如何建系统发育树和计算遗传距离:
1、 先在NCBI上找到要比较的序列,并且把序列复制到写字板中,格式如下所示:
2、 打开Clustal X2软件,界面如下
点击File选择Load Sequences,选择刚才编辑好的写字板,注意写字板必须存放在英文字母的文件夹中。
3、点击Alignment中的第一项,进行各序列比对,比对结束之后,点击Output Format Option选择保存格式,点击确定。最后的格式会保存写字板所在的地方。
3、 Aln格式转换成mega格式:打开已经保存好
的这个软件,点
击
上面黄色标志的第二个标志,出现如下界面:接着点击Utilities,在其
下拉菜单中点击第一个选项,
出现对话框,点击OK,出现对话框,把mega格式保存起来。
4、 遗传距离和系统发育树的建立:
打开MEGA软件,点击Fild打开mega格式数据,分离点击Plylogeny和Distence建树和计算其遗传距离。
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