爱华网1856年，英法两国对华发动了第二次鸦片战争，英法联军于1860年10月18日下午两点烧毁了北京西郊以“三山五园”(1)著称的大片皇家园林(2)。
六天后，清政府签订了割地赔款、丧权辱国的《北京条约》，英、法两国各获得800万两白银的“赔偿”，英国还攫取了九龙和新界。
此后的26年之中，清漪园都处于废弃的状态。其中，在1873年，也就是所有皇家园林被烧毁13年后，同治皇帝亲政，他下诏要修复圆明园，在朝中激起轩然大波，当时执掌重权的恭亲王奕訢和醇亲王奕譞（音宣）(3)认为朝廷财政困难，坚决反对重修工程，最终同治皇帝不得不宣布停止圆明园修复工程，但是大家都认为实际上是同治皇帝的生母慈禧太后主张重修圆明园的。
圆明园修复风波过后不久，同治皇帝去世。同治驾崩当晚，慈禧的谕旨从养心殿东暖阁传出，指定奕譞四岁的儿子载湉继位。据史书记载，当时奕譞“碰头痛哭，昏迷伏地，掖之不能起”。儿子继位后，奕譞为了避嫌，立即辞官退隐。
1885年10月，为了振兴海军，朝廷成立了海军衙门。奕譞复出，负责总理海军事务（但是具体负责的是李鸿章）。1886年，16岁的光绪皇帝即将亲政，慈禧又想重修北京西郊皇家园林。奕譞自从儿子做了皇帝以后便始终小心谨慎，仔细处理光绪和慈禧太后之间的关系，为了让慈禧太后能够到西郊皇家园林养老而放手朝政，奕譞这次大力地支持重修皇家园林的动议。
在五座已经废弃多年的皇家园林中，从修复难度和实用角度看，圆明园太大了，畅春园、静明园和静宜园又都太小了，所以奕譞选中了清漪园进行重修，他这么做还有另一个原因就是清漪园是乾隆为母亲祝寿所修，而且在乾隆时期，昆明湖曾经是皇帝操练水师的地方。于是，1886年9月，奕譞呈上奏折，请求恢复昆明湖水师操练旧制，为了恭迎太后阅师，请求修复沿湖一带破损建筑。这样，慈禧便批示既然海军衙门要在那儿操练水师，就让海军衙门自己筹钱修复破旧建筑吧。如此一来，本应由内务府奉宸院负责的修建项目就由海军衙门承建了。
1886年，奕譞派雷廷昌来清漪园考察。1860年三山五园被烧毁时，雷廷昌只有15岁，他亲眼看见清漪园毁于大火。雷廷昌是清朝著名建筑世家“样式雷”家的第七代传人，主持修复清漪园的设计工作。
乾隆年间的清漪园设计图纸和烫样均藏于圆明园样式房，在1860年的劫难中大部分遗失毁损。雷廷昌于是重新制作烫样（即建筑物的小型模型），再在烫样上加上“说贴”，注明建筑的尺寸和形制。烫样后是绘图，雷廷昌为复建清漪园绘制了308张图纸。
清漪园复建工程最早竣工的建筑是在清漪园原耕织图景区上建立的昆明湖水师学堂，于1886年年底竣工。学堂开学当天还举行了万寿山排云殿的供梁仪式。1886年年底，排云殿工程展开。排云殿建筑群由三重建筑组成，仿照紫禁城外朝形制建设，历时九年完成。排云殿内部装修用工275724个工（一个工就是一人一天的工作量），殿内用隔断和半隔断分为众多区域，一共用了7种29件分割装修物。比如有木雕万字、蝙蝠和寿桃的碧纱橱，寓意万福万寿。另外还有花罩类的分割物，有透雕的栏杆罩、八方罩，装饰着万字不到头的纹饰（由很多万字组成，表示连绵不断，福寿绵长，万寿无疆）。精雕细刻的炕罩上还可挂幔帐。排云殿内的多宝格中间设计有供通行的门，用紫檀制作。但是主要适用的木材还是草花梨和楸木，由于这两种木材颜色浅，雷廷昌还做了染色处理。排云殿本来是给慈禧太后作寝宫用的，但是慈禧太后第一天入住就生病了，她认为排云殿的原址原来是佛寺，由于自己对佛不敬所以才生病了，所以后来她就搬到了乐寿堂居住了。排云殿前有两颗白皮松，寓意松柏长青，殿周围院落内露天摆放很多青铜器，有的是传世珍宝，有的地方贺礼，比如商代的三牺尊也曾经就那么摆在露天，现在收藏在颐和园的文昌院。另外，排云门前的铜狮子和12座生肖石都从畅春园遗址搬来的。
1888年3月，朝野对重修清漪园的议论越来越多，因为之前修园子的工程都是秘密进行的。无奈，慈禧太后以光绪皇帝的名义发下上谕，说清漪园本来是乾隆孝敬母亲修建的，光绪也要重修这座园子，孝敬慈禧太后，并将其改名为“颐和园”，取“颐养天年”之意。至此，秘密进行一年多的清漪园修复工程曝光，奕譞也可以不再秘密筹集建设资金了。
1888年底，北洋水师成军，当时这支海军拥有世界第八、亚洲第一的海军舰队，很多军舰都有着响亮的名称：镇远、超勇、扬威等等。同时，颐和园里的石舫也得以复建，慈禧把它改名为“青晏舫”。石舫是乾隆年间修建，当时石舫上的舱楼是中式木建筑，1860年被烧毁，石舫的头冲着岸边，船尾冲着昆明湖，是模仿南方停船的习俗，慈禧太后喜爱的西式建筑，修复时仍然用木料的，修建成西式建筑的舱楼，但是实际上结构仍然是木材的，只是在上面画上大理石的花纹，以至于游人都以为它是大理石建筑呢。乾隆修建石舫的本意是提醒自己“水可以载舟，也可以覆舟”的道理，到慈禧时就有了大清江山永固如石舫永不沉没的意思了，慈禧还在石舫两侧加上了火轮船的火轮石雕。石舫主要供慈禧在此品茶、用膳、消暑、观景和中秋赏月。
