，15名暴徒手持木棒，闯人该县城关第二砖厂，打伤厂内15名汉族群众，其中9人重伤。
叶城县“8•27”事件。1996年8月27日凌晨2时许，6名暴力恐怖分子身着迷彩服(其中2人戴公安大檐帽)，携手枪、匕首、炸药包分乘两辆轿车，来到叶城县江格力斯恰其昆管理区，闯入副乡长吾布力艾合买提的办公室，切断电话线，用匕首将其杀害。之后，又将在管理区值班的乡派出所民警买买提阿不都拉杀死。随后，他们又乘车来到该乡一村，将3名治安员、1名水管员绑架到离该村约10公里处的戈壁滩杀死。在此过程中，还杀伤2人。
莎车县“10•23”杀人案。1996年10月23日，艾海提托乎提暴力恐怖团伙成员闯入莎车县依盖尔其镇7村已承包土地的汉族农民家中，将3名汉族群众刀刺斧砍20多处致死。他们还计划杀掉附近一砖厂的40多名汉族工人，因故未能得逞。
伊宁“2•5”事件。1997年2月5日至8日，“东突伊斯兰真主党”等恐怖组织策划、制造了伊宁市打砸抢骚乱事件。当时，正值汉族传统的春节和信仰伊斯兰教民族的肉孜节，数百名暴徒和闹事分子(人数最多时近千人)高喊“建立伊斯兰王国”等口号，袭击汉族群众，捣毁商店，砸烧汽车，疯狂进行打、砸、抢、烧、杀。7名汉族群众被打死，200多人被打伤，砸烧汽车30多辆，两间民房被烧毁。其中一对青年夫妇在回家途中遭袭击，妻子被恐怖分子用刀毁容后又遭杀害，丈夫被打成重伤；一名文化站工作人员在街道上被恐怖分子用刀捅死后又扔进火堆焚烧。
叶城县“2•7”、“2•17”、“5•7”杀人案。1997年2月7日，买买提胡达拜地暴力恐怖团伙5名暴徒持长刀、匕首，将叶城县林场陈顺德一家杀死3人，重伤2人。2月17日，该团伙5人持刀将该县吐古其乡11村个体医生陈道云夫妇杀害。5月7日，该团伙4人将叶城县恰萨美其特乡4村菜农陈建民一家3口杀害。
乌鲁木齐“2•25”公共汽车爆炸案。1997年2月25日，以阿不力孜阿不拉为首的_东突厥斯坦民族解放筹备委员会”策划实施，在乌鲁木齐市的2路、10路、44路公共汽车上制造了5起系列爆炸案(2起未遂)，造成3辆公共汽车被炸毁，包括维吾尔族、回族、柯尔克孜族、汉族群众在内的9人丧生，68名乘客致残致伤，其中重伤28人。
阿克苏市“3•23”杀人案。1997年3月23日，买买提麦皮孜等犯罪分子闯入位于阿克苏市的农一师民族分场党委书记买买提江沙地克家，将其夫妇杀害。
尼勒克县“3•26”爆炸案。1997年3月26日，肉孜克依木等恐怖分子在伊犁地区尼勒克县城镇派出所楼下的商店安放定时爆炸装置，炸伤3人，其中重伤2人。
阿克苏市“8•13”杀人案。1997年8月13日，依明阿西木等暴力恐怖分子在阿克苏市阿依库勒镇黑山地区将5名汉族采石民工残忍杀害。
从时间纵向来看，1996年至1997年分裂势力在新疆的破坏活动手段更趋残忍，气焰更趋疯狂，程度更趋严重，为新疆解放以来之空前。仅1997年上半年，分裂势力在新疆共制造针对汉族群众、公安干警、民族干部和爱国宗教人士的爆炸、凶杀、抢劫、纵火等暴力恐怖案件56起，杀害42人，致伤294人，40多辆汽车被毁，直接经济损失逾千万元。
这一时间内，最能表现民族分裂分子嚣张气焰的，当属伊宁市“4•24”拦截囚车事件。1997年4月24日，伊犁地区中级人民法院和伊宁市人民法院在伊犁地区体育场召开公判大会，对制造和参与伊宁“2•5”打砸抢骚乱事件的骨干分子依法进行判决。公判大会结束后，当我公安干警用囚车将判处有期徒刑的罪犯押回看守所，途经伊宁市青年街丁字路口时，突然从围观人群中窜出数百人，他们狂呼“安拉，艾克拜尔”(真主唯一)等口号，冲击由我公安干警和武警官兵组成的人墙，连续冲破两道警戒线来到马路上，用事先预备好的三轮车、自行车等设置路障，阻截囚车，妄图将囚车中的罪犯截走，直接威胁执勤公安干警、武警官兵和押解罪犯车辆的安全。在我公安干警、武警官兵劝告、鸣枪警告无效的情况下，果断开枪，当场击伤暴徒7名，其中2人因抢救无效死亡。“4•24”拦截囚车事件是一小撮民族分裂主义分子不甘心失败，疯狂反扑，向人民政权的公开挑衅，同时也是对我们打击民族分裂主义势力决心的一次试探。由于处置果断，他们制造更大事件的阴谋未能得逞。
从1996年到1997年这一时期，针对新疆组织实施一系列暴力恐怖事件的民族分裂组织，主要有取代在“2•5”事件后遭到我沉重打击的“伊斯兰真主党”的“伊斯兰革命党”等。
这一时期，民族分裂势力的境外支持色彩渐趋浓厚，境内分裂势力组织在逃案犯或骨干分子外逃到境外基地接受军事训练，并有部分成员参加了阿富汗的“塔利班”和俄罗斯的“车臣志愿军”。民族分裂势力从前苏联单方支持变成以美国为主要背景和其他反动势力支持的多元化背景。盘踞在中亚的三大分裂组织“维吾尔跨国联盟”、“东突厥斯坦国际委员会”、“维吾尔斯坦解放组织”在组织上形成了联合。针对新疆的境外分裂组织达到60多个，其中依分裂组织的国际背景不同、历史渊源各异，形成了四股势力，即：
盘踞在西亚的艾沙分裂集团。由“东突厥斯坦难民协会”派生而成。集团的领导骨干主要由解放前后外逃的分裂主义分子所组成，新生的分裂主义分子艾尔肯(艾沙之子)、帕尔海提为该组织主要头目。艾沙集团于1993年3月成立了以新疆外逃青年为骨干的分裂组织“东突厥斯坦青年民主联盟”，1994年2月分化瓦解，由该联盟原副主席帕尔海提派另成立了“东突厥斯坦民族解放联盟”，推举艾尔肯为主席。该组织成员对新疆情况熟悉，具有较广泛的社会关系和基础。
在沙特的以“伊盟”为代表的泛伊斯兰宗教势力。“伊盟”设有“社会主义国家处”，主要任务是通过向新疆实施宗教渗透，以“改变邻里的政治体制，最终实现独立”。
以中亚为依托的“维吾尔跨国联盟”。该组织1992年元月成立于哈萨克斯坦，并通过哈国司法部门注册登记，成为该国合法的社会政治组织。办有《维吾尔之声报》，宣称：“最终将赶走中国殖民主义者，在东突厥斯坦建立无与伦比的伊斯兰大国。”
