一、犯罪主体不同：挪用公款罪是国家工作人员，而挪用特定款物罪的主体不限于国家工作人员，还有主管、经手特定款物的工作人员。
二、犯罪客体不同：挪用特定款物罪侵犯的是国家专款专用的财物管理制度，而挪用公款罪不仅侵犯了国家财物管理制度，而且还侵犯了公务员的廉洁性。
三、行为对象不同：挪用特定款物罪侵犯的对象仅限于用于“救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济”款物，挪用公款罪挪用的是公款，不仅包括上述款物而且还包括国库卷、股票、债券、失业保险基金和下岗职工基本生活保障资金，以及单位的办公经费等公款。挪用非上述七种特定公物归个人使用的，不以挪用公款罪论处，如构成其他犯罪的，依照刑法的相关规定定罪处罚。
四、客观方面成立犯罪的条件不同：挪用特定款物罪在客观方面表现为违反财经制度，改变特定款物的用途的行为；如果是挪用特定款物归个人使用，则构成挪用公款罪或挪用资金罪。
因此，挪用公款罪与挪用特定款物罪有区别就在于挪用归谁用？挪用公款罪是挪用归“个人”使用，而挪用特定款物罪用于“个人”以外的他用，即没有专款专用。二罪的区别并不是犯罪对象是否是特定款物。
例如，1998年抗洪期间，某县县长李某决定将上级发放的用于救灾的200万元用来修建政府招待所，李某另外又将15万元救灾款借给高某用于囤积救灾物资。李某的行为应如何处理？
A、只构成挪用特定款物罪
B、只构成挪用公款罪
C、构成挪用特定款物罪和挪用公款罪，并实行并罚
D、构成挪用资金罪
答：C。李某决定将上级发放的用于救灾的200万元用来修建政府招待所，是违反财经纪律的行为，构成挪用特定款物罪；李某将15万元救灾款借给高某用于囤积救灾物资，属于挪用特定款物归个人使用，构成挪用公款罪。这两个行为是独立的，实行数罪并罚。
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