在修复清漪园的过程中，海军军费逐渐捉衿见肘，所以有的建筑就不在复建了，有的规模缩小了。比如位于万寿山东麓的昙花阁，原来是六角多层的楼阁，平面图形像一朵昙花，在楼阁上面可以俯瞰全园景色，也是点缀万寿山的重要景观，因为这里是前山东半部最重要的点景部位。因此造园者在这里建了一座形象比较高大的两层楼阁。作为这一景域的构景中心，它对于前山成景所起的重要作用，仅次于佛香阁。但是修复时由于资金不够，就变成了单层的十字形的景福阁，万寿山上缺少了重要的点景建筑。景福阁是单层勾连搭卷棚歇山顶，平面呈十字形。前面的大月台是慈禧赏雨的地方。当年两层的昙花阁，东可俯瞰毛泽东住过的益寿堂、南可一览浩淼的昆明湖、北可远观园外的市井集市，西与荟亭为邻，在各个方向都有开阔的视野，从这里还可眺望西山的静明园（玉泉山）、静宜园（香山）。东面的畅春园、圆明园则近在咫尺。
景福阁也是1949年国共谈判的地点。1949年1月21日，因三大战役失败，蒋介石宣告“引退”，由李宗仁代理南京政府总统。1月22日南京政府决定派邵力子、张治中等5人为和谈代表。3月26日，中共中央作出同南京政府进行和平谈判的决定，从4月1日起在北平开始举行谈判，谈判地点就选在颐和园景福阁。
治镜阁，本来在昆明湖上象征仙境的三岛（4）之一的团城岛中心位置，也曾经是昆明湖西北部湖面上最点景的建筑。因为该岛四面环水，且治镜阁修筑坚固，英法军队恐内部藏有兵马，便没有登岛，但是用炮轰了轰，所以治镜阁在英法联军入侵时幸存大部，但是在同治修复圆明园时木料被拆去，后来整个遗址荒废，现在那里只是一座长满各种植物的荒岛了。
奕譞于1890年去世，也就是重修清漪园工程开始后四年。光绪戊戌变法失败后，被慈禧囚禁在玉澜堂，所以奕譞也想不到自己着力修建的园林最后居然成了囚禁儿子的牢笼。
1890年，由于经费短缺，海军衙门停止购入军舰。1894年，在中日甲午海战中，镇远号被击沉，超勇号搁浅起火，其它军舰或被击沉，或被俘。1895年2月，北洋舰队全军覆灭。1895年3月，海军衙门被裁撤，同年年底，颐和园修复工程仓促收尾。经专家推算，修建颐和园所耗用的总费用约合500至600万两白银，在当时约合三条军舰的造价。
在1886年到1895年的9年修复清漪园的过程中，万寿山后山和园内位置偏远的建筑被放弃修复。东宫门内的仁寿殿由原来的勤政殿改建而成，乐寿堂、玉澜堂得以复建，但是均采用了四合院形式，用于帝后居住，功能有所改变，德和园（5）为新建建筑，加大了园内的建筑密度。听郦馆、画中游是复原了乾隆时期原貌，南湖岛上的建筑也恢复了原貌。十七孔桥在1860年没有被烧毁，所以修复过程中进行了整修。万寿山前、中部建筑得以全部修复，宝云阁、转轮藏保留清漪园时期原貌，大报恩延寿寺改建排云殿建筑群，成为万寿山前最核心、最具规模的建筑群，它们和佛香阁一起成为后人眼中颐和园的标志。经过修复的清漪园（颐和园）布局更加严谨，建筑形象更加突出，在这一点上超越了清漪园。
乾隆年间清漪园三面开放，只有文昌阁到西宫门筑有围墙。颐和园时期四面都修起了围墙，这意味着这里从皇帝游玩的场所成了帝后的寝宫。
1907年，颐和园建成12年后，雷廷昌去世。此后雷家逐渐没落，民国年间，雷家为了生计，几乎卖掉了所有图纸和烫样，代代传承的技艺最终失传。如今，中国每五个世界文化遗产中就有一个是雷家设计的。2007年6月20日，“样式雷”入选世界技艺遗产。颐和园最能代表样式雷的精湛技艺，也是雷家最后一部伟大的建筑作品。
(1)（万寿山、玉泉山、香山和圆明园、畅春园（北大西门往西）、清漪园（现在的颐和园）、静明园（玉泉山上）和静宜园（现在的香山公
园）
(2) 清统治者来自关外，北京的夏天不适应，于是入关后就开始在京城西北郊修建皇家园林。
(3) 奕譞是咸丰皇帝的弟弟，慈禧的妹夫，光绪的生父。清漪园被烧毁时正和咸丰皇帝一起在承德避难。
(4) 南湖岛，藻鉴堂岛
(5) 德和园大戏楼高达21米，是目前中国最完整、规模最大的戏楼。
昙花阁效果图，已于1860年烧毁，现为景福阁所在地
景福阁，1949年国共和谈所在地
1860年后被炮击过的治镜阁
治镜阁效果图
清代治镜阁图
现在原治镜阁所在的团城岛已成荒岛
文昌阁，现在的少了一层
