爱华网EBI生物信息数据库简介
The European Bioinformatics Institute（EBI）是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一（网址：http://www.ebi.ac.uk/），位置座落于英国The Wellcome Trust Genome Campus。The WellcomeTrust Genome Campus有三个分子生物研究单位，分别为EBI、SangerInstitute与HGMP（The UK Medical Research Council Human Genome Mapping Project Resource Centre），而这三个研究单位正提供全球最大的基因体与生物信息研究贡献。其中，EBI的任务就是确保分子生物与基因体的研究信息可以公开并且免费提供给科学社群，以促进科学进步。
EBI所提供的服务包括建立/维护数据库、提供分子生物相关信息服务、执行分子生物与计算分子生物研究；所服务的对象与研究人员扩及各产业，包括分子生物、基因体、医学与农业学术研究、农业、生物技术、化学与制药工业。
本文以下将针对EBI对生物信息的贡献，以及目前提供的生物信息数据库与工具资源做简介，期望分子生物社群能对EBI有更多认识，并且能更有效率、更充分的使用与利用EBI所提供公开资源。
一、EBI简介
(一) EBI的历史
EBI是一个非营利性的学术机构，它是European Molecular Biology Laboratory（EMBL）组成的一部分。EBI的基础建筑在EMBL Nucleotide Sequence Data Library（EMBL）。EMBL是一个国际级的研究机构，由15个国家提供经费，共同致力于分子生物研究。
EMBL Nucleotide Sequence Data Library（EMBL）设立于1980年，位于德国Heidelberg EMBL实验室，是世界上第一个核酸序列数据库。此Library设立的原始目的是建立DNA序列的中央计算机数据库，而非科学家投稿至期刊的序列，直到开始收集文献的信息时，才将直接上传电子数据变成主要工作。在基因体计划刚开始时，收集序列的工作量极大，因而有EMBL Nucleotide Sequence Data Library。同时，为了提供研究与服务，开始参与全球性计划。在1992年，EMBL会议表决同意在英国The Wellcome Trust Genome Campus设立European Bioinformatics Institute，地理位置极为接近主要的定序中心--Sanger Institute与HGMP Resource Centre。从1992至1995年，EBI将位置转移至Heidelberg，直到1995年9月EBI才座落在现在的位置--The Wellcome Trust Genome Campus。
(二) EBI的经费来源
EBI的经费主要由EMBL会员国所提供，其它实质上的支持来源还有欧盟委员会（Commission of the European Union）与The Wellcome Trust计划经费；而工作上的支持贡献来源为药厂与生物技术产业。此外，The Wellcome Trust慷慨地提供位于Hinxton-Genome Campus的仪器设备。
(三) EBI的组织
EBI由三个计划组织而成，以提供服务、执行研究与支持产业。此三个计划分别为：
?The EBI Service Programme
EBI的服务计划重点在建立、维持以及提供生物数据库与信息服务，以支持数据记录与利用。在这个计划的研究与发展重点放在调查数据库设计与交换的最新方法，用以提供最好的信息服务。 ?The EBI Research Programme
EBI的研究计划包含计算分子生物的基础与应用领域，研究范畴涵盖分子演化、基因体比较、基因预测、蛋白质Motifs、代谢路径、序列-结构关系、分子生物并行计算之应用、生物分子序列与3-D结构分析、新生物数据库与连结数据库的搜寻工具。
?The EBI Industry Programme
EBI的产业计划用来达成生物技术、化学与药学产业的特殊需求，且为公开给整各社群使用的服务，目标是为帮助产业快速适应、获得最大利益与生物信息革新。此计划包含训练与教育，借着定期举办研讨会讨论在生物与计算、数据库与服务的发展领域具领导性的议题，特别强调提倡与发展标准。
(四) EBI提供的资源
因特网对分子生物与生物信息有很巨大的影响，EBI大部分的资讯服务都是经由因特网。目前EBI完整的分析工具与数据库为：
1.分析工具与数据库的取得
EBI维持的主要公开序列数据库搜寻与分析工具有：FASTA（Smith &Waterman, 1981；
http://www.ebi.ac.uk/fasta33）、BLAST（Altschul et al., 1990；http://www.ebi.ac.uk/blast2）、CLUSTALW（Thompson et al., 1994；http://www.ebi.ac.uk/clustalw/）与Smith & Waterman（Smith & Waterman, 1981；http://www.ebi.ac.uk/MPsrch）。同时还有DALI（Holm & Sander, 1997；
http://www.ebi.ac.uk/dali），比对蛋白质3-D结构与展示相似度的工具；GeneQuiz
（http://columba.ebi.ac.uk:8765/ext-genequiz/）是一个高度自动化分析蛋白质序列的系统，可预测蛋白质的生物医学功能。
最具效用的是SRS系统，这个系统是在EMBL Heidelberg与EBI发展的，现在已经在全球许多地方使用。SRS是一个索引与数据库文章信息相互参照的程序，提供进入分子生物数据库的单一入口，整合分析工具与进阶解析工具分散且重组信息，将此信息存成ASCII文字格式。
EBI发展与提供的主要分子生物信息数据库服务有：EMBL核酸序列数据库、TrEMBL与SWISS-PROT蛋白质序列数据库、储存生物巨分子3-D坐标数据的巨分子结构数据库(EBI-MSD) 以及辐射杂交图谱
RHdb数据库（http://corba.ebi.ac.uk/RHdb）。除了这些主要资料库外，EBI亦参与准备与分配超过70个分子生物特殊领域的数据库。
