在轴心国方面,种族意识形态是发动第二次世界大战的主要因素,并导致苏联平民在1941-45年德国入侵和占领期间遭受许多战争罪行,估计约两千万苏联平民在战争期间因战斗波及和系统性消灭政策直接导致死亡。
在苏联方面,红军自成立第一天就是意识形态灌输和取向,它是苏联共产政权为了在血腥的俄国内战保护新政权而设立。红军之父列夫·托洛茨基,利用宣传、思想灌输和无情恐怖来击败白军。因蓄意饥荒、恐怖行动、集体处死、放逐和其他报复惩罚导致的后果,使得俄国内战中平民人口的死伤远高于战斗员,一些研究显示死于此内战的平民人数是战地部队的九倍。这使得红军自成立伊始,就是一支执行残暴命令和方针的部队。更甚者,苏联不承认沙皇俄国同意的海牙公约对新政权有约束力,并且拒绝签署直到1955年。
随着击退德国进攻,苏联部队在1944年进入德国和匈牙利,战争罪行、掠夺、谋杀平民和特别是强奸达到前所未有的程度。数十年来,西方学者一般将在德国和匈牙利所发生的这些暴行简单解释为苏联对德国在苏联境内的暴行,和屠杀苏联战俘的复仇(520万战俘中有360万死亡)。此说法现受军事历史学家如安东尼·比弗的质疑,至少在关于大量强奸的部份。比弗认为红军士兵也强奸俄国和波兰自集中营解放的妇女,并强调这弱化了复仇解释的可信度。大量强奸也发生在红军占领的波兰城市,例如,在克拉科夫,苏军的到达为波兰人带来的是妇女和女孩被苏联士兵大量强奸,私人财产被残暴劫掠。
自1941年起,斯大林即有意不惜代价向东线反攻,并以极端残暴方式(包括对他自己的士兵)领导战争。红军在二战的死伤高过任何其他军队,部份是因为高人力耗损和训练时间不足。面对装备差劲,几乎无能抵抗机关枪、坦克和火炮的步兵单位,苏联指挥官所使用的战术常是以人海为基本,使自己的部队遭受惨重损伤。此战术也被用来清理雷区,利用步兵波次“进攻”以清除地雷。在苏联最高司令部命令下,撤退的士兵或甚至踌躇不前的士兵将被后方的内务人民委员部部队射杀,斯大林在1941年8月16日第270号命令表示,若发生任何撤退或投降事件,所有参与军官和士兵就地枪决,并可能对他们的家人进行报复惩罚。在苏联和现今俄国关于“大爱国战争”的历史书,此命令和其他俄国在二次大战的暴行,除少数例外外极少提及。这些证据随着冷战后一些苏联档案向外公开,被西方历史学者发掘和公布。
红军在1939至1941年间,和1944至1949年间,在占领地(波兰、波罗的海三小国、罗马尼亚、匈牙利、捷克和斯洛伐尼亚)所犯之罪行,发生后便铭记在这些国家的历史知觉中,不过仍然,系统性、由公众控制的研讨只在苏联垮台后才成为可能。这点对苏联在1945年毁弃与日本的中立条约后在满洲国和千岛群岛的占领地也同样适用。
冬季战争,或称苏芬战争,随着苏联在1939年11月30日进攻芬兰展开。在2006年11月,芬兰官方解密了苏联士兵和游击队向芬兰平民进行跨国境突袭的照片,其中包括众多被杀害妇女和小孩的照片以及被吃掉的士兵的人皮照,这些照片被隐匿了如此久的时间以避免扰乱与这个东方强邻的关系。
在德苏密约条款下,苏联在德国进攻波兰16日后,入侵并占领了波兰东部,并在这之后如同与纳粹政权商议的,占领了波罗的海三小国、部份乌克兰和比萨拉比亚。苏联在所有新控制地区的政策是残暴的,表现出了强烈种族清洗成份,内务人民委员部部队跟在红军之后清洗占领地的“反苏份子”,波兰历史学家托马斯·恩伯注意到德国特别行动队与此部队的近似。许多人试图逃离苏联NKVD,那些失败的人极可能成为红军囚犯,并在之后放逐至西伯利亚和/或死在“古拉格”。1939-1941年期间在前波兰苏联控制区内,近一百五十万名居民被放逐,其中63.1%为波兰人和其他民族,7.4%为犹太人,这些被放逐者绝少活过战争。
依据美国教授卡罗尔·奎格利的研究,红军在1939年俘虏的32万波兰战俘中至少10万人被消灭。
