爱华网荀攸弃官不做，回到家乡，又被官府征召。因为考试出色，被任命为任城相，但他没有赴任。荀攸考虑到蜀汉地势险要，人民生活富足，于是请求担任蜀郡太守，后来因为道路不通，被迫停在了荆州。
太祖奉迎天子在许都后，给荀攸写信说：“现今天下大乱，正是智谋之士尽心竭力的时候，而您却在蜀汉静观天下变化，实在太久了！”于是太祖征召荀攸为汝南太守，入许昌任尚书。太祖很早就听说过荀攸，现在和他交谈更是如沐春风，非常高兴，太祖对荀彧和钟繇说：“公达可不是普通人，我能够和他谋划天下大事，这世间还有什么值得忧虑的呢。”太祖任命他为军师。建安三年（198），荀攸随太祖征讨张绣。荀攸对太祖说：“张绣和刘表互相支援，实力不小，但是张绣是没有根据地客军，他的补给全靠刘表供给，刘表无力供给他时，双方必然反目。我们不如暂停进军等待一下，这样可以诱敌前来，如果我们急于进攻，他们必然团结得更加紧密。”太祖没有采纳他的意见，进军到穰县，和张绣展开激战，张绣向刘表告急，刘表果然率军来救。太祖作战不利，于是太祖对荀攸说：“都怪我没有听取您的建议啊！”随后，太祖设置奇兵再次与张、刘的部队交战，大败张绣。
这一年，太祖从宛发兵征讨吕布，大军到达下坯后，吕布败退到城中坚守。太祖久攻不下，因为连续作战将士们都很疲劳，太祖想撤兵回去。荀攸、郭嘉都劝太祖说：“吕布有勇无谋，现在连续三次被我军击败，他的锐气已经衰落。军队中以大将为主心骨，将领一旦精神不振，部队就没有奋战的意志了。陈宫虽然有长谋却没有急略，我军应当趁着吕布锐气还未恢复，陈宫的计谋还没有确定，加紧攻打，吕布必然被我军拿下。”随后，曹军引来沂水、泗水灌城，下坯城被攻破，吕布也被活捉。
后来，荀攸跟随太祖赶赴白马救援刘延，荀攸设下计策斩杀了颜良。太祖攻下白马后率军撤退，命令把军用物资沿黄河向西输送。袁绍率大军渡过黄河，紧紧追赶，与太祖突然相遇。曹军的将领惊慌失措，都劝太祖回军坚守。荀攸却说：“那些物资正是我们诱捕敌人的，我们为什么要退却呢？”太祖和荀攸相视而笑，然后下命将士们把军械物资等丢到路上引诱敌人，敌人争抢财物，阵型大乱。太祖随即派出大军攻击，大败袁军，斩杀了骑兵将领文丑，太祖各谋士在官渡展开对峙。不久，双方的粮草都快吃尽，荀攸对太祖说：“袁绍的运粮车一天之内将要到达，带队的将领精明干练却非常轻敌，我军一战就可以击败他。”太祖问：“派谁去呢？”荀攸回答说：“徐晃可以。”太祖派徐晃和史涣在半路截击袁军，打败了袁军，焚烧了袁军的军用物资。正巧此时许攸前来投降，告诉了太祖袁绍正派淳于琼等人率一万士兵押送粮草，袁军将领骄横，士兵懈怠，可以中途截击他们。众人都怀疑许攸，只有荀攸和贾诩劝说太祖采纳他的建议。太祖留下荀攸和曹洪守卫大营，自己率军攻击，斩杀了淳于琼等人。袁绍的大将张郃、高览等人烧掉了进攻用的兵器，投降了曹军，袁绍只得丢下部队逃走。张郃前来投降时，曹洪怀疑他是否真心投降，不敢轻易接受，荀攸劝说曹洪说：“张郃有谋略却不被袁绍采纳，一怒之下前来投奔我们，您为什么怀疑他呢？”曹洪这才接受了张 郃等人的投降。
建安七年（202），荀攸跟随太祖到黎阳讨伐袁谭和袁尚。第二年，太祖刚想征讨刘表，袁谭、袁尚为了冀州又开始自相残杀。袁谭派谋士辛毗来降并请求太祖救援他，太祖太祖想答应他就开始询问部下。众人大多认为刘表实力强大，应该先平定他，袁谭、袁尚根本不值得担忧。只有荀攸说：“天下正值多事之秋，而刘表却只知道稳守江、汉地区，他没有吞并四方的志向这是显而易见的。”袁氏家族占据着四个州的地盘，有战士十万，袁绍凭借外表的宽厚让众人归心，如果他的两个儿子和睦相处、同心协力，守住袁氏的大业，那么天下的战乱就难以平息了。现在袁氏兄弟反目，结果不会是双方实力都得到保全。袁氏兄弟如果通力合作，力量就会更加强大，那时就不容易消灭了。趁着他们内讧的消灭他们，天下就平定了，这个机会不能失去啊！太祖回答说：“你说得很对。”于是太祖答应和袁谭接亲，随即派兵击败了袁尚。这以后袁谭背叛太祖，荀攸又跟随太祖在南皮斩杀了袁谭。冀州平定后，太祖上奏为荀攸请求封爵，奏章上说：“军师荀攸，从开始就辅佐臣下，没有哪次战役他没有参加，我军多次笑声敌人，都是靠荀攸的谋划。”于是封荀攸为陵树亭侯。建安十二年（207），颁布命令论功行赏，太祖说：“论忠诚正直、为国谋划、安抚内外人心，首功当归于文若。其次就是公达。”太祖给荀攸增加封邑四百户，连同以前的封赏共七百户，转任中军师。魏国刚建立的时候，荀攸就被任命为尚书令。
荀攸智谋深沉，心思缜密，能保卫机密，自从跟随太祖出征，常常运筹帷幄，很少有人知道他对太祖说什么。太祖每每称赞他说：“公达外表愚笨而内心有大智慧，外表怯弱而内心勇敢，从不炫耀自己的长处，也不夸大自己的功劳，他的内智别人可以达到，他的外愚别人却达不到，即使是颜子、宁武也赶不上他。”文帝做太子时，太祖对他说：“荀公达，是臣子的表率，你应该以最高的礼节尊敬他。”有一次，荀攸生了场病，文帝前去慰问他，就在荀攸的床下以礼相拜，荀攸受到的尊敬到了这样的地步。荀攸和钟繇关系很好，钟繇曾对旁人说：“我每次做事前，都反复思考，自以为没有什么要变动的了，但拿去一问公达，他的答复总是出乎我的意料。”荀攸前后共谋划的奇谋妙计一共有十二条，只有钟繇知道其中的内容。钟繇把他们编成册，可还没有完成，钟繇就去世了，所以里面的内容也没有流传下来。后来，荀攸在跟随太祖的征讨孙权时病死了，太祖说起来他就泪流满面。
