爱华网1962年3月，“战地政务委员会”筹备处成立（主任蒋经国、副主任夏季屏），隶属“国防会议”，负全部战地政务政策的制定、审议、协调及督导之责。1963年11月，顾祝同连任第九届中央评议委员。1965年3月，“副总统”陈诚病逝，顾奉派为治丧大员。1966年，任私立强恕中学董事长。1967年2月，“国防会议”改组为“国家安全会议”，年事已高的顾祝同主动让贤，向蒋介石提出由蒋经国的亲信黄少谷任秘书长，自己改任副秘书长，继续留在权力中心发挥其长老的影响。
1969年4月，连任第十届中央评议委员。1972年夏，战略顾问委员会被撤销，顾祝同改任“总统府”陆军一级上将战略顾问，旋又受聘为“中国孔学会”荣誉理事长。1973年4月，担任台北市江苏同乡会名誉理事长。
1975年蒋介石去世后，蒋经国在顾祝同等人的呵护推举下，当上了国民党中央主席，顺利接班。顾祝同认为自己完成了蒋介石赋予自己的托孤“重任”，于是向蒋经国提出辞去一切职务的请求。蒋经国见顾祝同已是耄耋老人，难以再有大的作为，便给他安排了一个“中央评议委员会主席团主席”的荣誉职位，使顾祝同 体面地离开了最高决策圈。
1976年11月，顾祝同连任第十一届中央评议委员，并任中央评议委员会主席团主席。1981年4月，连任第十二届中央评议委员及主席团主席。1982年，他90大寿之日，蒋经国曾授予“中正勋章”，成为台湾获颁“中正勋章”的第一人。
晚年生活 败退台湾后，顾祝同的身体一直很好，能经常参加一些社会活动。
顾祝同尽管不培植私党，但他的老乡观念、同学观念还是很浓厚。他对王敬久、王仲廉、冷欣、韩德勤、方先觉等同乡的提拔是很尽力的，他的子弟辈如顾希平、顾锡九、顾心衡、顾新葆、顾祝君也都是他培养起来的。凡江苏人特别是涟水人，他都特别亲密。顾祝同对能够带兵打仗的军官非常钟爱，即使其犯了军纪，也常从轻处理。一次，一个连长外出赌钱，两个排的士兵乘机携枪逃跑。警卫将其押去见顾祝同，当顾得知此人是黄埔第四期学生，已当了两年连长，打仗也很在行时，便不加责罚，只命他回队伍到军械处领取两个排的枪支，自己把兵补起来，并赶快训练好。他对团长以上军官，每月都发一笔补助；营级军官虽没有明补，但每人每月可透支100元军费；连长吃几个空额也不追究；年纪大了不能再当兵的，就安置到他创办的农场里，或资助一笔钱，让他们经营小商业。他对部下的宽厚，笼络了不少人。他这一套办法，使他在国民党军队中获得了“军中圣人”的美名。到晚年，他的部下常去看望他，大家都敬重地称他为“墨公”。
1973年5月，82岁的顾祝同与何应钦一起，兴致勃勃地参观访问了金门与澎湖诸岛。在金门时，他特地参观了炮兵工事，看得非常认真仔细，直夸工事整修得坚固。那天天气很好，他举着高倍望远镜，对着大陆方向，凝视了足有十几分钟，刚才还谈笑风生的顾祝同，一下子变得沉默寡言。人们在一旁站着，也不敢打搅他。顾祝同在想什么呢，是想他的故乡江苏涟水的顾家庄？还是回忆他留在大陆的亲朋好友？流落海岛已二十多年，不能再踏上故土，这绝不是顾祝同始料能及的 。
从炮兵阵地出来，顾祝同与何应钦一起谈论在大陆的往事，他们谈起了1925年的那场棉湖之战。何应钦拉着顾祝同的手对别人说：“我的命可是顾上将捡来的，当时要不是他带人冲得快，再晚半个小时，我就有可能去见阎王爷了。” 顾祝同说：“老长官，那不是我有功，是你的命大，阎王爷不收你。”一番话说得众人 大笑。
离开了权力中心的顾祝同，身心轻松了许多，他把剩余的精力都放在了尊孔读经上，大唱重整道德的高调。一些知情者为此在私下讥讽说：“顾墨三年轻时花天 酒地，死到临头了又变成了一个道学先生了。真是可笑！”顾祝同早年在私生活上确实有些放荡，但他善于伪装自己，所以很少有人知道他办了哪些荒唐事，因此他才骗取了一个“军中圣人”的称号。
