爱华网序章：伊甸星
游戏从“诺曼底”号成功进入了质量中继点开始，Joker对于同行的“幽灵”特派奈利斯似乎很不满，对他的答复会+2道德值。在船上四处对话，与医生和下士的对话+2道德值。随后进入通信室与安德森和奈利斯对话，这时突然传来了伊甸星被不明敌人袭击的信号，奈利斯先行下船探路，主角带领特别行动队随后出动支援。
下船后向前走一段路后会发生剧情，一名队友被桀斯当场打死，结束战斗后不要忘记调查队友的死尸，+2道德值。再往前碰到阿什丽正在被桀斯追杀，随后阿什丽加入队伍，并送你一把打击者I手枪和穿甲弹I，初始对话+2道德值，选择小队情况对话项+2道德值。向前调查挖掘地点后爬上一个小山坡，一群桀斯改造的尸傀会围上来袭击，千万不要被它们近身，尸傀的自爆技能很强。杀光敌人后就可以用“解码”技能去开门了，和里面的科学家对话，选择保护他们+2楷模，打晕助手+9叛逆，两项并不冲突。
看过萨伦开冷枪的过场后，来到车站前。消灭第一波敌人后先不要去调查奈利斯的尸体，去旁边打开锁住的门，里面会出来三个农夫，和他们对话并指出走私是犯罪+2楷模，送一把毒刺II手枪；如果有1点谈话技巧再加送一个战斗传感器I，+2道德值；如果有3点谈话技巧，得知走私人姓名，+2道德值并开启新的剧情，下面有介绍。房子里面的箱子要用“电子学”开锁。然后进入车站调查奈利斯的尸体发现幸存者，如果刚才得知走私人的姓名，这里会出现特别对话，+5手雷，谈话技巧再得到手雷升级组件，+2道德值。向前进入月台，其中有个敌人必须用“投掷”才能杀死。这里如果有狙击枪用很舒服，一个个狙死。杀完敌人后上传送车。下车后有4个炸弹要拆除。不过不用担心炸弹，时间是很充裕的。建议先专注打敌人，然后再拆弹。炸弹位置在雷达上有旗子标注。然后去找信号发生器，消灭四周的敌人后不要立刻调查它，把地图内的箱子都打开再说，这个地方过关以后是来不了的。
回到船上一系列剧情后，可以四周走一走调查，和阿什丽对话谈论“你想阻止什么”，+2道德值。去和Joker说话结束序章。
注意：每个主线任务结束后，都切记要去和自己的队友们说话，阿什丽、莉亚娜和凯登与异性主人公之间的爱情支线任务，塔莉、莱克斯和盖拉斯的特别支线任务都需要和他们说话来触发。对话时没有道德值拿，所以尽量积极的对话，以获知更多的剧情。
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第一章：神堡
跟乌迪纳大使的交谈如果咒骂议会+2叛逆值。出门后可以做快捷运输直接去神堡巨塔参加听证会，在塔里会遇到盖拉斯，他正在试图坚持对萨伦的调查。向前走上台阶见到安德森，进入听证会。
会后乌迪纳大使让你去“科拉的洞穴”去找一个名叫哈金的C-sec警员打听盖拉斯的消息，安德森则向你建议还可以去金融区找情报贩子影子经纪人的代理人巴拉.冯去打听情报。询问安德森与萨伦的过节，+2道德值。（从这里开始任务的自由度变的很高，建议先不要接太多支线任务，因为很多任务都需要一定的谈话技巧，而且完成任务时的队友也会影响到你的成就，建议等有5点以上的谈话技巧且确定自己的小队成员后再做支线任务。）a.先去银行打听出莱斯特的信息，然后去C-sec找莱斯特使他加入队伍。然后去医疗诊所触发战斗剧情让盖拉斯加入，或等成为“幽灵”后再在C-sec的电梯前加入他；b.先去“科拉的洞穴”会遭到两个突锐人杀手的袭击，并碰到莱克斯在找“拳头”，跟哈金对话得知盖拉斯在医疗诊所，到医疗诊所触发战斗剧情让盖拉斯加入，+2道德值。然后去C-sec找莱斯特使他加入，或等成为“幽灵”后再在C-sec的电梯前加入他，这样可以得到大量的星币。