西方敌对势力设立的专门针对新疆进行分裂破坏活动的机构。此类机构活动区域、依托背景、聚居地各异。总的活动方向是：指导新疆境内外的分裂活动，并提供相应的经费；杜撰伪造新疆历史，为其独立提供理论依据；开展“心理战”，宣传煽动分裂等。
分析从1996年到1997年分裂势力在新疆实施恐怖破坏活动的第二个波峰期，可以看到民族分裂势力较第一波峰期产生一些新的动向和特点。即，由较松散的团伙转向结构较严密的组织，并且其组织之间互相联合；分裂组织的能量和分裂活动的规模、范围进一步扩大；分裂组织成员趋于知识化、年轻化和多元化；暴力恐怖活动向武装对抗转化，内外联合，谋求武装割据。
这一时期，伴生于民族分裂势力疯狂的暴力恐怖活动的同时，较为明显的是他们注重建设支撑其分裂活动的思想基础。主要表现在通过宣传实质的民族至上论、新疆独立论、汉族侵略论和泛突厥共同体论，建立起“东突厥斯坦”的思想体系。通过煽动宗教狂热、资助修建地下清真寺、开办地下经文学校、挑选培养所谓有前途的青年到国外经学院深造，以便取代“老一代”爱国宗教人士，以及鼓吹圣战，煽动反汉情绪等推动新疆伊斯兰教的复兴。同时，对我党政机关大专院校以及专政机关的干部、教师等进行策反活动。
第三个波峰期。1998年至2002年，境外“三股势力”为降低分裂破坏活动的成本和风险，采取“境外指挥，境外训练，境内活动”的方式，通过在境外遥控指挥或派人入境发展组织进行暴力恐怖活动。同时国际宗教极端势力“伊扎布特”开始在新疆渗透。
喀什市系列投毒案。1998年1月25日至2月19日，阿不都西库尔吉力力、艾力吾布力等民族分裂、暴力恐怖分子有组织、有预谋地在喀什市夜市、渔场、猪场、液化气站、蔬菜基地、各大饮食摊点连续制造了23起针对汉族群众的投毒案，造成1人死亡、3人致残，大批家禽、牲畜中毒死亡。
洛浦县劫狱案。1998年2月6日，和田库来西团伙骨干亚生斯坎德等人，经事先策划，剪断洛浦县公安局拘留所电话、电源线，蒙面持斧，翻墙进入，杀死1人、杀伤2人，劫走其团伙骨干成员1名女性塔里甫。
叶城系列爆炸案。1998年2月22日至3月30日，“东突”恐怖势力在喀什地区叶城县连续制造了6起系列爆炸案，致3人受伤，天然气输送管道被炸坏引起大火燃烧。4月7日凌晨，叶城县公安局负责人木托拉家住房窗台，叶城县政协副主席、喀什行署副专员住宅门等处，又连续发生8起爆炸事件，炸伤8人。
乌鲁木齐系列纵火爆炸未遂案。1998年5月23日，在境外接受过专门训练被派入境的“东突解放组织”成员，在乌鲁木齐市华都商厦、大西门、河滩路布料批发市场、乌鲁木齐旅社、商贸城等15个繁华场所投放了40多枚化学自燃纵火装置，扬言“要将乌鲁木齐变成一片火海，要造成几百万、几千万、几亿元的损失”。由于被及时发现和扑灭才未造成重大危害。
“东伊运”在新疆境内建立训练基地。1998年2月，境外“东伊运”头目艾山•买合苏木派遣数十名恐怖分子入境。之后即在新疆和内地一些省市建立了十多处训练基地，训练了13批共150名恐怖分子。除了这种比较集中的基地外，还有大量零散的、3到5人一组的训练点，一些训练点同时也是武器、弹药和爆炸装置的制造窝点。仅1999年，由于境外“东突伊斯兰党”派遣的恐怖分子的组织策划，和田地区的恐怖分子即建立起了恐怖组织，并在和田7个县市建立了数十处秘密训练、制爆窝点，制造了大量武器弹药。当时，仅公安机关缴获的手雷就有4500多枚，各种枪械98支，以及大批制枪制爆的工具。
“10•24”泽普公安派出所受袭案。1999年10月24日凌晨，恐怖分子携枪支、大刀、爆炸燃烧装置，袭击了喀什地区泽普县赛力乡公安派出所。他们包围派出所后，连续投掷燃烧瓶和爆炸装置，开枪射击，并闯入派出所枪杀了1名联防队员和1名留置待审犯罪嫌疑人，开枪击伤1名公安民警和1名联防队员。后将派出所10间房屋、1辆吉普车和3辆摩托车烧毁。
2000年8月27日，和田地区于田县一汉族群众和一维族群众的小孩打架，有人煽动“维族人被汉族人打死”，一些人在坏人的煽动下上街追打汉族群众，打砸汉族人的商店，随后又有500多名围攻者冲击县武警中队驻地，我公安、武警被迫还击，迅速平息事态。在此事件中，我公安、武警17人受伤。
疏附县法院干部被杀案。2001年2月3日，一伙恐怖分子在喀什地区疏附县杀死一汉族群众李学亮。后闯入疏附县法院干部买买提江•亚库甫家中，对买连砍38斧头，将其残酷杀害，将其妻砍成重伤。
这一时期，我公安机关还陆续查获一批暴力恐怖分子的地下窝点。规模之大，设施之全，为前所未见。
1999年12月30日，公安机关在泽普县波斯喀木乡查获一恐怖分子的地下制爆窝点。该窝点距地面深3米、长3米、宽2米，内有电钻、电焊机等制爆工具和图纸以及制成的手雷。
2000年2月25日，公安机关在莎车县卡群乡3村抓获7名恐怖分子，并在恐怖分子家中发现一处地道及地下室。地道长7米，高2．5米，地道后面连接一长12米、宽3．8米、高2米的地下室，室内有通讯设施和上下水等较完备的生活设施。缴获手雷38枚、电雷管22枚，爆炸装置18个，炸药17公斤，拉火管20枚。
2001年8月，公安机关在搜查库车县乌尊乡色根苏盖提村一恐怖分子家时，发现一处深4米的地道，里面有制造武器的各种设备，缴获了爆炸装置61枚。
