爱华网建国初期大陆收押的日军战犯共有1109名，其中969名是1950年7月苏联移交给中国的，主要是原日军关东军的军官、宪兵，伪满洲国的官员、警察等，被关押在抚顺战犯管理所。其余的是140名是“在解放战争中捕的，被阎、蒋用来参加打内战的”，被关押在太原战犯管理所。
根据“宽大处理”原则，以及调查日军战犯罪证时所遇到的实际问题，1955年12月28日，中共中央明确决定：“日军战犯的处理，不判处一个死刑，也不判一个无期徒刑，判有期徒刑的也要极少数。起诉书要把基本罪行搞清楚，罪行确凿后才能起诉，对犯一般罪行的不起诉。”对于这种处理方式，周恩来解释说：这批日军战犯“关押已经十年了，经过了十年上下的看押，对他们多数人的罪行来说，这些年也等于徒刑的期限，也就是说可以抵偿他的罪行了。若再判十年或者十二年，那就是重刑了，这就和我们宽大处理的政策不合了。我们确定对绝大多数人还是以实行宽大，分批释放，不判刑为好……对大多数在押战犯，我们打算分成三批释放，这样影响会很大。”据此，参加审判的公检法人员最终确定只对这1000多名日军战犯中的45人进行起诉，对其余人皆“免予起诉，即行释放”。建国伊始，作为国共内战的延续，中共对具有国民党背景的军政人员始终是持镇压态度的，不仅国共内战时俘获的国军人员羁押不放，还在历次运动中大量逮捕了不少国民党人员。由于被俘或被捕的国民党人员极为复杂，为确定战犯身份，1955年公安部提出了一个战犯标准：在解放战争期间，犯有严重战争罪行的国民党军队的将、校级军官，国民党政府省主席和厅（局）长级官员，国民党、三青团中央委员，国民党省（市）党部书记长和委员，以及特务系统的处、站长以上人员，可列为战犯。经审定，国民党战犯总数为926名，其中军队系统736名（中将72名，少将388名，校级军官276名），政府系统46名，党务系统27名，特务系统117名。他们分别集中关押在秦城监狱以及辽宁抚顺、山东济南、陕西西安、四川重庆和内蒙古6个战犯管理所。
与其他国民党人员不同的是，对于“战犯”级别的国民党人员，中共始终给予“优待”，并且一直没有对这批人进行处置。之所以如此，是因为这批人有特殊的利用价值，按照周恩来的解释是：“对于康泽、杜聿明、王耀武等内战罪犯，把他们当作政治资本加以利用为好……有助于我们孤立、动摇、瓦解国内外敌人，首先会有助于孤立瓦解蒋介石集团和解放台湾的斗争；会有助于安定社会上同统一战线内部对我们还抱有疑惧的分子—主要是右翼分子和有过政治劣迹的民主人士，使人民民主统一战线获得进一步的巩固和扩大。”然而随着“文革”的爆发，毛泽东说：“这场革命是与国民党斗争的继续。”因此，不仅特赦停止了，甚至连建国后17年公安部门的工作（包括战犯改造工作）也给完全否定了。抚顺战犯管理所所长金源挨斗百次以上，原来的经验被批为“投降路线”，“施仁政”。1968年春抚顺、济南、西安战犯管理所被军管。1969年管理所的干部集中下放到农场劳动。
国民党战犯的日子更不好过，新来的管理人员怕犯错误，对战犯“要狠点，态度要硬点，说话声要高点，离得要远点”。战犯每天还要接待外调，外调人员硬要战犯按照他们的口径写材料，否则动辄就实施“车轮战”、“疲劳战”，甚至打骂、侮辱。各管理所对有重病者不进行急救治疗，只说不让这些人过早死掉，以便挤出“活材料”，有的医生也不敢也不愿给战犯们看病。
上述状况加剧了在押国民党战犯的不断死亡，1966年6月至1975年12月，有103名在押战犯病亡。根据周恩来1971年给谢富治和陈锡联的指示称：“抚顺战犯管理所在无产阶级文化大革命中，由于公安部工作不下达指示，也不派人下去检查，因之许多战犯病了不治者每年增长。66年1人、67年5人、68年8人、69年9人、70年10人、71年仅两个月死了3人。证明工作水平日益下降。……应体现毛主席的无产阶级政策，给这些战犯以仁特赦的出路，否则人家会说：大战犯特赦了，小战犯关到死，国外战犯特赦了，本国战犯关起来。这是不合毛主席给出路的政策的。而且年深日久，早已无材料可挤，重点应是改造劳动，给以生活出路。”但是在当时的情况下，根本没人敢再提什么“特赦”，生怕被扣上“反动”的帽子。
_______摘自腾讯历史：日军战犯为何比国军战犯更早释放
然而他在同一条胡同里，看到的是另一番景象。国民党战犯除了写材料的、养病的，是必须劳动的，日本战犯却用不着拿中国锄头；国民党战犯除了病号吃小灶，其他人吃的是中灶，日本战犯却全部吃小灶。也许小灶能使人精力过剩，上村等人整天整日地在胡同内的三角形地坝上打网球。网球是白的，在邱行湘看来，它与报纸上“惩办日本战犯”的黑字是何等的不协调。日本军人诚惶诚恐地离开了故土，却舒舒适适地生活在异国——这几乎是太阳旗高悬在中国大陆的时代才能享受到的。
不受时代变迁的影响而最完整地保持着生活的全部内容的，要数这位矮胖的上村。他的妻子也在中国大陆。中国政府把她的住房安置在功德林附近，上村可以定期出去和他妻子同居。三年以内，上村一家接连添了两个孩子。
邱行湘惑然了，他问上村：“你身为囚犯，哪有条件养活你的妻子儿女？”上村笑道：“中国共产党对我们日本人不错。中国实行供给制，多生小孩有好处。我生一个孩子，中国政府就多给我一个人的供给。养家活口不靠我呵！”
敌人的赞美，才是难得的荣誉。邱行湘听后不觉颇有感叹。他强烈地感到，中国共产党说话是算数的，“惩办战犯”，非绳之以法不可，“宽大俘虏”，果施之以仁不误。前者体现着民族意志，后者体现着国际公法。真正给中国人争脸面的，应该是共产党人呵。本文摘自《将军决战岂止在战场：国民党将领改造纪实》 作者：黄济人 出版社：光明日报出版社
