爱华网国家税务总局于2009年12月24日以国税发[2009]157号文下发了新的《税务稽查工作规程》（以下简称新《规程》），若是与旧的《税务稽查工作规程》（国税发[1995]226号）的条文相比较，主要变化可以归纳为如下“一、二、三、四、五、六、七”个方面。
“一”即是一个联合。新《规程》增加了国、地税联合检查的规定。第四条第三款规定，各级国家税务局稽查局、地方税务局稽查局应当加强联系和协作，及时进行信息交流与共享，对同一被查对象尽量实施联合检查，并分别作出处理决定。同时，第二十二条第三款规定，国家税务局稽查局、地方税务局稽查局联合检查的，应当出示各自的税务检查证和《税务检查通知书》。
“二”即为两个集体。为防范税收执法风险，紧紧把握“一岗双人、集体决策”原则，新《规程》有两处强调"集体"字眼：一是集体研究确定稽查对象（第十四条稽查局应当通过多种渠道获取案源信息，集体研究，合理、准确地选择和确定稽查对象；而旧《规程》第十条确定税务稽查对象应当由专门人员负责）。二是集体审理（第四十六条第三款案情复杂的，稽查局应当集体审理；案情重大的，稽查局应当依照国家税务总局有关规定报请所属税务局集体审理；而旧《规程》第三十七条税务稽查审理工作应当由专门人员负责。必要时可组织有关税务人员会审）。
“三”既是三个举措，来强化稽查内部监督控制、预防职务犯罪。一是依法保密。新《规程》第六条规定：税务稽查人员应当依法为纳税人、扣缴义务人的商业秘密、个人隐私保密。二是回避制度。新《规程》第七条规定，税务稽查人员有《税收征管法细则》规定回避情形的，应当回避。被查对象要求税务稽查人员回避的，或者税务稽查人员自己提出回避的，由稽查局局长依法决定是否回避。稽查局局长发现税务稽查人员有规定回避情形的，应当要求其回避。税务稽查人员回避应当包括选案、检查、审理、执行环节人员。三是严格执行办案纪律。新《规程》第八条规定，税务稽查人员应当遵守工作纪律，恪守职业道德，不得有“违反法定程序、超越权限行使职权”等违法乱纪行为：特别是新规定了不得“未经批准私自会见被查对象”行为。
“四”即是四个原则。新《规程》出现了四处“原则”表述，分别是：一是坚持公平、公开、公正、效率的原则。新《规程》第三条规定，税务稽查应当以事实为根据，以法律为准绳，坚持公平、公开、公正、效率的原则；二是强化选案、检查、审理、执行分工制约原则。新《规程》第五条规定，稽查局查处税收违法案件时，实行选案、检查、审理、执行分工制约原则；三是增加协商性原则。新《规程》第十一条税务稽查管辖有争议的，由争议各方本着有利于案件查处的原则逐 级协商解决；不能协商一致的，报请共同的上级税务机关协调或者决定；四是重视案卷排列原则。新《规程》第七十四条规定，税务稽查案卷材料应当按照以下规则组合排列：（一）案卷内材料原则上按照实际稽查程序依次排列。
“五”则是五处变化。一是实行案源分类管理。新《规程》引入“案源信息”概念。从第十四条至第十九条，对获取、分析、筛选、管理、使用案源信息，分别作了规定，把它作为稽查对象产生的基础，为今后的税务稽查提供源源不断的案件来源。二是将稽查选案分为确定待查对象和立案两个环节，所有稽查案件要全部立案检查。新《规程》第十九条规定，选案部门对案源信息采取计算机分析、人工分析、人机结合分析等方法进行筛选，发现有税收违法嫌疑的，应当确定为待查对象。待查对象确定后，选案部门填制《税务稽查立案审批表》，附有关资料，经稽查局局长批准后立案检查。税务局相关部门移交的税收违法信息，稽查局经筛选未立案检查的，应当及时告知移交信息的部门；移交信息的部门仍然认为需要立案检查的，经所属税务局领导批准后，由稽查局立案检查。对上级税务机关指定和税收专项检查安排的检查对象，应当立案检查。三是新增执行环节发现涉嫌犯罪的处理。新《规程》第六十九条规定，执行过程中发现涉嫌犯罪的，执行部门应当及时将执行情况通知审理部门，并提出向公安机关移送的建议。对执行部门的移送建议，审理部门依照本规程第六十条处理。四是对“签章”一词进行了明确。新《规程》第七十九条规定，本规程所称签章，区分以下情况确定：（一）属于法人或者其他组织的，由相关人员签名，加盖单位印章并注明日期；（二）属于个人的，由个人签名并注明日期。五是增加案卷副卷内容及规定。新《规程》第七十三条将税务稽查案卷分别立为正卷和副卷。正卷主要列入各类证据材料、税务文书等可以对外公开的稽查材料；副卷主要列入检举及奖励材料、案件讨论记录、法定秘密材料等不宜对外公开的稽查材料。如无不宜公开的内容，可以不立副卷。副卷作为密卷管理。
