爱华网新疆地区的伊斯兰教派问题，比内地要复杂一些。总的来讲，绝大多数穆斯林属于逊尼派，遵从哈乃斐派教法。莎车部分维吾尔族和塔什库尔干的塔吉克族穆斯林，属于十叶派。其中莎车部分维吾尔人是十叶派中的十二伊玛目派；塔吉克人则是十叶派中的伊斯玛仪派（七伊玛目派）。在逊尼派内部，又存在着两类不同的教派：一类是重视教乘宗教功修的教派，包括传统逊尼派和近年新兴起的圣训派（瓦哈比派）；又存在着两类不同的教派；另一类是注重道乘修持的神秘主义派（即依禅派）。依禅派是一个相当复杂的教派，其内部又分若干支派：早期主要是白山派与黑山派两大支派；近代以来则主要有格底林耶、哲合林耶、虎非耶、契斯提耶、苏合拉瓦迪耶、伊斯拉米耶、库不林耶、买吾里威耶、纳格西班迪耶、赛合尔班迪耶等。在这些大的支派下面，往往还分化成若干小的分支派别，如苏合拉瓦迪耶内部又分依纳克耶、伊斯哈克耶、达瓦尼耶、依西克耶等，虎非耶下面也有所谓喀什道堂与莎车道堂的不同。
下面我们择要介绍几个大的教派。
逊尼派是以维护正统凯拉姆体系为主导思想的教派。重视教乘，将道乘仅视为一种副功。认为今世与后世是一个统一体，只有立足今世，才有来世的幸福。严守传统习俗，反对标新立异。其教权组织形式是单一的清真寺制度，清真寺之间互不隶属，各自独立，互不干涉，各行其是。主要宗教人员有：艾来目（掌教）、卡孜卡拉目、卡孜热依斯、穆夫提、海推布、伊玛目、穆安津、穆代里斯（学董）、加肉甫开西（寺司务）等。
圣训派，有人称其为“瓦哈比派”。1981年首先在和田，1983年继则在喀什，一些著名的大毛拉率先倡导下逐渐形成。代表人物有和田的阿不都拉肉孜大毛拉哈吉、买买提库尔班大毛拉哈吉，喀什的阿不都立米提大毛拉等。主张“遵经革俗”，一切按《古兰经》和“圣训”办事，男女平等，强调既尊主、顺圣，又学习现代科学技术，适应时代步伐，步入先进民族之林，不做井底之蛙。反对铺张浪费及借宗教名义敛钱榨财，反对婚姻上讲排场、索重礼及一切非教门规定的陈规陋习。反对崇拜教主、朝拜麻札，反对伊禅思潮，认为这些行为违背经训，是多神主义，有损于真主至尊的地位。在教法上遵从阿布·哈尼派教长的教法主张，与瓦哈比派遵从罕百里教法派有别。其主张受到中青年的普遍赞同与拥护，现影响已扩及莎车、叶城、墨玉、皮山和新疆其他地区。
格底林耶，据传，18世纪由中亚传入新疆，主要分布在喀什、莎车、和田地区。重道乘，不重教乘，认为先有道，后有教，道是本然之道，是非创造性的，是无始无终的永恒存在；教是世俗的，是由世人创造的。因此，该派基本上不作伊斯兰教法定的功课，只搞道乘修持。出家的德尔维希（托钵僧）不娶妻，远离家乡，到麻札、深山幽林等地静修；在家的信士可娶妻，一般在家作礼拜并静坐参悟，逢星期一、四或节日、纪念日，去本派“罕卡”参加集体活动。“齐克尔”（赞诗）有一定的念法，吸气时无声，气沉丹田；呼气时自丹田发出“Hu！”（呼！）的声音；达高潮时要左右摇晃并有一定的规则。本教派教主为“皮林木”，意为“我的辟尔”；外人则多称之为“依禅”。据传教主采用父传子受的世袭制。
哲合林耶既重教乘，更重道乘，主张“不求今世求来世”，要人们清心寡欲、修行练功、明心悟性。念诵“齐克尔”时集体围一圆圈，摇头高声念诵，要求声音“传扬四方”以“扬明正道”。相传18世纪由中亚传入新疆，追随者多为贫苦农牧民及小手工业者。崇拜圣徒、圣墓。每年秋收后，和田、莎车一带的信士成群结伙地去伊玛目加帕尔沙的克麻札进行朝拜，多时可达————万人左右。据称，朝拜该麻札7次，虽不能称“哈吉”，但其功亦等同于朝觐1次麦加“克尔白”。教主“皮林木”，人称“依禅”，均自称是“圣裔”，代代世袭，是其教下的最高精神领袖和世俗领袖。
虎非耶，18世纪传入新疆。教道兼修，认为教中有道，道中有教，相辅相成，不可偏废，只有兼修才能使信仰完美，达到近主的目的。除“五功”外，还要静坐参悟，手持念珠低声赞念齐克尔。视默念心诵为“暗悟显贵”。主要在星期一、五、日活动，地点在本派“罕卡”。据传，西北回族的北庄门宦、丁门门宦源于该派莎车道堂，灵明堂门宦源于该派喀什道堂。
十二伊玛目派，集中在莎车县，约五六十户人家，首领是马木提艾克玻壳，有小悼念堂一座。堂内西墙悬挂黑底白边狼牙三角小旗、右手形状“五圣体”护身符、“不死的阿巴斯汲水图”等。严格遵循十叶派的伊玛目教义，崇拜阿里，相信马赫迪一定重返人间拯救人类，搞圣徒和圣墓崇拜，重视“阿术拉”日，不封斋但过肉孜节。该派于20世纪80年代后有一定发展。
伊斯玛仪派，实际上属于伊斯玛仪派中的印度“霍加”派。尊阿迦汗为“活主”，20世纪50年代以前，年年派人去孟买向阿迦汗贡献赋税和朝觐，朝觐过阿迦汗者被尊称为“哈吉”。每日只作晨礼和昏礼，其他三番拜主及主麻日聚礼均不作；礼拜中仅有一次叩首，认为这样作才能体现真主独一性。主要宗教人员有：伊禅、哈里发（小伊禅）、喀孜（宗教法官）、艾来目（领拜阿訇）等。无伊玛目（掌教）之职，穆安津亦非固定人员担任。伊禅及哈里发等所缠戴的“代斯它尔”均为黑色而非白色。
新疆历史上，伊斯兰教内部教派纷争十分激烈，尤其是伊禅派内部斗争多次呈现白热化程度。在很长异端时期内，白山派与黑山派争夺政治权力的斗争，骨肉相残，往往因细微小事而演成大规模流血事件，生灵涂炭，百姓遭殃。
