野生的冬虫夏草的子实体是有性结构，通过有性生长的；
人工虫草菌丝体是无性结构，虽其所含成份与冬虫夏草有很多相似之处，但二者在活性成分、氨基酸及微量元素等重要成分的量和比例等方面有着本质不同，比如研究表明子实体（野生冬虫夏草所具有的草的部分，有性结构）和菌丝体里面虫草素的含量比例是9:1。
因而，二者在功能和临床效果上有着显著的差异。人工虫草远无法替代野生冬虫夏草的功效。
一、形状不同
冬虫夏草是冬虫夏草的虫体（虫的部分）与冬虫夏草菌的子实体（草的部分）合二为一体的整体，而人工培植冬虫夏草仅仅是冬虫夏草菌在其他培养基上的菌丝体或子实体（草的部分）。
二、营养载体不同
冬虫夏草以自然虫体营养为基础，人工培植的冬虫夏草以人工营养为基础。
三、生长环境不同
冬虫夏草菌生长在自然环境中，这种自然环境是特定的。人工培植的冬虫夏草生长在人为的环境中，这种人为环境是根据冬虫夏草生长的特定自然环境而模拟设定，但很难达到完全一致。
四、生长周期不同
在特定自然环境中，冬虫夏草的生长周期为2－4年。人工培植的冬虫夏草菌在优裕的生长环境中生长，不受自然环境的影响，2个月内就可以生产一批。
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