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明代是纳西族历史上一个重要发展时期，深得明王朝信任和倚重的木氏土司比较开明，不闭关自守，积肥极引进中原汉族地区的生产技术和文化教育，广交中原名士，从内地引进文、医、教育、建筑、开矿、工艺制作等方面的人才俊杰到丽江。
明洪武十五年（1382年），在古城设“丽江军民府衙署”，丽江古城很快成为了丽江社会、政治、经济、文化的中心。木氏土司建造了规模宏大的宫殿式建筑群，如以石和木做的三座大型牌坊、木家院、皈依堂、玉皇阁、三清殿、光碧楼、经堂、家庙、万卷书楼、玉音楼等。
木府门前的石牌坊，用采自下虎跳金沙江边的汉白玉建成，宽9米，高约18米，4根石柱撑着牌坊上的碑、椽、檐和坊盖，匾额上镌刻着明神宗钦赐的 “忠义”二字。 这座结构宏伟、雕刻精湛的石雕建筑远近闻名，民间有“大理三塔寺，丽江石牌坊”的说法，可惜在文化大革命的十年浩劫中被拆除。
木氏土司在建造自己的宫殿式木府时，座向未按“座北朝南”为佳的中原风水理论，而是朝向太阳和东方。东方属木，太阳和木为纳西东巴教中的崇拜物，亦为皇帝所赐纳西族之姓。因此，欲得“木”之气而盛的想法，使木府的建筑采取了座西朝东的走向。古城周围不筑城墙，据说是因为木土司居于城中，一筑城等于“木”字加个框成了一个“困”字，无异于把“木”困住。
木土司背枕狮子山，山上遍植柏树，如今狮子山上还保存有一大片古老的柏树林，它就是“丽江十二景”之一的“黄山古柏”除了这一片古柏林，当地民众在20世纪50-60年代义务栽种的大批柏树也日益茂盛，形成了郁郁葱葱的树林。在狮子山极目下望，古城栉次鳞比的民居瓦房呈现出一片与天地混融的黛青色，苍苍茫茫宛若一幅巨大的水墨画。
木土司的府第虽有王者气度，却一反中原王城“居中为尊”的传统，将府第建于城南一隅。而作为全城中心的则是商贾云集的四方街，纵横交错的街道从四方街这一商贸中心向四面八方辐射。从中可看出古城最初形成于乡村集市，最终也因商业贸易而繁荣。这与古城千百年来作为“茶马古道”重镇的历史密切相关。
木土司的宫廷式建筑在明代已蔚为壮观，明代旅行家、地理学家徐霞客在他的《滇游日记》中就曾惊叹“宫室之丽，拟于王者”。明代古城居民已达千余户，民居建筑颇具规模，徐霞客曾描述当时丽江古城“民房群落，瓦屋栉比”，可见民居繁盛之景象。