无论何种选择下面都要到“科拉的洞穴”见“拳头”。进入“拳头”办公室前跟工人对话，谈话技巧可以避免战斗并+2道德点。*战斗结束后，选择杀掉“拳头”或赞同莱克斯杀掉“拳头”+2叛逆。拿上光盘然后立刻冲出去救那个奎利人，全灭敌人后和奎利人对话。自动回到到大使馆，塔莉加入。然后去神堡巨塔将证据公布给最高议会，主角被任命为“幽灵”特工，专职追杀萨伦，额外各增加1点“魅力”和“威吓”，对话+2道德值。
进入C-sec中心的电梯到达港口，乌迪纳大使和安德森告诉你三个可以去调查的星球，+2道德值。这三个地点分别是三个独立的章节，个人建议最优先拯救莉亚娜，不仅是因为她是个不错的队友而且有爱情支线，而且另外两个地点都有一些需要较高等级解码或电子学才能打开的箱子，而且需要高等级的谈话技巧，后来再去报酬多。
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第二章：寻找莉亚娜
上船后会被请求做演讲，+4道德值。和导航员普雷斯利对话+2道德值，2个选择都选的话可以同时+2楷模和+2叛逆。进入莉亚娜发掘工作的克诺索斯星系，登陆瑟拉姆星球。向前走一段路，会有桀斯飞船降下两只桀斯重甲。继续赶路会遇到三四个炮台守住的基地大门，要从右边的一条小道绕往基地内部，干掉敌人后，两边房子里有开关分别控制两个方向的大门。打开北边的门继续走，前面有不少的桀斯重甲，直到某个窄口，战车进不去，必须要步行作战。
一路上都要十分小心，有很多桀斯狙击手出现，继续走可以看到一个上坡方向有一些厂房类型的建筑物。这里请存档！你将会面对第一个有挑战性的Boss战。这场战斗敌人的配合是狙击手和跳蚤，后面还有只桀斯重甲压阵，打赢后进入矿井。
开矿井门后一层一层往下走，路上会不时有桀斯兵出现，直到发现被护罩捆住动弹不得的莉亚娜。对话后到最底层，战斗后启动掘矿用激光（密码随机）把地板打通，绕路走到上面帮莉亚娜解开护罩。这里会自动存档，紧接着一名克洛根人会带着一群桀斯来，对话时不要直接开打，有额外的经验、星币、万能胶和医疗胶拿。战斗一开始我方会处在没有掩护的中央，用冲刺快速寻找到掩护是必要的。
随后矿脉崩塌，主角一行逃出地洞。在船上讨论总结后本章结束。最后Joker会询问是否向最高议会报告，只有这次汇报内容不加任何道德值，后面三次都有道德值拿，所以最好选择汇报。
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第三章：菲洛斯
下船和守卫谈话，被桀斯偷袭，一路杀到东方之珠，找到方丹了解情况，突然旁边高楼涌出大量桀斯，进楼消灭全部敌人后回来向方丹继续了解情况，就可以继续赶往艾克斯吉诺基地了。和有一对夫妇的房间中的女病人对话，+2道德值。回去和居民们对话会有一系列的支线任务可以做，全部都在楼内地下道中完成，用时不长奖励也及其丰厚，应该做一下，而且和地下道尽头的男人对话，+2道德值。
