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一、根少而死亡。单一根和粗根型的树桩一般须根和侧根少，栽植后粗根在很长一段时间内难以愈合生细根，桩上萌生的枝芽不能及时得到根部提供的养分和水分而枯萎。这类树桩可以分数次挖掘，即第一次挖断部分主粗根，待其愈合长出细根后再行挖起，这样便可大大提高成活率。
二、根部腐烂而死亡。树桩栽后浇水过勤或遇连续阴雨而使根部积水腐烂、发黑以及栽植的土壤肥沃多菌、盆钵排水透气性能差而使根部霉变。栽植新采的树桩最好用地表以下排水透气性能好的生砂土，粘性重的土壤按至少1份砂和1份土的比例掺和。栽后浇水次数不可过多，遇连续阴雨可用薄膜将树桩四周的土壤盖严，以防雨水渗漏，若是盆栽最好选用透水透气性能好的瓦钵或木 。
三、干枝锯剪过度而死亡。松柏、黄杨等树种在锯截口以下一般都需留枝叶以促其进行光合与呼吸作用，帮助树桩成活，而后再进行缩枝与逼芽到位，切忌操之过急，但也不可留枝叶太多，以达到供需平衡为度。另外一种情况就是在树桩成活初期因怕树桩消耗水分和养分而剪去大量的与造型无关的枝条，从而减慢了树桩的光合和呼吸作用，抑制了根部生长，导致树桩萎黄、枯死。对于小型树桩可以剪去一些与造型无关的枝条，对于大中型树桩则不可以，要让其进行充分的光合与呼吸作用以促使根部快速生长，只有等到秋后或第二年树桩真正成活后才可剪去无用枝条。
四、树桩长势衰弱而死亡。第一年砍去或锯去上部的枝干，第二年采挖的树桩和感染病害的树桩因受伤和细菌感染，长势十分衰弱，体内养分消耗殆尽，挖回栽植伤口已无力愈合、生根，绝大部分都会死亡。还有一些年代久远生命力差的古桩也极易造成死亡。
五、脱水而死亡。桩干高，根系不发达，养护欠当所致。这类树桩一般要用稻草或薄膜色裹，并常向稻草上喷水作持桩干湿润，用薄膜贴干包裹的，待桩干上萌生枝芽后，撕开其旁的薄膜，露出枝芽，但这需要在傍晚或阴雨天进行。另外也可以用大小适当的透明薄膜袋将整个桩干套住或者用河砂将整个树桩围住，仅留芽眼于砂外。
六、损伤过度而死亡。在采挖和运输中翻滚、碰撞、挤压所致，应尽量避免。对一些锯截的大伤口一定要涂封愈和剂。干上的伤口用白乳胶封口，贴上黑色的薄膜，根部大伤口用蜡涂封，这对防止桩体水分蒸发和细菌入侵都非常重要。
七、虫蚊蛀蚀而死亡。白蚁、天牛等一些害虫蛀食桩干致使桩身上萌生的幼芽萎缩、枯黄。另有一些长有针管型的害虫吸食幼枝芽中的汁液而使树桩干枯，如象鼻虫等。白蚁可用食物将其诱出杀之，亦可在春夏闷热的傍晚或夜里用敌敌畏农药，将爬出桩外的白蚁杀灭，天牛可用注射器将农药通过孔洞注入杀死，枝干叶上的害虫可用敌敌畏、敌杀死等农药兑水喷雾杀灭。
八、不重季节采挖而死亡。一般树亦在落叶后至萌芽前这段时间采挖。有些愈合力强的树种在深秋采挖成活力很惊人，如榆、三角枫等。但有些树种定要等萌芽甚至待芽长成枝条后采挖方可大大提高成活率，如紫薇、水杨梅、石榴、枸骨、槛木、映山红、女贞、赤楠等。
九、根下空穴而死亡。栽植时没有捣实，或者是栽培土过干或过湿都导致树桩死亡。一般用抓之成团的土壤，在坑穴挖好后，将坑穴(或盆钵)底层土堆成凸形，然后放入树桩，轻摇使之下陷，填土用木棍捣实，根部高的树桩，栽至一半土时用木棍捣实浇透水，待另一半土填上再捣实，这对防止根下空穴都非常有效。
十、保鲜措施不当而死亡。有些树桩采挖后搁置太久，致使根干失水干瘪，栽后很难成活。采挖的树桩都要进行保鲜，最好随采随栽，即使不能随采随栽，也要对树桩进行假植或者用潮湿的苔藓或稻草包裹，运输时要用帆布或薄膜盖住，防止风吹日晒。为确保树桩有较高的成活率，夏季搭棚遮荫，经常向树桩上喷水保湿，用蜡、白乳胶、草木灰涂封伤口，栽前醮泥浆等等一系列保护措施，对帮助树桩度过生命危险期都是大有裨益的。
通过对树桩死亡原因的了解，盆景爱好者可以因时、因地、因桩而采取不同的栽培方法与养护措施，才能进一步提高树桩的成活率，从而保护与合理开发利用宝贵、有限的野生资源。
