禅宗称寺院为丛林、禅林、禅阁。即集合众僧使之规律、和合而修道,如林之齐整,故以“林”比喻之。丛林之中,若师家依法系传法予弟子而任住持者,称为法门丛林,乃度弟院、徒弟院之意,谓自己度弟子担任住持之寺院,俗称子孙丛林;若广招天下大德高僧为住持,而不由徒弟继承之寺院,称为十方丛林或十方刹。又依寺之设立者而分类:如由官府建立之寺院,称为官寺;私人营造者,称为私寺。若由住寺者区别,则有僧寺、尼寺之分。后世之寺院,除寺号、院号之外并附加山号,系因初时之寺院多建于山中,故山名与寺名并称,后对平地所造之寺院亦附以山号,成为寺院之别称。另有以年号称寺名者,如北魏宣武帝景明四年(503)之景明寺,正始四年(507)之正始寺,及唐玄宗时之开元寺。
近代寺院大致分为两类:一类叫做“丛林”或“十方”,一类叫作“小庙”或“子孙”。每个寺院都必定属于一定的宗派,世代相承,很少任意更改。然而其寺院对于本宗派的教义和修行法则多不讲习,渐成有宗派之名无宗派之实。其十方寺院住持的继承多是师徒关系,经过传法手续而确定,由前任住持以“法卷”写明历代传承,授与弟子,成为法徒。一代住持可以有几个或更多的法徒,继承住持时在法徒中选任。十方寺院,可以开堂传戒。子孙寺院住持的继承也就是师徒关系,是由于住持为弟子剃度,成为剃度徒。一住持 可以有众多剃度徒,到继承住持时在剃度徒中选任。子孙寺院,不许开堂传戒。凡寺院在其法派相承中有相接近的,称为“本家”。寺院中如有重大事务或争执,可以邀请本家的住持共同讨论或调解。子孙寺院经本寺子孙的同意可以改为十方,十方寺院则不许改为子孙寺院。一般而论,寺院不许买卖,但子孙寺院经双方同意,可以表面是让而实际是有代价的。