爱华网前面提过在玛利女王统治的时期，有很多牧师及信徒为了逃避她的逼迫，流亡到欧洲去。玛利女王去世后，他们便重返家园，带着欧洲加尔文派的思想回到英国。他们希望英国教会也能够和欧洲的改革教会一样，将天主教传统的一切痕迹，完全清除。无奈伊利沙白为了讨好天主教派而保留了很多他们认为要不得的东西。但他们当中大部份的人都主张留在教会，以渐进的方式改革教会，他们也不反对以英王为教会的首领，不反对国家和教会有密切的关系。不过他们当中一部份比较激进，他们要求政教完全分离，英王不应插手教会的治理。这群少数的人被称为「分离主义者」，因为他们主张政教分离。
一五六三年出现了一次冲突，因为伊利沙白规定教牧人平日一定要穿着她指定的袍服和帽，星期日则穿短白袍服。清教徒反对这种规定，认为不应太注重形式。于是便在教会的总议会中提议取消这袍服的规定，并同时提议在圣餐时信徒无需跪着领圣餐。在洗礼时取消画十字的仪式；有些比较激进的更提议将教会中的风琴拆掉，在结婚仪式中不用戒指作信物等。虽然这次议会中清教徒的要求没能通过，但他们已得到极大的鼓舞，因为投票结果，只是一票之差，可见他们的势力是多么强大。经过这次精神上的胜利，他们便更大胆，主后一五七二年一个清教徒的会议上，竟有人提出惊人的言论，就是教会不需要主教，地方教会的牧者也不应由主教指派，而应该由平信徒选出来。这群人的领导是卡特赖特（ThomasCartwright），他在欧洲流亡时，深受长老会教会体制的影响；他提议教会援用长老会体制，更在主后一五七二年创立了一个这样的教会。
伊利沙白和她的主教们当然不能容忍这样的事情发生，于是大举镇压，卡特赖特又得流亡欧洲了。然而卡特赖特去后不到几年，另一位清教徒布朗尼（RobertBrowne）又创立了一间由会众治理的教会，这便是公理会的开始。虽然布朗尼日后反悔，重回圣公会，但他所创立的教会却日益壮大，使女王极为头痛。布朗尼不单认为教会应该用公理制，即会众治理教会，更宣扬完全分离的理论；他认为每一地方的堂会都应该是独立的，不受外来势力的干预。还有，每个教会的崇拜应该用最简单的仪式，而按立传道人，教会不应太注重他的学历，却应注重是不是有圣灵能力的人。
面对分离主义的势力扩大，伊利沙白女王立刻向他们施压力。她委任惠特吉夫（JohnWhitgift）为坎特伯里大主教（Ar－chbishop ofCanterbury）。惠特吉夫对于清教徒主义，特别是分离主义，非常憎恶，因此不用女王催促，他也不遗余力地压迫清教徒。他设立了一个近乎是异端裁判所的特委法庭，检查圣公会内牧师及信徒的信仰，结果很多支持清教徒主义的人受到严厉的
处分，而二百多名牧师被他停职查办。对于清教徒的领袖，他的压迫及厉害，卡特赖特与几位分离主义的领袖如巴鲁（Barrow）、格林伍德（Greenwood）等便是死于他手中的。到一五九三年，形势更加恶劣，女王颁下御令，凡那些不出席国家教会的崇拜而到一些私自聚集的地方崇拜，一经查出，便要被赶出英国，假若他们潜返而被捕，则可判处死刑。为了使全国教会统一于她的领导下，伊利沙白不惜用最严厉的手法。然而，奇怪的是，压迫越大，清教徒却越发增加；不单如此，清教徒主义的支持者在国会的数目也越来越多，造成日后清教徒主义与国会有很密切的关系。同时，流亡海外的清教徒在欧洲建立起重要的据点（特别是荷兰），在那里发展得非常快。主后一六○七年一批清教徒乘着「五月花号」，在约翰·罗宾逊（JohnRobinson）的领导下从英国的一个港口出发，到新大陆去寻找他们的宗教自由。跟着，便越来越多清教徒到新大陆去，美国的建国与这批移民有很大的关系。
清教徒被追离开英国，因为伊利沙白女王死后，情况变得更坏。伊利沙白的王位由苏格兰王雅各六世继任，他到英国即位时，改王号为雅各一世。雅各一世在苏格兰时受尽苏格兰长老会中的教牧师领袖的气，故此一到英国，一变而成为教会的首领，便得意忘形。为了表现他的威风，便向那些不肯俯首顺服的清教徒施下马威。英国的清教徒也估计错误，他们以为雅各一世既受长老会传统的薰陶，便一定会体谅他们，于是便大胆地在主后一六○四年的一个议会中，联名上书，这便是著名的「千人奏书」（Millenarypetition），请求雅各王简化崇拜仪式，并修改公祷书的某部份。谁知雅各一世不但不允许他们的请求，反而严厉地斥责他们，要他们顺服于英王及主教的领导之下，并下令将三百名教牧人员革职，任何不完全依循国教的规定举行崇拜的人，便受到严重的处分。至此，和解的希望似乎幻灭，而那些本来愿意留在圣公会以内作内部改革的人，也被迫投人分离主义者的阵营。当中不能忍受逼追的人便纷纷移民到北美洲。
这些清教徒到了北美洲之后，在自由的空气中建立他们的教会及家园。他们大多是极其敬虔、勤奋的加尔文主义者。他们以民主的形式管理教会。日后美国的民主政制，便是由此奠下基础的。除了民主政制外，他们生活的各方面都带着浓厚的信仰色彩。他们的信仰对于日后美国文化的孕育与发展，有很大的关系。
在英国，雅各一世去世后，清教徒与英王之间的斗争，由宗教的斗争演变成政治的斗争。在克伦威尔（OliverCromwell1599—1658．A．D）的领导下，清教徒在国会的势力越来越大，日后英王与国会的对立越来越尖锐，不久内战爆发，英王查理一世战败，被国会判处死刑。克伦威尔掌握大权，英国成为清教徒的天下。但克伦威尔死后，他们便又失势。此时，他们已经成为非常庞大的一群，英国不得不容忍他们的存在，于是，不久即颁下容忍的谕令，结束对清教徒的迫害。