第四个波峰期。2002年至今，随着美国“9•11”事件的发生，国际形势发生了深刻变化，由于美国连续发动了阿富汗、伊拉克两场“反恐战争”，使“反恐”成为国际关系的主题。美国国家战略重点的转变，也影响到了境外“三股势力”。这一时期，境外“三股势力”也进行了战略性调整，大致可以分为两个阶段。2005年以前，由于美国将“东伊运”确定为恐怖组织，使境外“三股势力”“武”的一手受到了遏制，“东伊运”、“东突解”等恐怖组织暂时蛰伏，等待时机，因此恐怖活动相对趋于平静，而以“世维会”为首的境外“三股势力”不断加大“文煽”力度，并在美国支持下加紧整合，活动日趋活跃。2005年以后，随着新疆维吾尔自治区成立50周年大庆的举办和北京奥运会的日益临近，境外“三股势力”再次活跃，“文煽”、“武扰”同时进行，出现了新一轮破坏高潮，主要表现在：境外“三股势力”纷纷充当西方反华势力破坏2008北京奥运的急先锋。“世维会”初步完成了境外整合，在西方主要国家均成立了分会，组织力量有所扩大，热比娅作为境外“三股势力”领军人物的地位初步确定；“东伊运”、“东突解”等恐怖组织加紧训练人员，筹集经费武器，不断派遣受训人员入境，针对奥运会实施破坏行动。境内外组织、人员通过互联网等现代科技手段勾连日益突出，疆内现行暴力恐怖案件并不明显，但是组织、团伙案件比较突出，随着奥运会的临近，围绕奥运会安全保卫的任务越来越繁重。
“5•17”案件。2002年5月17日，和田皮山县阔什塔格乡的努尔买买提在该乡一清真寺内大肆进行“圣战”宣传后，手持铡刀冲入乡中心小学会议室，将校长砍死，并将另外2名老师及2名县农经站派驻该乡工作组人员砍伤。作案之前，努尔买买提曾在乡清真寺内大肆进行“圣战”宣传达1个小时之久，并声称要杀“卡甫尔”，当时没有一人制止，也没有一人及时向有关部门反映此问题。
泽普县以牙生热合曼为首的暴力恐怖团伙。该团伙2001年10月组成，多次密谋进行“圣战”，扬言要为死去的恐怖分子“报仇”，进行恐怖活动，制定了袭击派出所计划，并列出了14人的暗杀名单，此后多次对派出所、乡党委、政府武装部等处踩点。2002年5月27日，在光天化日之下用斧头、匕首将该县依玛乡党委副书记、乡派出所指导员、乡人武部副部长在乡巴扎当场杀死，此后又闯进乡政府将值班员砍成重伤致死。在乡派出所对2名暴徒进行围捕时，穷凶恶极的暴徒又将参加围捕的1名乡党委副书记、乡政府干部及2名联防队员砍伤、刺伤。
2002年6月29日20时，“东突解放组织”成员热合木吐拉司拉依、艾尔肯牙克甫携带手枪、手榴弹，在吉尔吉斯斯坦比什凯克市盘夫街和果尔克街交叉路口，枪杀了中国驻吉尔吉斯斯坦使馆一等秘书王建平及其临时驾驶员努尔买买提吾买尔。
2003年3月27日凌晨，一辆新疆喀什的大客车从吉尔吉斯斯坦首都比什凯克返回喀什途中，在吉境内比什凯克以北260公里的纳伦州，遭到“东突伊斯兰运动”骨干托乎提吐尔逊、阿布里亚特阿不都乃比等人袭击，致使客车从路上翻滚下路基起火爆炸，车上2名司机、19名乘客全部遇难。
帕力塔•买买提、库尔班•吐地阿吉为首的暴力恐怖团伙。2003年1月25日、28日，在公安部的统一协调下，新疆、河北公安机关一举捣毁了以库尔班•吐地阿吉和帕力塔•买买提为首的恐怖团伙，拘捕涉案嫌疑人员33人，其中头目、骨干11人，还收缴了大量制爆原材料和制爆工具。该团伙重要骨干多系畏罪潜逃至内地的“三股势力”分子，在天津、河北一带藏匿，以经商为掩护，网罗人员，发展组织，并根据境外提供的制爆化学配方进行制爆、试爆，继续从事民族分裂和暴力恐怖活动，逐渐形成了一个以帕力塔•买买提、库尔班•吐地阿吉为首的新的暴力恐怖团伙，活动范围已涉及到新疆伊犁、和田等7个地州市和河北、河南、天津、山东、浙江等内地省市。经查，该团伙为实施恐怖犯罪，曾指使疏附县塔什米力克乡原八村村长、后任该乡副乡长的库尔班•买买提(已被抓获)，在该村挖建了4处秘密地道(均为砖混结构)，长期用于习武训练、非法宗教活动、制作爆炸装置和藏匿在逃的恐怖分子。从2002年12月至2003年1月下旬，该团伙先后从内蒙古包头、山东德州、天津、河南郑州等地购置了大量制爆化学药品，根据制爆配方，在河北沧州市制造了10多枚爆炸装置，已试爆成功。他们还购置了汽车遥控器、电动开关、儿童遥控玩具，试制遥控式爆炸装置，在伊犁、和田等地建立制爆窝点，培训制爆人员，并将制爆化学药品运回新疆，分发各地，准备在内地和新疆同时实施恐怖活动，袭击我党政机关、政法部门、计划生育部门和基层派出所等。2003年1月，该团伙将大批制爆原料运往伊犁、喀什、和田等地，准备制作爆炸装置进行恐怖活动。
阿不来提•吐尔逊团伙。2003年2月19日，在公安部的协调下，新疆、河北公安机关联合作战，在河北省保定地区安国市又打掉了从境外受训入境的涉枪恐怖分子、和田库来西团伙通缉在逃犯罪嫌疑人阿不来提•吐尔逊为首的恐怖团伙，拘捕涉案嫌疑人员22名，缴获了一批非法宗教书籍、录音带等宣传品。经查阿是2002年9月受境外买买提明艾孜来提的派遣从尼泊尔经西藏樟木口岸入境，并将5支微型冲锋枪、7支印度造“四•八”型手枪、1400余发子弹偷运至拉萨，后运往疆内。阿入境的主要任务是在新疆发展组织，搜集并向境外提供相关情报，与已入境的受训恐怖分子联络，搞恐怖暗杀活动。
“若米松”网上传递制爆配方案。2003年2月，公安机关掌握了网上一个名为“若米松”的信箱，向境内20多个网站上传播了制造爆炸装置，制造毒气和生化武器的60多种办法，伊犁和内地的不少人都接到他们投递的这些制爆、制毒方法的信件。仅我们查明的，境内就有十多人接受过他们的网上培训，准备搞恐怖活动。在安徽等地公安机关的配合下，我们先后抓获了多名网上受训分子，弄清“若米松”系隐藏在土耳其的恐怖分子。