通过楼内电梯进入车库，开战车上高速。路上通过追查无线电源头找到难民避难所，可以选择下车进去调查，朱莉安娜会拜托你找她失踪的女儿丽姿贝斯。到达艾克斯吉诺基地，西北方房间的箱子打开后会有一只桀斯重甲偷袭。前进的通道被能量壁挡住了，只能从一处断壁跳进垃圾场，遇到丽姿贝斯，得到通行证并知道了桀斯来此地的目的和出去的方法，交谈后会有维刃偷袭。消灭敌人继续前进并找到压力阀门的控制器，降下阀门切断桀斯飞船的钩爪，能量壁消失，出门遇到丽姿贝斯，对话+2道德值。一起上车回去，到刚才的避难营下车，伊桑.郑会阻止你继续任务，一抢崩掉他，朱莉安娜会给你“反索利安毒气”升级组件，+2道德值。谈话技巧可以避免杀掉伊桑.郑，并额外+24楷模/+25叛逆，但之后需要再单独跟朱莉安娜索要“反索利安毒气”升级组件，+2道德值。
驱车回到东方之珠，那些索利安爬行者可以随便打，被控制的殖民地居民可以用装了神经毒气组件的手雷炸晕，手雷的爆炸范围其实很大。*共16个殖民地居民，每炸晕一个+2楷模，每杀死一个+2叛逆。开启起重机，拖开居住舱，露出索利安藏身的地道入口，见到索利安后和它制作的阿莎丽克隆人对话，+2道德值，谈崩后开战。一层一层上楼打断索利安的触手，每打断一个触手索利安就会创造一个新的阿莎丽克隆人来阻击你。除掉所有触手后，被克隆的阿莎丽人本体出现，对话后如果选择杀她+9叛逆值。从东方之珠回到船上讨论总结后本章结束。最后Joker会询问是否向最高议会报告，汇报+2道德值。如果先顶撞再正面解释可以同时+4楷模和+2叛逆。
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第四章：诺维利亚
刚下飞船，在港口就被守备队拦截了下来，对话+2道德值。然后在接待站遇到吉阿娜对话，如果你有带莉亚娜一起的话这里还会有特别的剧情。要离开韩山港继续追踪女族长贝尼西亚必须要得到一个通行证。有5种方法可以得到：一是支线任务“诺维利亚：走私”中把走私品交给阿诺雷斯，下面韩山港的剧情都会消失，也是报酬最少的；其余都在主线中，下面介绍。
进港后就去找阿诺雷斯要通行证，结果不欢而散。临走前跟吉阿娜对话，让你到韩山港中层酒吧去找一个名叫洛瑞其的突锐人。到了酒吧和洛瑞其对话，要求帮他拿到放在办公室电脑里的阿诺雷斯受贿证据，得到合成体观察公司办公室的钥匙，刚出电梯碰到士兵盘查，谈话技巧可以直接赶走少部分敌人并+8楷模/+9叛逆。消灭所有敌人后来到二楼找到证据，回去的路上和公司守卫对话，+2道德值，再次战斗。出了办公室区会遇到吉阿娜，她要求把证据给洛瑞其前先和她谈谈。*这时可以选择：a.告知阿诺雷斯自己掌握了证据，得到通行证：1.不用任何谈话技巧，证据交给阿诺雷斯，+9叛逆，EXP3656星币49333；2.威胁要交出证据控告，再索要报酬，+9叛逆，EXP3656，然后再用谈话技巧保留证据，后面仍可以进行b和c1的剧情，但经验减半且不能用刷道德值BUG；3.说明不关心他们中间的斗争，就想要个通行证，“魅力”EXP1828/“威吓”EXP3656，随后仍可以进行b和c1的剧情，但经验减半且不能用刷道德值BUG；
b.直接把证据交给洛瑞其，得到通行证，EXP3656星币500，谈话技巧额外+250星币；
c.回到酒吧跟吉阿娜对话，答应劝服洛瑞其主动揭发阿诺雷斯的罪行。和洛瑞其对话，用5点谈话技巧迫使洛瑞其答应指证，+24楷模/+25叛逆，这里有个BUG，可反复得道德点。随后：1.吉阿娜好消息，得到通行证，阿诺雷斯被抓，+8楷模，EXP3656；2.跟阿诺雷斯说吉阿娜在调查他，阿诺雷斯和吉阿娜互射而死，+25叛逆，EXP1828，从尸体上拿到通行证，和守备队对话，EXP1828，然后去找洛瑞其索要报酬，可以用谈话技巧得到250星币。3.可以先进行a2或a3再进行c1，只是经验减半。
