爱华网秦王朝在确立皇帝尊号的同时，还总结了战国以来各国的官僚制度，建立起了一套适应封建统一国家需要的中央政府机构，这就是三公九卿制度。
三公即丞相、太尉、御史大夫。
九卿即奉常、廷尉、治粟内史、典客、郎中令、少府、卫尉、太仆、宗正。
据史料记载，三公九卿制最早用于夏朝，《礼记》：“夏后氏官百，天子有三公、九卿、二十七大夫、八十一元士。”“设四辅及三公，不必备，惟其人。言使能也。”)，殷亦三公九卿，(伊尹曰：“三公调阴阳，九卿通寒暑。”)。周以太师、太傅、太保为三公(《通典·职官一》)，也有的说三公为司马、司空、司徒(《韩诗外传》曰：“三公之得者何?曰司马、司空、司徒也。司马主天，司空主土，司徒主人)，以少师、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司马、司寇、司空为九卿。
三公的职责分别为：
丞相：最高行政长官，辅助皇帝处理政务，是皇帝的助手，同时负责对文武百官的管理，从秦开始，丞相正式成为官职，为中央政府中皇帝之下的最高长官。
太尉：最高军政长官，协助皇帝掌管全国军队，负责管理全国军事事务，但他平时没有军权，战时也要听从皇帝的命令，而且要有皇帝的符节才能调动军队，军权实际上也是掌握在皇帝手里。
御史大夫：其地位相当于副丞相，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官，是皇帝的耳目。
御史大夫下设御史中丞，掌管图书秘籍，同时监察文武官吏;侍御史，掌管文书;监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。
三公之间互不统属，直接隶属于皇帝，便于皇权集中。
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