买海木•阿木提团伙。2003年3月，乌鲁木齐公安机关打掉了以商养政的典型团伙——买海木•阿木提团伙。查明，该团伙自1996年以来共向境外艾山买合苏木组织提供了80多万元人民币和7万多美元的活动经费，同时还积极向境外输送人员，仅团伙骨干乌斯曼•库尔班(在押)就先后非法办理护照几十本，将艾山买合苏木、阿不都卡德尔•艾买提等“三股势力”骨干头目送到境外。阿巴白克力•肉孜团伙。2004年5月，乌鲁木齐市公安机关破获了以阿巴白克力•肉孜为首的非法讲经及抢劫、盗窃团伙，抓犯罪嫌疑人13名。经查，该团伙组织体系严密，有总头目，有专人负责财务、宣传等工作，并制定有较严格的规章制度。自2001年5月以来，该团伙组织人员进行非法讲经达80多次，同时，还通过抢劫、盗窃等活动筹集资金，已查明的抢劫、盗窃案件就有24起，其中包括在乌鲁木齐、喀什实施的两起针对公安民警的抢劫案。该团伙用筹集到的资金购买了大量制爆原料，准备制造爆炸装置，还购买了大量注射器，准备用注射器向各大超市出售的食品中注射毒品，以制造恐怖气氛。
“9•5”爆炸未遂案。2004年9月5日凌晨，位于吐鲁番鄯善县七克台镇附近的兰新铁路发生爆炸，爆炸的时间恰好是西安开往库尔勒的火车经过的时间，由于犯罪分子投放的炸药当量不足，没能颠覆火车，初步查明这是一起有计划、有组织的恐怖案件。
阿不来提暴力恐怖犯罪团伙。2004年10月31日，吐鲁番地区公安机关发现并打掉了一个具有深厚背景的阿不来提暴力恐怖犯罪团伙。该团伙通过盗窃古墓文物筹集资金，购买了炸药，配置了制枪、制爆工具，进行了制爆试验，准备实施暴力恐怖破坏活动。该团伙成员分布广泛，涉及到乌鲁木齐、喀什、阿克苏、和田等多个地区。公安机关抓获15名涉案成员，并从该团伙处收缴了2公斤炸药和一批制枪、制爆工具。
“2•27”案件。2005年2月27日，墨玉县沙依巴格乡乌鲁瓦提村犯罪嫌疑人苏来曼、阿不都热依木经过长期预谋，杀害了本村支部书记买沙力汉，重伤治保主任库尔班尼牙孜，放火烧了电视插转台。犯罪嫌疑人原打算做完此案后再杀害其他村干部，因被捕而未遂。
“12•25”案件。2005年，境外“东伊运”组织骨干阿不拉卡拉阿吉指派人员入境，与头目阿不都外力联系，授意建立恐怖训练窝点，培训人员，实施恐怖活动。2006年3月，阿不都外力、库尔班、艾合买提、阿不都米吉提、木合塔尔等骨干分子建立“东突伊斯兰党”组织，2006年9月开始，他们模仿“基地”组织的活动手法，利用帕米尔高原山区沟壑纵横、山高路险、易守难攻、汽车开不进、飞机难发现的特殊地理位置，在克州阿克陶县库斯拉甫乡山区建立了武装训练营地。在自治区党委和公安部的正确领导下，依靠喀什、克州两地基层党政组织和农牧民群众的全力支持，在驻疆部队的大力协同下，我们精心组织实施了“12•25”灭鼠侦察搜捕行动，依法打击了盘踞在帕米尔高原深山中的“东突伊斯兰党”暴力恐怖团伙，捣毁该团伙恐怖训练窝点4处，击毙团伙成员18人，抓获团伙成员79人，缴获自制手雷36枚、半成品手雷1500多枚、炸药8公斤以及用于制爆的发电机、砂轮、钻床和用作手雷外壳的暖气管堵头等物品；野营用的大量帐篷、棉被；统一的服装标志、准备行动时使用的战旗；以及大量米、面、油等储藏物资和用于运输的车辆。这次行动取得了决定性胜利。
据不完全统计，2003年至2007年，全疆公安机关打掉暴力恐怖团伙、组织117个，抓获人员1866人，牢牢掌握了对敌斗争的主动权，使“三股势力”的组织、人员始终没有在境内形成气候。
在进行暴力恐怖“武”的破坏活动的同时，境内外“三股势力”从来没有放弃“文”的，即意识形态领域里与我的争夺。20年来，境内外“三股势力”特别是民族分裂主义势力利用各种方式，不断加大对我意识形态领域的渗透，与我争夺群众，争夺下一代。这期间也发生了一些比较有影响的事件。
吐尔贡•阿勒玛斯出版《维吾尔人》等三本书。1983年至1989年，吐尔贡•阿勒玛斯在新疆连续出版了《维吾尔人》、《匈奴简史》、《维吾尔古代文学》等三本书。这三本书以学术研究为名，打着马列主义的旗号，歪曲杜撰历史，散布历史唯心主义和泛突厥主义，鼓吹分裂祖国，破坏民族团结的思想观点，为民族分裂主义分子闹独立、搞分裂提供所谓的“历史”依据，成为在意识形态领域分裂祖国的舆论工具，对青少年的毒害尤其严重。《维吾尔人》等三本书的主要错误突出地表现在以下三个方面：一是否认中国自古以来就是统一的多民族国家这一事实，硬要把维吾尔族和我国古代北方诸游牧民族及其所建立的地方政权，说成是独立于中国之外的“独立国家”。二是无视我国民族关系发展历史上友好往来，和睦团结，统一进步的主流，极力渲染历史上各民族之间相互敌视仇杀和吞并的支流，把我国民族关系史歪曲成一部战争史；并有意歪曲史实，借助历史上的民族矛盾和冲突，煽动民族对立情绪，特别是煽动对汉族的仇视。三是站在资产阶级民族主义的立场上，去观察和评价民族关系中的一些历史事件和历史人物。对凡是主张和维护祖国统一，有助于民族团结的历史人物，一概加以诋毁，斥之为“叛徒”，而把历史上闹分裂，搞阴谋的人都颂扬为“民族英雄”。1990年2月，自治区新闻出版局组织人员对这3本书进行审读，并作出停售销毁的处理。11月，自治区党委宣传部、新疆社会科学院、自治区新闻出版局召开审读会，对吐尔贡-阿勒玛斯的3本书进行反复讨论、分析、研究，认为“三本书”为民族分裂主义分子闹独立、搞分裂提供历史依据，其问题性质属于政治观点和政治立场错误，从深层次上危害国家统一、民族团结，危害新疆的稳定。
民族分裂主义分子利用民间文化活动“麦西来甫”煽动宗教狂热宣扬民族分裂思想案件。1992年10月到1995年8月，伊犁阿不都沙拉木、阿不都黑力力、阿不都肉甫等一小撮民族分裂分子为达到破坏民族团结、分裂祖国统一的罪恶目的，在新疆伊犁地区利用维吾尔族传统的民族文化活动“麦西来甫”进行了3年之久的煽动宗教狂热、宣扬民族分裂思想的活动，1995年8月14日，阿不都黑力力等人借15伊宁市人民政府禁止“伊犁青年麦西来甫”举办“伊犁青年足球金杯赛”，煽动、纠集200多人非法游行示威，对此我公安机关依法处置、收审骨干分子14人，行政拘留3人，批评教育14人，收缴一批反动宣传品，没收其活动经费8400元。