进入车库后遭到桀斯伏击，打完后跟守备队长说明情况，被告知路上还会有大量桀斯。上战车到达“顶峰15号”研究所，一进门就会有一大群桀斯和克洛根佣兵。随后会遇到雷克耐虫族，他们的毒液攻击有无视护盾效果。进入核心部位修复智能管理程序组，你可以花100万用胶来修复或者手动修复。智能程序告知要启动通往实验室区的列车，必须要修复中央反应堆的能源输送管并把室外通讯线连接好。顺序无所谓，反应堆建议先从左边上二楼干掉火箭筒兵和狙击手。两处修复后就可以乘缆车到“裂隙”实验室了。
来到“裂隙”实验室门口和维塔利斯队长对话，被告知女族长现在还在危险物质实验室，而且里面有大量的雷克耐虫族，并给与你去危险物质实验室的通行证，+2道德值，然后帮他抵御雷克耐虫的攻击后再对话，如果表示会全力帮他抵御雷克耐虫族，+2楷模。下面可选择：a.去危险物质实验室，发现被骗，从科学家尸体上取得密码启动净化系统杀虫。回来跟维塔利斯队长火拼，进入下层有剧情，之后可以通过修理室进入安全实验室，或从上层禁区一路杀进去；
b.用普通解码闯入禁区，这样做会拉响警报，所有的卫兵都会成为你的敌人，一路杀进安全实验室，也可以通过修理室进入安全实验室；
c.去医疗舱接到去隔离舱配药的任务，找维塔利斯队长要到进入隔离舱的许可，进入下层隔离舱。配好药后被阿莎丽突击兵带着桀斯偷袭，出来后得知他们是从修理室过来的，回到医疗舱跟科恩博士对话，得到修理室通行证，+24楷模，对话技巧额外得到医疗胶。下面可以选择通过修理室秘道潜入，或进行a和b剧情。
和女族长贝尼西亚对话后开打，前期她是无敌的，只需杀掉她召唤的士兵，第一波是阿莎丽突击兵，后面两拨是桀斯，然后打败女族长贝尼西亚。*之后可以选择杀不杀虫后，+24楷模/+25叛逆。危险物质实验室的杀虫任务为必做任务，如果之前走b或c路线没做，现在必须返回做此任务。之后乘缆车离开自动回到船上讨论总结后本章结束。最后Joker会询问是否向最高议会报告，汇报+2道德值。如果先顶撞再正面解释可以同时+2楷模和+2叛逆。
章节之间：三个任务完成其中之一后回神堡会有新的支线任务接。三个任务完成其中之二后，议会会传来信息，对话+2道德点，并可以展开第五章任务。三个任务都完成后，如果你选择男性主人公并同时和阿什丽、莉亚娜搞暧昧，会发生她们争风吃醋然后来找你理论的剧情，被抛弃者的爱情情节会断掉。20级时接到的支线任务“失控的VI”请尽快完成，此为转职任务，可以升级为更高级职业。
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第五章：沃梅尔
做好战斗准备后登陆沃梅尔星球，驾驶战车一路向前，每走一段路就会遇到一个桀斯的路卡，第一个路卡可以直接冲过去（如果你不在乎里面的箱子的话），后面两个都要上楼梯开门才能继续前进。走到地图尽头，进入赛拉睿士兵的营地。和奇拉赫队长讲话，随后可以自由行动，商店能买到武器贩售许可证，还有两处普通破解的仪器。*随后来到莱斯特身边和他谈话，这里如果你之前完成了莱斯特的祖传盔甲的任务的话，不需要对话技巧就可以劝服他，没有完成那个支线的话要靠谈话技巧来说服他，什么都没有的话就没办法了，莱斯特会死在这里......你也失去了一个好队友。