到了台湾之后，随着年事的增高，顾祝同已没有精力再干偷香窃玉的事了，便又摆出“道学先生”的样子，大谈礼义廉耻。在百无聊赖之际，顾祝同从1982年起，开始口述回忆录，名为《墨三九十自述》，由其秘书记录整理后出版。
顾祝同的晚年生活很有规律。他每天早睡早起，一直保持着散步的习惯。顾喜欢养花，认为养花不仅能陶冶性情，还能锻炼身体，不管是买花，还是养花、赏花，对身体来说，都是锻炼。顾祝同家里养了很多花，走进他家就像进了百草园，因为长时期养花，顾祝同也仿佛成了园艺师，对养花很有研究。
1985年8月10日，已是94岁高龄的顾祝同突然感到头昏脑涨、周身不适、血压陡然升高，家人当晚把他紧急送到台湾三军总医院治疗。经医生诊治，顾祝同患了老年性高血压，服用了药物后，血压很快就恢复了正常。因此，顾祝同第二天便出院回家了。8月12日，顾祝同一时又起雅兴，前往花市赏花。此时，正值盛夏酷暑，烈日炎炎之下，老人本不宜外出，患高血压还未痊愈的顾祝同把医生的好心劝告当成了耳旁风，结果，当晚返回寓所后，他就感到阵阵头晕，眼前发黑，送到医院后被诊断为高血压引起的脑部微血管阻塞，顾祝同只好住院接受治疗。顾从此住进医院，卧床不起，并吐词不清，妻子儿女们终日陪伴着他。他在黄埔军校执教时的学生、老部下、老友人黄杰也在隔壁病房住院，时常乘坐轮椅过来问候。1987年1月17日凌晨4时20分，顾祝同因病重不治，死于台湾三军总医院，终年 96岁。
顾祝同与夫人杨朝云，是顾早年在家时由家长做主结婚的，生有一儿一女。在担任第3师师长时，他又娶了许文蓉。许氏为苏州大家闺秀，琴棋书画、吹拉弹唱无一不精。顾专门为她在上海 购买了一套别墅，将杨氏的一对儿女也接来上海，由许氏抚养。杨氏一人孤寂地在苏州生活，不久死于大火。顾祝同共有子女十人。
两个儿子分别叫潮生和福生；八个女儿是开生、惠生、省生、瑞生、锦生、永生 、珏生和琏生。
顾祝同的二公子顾福生，1935年出生于上海，成年后他选择了美术之途。顾家为顾福生在院子里另筑有一间画室，使他能全心投入艺术创作。在台湾师大期间，他与人组织了“五月画会”，后来他长期在欧、美研究画艺。他创作的主题是“人”，尽管他的作品不是以传统中国艺术方式呈现，但总能显示出他的中国背景。他经常使用金银箔、麻绳、瓦楞纸及花布等多种材料同时并用，使作品产生多样趣味和东方特质的美感。他的作品，有一点像莫地里亚尼拉长变形的人体造型、毕费笔直利落的人物线条，以及他所采用的寒冷色调，被他的好友，作家白先勇（白崇禧之子）称之为“青涩时期”。白先勇是这样说顾福生的：顾福生的画“完全以人为中心，富有文学性，而且具有悲剧精神”。“他创造了一系列半抽象人体画。在那作画的小天地中，陈列满了一幅幅青苍色调、各种变形的人体， 那么多人，总合起来，却是一个孤独，那是顾福生的‘青涩时期’。”这个“青 涩”的艺术家，个子不高，有一张青春俊秀的脸孔，他安静、诚恳，是台北文艺圈知名的美男子。难能可贵的是，他作画的时候专心利落，为人可亲善良。1961年12月14日，顾福生的作品“胀”获巴西“圣保罗国际双年展”的荣誉奖。白先勇的几部重要小说的封面插画总是启用顾福生的图画，如台湾允晨出版的《孽子》、台湾尔雅出版的《台北人》二十周年典藏版等。顾福生也是白先勇少数几个 重要朋友之一。
顾祝同的女婿陶鸿杰（原国民党中将陶一珊之子）是台湾“中华国际贸易协会”理事长，曾任台北市电脑商业同业公会首任理事长、洪都拉斯驻华名誉总领事以及美国加州佛列斯诺市名誉市民。他历来主张海峡两岸携手合作，共同占领国际 市场，赚外国人的钱。
