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TV版
001 云霄飞车杀人事件
对应漫画：
VOL.1
FILE.1 现代的福尔摩斯
整个故事的开端，被黑暗组织灌药之前的原始新一（这集也出现了后来的高木及步美元太光彦等人）
小兰和新一去游乐园约会。没想到就在新一的身边发生了一起杀人事件，这个事件也是整个故事的开端。在云霄飞车的隧道里，吉田步美、圆谷光彦、小岛园太三个人为了省钱而在隧道里准备上车。不料，发生了杀人事件。在新一的推理下杀人事件解开了。但是，再回来的路上，新一看见了黑衣人在进行伪装的交易。不料，还有一名黑衣男子从背后攻击，给新一吃了组织未完成的药物，APTX4869。新一化名为“江户川柯南”就此，故事开始了……
049 外交官杀人事件（后篇）
对应漫画：
VOL.10
FILE.4 东方的名侦探
FILE.5 东方的名侦探现身
FILE.6 浑身发热
一天，毛利侦探事务所来了一个神秘人，这人就是关西的名侦探：服部平次。当时，服部平次还没有察觉到柯南就是新一。而且，服部平次带来的中国酒：白干，骗柯南喝了下去。在事件即将要结束时，工藤新一却出现在大家眼前，不过，眼前的新一似乎有点异常。新一挺着重感冒解决了整个事件。
最后，担心他的兰却叫医生来，当时，新一彻底失去了知觉，从楼梯上跌了下来，躲在厕所里，变回了柯南。
此时的服部已经有些察觉了……
162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
对应漫画：
VOL.21
FILE.4 最初的招呼
FILE.5 空中密室
FILE.6 最后的王牌
FILE.7 埋藏在内心深处
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。当时，新一问小兰有关X的问题时，小兰还脸红了呢。然后，新一顺利的解决了事件。那么这就是最初的一页……
危险的复活系列
对应漫画：
VOL.26
FILE.2 不速之客
FILE.3 被遮蔽的事实
FILE.4 冒死复活
FILE.5 休息片刻
FILE.6 平静的时光
190 生死一瞬间（危险的复活） 第三种选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南。啪~~打出来一朵红花……把新一吓了个半死。于是坦白计划泡汤，剧情得以继续下去。同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
191 生死一瞬间（危险的复活）黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
192 生死一瞬间（危险的复活） 新一回来了
借助哀利用白干提取的物质制成的暂时解药变回原来身体的新一回到原来的生活的时候，在糀町中心大厦的瞭望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
193 生死一瞬间（危险的复活） 约定的场所
新一明白了在米花町中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在瞭望餐厅一个人等着新一的回来。结果破了案子，药效到了。他差点哭出来……柯南走到兰跟前说“新一哥哥走了~”，兰开始哭。“新一哥哥说~……”“我不要听……”“他说，希望你等他，就算死，他也会回来……”
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。(这里有怪盗对新一，但后面的不是新一,而是以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？
286 工藤新一NY事件（事件篇）
287 工藤新一NY事件（推理篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）
对应漫画：
VOL.34
FILE.11 金苹果①
VOL.35
FILE.1 金苹果②
FILE.2 金苹果③
FILE.3 金苹果④
FILE.4 金苹果⑤
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎朗·温亚德的形象。小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎朗.温亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。 （这也是毛利兰开始对新一有好感的开始，并且也为后来苦艾酒知道柯南就是新一埋下了铺垫）
400 心存疑惑的小兰（回忆）
回忆部分为动画原创
小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的响声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
437 上户彩和新一 4年前的约定（回忆）
动画原创
柯南、兰与打扫工藤家书库的园子，留意到一张根据优作的著作而拍成了电视剧的“女高中生侦探YUKI的事件簿”的照片。照片上有与新一、兰同样是16岁的上户彩。听兰说，这是4年前首次担任主角的彩来拜访优作时拍的照片。
之后，一名年轻女子来到了工藤家。那人正是上户彩，原来她有事找新一……
472 少年工藤新一的冒险（前篇） （少年）
473 少年工藤新一的冒险（后篇） （少年）
对应漫画：
VOL.55