对鼓吹民族分裂思想的《浑泉》等4本维吾尔文书籍进行查处。1991年1月，新疆人民出版社出版了鼓吹民族分裂思想的维文书籍《爸爸讲的故事》。同年1月、3月和1998年3月，新疆大学出版社分别出版了鼓吹民族分裂思想的维文书籍《巴达吾来提》第一卷《燎原大地》、第二卷《不归之路》和第三卷《汹涌的开都河》。接着1999年12月、2002年12月，新疆大学出版社又分别出版了6卷民族分裂思想严重的书籍《浑泉》。2000年2月、4月、6月，鼓吹民族分裂思想的《喀什和卓》又被新疆人民出版社正式出版。这四部书出版后，读者反应强烈。2001年，自治区党委组织专家对这四部书进行审读，发现这四部书存在严重歪曲、篡改和编造历史，鼓吹新疆“自古以来就是一个独立、强大的国家”，为制造民族分裂和“新疆独立论”提供所谓的历史依据的问题。书中作者站在民族分裂的立场评价历史进程和历史人物，反对国家统一，制造民族仇恨，抨击现实，攻击少数民族党政领导干部。2002年4月，自治区有关部门对鼓吹民族分裂思想的《浑泉》、《爸爸讲的故事》、《巴达吾来提》、《喀什和卓》等4部维文书籍进行查处，并收缴、销毁四本书，禁止出版多卷本长篇小说《浑泉》，禁止再版“四部书”。
尼勒克县第三中学部分教师公然抵制声讨民族分裂主义事件。1997年2月5日，伊宁市发生严重打砸抢骚乱事件，给伊犁地区正常社会秩序带来了巨大的危害。事件发生后，在伊犁州党委统一部署下，伊犁地区各县(市)普遍开展重新学习中央7号文件，结合伊宁市“2•5”打砸抢骚乱事件召开大会，声讨一小撮民族分裂分子策划制造严重打砸抢骚乱事件的罪行。在此项政治活动中，伊犁州尼勒克县第三中学部分老师态度暧昧，不揭发、不表态，甚至公开抵制。该校4名教师甚至联名写信，要求公安局放人，并将其反动观点肆意在社会上散播。其中1名老师还到公安局谩骂，公然威胁我公安干警。由于三中学校党支部、校委会不能发挥战斗堡垒作用，忍让退缩，不负责任，致使这场严肃的政治思想教育活动在学校根本无法开展，在社会上造成了恶劣影响。伊犁州地委、尼勒克县对第三中学发生的部分教师公开抵制声讨民族分裂主义事件非常重视，对参与散播民族分裂言论和利用宗教公开进行违法活动的教师进行了严肃查处。
乌鲁木齐市“3•30”反动传单事件。1997年3月30日凌晨，在乌鲁木齐市二道桥地区和六道湾地区同时发现了煽动民族分裂的反动传单。在二道桥张贴的传单4处4张，标语为《通知》，均系手抄原始件，内容与南疆皮山、阿克苏、库尔勒等地发现的反动传单相同。在六道湾张贴的反动传单17处17张，标题为《宣言》，均系手抄复印件，内容反动且具有浓厚的宗教色彩。，该案发生后，当时江泽民总书记高度重视，亲自批示：“此事应尽快破案，千万不可麻痹大意。”中央办公厅将此案列为督办案件。后经多月努力，乌鲁木齐市公安局分别将在二道桥张贴反动传单的该案主犯“东突厥斯坦伊斯兰组织”成员买吐尔逊•邱纳克、阿不都吉力力和在六道湾张贴传单的吐尔洪•艾再丁等人抓获。
霍城县“4•7”广播电台维语调频台公开播放煽动民族分裂内容作品事件。1998年4月7日下午4时至5时，霍城县广播电台维语调频台在本县自办广播节目中播出了新疆大学出版社出版的、有严重政治问题的《买买提力先生》一书的片段。4月8日，该台又播出非法出版物《圣人传奇》一书中关于古尔邦节为何宰牲的内容，并播放了《没有打中要害的子弹》、《踪迹》、《卡克其麻》、《不要忘记》等被查禁的反动歌曲。霍城县“4•7”广播电台维语调频台公开播出煽动民族分裂内容作品事件发生后，霍城县委4月10日召开常委会，对事件进行研究，公安机关进行介入，并调查取证。后对该电台进行整改。
和田地区部分少数民族小学生撕毁课本内毛主席画像事件。1999年5月至8月，新疆和田地区普遍发生刚入学的一年级维吾尔族小学生将语文课本上的毛主席画像撕毁的现象。据统计，这起事件波及和田地区6县1市(民丰县除外)，牵涉小学校277所，涉及维吾尔族学生4922人，毛泽东主席画像被撕毁、抠损、涂损的小学课本达5160本之多。事件发生后，时任中央政治局常委、中央书记处书记的胡锦涛同志，中央政治局委员、中央政法委书记罗干同志相继作出指示，并组成专案工作组赴和田地区各县深入调查。经调查发现，该事件发生的原因有：一是和田地区“库来西团伙”成员在暗中进行操纵指使；二是宗教狂热思想的影响；三是当地穆斯林群众思想觉悟落后，文化层次低下。最后，专案组与涉案县市公安局党委、具体办案人员讨论决定，除涉及参与“库来西团伙”并有暴力恐怖犯罪事实的骨干阿不都克尤木•阿不都艾尼、努尔买买提•托乎提帕沙等人当即拘捕关押候审外，对其他涉案人员分别作出报捕、劳教和批评教育处理。
乌鲁木齐市“1•1”弹拨尔独奏音乐会朗诵反动诗歌事件。2002年1月1日下午，由自治区文化厅、广电局主办，新疆歌舞团、新疆经济报承办的“努尔买买提•吐尔逊弹拨尔独奏音乐会”在新建的人民会堂举行。演出将要结束时，音乐会具体操办者努尔买买提•吐尔逊和妹妹在未审看诗稿内容的情况下，要求主持人安排吐尔逊江•艾买提(伊宁市人)朗诵其诗作“献给努尔买买提•吐尔逊的盛会”。在朗诵过程中，全场出现5次鼓掌，并有3人上台献花。实际上，吐尔逊江•艾买提的诗作赤裸裸地鼓吹民族分裂思想，是一首向党和政府发起猖狂挑衅的反动诗歌。该诗借对努尔买买提•吐尔逊演奏技艺的赞誉，暗喻维吾尔人的经历“充满着忧伤的血”、“维吾尔的心灵呻吟着悲哀”，影射攻击社会现实，鼓吹民族分裂，破坏民族团结，严重影响新疆社会稳定。
