赤潮的发生过程，大致可分为起始、发展、维持和消亡四个阶段。各阶段的主要理、化和生物控制因素。
1、起始阶段
海域内具有一定数量的赤潮生物种(包括营养体或胞囊)。并且，此时的水环境各种物理、化学条件基本适宜于某种赤潮生物生长、繁殖的需要。
2、发展阶段
亦称为赤潮的形成阶段。当海域内的某种赤潮生物种群有了一定个体数量时，且温度、盐度、光照、营养等外环境达到该赤潮生物生长、增殖的最适范围，赤潮生物即可进入指数增殖期，就有可能较快地发展成赤潮。
3、维持阶段
这一阶段的长短，主要取决于水体的物理稳定性和各种营养盐的富有程度，以及当营养盐被大量消耗后补充的速率和补充量。如果这阶段海区风平浪静，水体铅直混合与水平混合较差，水团相对稳定，且营养盐等又能及时得到必要的补充，赤潮就可能持续较长时间;反之，若遇台风、阴雨，水体稳定性差或因营养盐被消耗殆尽，又未能得到及时补充，那么，赤潮现象就可能很快消失。
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