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主题词与关键词最大的区别就是主题词经过了规范化处理。
主题词是规范化的检索语言，它对文献中出现的同义词、近义词、多义词以及同一概念的不同书写形式等进行严格的控制和规范，使每个主题词都含义明确，以便准确检索，防止误检、漏检。如：白介素2、白细胞介素2、IL2、IL-2等表达同一概念的不同书写形式规范为“白细胞介素2”。
主题词表是对主题词进行规范化处理的依据，也是文献处理者和检索者共同参照的依据。
而关键词是属于自然语言的范畴，未经规范化处理，也不受主题词表的控制。如：对于“白细胞介素2”这一概念可有白介素2、白细胞介素2、IL2、IL-2等不同形式来表达。
因此，为了达到较高的查准率和查全率，如果检索工具提供了主题词这一检索途径的话,就应该选择主题词来进行检索，而不应该选择关键词。
例如：利用MEDLINE光盘数据库检索有关“肝肿瘤”方面的文献。
MEDLINE光盘数据库既提供了主题词途径，也提供了自由词（关键词）途径。如果选择关键词途径来进行检索，欲达到较高的查准率和查全率，就得查找“livercance————r”、“liver carcinoma”、“liver neoplasm”、“liver tumor”、“hepaticcancer”、“hepatic carcinoma”、“hepatic neoplasm”、“hepatictumor”等词，另外还得考虑像cancer、carcinoma、neoplasm、tumor等词还有复数形式；而如果选择主题词途径进行检索就只需查找“liverneoplasms”一词就行了，这一词就包括了以上所提及的不同的表达形式。由此可见，选用主题词途径检索，既能满足较高的查准率、查全率，又能提高检索速度，何乐而不为呢？
主题词也称叙词，是一些以概念为基础的，规范化的，具有组配性能，并可显示词间语义关系的词和词组。
关键词(Keyword)，特指单个媒体在制作使用索引时，所用到的词汇。是图书馆学在的词汇，关键词搜索是网络搜索索引主要方法之一。例如一本书的书名或部分书名、副标题、作者名都可以作为本书的关键词用于检索。现在大部分的图书及网上检索都是用关键词检索的形式。相对于关键词，在检索中还有导出词的应用。
区别在于一个只是概念，一个特定的词汇。
另一种说法：
1 关键词分类
关键词包括叙词（即主题词）和自由词。
1) 叙词——指收入《汉语主题词表》、《 MeSH 》等词表中可用于标引文献主题概念的即经过规范化的词或词组。
2) 自由词——反映该论文主题中新技术、新学科尚未被主题词表收录的新产生的名词术语或在叙词表中找不到的词。