境外电台对新疆的空中渗透。改革开放以来，特别是20世纪90年代中后期，国外敌对势力和民族分裂势力，加紧了对新疆特别是南疆的反动舆论宣传，通过广播电台进行空中渗透是他们重要的宣传手段之一。为了强化宣传效果，扩大渗透范围，他们在一些国家和地区增设了广播电台或频道、频点，不断增大发射功率，每天定时向新疆进行反华、分裂宣传。这些年来，针对新疆进行宣传渗透的电台主要有自由亚洲广播电台、美国之音、沙特吉达广播电台、英国BBC电台、伊朗伊斯兰电台、塔什干国际广播电台、哈萨克斯坦解放电台等。这些电台用维吾尔、汉、哈萨克、柯尔克孜、乌孜别克等语播出相关节目。传输的方式以短波为主，南疆部分地区可以接收清晰的中波信号。据南疆的监测情况反映，在南疆地区可以收听到的境外电台多达四五十个频点。尽管这些电台大都自我标榜以促进言论自由为己任，恪守新闻原则，绝不从事政治宣传，但与他们的标榜形成鲜明反差的是，他们的播音内容充斥着赤裸裸的政治宣传，根本没有真实、公正可言。在这方面，尤以自由亚洲电台、美国之音、沙特吉达电台为甚。这三家电台对新疆的广播内容各有侧重，但万变不离其宗，都是为西方敌对势力分化、颠覆中国和煽动民族分裂服务的。由于他们打着所谓“公正”、“客观”和“真实”的幌子，诱惑性和欺骗性很强，对新疆特别是南疆地区的社会稳定造成了极大的影响，致使一些地方出现了干部群众争相收听这些广播的现象。在一段时间里，南疆地区和伊犁地区多波段收音机十分畅销，阿克陶、和田、墨玉、洛浦等地甚至出现了抢购多波段收音机的现象。调查数据表明，新疆境内不少人就是因为多次收听境外电台的宣传蛊惑后去进行暴力恐怖活动或煽动宗教狂热，最终走上了民族分裂主义道路的。
为抵制境外电台对新疆的宣传渗透，巩固广大农村牧区的思想文化阵地，自治区适时提出了在全疆范围内实施“乡乡通电视，村村通广播”工程的计划。到2000年底，基本实现了全疆村村通广播电视的目标。目标实现后，自治区继续实施自然村通广播电视，直至户户通广播电视工程。此外，新疆电视台还致力于丰富和改进少数民族语言电视节目，维、汉、哈三种语言节目通过专用频道完整播放，成为全国范围内覆盖面最广、语种最多的省级电视台，从而让广大群众都听上看上内容积极、健康向上的广播电视节日，有效地抵御了境外电台的空中渗透。与此同时，国家投人大量资金，实施“西新工程”，在新疆新建、扩建了一大批调频广播工程、中波转播台、实验台等发射台，收到了明显的效果，受到了各族群众的欢迎。“西新工程”和在这之前启动的“乡乡村村通广播电视工程”有机地融为一个整体，已真正成为空中反渗透的铜墙铁壁。我对敌斗争的政策和策略调整
从近20年来的四个发案高峰看，暴力恐怖组织团伙及其实施的行动受国际暴力恐怖活动趋热的影响日渐增大，特别是国际上一些民族问题比较尖锐的国家连续发生的一些民族和宗教冲突给予了境内外民族分裂势力以较大的刺激。如，1997年底以来不断加剧的科索沃危机。科索沃阿族的斗争形式给了新疆民族分裂势力以启发和信心，他们依此调整和确立了新的活动策略，形成民族分裂破坏活动第三、第四个高峰期的特点。即：在加强对境内实施破坏活动的同时，为逃避我强大的打击攻势，采取在境外建立组织，训练暴力恐怖分子，指挥境内实施活动。在组织构成上，一方面各分裂组织初步达成走联合之路的共识，改组和新建组织机构，另一方面积极进行武装斗争的准备，加紧寻找有实力的国家或组织做靠山。
回顾20年来新疆反分裂斗争的历程，中央对新疆的稳定工作高度重视，始终把新疆的稳定放在国际形势的大环境中去把握，置于全国稳定的大局中进行研究，作出了一系列重大决策。中央正确、持续的指导思想、方针、政策，成为新疆自治区党委、政府稳定工作的主心骨。
首先，江泽民、胡锦涛等中央领导同志就新疆的稳定工作多次作出重要指示。1990年2月15日，江泽民同志在听取全国民委主任会议汇报时指出，分裂和反分裂的斗争是政治斗争，从实质上讲，不是民族问题，也不是宗教问题，但敌对势力往往打着民族和宗教的旗号来进行破坏活动，因此增加了问题的复杂性，处理这类问题，要求我们的干部更应该注意政策和策略。如果有人搞分裂、搞渗透，我们坚决反对。我们的民族问题是中华民族内部的问题，决不允许外国势力插手，一定要切断内外分裂势力的联系。1992年1月14日，江泽民同志在中央民族工作会议上明确指出，要警惕和反对国际上某些政治势力支持逃亡国外的民族分裂主义分子，利用“泛伊斯兰主义”、“泛突厥主义”或打着其他旗号，在我国某些地区煽动分裂的图谋。1993年7月喀什“6•17”系列爆炸案发生后，江泽民同志给在那里检查指导稳定工作的自治区党委书记宋汉良同志打电话，指出：“不要光看到几个暴力恐怖犯罪，要看到背后以美国为首的西方敌对势力。对这股势力要狠狠地打，不能手软，手软是没有退路的。”随后，中央派出了一系列调查组了解新疆维稳斗争情况。
1996年3月19日，中央政治局常委会专题研究新疆稳定工作并下发了中发[1996]7号文件，明确提出了“影响新疆稳定的主要危险是民族分裂主义和非法宗教活动”的科学论断，对统一全党对新疆稳定工作的认识，特别是对统一新疆各族干部群众的思想，建设和夯实反分裂斗争的基础具有极其重大的意义，为新疆的反分裂斗争指明了方向。
1997年3月20日，中央政治局常委会专门听取了新疆维吾尔自治区党委、公安部党委关于新疆当前对敌斗争的情况报告，决定在新疆社会治安状况不好的重点地区开展集中整治，严厉打击暴力恐怖犯罪的专项斗争，打击的重点是“民族分裂主义的骨干分子、暴力恐怖犯罪分子和宗教极端势力的为首分子”，并以中央政法委《批复》形式下发。同时，决定给新疆增派4000名武警，成立六、七、八3个武警机动支队和南疆指挥所，并给新疆维吾尔自治区党委扩大了武警调动使用权限。
1998年7月，江泽民同志视察新疆工作时发表重要讲话，进一步阐述党的民族、宗教政策，对各族干部在反对民族分裂、维护祖国统一这一大是大非问题上的认识和态度提出了明确要求。
2000年11月11日，在党的十五届五中全会闭幕后，江泽民同志就加强党的民族工作和宗教工作，主要是对维护新疆稳定和加强反分裂斗争问题，向出席会议的全体同志发表重要讲话，要求全党同志首先是各级领导干部高度警惕新疆的民族分裂主义活动，同心同德、坚定不移地与民族分裂主义势力进行斗争。
