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1.控制海域的富营养化
①应重视对城市污染和工业污水的处理，提高污水净化率。
②合理开发海水养殖业
为了减缓由海水养殖带来的水体富营养化问题，要采取以下措施：
a、根据水域的环境条件选择一些对水质有净化作用的养殖品种，并合理确定养殖密度，控制养殖面积。
b、进行多品种混养、轮养、立体养殖，尤其是鱼、虾、贝、藻混养，建立生态养殖系统。
c、提高养殖技术，改进饵料成分及投饵技术，使其有利于养殖生物的摄食，减少残饵，减轻水质和底质的污染。
d、不能将池塘养殖的污水和废物直接排入海水，应采取逐步过滤等办法加以处理。
2.人工改善水体和底质环境
如在水体富营养化的内海或浅海，有选择地养殖海带、裙带菜、羊栖菜、红毛菜、紫菜、江蓠等大型经济海藻，既可净化水体，又有较高的经济效益;利用自然潮汐的能量提高水体交换能力;可利用挖泥船、吸泥船清除受污染底泥，或翻耕海底，或以粘土矿物、石灰匀浆及沙等覆盖受污染底泥，来改善水体和底质环境。
3.控制有毒赤潮生物外来种类的引入
要制定完善的法规和措施，防止有毒赤潮生物经船只和养殖品种的移植带入养殖区。
4.防止赤潮生物毒素危害人体。
