爱华网农业供给侧结构性改革不再是倚重扩大要素的投入规模，而是更加重视改善投入要素的效率，特别是提高土地产出率、水资源效率、农资利用率和劳动生产率，提高农业综合效益和竞争力，保障粮食等主要农产品有效供给，促进农民增收和实现农业可持续发展。
一是农产品有效供给不足。部分农产品存在较为严重的供需失衡问题。普通、廉价农产品充裕，优质、高端、绿色农产品紧缺，难以满足市场需求。
二是农业污染和农产品质量安全问题增多，农村资源环境形势严峻。工业'三废’和城市生活垃圾等污染向农业农村扩散；化肥农药过量施用，畜禽粪污随意排放以及农膜等废弃物残留，造成严重的农业面源污染；随着资源开发强度过大、生态环境严重受损，农地承载能力接近极限。
三是主要农产品国内外价格倒挂，在国际市场上缺乏竞争力。要素价格快速上涨，农业生产成本持续攀升，价格补贴也在不断提高，粮食呈现生产量、进口量、库存量“三量齐增”现象。
四是体制机制束缚农业发展。土地流转制度的发展不能与农业劳动力转移规模相适应。小农经营伴随的土地细碎化，无法满足规模经营的需要，农业生产经营方式亟须创新。除此之外，还存在城乡土地、人才等要素配置不均衡，农村金融保险供给不足等问题。
五是农民增收面临考验。近年来，农民收入增幅高于城镇居民，在经济新常态背景下，如何促进农民持续增收，进一步缩小城乡差距，实现城乡共同繁荣，成为当前农村发展面临的重大课题。
另一方面，加强农业环境保护。提倡绿色生产方式，通过提高土地产出率、资源利用率、劳动生产率方式摆脱过度依赖资源消耗促进“量”的发展，这对资源利用提出了更高的要求，是对资源的有效保护方式，提倡环境友好的农业生产方式。中央经济工作会议指出，“要加大农村环境突出问题综合治理力度，加大退耕还林还湖还草力度”。国务院《全国农业现代化规划（2016-2020年）》提出从三个方面强化农业环境保护：开展化肥农药使用量零增长行动、推动农业废弃物资源化利用无害化处理，和强化环境突出问题治理。
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