放逐、处死、酷刑以及其他各种对人民罪行(谋杀、绑架人质、烧平村落)随着红军在1941年的败退更变本加厉,许多被内务人民委员部逮捕的政治犯被屠杀,以避免让他们落到德国手上。在波罗的海三小国、白俄罗斯、乌克兰和比萨拉比亚,被捕的反抗份子由内务人民委员部和红军附属部队处决,而非留在当地。苏联的这些行为增长了对那些曾帮助苏联的人,或被怀疑为苏联盟友的人,特别是犹太人的仇恨。
在战争转折点后,红军不再失去土地与德军,反而主要开始重夺东线失去的土地。对所有被控通敌者进行的复仇行动,导致与D-Day之后在解放法国对通敌者的审判类似的结果。 在波兰,纳粹暴行在1944年末结束,但苏联的压迫仍在持续,在华沙起义期间红军所扮演的角色至今仍受争论并被一些历史学家质疑。一些波兰家园军(Armia Krajowa)的士兵被迫害、囚禁,并常在假审判后处死(例如维托尔德-皮尔基,奥斯威辛反抗势力组织者)。那些未逃走的人须承受红军统治的重负:谋杀、强奸、抢劫和放逐。例如,在东普鲁士城市哥尼斯堡,红军占领此城时大约有10万名德国市民居住于此,当德国人终于在1948年被驱逐出哥尼斯堡时,只剩约两万人仍然存活。红军在德国的暴虐在占领期间不断持续,并导致如德明镇之类事件发生,此小城在1945年被苏联部队占领,尽管德明和周边在未有任何抵抗下无条件向红军投降,近900人在苏联指挥官宣布德明开放洗劫三天后自杀。
虽然并未经常有红军大规模屠杀平民的报道,在特罗恩布里珍有一件已知事件,至少88名男性市民在1945年5月1日在被集合后枪决,此暴行发生在苏联士兵的胜利庆祝之后,庆祝中众多特罗恩布里珍女孩被强奸并且有一名红军中校被不知名人士枪击。一些研究表示此事件中高达一千人被处死。
在据有波兰被德军占领的土地后,苏联士兵经常对波兰人进行的劫掠、强奸和盗匪行径,将人民对苏联的态度转变成厌恶、恐惧、甚至仇恨。红军部队也参与了反波兰行为(如追击奥古斯图夫政权,约600人死去)。
1945年美国为了尽快结束太平洋地区对日战争,降低美国的损失,于是于1945年在雅尔塔美国总统罗斯福、英国首相丘吉尔、苏联主席斯大林三国领袖达成雅尔塔协议,要求苏联进军中国东北,而苏联却于1945年8月8日日本投降前夕突然对日本宣战,进军东北,占领城市后最早动手的第一件事情,就是在哈尔滨、长春、沈阳等城市的要冲,兴建“苏联红军烈士纪念碑”。
在纪念碑落成、要求“长春各界人士”向红军致敬的同时,红军正在城里头烧杀掳掠。在大街上对妇女施行强暴,甚至使用机关枪射杀,对孩童施暴。
当时,苏联占领军统帅部是设在长春市的日本关东军司令部内,其首领为马林诺夫斯基元帅,而沈阳市的防卫,则是由俄国城防司令卡尔可夫少将负责的。然而,社会秩序很乱,因为苏联士兵会在光天化日之下洗劫来往行人,在市内,一入黄昏,便人人自危。因为俄军会随意用卡车搬走老百姓的东西,再怎么喊叫、呼救都没有用,反而会被一脚踢倒在地上,撞得头破血流。年轻的妇女们,早把头剃得光光的,胸部也紧束起来,穿上男人装,以求自保。而苏联军队任意进入住宅,以刀枪威吓强夺物品与奸杀妇女,当时东北人均抱怨:“走了个小鼻子,来了个大鼻子。”
根据以下资料估计,红军士兵在二战末强奸了超过两百万德国妇女,其中20万人之后死于伤口、自杀、或是直接被谋杀。对1944年至1945年间被红军强奸的受害人数估计如下:东部省份:1,400,000。苏联占领区不包括柏林:500,000。柏林:100,000。另外,许多受害者多次被强奸,一些多达60至70次。
苏联红军进军东北后,当街殴打中国民众,并众目睽睽下追逐与强暴妇女,特别是在东北各大城市,一到夜晚就有一些零散的苏军士兵拦路抢劫行人和追逐妇女,有时还持枪闯入民宅。结果使中国女人晚间不敢上街,男人上街则不敢戴手表、穿皮大衣。许多喝得醉醺醺的苏军官兵又到处倒卧路旁,令人观之侧目。苏联军队占领东北后,以‘解放者的姿态’在东北建立纪念碑,并掠夺日本做为中国赔款的工厂设施,运回苏联,据统计其金额高达80亿美元,超过德境三倍。