2001年6月，胡锦涛同志视察新疆工作时，对加快新疆改革发展、维护社会政治稳定作出了重要指示。他指出，加强以维护民族团结和祖国统一为主要内容的思想教育，是维护新疆稳定的考治本之策。要向各族干部群众广泛宣传马克思主义民族观、宗教观和党的民族、宗教政策，切实筑起维护社会稳定的坚固思想长城。要依法加强对宗教事务的管理，严厉打击民族分裂主义分子的破坏活动。
党的十六大以后，为了适应反分裂斗争的新形势和新任务，更好地维护新疆稳定，中央决定将2000年建立的维护新疆稳定联席会议制度，变更为中央新疆工作协调小组，这是党中央、国务院进一步加强对新疆工作领导的重大举措。
2004年4月，以胡锦涛同志为总书记的党中央领导集体高度关注新疆的各项工作，面对复杂多变的国际国内斗争形势，召开政治局常委会议专题研究新疆的发展稳定工作，并以中发[2004]11号文件转发了《中央新疆工作协调小组关于新疆发展与稳定的战略研究报告》，提出了今后一个时期做好新疆工作的总体部署；提出了“稳疆兴疆，富民固边”，全面推进新疆的改革与发展，确保新疆长期稳定的战略构想，明确指出：“新疆工作在党和国家工作大局中具有特殊重要的战略地位”，“确保新疆的发展稳定，不仅关系我国改革发展稳定的大局，也关系中华民族的伟大复兴”。中发[2004]11号文件体现了中央对新疆工作的一贯方针原则，对全面推进新疆的改革与发展，确保新疆的长期稳定，具有重大的现实意义和深远的历史意义。
2006年9月6日至11日，胡锦涛总书记到新疆考察工作并发表重要讲话，他指出：新疆的发展和稳定，关系全国改革发展稳定的大局，关系祖国统一、民族团结、国家安全，关系中华民族的伟大复兴。胡锦涛同志的讲话对我们从战略高度认识和把握新疆的反分裂斗争，认清做好维护稳定的工作的重大意义，不断增强做好维护新疆发展和稳定工作的能力和主动性、创造性，具有重大意义。
2008年3月8日，全国两会期间，胡锦涛总书记参加了新疆代表团的审议并作重要讲话，对进一步做好新疆的各项工作提出了明确要求，给新疆今后的工作指明了方向。
其次，在对外方针上，“9•11”事件后，国际反恐形势发生重大变化，党中央高瞻远瞩、审时度势，充分利用国际社会加强反恐合作的有利时机，通过各种方式，有理、有据地揭露“东突”三股势力的犯罪事实，适时将打击“东突”三股势力纳入国际反恐斗争的大格局。
2002年1月21日，国务院新闻办公室发表了《“东突”恐怖势力难脱罪责》的文章。文章以确凿的事实揭露了“东突”恐怖主义本质，揭露了“东突”三股势力与国际恐怖势力之间的密切联系，以及在新疆制造的累累血案。文章的适时发表在国际社会引起很大反响，程度不同地取得了包括美国在内的世界大多数国家对我国打击“东突”恐怖势力的支持。2002年8月30日，美国政府宣布将“东突厥斯坦伊斯兰运动”组织列入美国的恐怖组织名单，并冻结其在美国的资产(虽然对美国的这一举动我们要从美国自身利益需要去考虑，去辩证地认识，在后文中还将就此专门分析，但这毕竟是国际呼声的一部分反映)。随后，联合国安理会反恐怖主义委员会决定将“东突厥斯坦伊斯兰运动”列入制裁名单。联合国相关组织和多数国家对“东突”恐怖主义的认定，有利于进一步遏制“东突”恐怖主义的蔓延，有助于中国在打击“东突”恐怖主义行动上获得更多的国际支持。
2003年12月15日，我公安部对外公布了第一批认定的“东突”恐怖组织和恐怖分子名单，这是中国政府同一切形式的恐怖主义进行斗争的一大举措，显示了我们坚决反对恐怖主义的坚定立场。与此同时，我国政府大力倡导加强区域反恐合作，积极参与上海合作组织、亚太经合组织、东盟地区论坛的反恐交流与合作，并推动上海合作组织建立地区反恐常设机构。
2002年10月，我国与吉尔吉斯斯坦举行了联合反恐军事演习；2003年8月，我国参加了上海合作组织联合反恐军事演习；2003年，上海合作组织下属的“反恐中心”在比什凯克宣布成立，各成员国开始就应对恐怖主义、非法移民等非传统安全问题展开更多的实质性合作。2004年1月，上海合作组织秘书处在北京成立，并正式开始运转，在这个组织的合作框架下，我国开始与中亚各国进行各种双边或多边的合作。我国还与美国、俄罗斯、英国、法国、巴基斯坦、印度等国定期举行双边反恐磋商。
2007年8月9日至17日，根据上海合作组织元首峰会《联合公报》和上海合作组织国防部长会议《联合公报》，上海合作组织成员国在中国乌鲁木齐和俄罗斯联邦车里雅宾斯克举行了“和平使命2007”上海合作组织成员国武装力量联合反恐军事演习。这是成员国共同应对新威胁新挑战，维护地区安全与稳定、促进共同发展与繁荣，打击和震慑恐怖主义、分裂主义、极端主义“三股势力”的一次重要行动，反映了成员国防务安全合作的水平达到新的高度，彰显上海合作组织在维护地区和平与稳定、推动建设和谐世界中的重要作用。
近年来，我与中亚、南亚等周边国家政府问在打击“三股势力”方面不断取得更多共识，人员和情报交流方面的联系趋于密切，国际警务合作得到加强，我相继向哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、土耳其等国派驻警务联络官，先后将几名“东突”恐怖组织头目和骨干分子从周边国家引渡回国，这在一定程度上压缩了“东突”三股势力的国际活动空间，营造了有利于新疆稳定与发展的国际环境和周边环境。
