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传统的疫苗在消灭天花及牛痘发面起着重要作用，亦能很好的控制在禽畜方面如新城鸡疫、马立克氏病及猪瘟等。传统方法制备的疫苗在安全性及效果都有不尽人意之处。某些疫苗制备中如有不当之处反而会危及免疫对象的健康。70年代兴起的DNA重组技术给疫苗的研制和生产带来新的发展前景。主要是找到保护抗原的基因，将该基因插入合适的载体，然后克隆于大肠杆菌、酵母或动物细胞中表达，纯化表达产物即为基因工程疫苗。1. 抗病毒疫苗除人的乙型肝炎外，在禽畜方面也有不少成功的经验，如流感病毒的血凝素，狂犬病病毒糖蛋白及鸡传染性支气管炎病毒的糖蛋白等。现以鸡传染性支气管炎病毒(IBV)疫苗的研制为例加以说明。鸡传染性支气管炎病毒（IBV）是一种急性、高度接触传染病，主要危害呼吸系统及泌尿系统。供制疫苗主要利用纤突蛋白，它是一种糖蛋白。基因工程疫苗的研制。首先是从病毒RNA中提取纤突蛋白的基因。利用设计的引物进行核酸聚合酶链反应(PCR)而得到纤突蛋白的基因，克隆于大肠杆菌，测序，获得地方株的IBV纤突蛋白的基因，与标准株进行比较。目前的做法是采用昆虫杆状病毒多角体蛋白基因做运载体，在昆虫细胞或昆虫体内表达IBV疫苗。将表达产物纯化后作为疫苗免疫于小鸡，检测疫苗的活性及攻毒的保护作用评价其效价。基因工程疫苗安全性好，且效价及灵敏度均达到相当高的水平。如1毫升的表达产物可以免疫2500～5000头小鸡。2. 抗细菌疫苗1983年荷兰英特威公司生产预防初生仔猪腹泻的大肠杆菌疫苗上市。基因工程疫苗是利用产生菌毛的抗原K88及K99的质粒接合起来，转染于大肠杆菌K12中表达而获得K88－K99菌毛抗原，接种于母畜以产生保护抗体并可以通过初乳传给仔猪而获得免疫。另一类产生毒素的大肠杆菌侵入小猪小肠后产生毒素而致病。这些毒素分为热敏型(LT)及耐热型(ST)。LT是由两个亚基组成的。A亚基是毒素蛋白，B亚基将毒素蛋白传送到猪小肠的上皮细胞。我国军事医学科学院黄翠芬院士等将K88抗原与B亚基抗原构建成重组病毒。克隆于大肠杆菌中表达。由于包括有多价的抗原，适应范围广，安全而价廉，已在生产上大量应用。3. 减毒异源亚单位疫苗作为病毒载体要求减毒而无病原性，又允许插入较大的外源DNA，最理想者是能通过口服、饮水或喷雾进行免疫。目前以鸡马立克氏病病毒及传染性支气管炎病毒的亚单位可以作为病毒载体。