准备好战斗后和奇拉赫队长讲话，由于人手不足他会向你借一个兵。2个人类队友中任选一个，把想用的留下就好了。路上顺便做掉“帮助奇拉赫的小队”支线任务，尽可能削弱桀斯的防守力量。走到研究基地门前，有上下两个入口，维护舱和仓库的入口只能选择一个进入，另一个会自动封死，只能从内部打开。进入基地内部后，总共可以有三处释放赛拉睿人囚犯的地方，牢房A最左边的囚犯对话后，放走他+2楷模，不放走他+9叛逆；左边第二个牢房的囚犯，放走他们+2楷模，全部杀死+2叛逆；牢房B的囚犯对话后，放走他+8楷模，并与之开战，不放走他+2叛逆。*到了保安办公室跟阿莎丽科学家对话，如果杀她+9叛逆。进去后面的房间，同"霸主"对话。然后去关闭放空炮，“诺曼底”号会带着核弹降落并开始安装，你身边的另外一个人类队友会留下来守护炸弹。援救放空炮台队友的途中会发生剧情，+2道德值，*你必须要在阿什丽和凯登之间选择一个去救，另一个会死掉。如果你继续向前走的话会进入和萨伦的Boss战，如果你回头去守护炸弹的话就要进行两场Boss战，先打桀斯精英再打萨伦。战胜后自动回到船上讨论总结后本章结束。最后Joker会询问是否向最高议会报告，汇报+2道德值。
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第六章：封锁
星联将“诺曼底”号扣押，去“泛潮”找安德森，选如何帮你偷船都可以，只会影响过场动画，然后再上船本章就算是完成了。这个章节算是一个总结吧，神堡上任何想做，想去的地方都要在上船之前去，一旦上船就无法返回神堡了。星际任务也是要在上船之后做掉，因为下一章一旦进入就再也不能回头，一直到游戏通关。
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第七章：终章
本章一开头就是床戏，爱情终于开花结果了...紧接着强行登陆埃洛斯，下车后发现萨伦把门关住了进不去，走反方向找开锁装置。一进门碰到桀斯伏击，这里的两个重甲可以不打，去地下层找到电脑关掉他们。走到头在中央的大厅里会爆发战斗，最省力的办法是快速跑到最中间修复两只桀斯重甲给你助阵，但需要有专家级解码。上二层启动电脑，大门打开了。回到停车的地方，开战车向前走一段路会被奇怪的能量罩挡住，下车进右边的通道见到基地主控VI，这里的对话揭示了大部分剧情之谜，+2道德值。继续赶路，最后到达“圣途”处，剧情后你有40秒的时间进入“圣途”，全速前进，不要管桀斯的攻击！
被传送到了神堡，不要浪费时间立刻上电梯，剧情后从太空中接近议会高塔。从这里开始战斗会在接近零重力的环境下展开，这个环境使用“举重”可以将敌人秒杀。中途遇到一艘桀斯飞船无限降下桀斯士兵，必须要把飞船的血都打掉它才会飞走，这里可以启动四周的三座防御炮台帮你打飞船，但其中一座需要高级电子学。过了运兵船，会遇到一群炮台，炮台的飞弹很好躲，但被打中几乎就是必杀，被爆炸的波浪冲击到都有可能死掉，最好用狙击枪在最远处一个个干掉炮台。
进入了神堡塔，上台阶之前会有一群杂兵挑衅，打发掉去见萨伦。用谈话技巧可以避免和萨伦进行战斗，+24楷模/+25叛逆。*萨伦死后会有剧情选项，这里的选择会影响到结局，+28楷模/+29叛逆。随后萨伦的尸体变异，成为最终Boss金属萨伦。最好带上莉亚娜，然后用“异象”，萨伦就会老老实实的在空中漂，你在旁边慢慢虐他，或者用科技技能对付他，伤害也很可观。
欣赏结局吧，根据你的选择，结局也会有所不同。游戏的一周目完成后，可以选择这个ID重新游戏，全部道具和技能都保留，这个是为了冲60级和挑战更高难度而存在的。
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