在这个过程中，特别是第二个高波峰期以后，新疆在党中央、国务院的坚强领导和支持下，从1996年开始逐步加强了对“三股势力”的打击力度。伴随打击的加强，自治区党委花大力气全面加强基层政权建设。根据中央决策，自治区从1997年开始至今持续开展对社会治安状况不好的地区进行集中整治斗争，每年从自治区、地(州、市)、县三级派出万人以上的工作队深入到乡镇村组开展“三同”活动，对广大基层群众开展面对面的教育活动。开展了意识形态领域的反分裂斗争，对宗教人员和教师队伍进行大力整顿与培训。这些措施的直接成果是，全疆各族各级干部对“影响新疆稳定的主要危险是民族分裂主义和非法宗教活动”的论断取得了空前一致的认同，打击和反对“三股势力”的一系列措施得到了有效的落实。一批民族分裂组织和暴力恐怖团伙被破获，一批民族分裂组织的骨干被我抓获，民族分裂势力遭到重创，面上的暴力恐怖势力的分裂破坏活动得到遏制。新疆的社会政治大局趋于稳定。这期间“三股势力”没有搞成有影响的大事。分析其原因，虽然说从2002年开始，国际反恐怖的大环境有利于我们对“三股势力”的打击，但深层次的原因是我们的控制发现能力大大提高。“三股势力”不是不想干，也不是没有干，而是大多都被我消灭在萌芽状态。
1997年4月9日，自治区党委召开会议，就如何贯彻中央《通知》和中央政法委《批复》精神，在新疆重点地区开展集中整顿治安严厉打击暴力犯罪工作进行了部署和安排。从此，拉开了集中整治的序幕。
1998年8月17日，自治区五届五次全委会议通过了《关于学习贯彻江泽民总书记考察新疆工作时重要讲话的决定》，并针对不同层次的对象提出了不同的要求，对于用中央精神统一新疆各族干部、群众以及宗教人士的思想起到了积极的作用。
1998年年底，为抵御境外电台对新疆的空中渗透，用先进文化、正确舆论占领农牧区思想文化阵地，自治区党委、政府决定在全疆范围内实施“乡乡村村通广播电视工程”计划，并开展了大规模的投资，至1999年年底，全区基本实现了乡一级和85％的行政村通广播电视。随后在中央支持下，又连续实施了“西新工程”、“东风工程”等一系列抵御空中渗透，加强正面舆论宣传的工程，有效抵御了敌人在意识形态领域与我争夺阵地的图谋。
1999年8月16日，自治区党委专题研究了和田地区的稳定工作，认为当前和田地区敌情相当复杂。为迎接建国50周年大庆，必须以打击库来西团伙为重点，开展专项整治。并派出专门工作组，对和田地区稳定工作进行专项部署、指导、协调。经过半年多的集中专项整治，击毙了暴力恐怖团伙主犯库来西，抓获大批团伙成员，收缴自制手雷5000多枚及大批制爆原材料，有效稳定了和田地区的形势。在总结成功经验的基础上，2000年2月19日，自治区党委对阿克苏地区稳定进行了专题部署，决定以民族分裂主义骨干分子、暴力恐怖犯罪分子、宗教极端势力为首分子为重点，开展专项斗争。经过近半年的斗争，破获了一批暴力恐怖案件，在逃的133名重点逃犯中抓获102名，消除了隐患，稳定了形势。
1999年4月开始至今，自治区从阿克苏、喀什、克孜勒苏、和田四地州选调450名乡镇少数民族领导干部，经过半年的汉语培训后，到北疆和兵团进行为期两年的异地挂职，以提高政治素质、工作能力和汉语水平，至今已进行了9年，使数千名少数民族乡镇领导干部得到了较好的锻炼。同时，为确保南疆地区长治久安，全面加强南疆地区乡镇党的建设和干部队伍建设，经中央批准，从1999年4月开始，对上述四地州的374个重点边远乡镇实行“4211”工作机制，即对这些地方的干部实行双倍配备，实行每月20天连续工作制，中间不休息，从而保证四分之二的干部坚持工作不离岗，四分之一的干部脱产培训或异地挂职，四分之一的干部轮休，对维护当地的稳定、搞好发展起到了积极作用。年底，又在喀什、和田、阿克苏、克孜勒苏、伊犁5个地州抽调13788名机关干部，组成工作组，深入到18个县市120个乡镇的584个村和99所中小学，进村人户与各族群众实行“三同”(同吃、同住、同劳动)，经过近一年的“三同”活动，使人民群众得到了广泛的宣传，上述地方的治安面貌有了很大改观。
1999年8月11日，民族分裂主义为首分子热比娅•卡德尔(原全国政协委员、自治区政协委员、自治区商会副会长)携带所谓“致美国人民的一封信”和“中国侵犯维吾尔公民人权”的材料，在乌鲁木齐市银都酒店与一外国人会面交接时，被公安机关当场抓获。经查，热受境外分裂组织指使，多次将涉及国家机密的材料送往国外，并资助民族分裂主义组织。2000年3月1013，乌鲁木齐市中级人民法院依法判处热比娅•卡德尔有期徒刑8年，剥夺政治权利2年。对热比娅的打击，有力地打击了境内外“三股势力”的嚣张气焰。热比娅出境后，美国对热比娅、对“东突”势力的支持已经由幕后走到了台前。美国会成立了由兰托斯、海德等七人组成的小组，领导非政府组织“美国民主基金会”为热比娅的活动出谋划策、提供资金，一些民族分裂分子也在其中上窜下跳。他们聘请专业人员为热比娅参选诺贝尔和平奖制定宣传策略，为热比娅制定了应对新闻媒体采访的具体口径。2005年至2008年，在美国的操纵下，热比娅4次获得了“诺贝尔和平奖”提名，在中央的坚强领导和正确指挥下，我有关部门密切合作，深入揭露热比娅“假民主，真分裂”的嘴脸，在我外交斡旋和国际正义力量的支持下，热的阴谋均未能得逞。
2000年5月11日，自治区内地新疆高中班工作会议在乌鲁木齐召开，会议要求各地切实做好此项工作，确保高质量完成当年首次招生1000名的工作。自此，内地新疆高中班招生工作正式启动，至今每年招生规模已达5000人，为新疆的人才培养打下了坚实的基础。
从2001年3月开始，自治区决定用3年左右的时间，采取分级、分批、分期的办法对全区近3万名伊斯兰教教职人员全部培训一次；并建立起每5年对所有教职人员普遍轮训一次的制度，使培训工作逐步向制度化、规范化方向发展。至今，已进行了第二轮培训。
2001年6月，自治区党委决定用5年左右的时间，每年从大中专毕业生、“五大”毕业生和优秀复转军人中招录1150名干部，经过岗前培训后分配到南疆4地州边远艰苦的乡镇工作。这个举措对于建设一支高素质的乡镇干部队伍、加快南疆发展、维护稳定具有重大战略意义。