FILE.6 月下
FILE.7 黎明
FILE.8 白昼
FILE.9 落日
儿时的守护
柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感。10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号挑战……
柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪。最后，柯南发现最后一步的推理是错误的，真相究竟是什么？
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（中学）
VOL.50
FILE.8 平次的回忆
FILE.9 雪女的计谋
FILE.10 抬起之谜
FILE.11 银衣雪女传说
VOL.51
FILE.1 风雪中的复仇
521 杀人犯 工藤新一
对应漫画：
VOL.62
FILE.5 憎恶之村
FILE.6 失去的记忆
FILE.7 工藤新一杀人
FILE.8 死罗神大人
柯南收到了一个叫屋田成人寄的信，约他到森林中的小木屋见面。不料，出门前，误食了药，本来应该是普通的感冒药，阿笠博士却拿了灰原哀自己制作的APTX4869的解药。在小木屋中的柯南即将要变回工藤新一，在最后时刻，柯南跌入了湖中。让兰意想不到的是：眼前的新一竟然失忆了！和叶说带工藤去，没准可以让工藤恢复记忆。在一年前的现场，新一、小兰、和叶、平次等人遇到的屋田成人的同级生：水川萌生，以及东都新闻报社记者：河口深里。
次日，服部平次发现工藤新一不见了，然后竟然在一年前的案发现场找到了新一。发现，新一刺杀了河口深里……
522 新一的真正身份和兰的眼泪
对应漫画：
VOL.62
FILE.9 止不住的泪水
FILE.10 原型
FILE.11 真正想问的事
原来，真正的工藤新一并不是杀人犯。而假的工藤新一竟然是屋田诚人（日原诚人）整容的。工藤新一在森林的小木屋中，穿上了死罗神的衣服，在事件现场和大家见面，并揭开了事件的真相。在事件最后，工藤新一意识到了自己要变回江户川柯南了，最后灰原哀给了工藤新一一粒APTX4869的解药，保住了秘密。在回来的高速公路，又遇见了一起杀人案件……
523 真正想问的事
对应漫画：
VOL.63
FILE.1 我的推理
FILE.2 推理的答案
新一他们超过的一辆车里面有个很奇怪的人，仔细一看，原来他死了！当新一随着平次要赶往命案现场时，小兰的脑海里显出了他们去游乐园的那次回忆……小兰抓着新一的衣服仿佛要说什么，但什么也没说出来……在谜团解开之际，那粒APTX4869的解药药效却只有4个小时，工藤新一刚想在变回柯南之前逃开，小兰却抓住了新一，幸好被灰原用麻醉针麻醉，结果自然是平安变回来了……
616福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）
对应漫画：
VOL.71
FILE.3 名侦探的弟子
FILE.4 启示录
因为要去伦敦，柯南的护照是个问题……于是，哀帮柯南用药变回新一，药效24个小时，到伦敦后用柯南的身份去见小兰。在伦敦，柯南遇见了一个小男孩阿波罗，他告诉柯南有一个叔叔说将会有事发生……
617福尔摩斯的启示录（LOVEis 0)
对应漫画：
VOL.71
FILE.4 启示录
FILE.5 令人心痛的爱
在小兰给新一打电话时，新一泄露了在伦敦的事，在小兰的追赶下，柯南吃了灰原给他的APTX4869（本来是让回国用的）.两人吵了几句，兰哭着跑开了，新一追了过去……
618福尔摩斯的启示录（撒旦）
小————兰和毛利小五郎通过犯人留下的暗号找到了写着有关福尔摩斯的线索，于是小兰打电话询问新一相关情况，正当新一准备和小兰一起去破解暗号时……
621福尔摩斯的启示录（0 is Start)福尔摩斯默示录( 0 is start )
对应漫画：
VOL.71
FILE.11 女王真正的价值
VOL.72
FILE.1 棘手的困难事件
犯人被柯南找到并且华丽的制服了犯人，工藤夫妇意外的出现，兰发给草地女王的短信里，暗含着新一对兰的……
在机场兰回忆中出现了新一对小兰表白的场景
剧场版
M4瞳孔中暗杀者
小兰回忆和新一一起去游乐园玩的时候。
M7 迷宫的十字路口
柯南、服部二人推测出绑架远山和叶的地点。可是服部却受伤了，柯南向灰原哀要APTX4869的解药，恰好灰原哀没有带，所以，灰原哀说：先吃了阿笠博士做的药（可以得重感冒），然后喝下白干就可以了。最后，柯南变回了新一。
M11 绀碧之棺
柯南把氧气筒给了兰，但是自己却无法呼吸，在海下，兰又把氧气筒给了柯南。
上岸以后，柯南问兰为什么把氧气筒给了他。兰说，柯南的举动和新一很像。
记得在初二时，有一天下雨，兰急着要回家，新一看见了，就把雨伞给了兰。还对兰说，我可是侦探啊，所以，又多带了一把伞。最后，新一淋着雨回家了，还得了感冒。
M12战栗的乐谱
顺着战栗的乐谱特典工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件，兰回想起当时的情况。当时在河岸边唱歌的就是秋庭怜子老师，唱的是《天赐恩宠》（奇异恩典，英文名为 Amazing Grace）。
M12战栗的乐谱特典 工藤新一迷之墙和黑色拉布犬事件
时间回到工藤新一初中时代，案件通过一只吉他盒展开……
M13漆黑的追踪者特典 新一与兰 麻将牌与七夕的回忆
讲述了新一小学时代的故事，他与同学齐心协力帮助兰实现了见到妈妈的愿望。
M14天空的遇难船
基德为不被小兰发现化装成工藤新一······
