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完善的根管治疗需要经过牙髓处理、根管预备、根管消毒、根管充填这些步骤，所有的步骤医生都是在一个非常狭小的空间内操作，所以对医生的技术要求非常高，由于每个患者牙齿内部的结构不是完全相同、病变位置不同、根管数目不同、根管粗细不同、更是给医生治疗增加了难度。口腔是全身细菌最多的地方，由于环境特殊，医生在口腔内操作不可能做到完全的无菌，再加上每个患者自身的抵抗力不同，治疗中出现疼痛也就在所难免。
一般完善根管治疗过程中或是治疗后出现轻微不舒服感觉，口服一些消炎药后就会好转，基本上属于正常现象。
治疗过程中或是治疗后疼痛剧烈、肿胀或是长时间不舒服可能的原因及处理方法：1、根管治疗的过程中治疗器械超出根尖空损伤根尖周围组织，造成组织水肿(根管预备后出现疼痛)2、根管预备时将根管内的坏死组织和细菌推出了根尖孔，造成了根尖的急性炎症(经常是患牙虽然神经死了但是不痛，医生治疗后出现疼痛)3、根管消毒中药物渗出根尖孔造成化学性根尖周炎(提示患者治疗中应该按时复诊)4、处理牙髓的过程中根尖出血(一次性根管治疗或是局麻下拔髓中止血非常关键)以上情况需要按照急性炎症处理，对牙齿做适当的调磨，全身输液消炎，待炎症消除后再行治疗。对于已经根管充填的患者经过处理后会逐渐好转。
5、遗漏有感染的根管。需要找到被遗漏的根管，然后做根管充填治疗
6、根管充填不到位。需要重新做根管充填治疗
7、根管充填时牙胶超出了根尖孔对根尖造成刺激8、慢性根尖周炎根尖炎症无法通过根管治疗完全消除以上两项需通过根尖手术将根尖的炎症去除
9、根分叉病变无法通过根管充填解决问题10、牙周牙髓联合病变—逆行性牙髓炎以上两项需要做牙周处理、降低咬合，如实在无法保留可以考虑拔除
11、牙齿本身有隐裂，虽完善根管治疗，但是无法解决患牙长时间咬合痛。需尽早冠套修复，如无法保留应该尽早拔除
12、由于患牙位置特殊，根管充填过程中器械超出根尖孔或是根充糊剂超出根尖孔对下齿槽神经造成刺激。尽早使用营养神经药物、局部理疗、微波处理，一般三个月后会逐渐好转
13、周围其他牙齿的问题。找到其他牙齿尽早治疗
总之根管充填治疗是个非常复杂的过程，治疗过程中医生难免出现这样或是那样的问题，一旦出现了疼痛或是肿胀患者对医生应该有足够的信任，给医生足够的时间，以上的情况在临床上经常会发生，但是经过医生及时处理，绝大多数的患牙都能够完全恢复，只有很少数属于疑难的情况，医生也无法解释，对于这类患牙我认为可以全身输液控制炎症前提下，可以采取根尖切除手术，如果实在无法手术处理的情况最终的结局就是拔除，但是一定要与三叉神经疼痛做鉴别。