“六”即为检查环节的六大亮点。一是实施分级分类稽查。新《规程》第十二条规定，省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局稽查局、地方税务局稽查局可以充分利用税源管理和税收违法情况分析成果，结合本地实际，按照以下标准在管辖区域范围内实施分级分类稽查：（一）纳税人生产经营规模、纳税规模……分级分类稽查应当结合税收违法案件查处、税收专项检查、税收专项整治等相关工作统筹确定。二是取消了原《规程》中案件查处的简易程序，使稽查案件检查、处理流程与《税收征管法细则》的要求一致。简易程序取消后，明确稽查案件必须先行全部立案（原《规程》区分一般程序和简易程序标志是“立案与否”），而后再实施检查。三是在被查对象生产、经营场所询问，可不必送达《询问通知书》（第二十七条询问应当由两名以上检查人员实施。除在被查对象生产、经营场所询问外，应当向被询问人送达《询问通知书》）；四是从证据形式和获取方法上对稽查涉及的几种主要证据加以规定，规范税务稽查取证行为。特别是增加了对电子数据（电子资料）的提取与固定的方式和要求，以满足实际工作需要。新《规程》第二十三条至第三十二条用了大量篇幅对各种取证情形详细规定，特别是第三十二条第三款首次提出：需要取得境外资料的，稽查局可以提请国际税收管理部门依照税收协定情报交换程序获取，或者通过我国驻外机构收集有关信息。五是新增了采取税收保全措施、解除税收保全措施的规定。新《规程》第三十四条至第三十八条对稽查过程中采取的税收保全措施、解除税收保全措施的程序和期限进行规范。六是适应基层工作实际，增加了检查的中止、终结程序，力图解决稽查案件大量、长期积压问题，化解潜在的税收执法风险，作为可选择的案件出口。新《规程》第四十四条规定，检查暂时无法进行的，检查部门可以填制《税收违法案件中止检查审批表》，附相关证据材料，经稽查局局长批准后，中止检查。中止检查的情形消失后，应当及时填制《税收违法案件解除中止检查审批表》，经稽查局局长批准后，恢复检查。第四十五条规定，检查确实无法进行的，检查部门可以填制《税收违法案件终结检查审批表》，附相关证据材料，移交审理部门审核，经稽查局局长批准后，终结检查。
“七”即是七个时间点。从检查到执行环节有四个时间点变化（其中检查和审理都是60日），另外案卷方面有三个时间点：一是检查应当自实施检查之日起60日内完成；确需延长检查时间的，应当经稽查局局长批准（第二十二条第四款）；旧《条例》没有出现检查时间，但作为上级的考核标准和管理手段，出现在《国家税务总局关于实行税务检查计划制度的通知》（国税发[1999]211号）第四条“各级税务机关尽量实行综合检查，力避单税种、单项目的重复检查。要规范检查程序，限制检查时间，对每一纳税户的检查原则上不超过15天”；《福建省国家税务局稽查执法权监督制约暂行办法》（闽国税发[2001]180号）第十二条“日常稽查、专项稽查每户一般不超过二十个工作日，专案稽查每户一般不超过三十个工作日。遇有特殊情况需要延期稽查的，应书面说明原因，报经领导批准”；《福建省国家税务局关于贯彻重大税收违法案件督办制度的通知》（闽国税稽[2001]018号）第五条“对省局督办的案件应在转办之日起40个工作日内查结”。新《条例》规定的时间对查处大要案更具可行性和合理性。二是明确了稽查环节向审理环节移交的时间为5个工作日（第四十三条）；三是审理时限由10日延长到15日（即审理部门接到检查部门移交的《税务稽查报告》及有关资料后，应当在15日内提出审理意见）（第五十条）；四是执行环节（两个“3个工作日内”）：拍卖或者变卖实现后，应当在结算并收取价款后3个工作日内，办理税款、滞纳金、罚款的入库手续；以拍卖或者变卖所得抵缴税款、滞纳金、罚款和拍卖、变卖费用后，尚有剩余的财产或者无法进行拍卖、变卖的财产的，并自办理税款、滞纳金、罚款入库手续之日起3个工作日内退还被执行人（第六十七条）。五是案卷归档时间（在各类决定书或者结论执行完毕，或者进行终结检查或者终结执行的，审理部门应当在60日内收集稽查各环节与案件有关的全部资料，整理成税务稽查案卷，归档保管）（第七十二条）；与旧《规程》时间一样，但表述的内容稍异。旧《规程》第五十二条税务稽查案件终结后，在稽查各环节形成的各种资料应当统一送交审理部门，经审理部门整理于结案后的60日内立卷归档。六是案卷保管期限（将一般行政处罚的税收违法案件，案卷保管期限由15年延长为30年）（第七十五条第（二）项）；七是案卷移交时间（明确稽查案卷移交给所属税务局档案管理部门保管的时间为立卷次年6月30日前，稽查局与所属税务局异址办公的，可以适当延迟移交，但延迟时间最多不超过2年）（第七十七条）。
