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他说自己年纪大了，脚又痛，在立法会答问大会站立时感到脚很痛，所以辞职。
但大部分报纸认为这是藉口，因为他的施政得不到市民的认同，中央也想换人。逼他辞职。
在2004年立法会选举后，民主派大有斩获。红湾半岛事件使政府招来官商勾结的指控。领汇事件明显背后有某些立法会议员支持闹大，但临阵停止上市足见政府态度无能。终於，十二月在澳门出席澳门回归五周年向国家主席述职时，董建华被国家主席胡锦涛当著香港高官以及澳门特首何厚铧前当众责备，最后，胡要董「总结经验、查找不足」。董初回港后坚持胡主席这番话的正面影响。但董在翌月虽在压力下在施政报告中承认错误。
2005年2月中在传出董建华将出任中国人民政治协商会议副主席并辞去香港特区行政长官一职。报章传出现任政务司司长曾荫权最有机会接任该职。3月2日，除亲北京报章（大公报、文汇报及香港商报）外，全香港报章均大篇幅报道董建华将会获委任为全国政协副主席后，辞去特区行政长官一职。延至3月10日下午，董建华召开记者会，正式宣布以身体不适(脚患)为由，已向中央递辞呈。2005年3月12日，董建华顺利当选全国政协副主席，同日获中央接纳其辞职。曾荫权将署任该职，直至新任行政长官选出为止。
多方面原因。
①：
首先，当时的财政司司长梁锦松於2003年3月发表大幅增加各种税项的财政预算案，并指市民「有咁耐风流，有咁耐折堕（风流多久便堕落多久）」，事後虽然道歉，但市民普遍不满。及後被揭发其在大幅增加汽车首次登记税前购入房车，被质疑避税。梁锦松道歉，并愿意捐出加税前後买车的差额。此间董建华处处维护，他虽然在3月15日对梁锦松作出「批评」，但又指梁锦松有「高尚情操」。5月15日的立法会答问大会中，董建华反指就「偷步买车」事件质问他的民主党议员李柱铭「唱衰了香港6年，谩骂了特区政府6年，否定了一国两制六年」，并要他们「与时并进」，否则「时代会抛弃他们」。
②：
2003年年初，SARS在港爆发，人命及经济损失重大。市民不满政府在疫症爆发时反应迟缓，且处於被动状态，罔顾市民安危。例如在3月20日，医管局行政总裁何兆炜通知衞生署指疫情已经在社区蔓延，但当时的衞生福利及食物局局长杨永强仍一再强调「没有社区蔓延迹象」，并坚持学校不必停课。
及至3月26日，淘大花园一天内出现15宗怀疑感染个案，第二天有22人证实受感染。感染人数直线上升，学校开始自行停课，政府才宣布全港学校停课。後来亦有报道指在政府公布停课前，前任行政长官董建华的孙女已经自行停课，董建华对此一报道不置可否。此外，杨永强曾在立法会称，「不要让世界其他地方以为香港发生非典型爆发，这对香港是不利的」，指示记者应「发放准确的信息」，否认SARS在社区蔓延，被质疑隐瞒疫情。医护人员不满政府在疫症爆发期间未对前线医护人员提供足够保护。
但事实上，由於当时政府及衞生当局（包括杨永强及衞生署署长陈冯富珍）措取的措施非常缓慢，引致患者把肺炎带到淘大花园引致社区爆发。在4月，报告指出由於患者的排泄物染有非典型肺炎病毒，病毒在乾涸的排水管留下，然後被抽气扇抽出而传播。
其後董建华在立法会会议上被问及何以未有处罚或撤换主事官员，矛头直指杨永强。董建华回应第一句是「咁肤浅嘅（这麼肤浅）」。市民要求彻查责任，董建华成立的「沙士」专家委员会，却委任由杨永强领导调查，被质疑「自己调查自己」。
③：
2003年特区政府推行立法的《基本法》第二十三条，由於有大批民意反对立法，但董建华一意孤行地推行谘询，结果香港回归日有近50万市民上街「游」·※&「行」。董建华民望跌至谷底，因而香港市民如此憎恨董建华。
香港特首董建华目前正在北京，首次以政协代表的身份出席中国全国政协会议。他前天抵达北京时被记者问及是否真有辞职一事，董建华没有予以否认，而是表示在适当时候会给大家作一个交代。这种表态似乎已经表明，董建华的辞职传闻也许很快就会得到证实。
香港回归中国七年多来，“一国两制”和“港人治港”的政策方针，始终在接受严酷现实的检验和挑战。最初，香港和国际社会最担心的是来自中央政府的直接干预，后来发现北京方面还是相当自制，故而外界对“一国两制”的怀疑有所减轻。
但是，在“港人治港”方面，特区政府和香港社会至今还没有展现出令人信服的自治能力。在过去七年里，香港不仅没有体现出本该有的团结进取精神，反而变得越来越政治化，民怨日深，缺乏凝聚力，难以形成社会共识。
作为第一任特首，董建华本人也经受了从未有过的政治磨难。在殖民时期结束之后，董建华成为第一位特首，不仅对其本人，而且对香港以及整个中国来说，原本都是一个莫大的光荣。但后来，这种荣耀却逐渐变成北京、香港和董建华本人的负担。
在主观上，董建华没有丝毫的从政经验，更谈不上具有足够的政治技巧和施政能力；而在客观上，香港回归之后的最初几年，其实是最为艰难和痛苦的转型时期。由一个施政经验完全空白的新手，去处理一个前所未有的复杂局面，其结果是可想而知的。
如果说董建华在第一任期内跌跌撞撞，施政不力，政绩不佳，都是在所难免和情有可原的，那么，他在第二任期开始后依然屡屡失策和失误，名望长期低落，不能凝聚共识，不能有效地推进各项施政计划，就明显暴露了他施政能力和政治威信的不足。
在过去几年里，董建华在去留之间一直面对着选择，但一直进退维谷。他曾经说过，选择留下来比选择离开更为艰难。这句话其实能够准确反映出其内心的挣扎以及特区政府的艰难处境。在这种背景下，董建华现在决意离去，其实是在情理之中。
由于七年来积弱太深，董建华施政无方的形象在市民中根深蒂固。北京方面原本毫无条件地扶持特区政府，但现在必定也已经认识到，若让董建华勉为其难地继续苦苦支撑下去，未来两年特区政府不仅依然难有作为，而且中央政府还要继续事必躬亲地出面帮助。现在把董建华安排到全国政协任职，应该可以说是北京同意其辞职的先兆。
董建华离开港府，对其本人是一种解脱；对香港和北京而言，也可以说是如释重负。因为董建华已经成为香港社会发泄各种不满的对象，虽然这对他并不公平，但他远离港府之后，各方面的压力就会失去焦点。
然而，董建华的离去，毕竟并不意味着香港所遇到的问题就会自然消失。相反，全体港人都要有所反省，有所承担。当新任特首开始施政之后，香港人再也不应该把所有的责任都归咎到某一个人的身上。因为所谓“港人治港”不是一个人治港，而是需要全体港人的同心同德以及集体的智慧和力量。