为了保持最先进技术，EBI服务必须持续被审查与提升。这是需要了解生物研究与信息技术的最新发展与趋势。EBI服务研发团队的工作目标就是开发最新技术，以增进服务与达成使用者更复杂的需求。这包括明显的朝对象导向技术与提供直接进入数据库的技术—CORBA（http://corba.ebi.ac.uk）。
2. EMBL核酸序列数据库
在1998十二月，EMBL核酸序列数据库（http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html）包含超过23亿个核酸碱基对分布在2亿个序列信息与相关批注纪录中。这个数据库美国GenBank
（http://www.ncbi.nlm.nih.gov）及日本DDBJ（http://www.ddbj.nig.ac.jp）合作，共同组成全球的核酸序列信息保存区，并且每24小时互相交换信息，这样的信息交换需要有仔细的对等协议；EMBL亦含有欧洲专利文献的序列资料，未来的挑战包括发展EMBL完整基因体的数据库与增进现存序列信息的新批注。EMBL核酸序列数据库主要强调的是从国际基因体中心收集信息，因此，EBI与Sanger研究所（位于The Wellcome TrustGenome Campus，EBI的旁边）合作，使EBI有大量的资料从基因体计划自动输入EMBL数据库中。
3. SWISS-PROT与TrEMBL蛋白质数据库
SWISS-PROT蛋白质序列数据库为1986年Geneva大学创立，自1987年起与EBI合作。与全球专家合作的结果，使SWISS-PROT保有精确的与高质量的批注。
SWISS-PROT是第一个提倡生物信息资源间交叉参照的概念，帮助产生互动数据库网络，但是，蛋白质与核酸编译区发现的速度已超越SWISS-PROT团队可以掌握的程度，因此EBI建立TrEMBL补充SWISS-PROT的不足；TrEMBL是一个自动的计算机批注转译编译区资料库，编译区序列储存在EMBL，但尚未储存在SWISS-PROT中。蛋白质序列批注是由核酸序列批注、已知相似蛋白质批注与参考特定蛋白质Patterns与Motifs特征衍生而来。
4.巨分子结构数据库
EBI的巨分子结构数据库计划（EBI-MSD，http://www.ebi.ac.uk/msd/），提供管理生物巨分子数据的欧洲中心。EBI-MSD保存欧洲巨分子结构，并且与US-RCSB（Research Collaboratory for Structural Bioinformatics，http://www.rcsb.org/pdb）合作管理全球巨分子结构档案数据。US-RCSB目前为美国Protein Data Bank（PDB）的管理者。
EBI已经建立一个新的生物巨分子数据库，并且PDB已经将批注资料移植于数据库中。为了在未来提供高质量的数据，EBI已经发展一套储存与取得巨分子结构数据库数据的工具，以获得与最终结构模型相关的实验与计算资料。
(五) EBI的研究团队
EBI是一个发展生物信息研究的领导者。EBI有专门的研究团队，各种专家提供无价的且实用的生物数据来源，帮助科学社群了解基因体与蛋白质体资料。
EBI的研究团队包括：
1. Thornton Group：Thornton研究团队研究的兴趣十分广泛，例如由生物分子结构了解酵素活性区、蛋白质-蛋白质交互作用、蛋白质-配位体（Lignad）交互作用、蛋白质-DNA交互作用、结构与结构仿真（http://www.ebi.ac.uk/Thornton/index.html）。
2. Computational Genomics Group：计算基因体研究团队研究领域包括基因体序列批注、蛋白质功能分类、蛋白质序列Motif发现、数据采矿（Data mining）、分子生物之本体论（Ontology）、代谢路径、演化学、分子生物数据库知识呈现、序列与转译的Pattern发现
（http://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.html）。
3. Goldman Group：Goldman研究团队发展分析DNA与胺基酸序列的方法，用以研究生物演化（http://www.ebi.ac.uk/goldman/index.html）。
4. Ensembl Group：Ensembl研究团队研究开发与维护自动批注真核生物基因体的软件系统（http://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html）。
5. Macromolecular Structural Database Group：巨分子结构资料库研究团队的目标在于增进巨分子结构档案资料的一致性与质量，藉由整合现今数据库、信息技术与结构生物专家的解读
（http://www.ebi.ac.uk/msd/index.html）。
6. Microarray Group：微数组研究团队使用微数组技术分析基因体计划的序列资料，用以鉴定基因表现在生物特定细胞种类（http://www.ebi.ac.uk/microarray/index.html）。
7. Sequence Database Group：序列数据库研究团队统一所有EBI最原始的蛋白质序列与核酸序列数据库数据（http://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.html）。
8. Structural Genomics Group：结构基因体学研究团队提供Dali服务器（为一个比对蛋白质3-D结构的网络服务）呈现工具。使用者提供欲查询蛋白质结构的坐标，利用Dali工具比对ProteinData Bank数据库即可获得相似的蛋白质结构数据（http://www.ebi.ac.uki/sgg/index.html）。
9. Formerly Robinson Group：Formerly Robinson研究团队藉由发展应用程序与参与标准研发，调查研究EMBL-EBI的e-Science与Grid技术，并提供建议（http://www.ebi.ac.uk/Rice/index.html）。
10. Computational Neurobiology Group：计算神经生物学研究团队的主要目标是以分子功能与交互作用（系统生物）的精确知识，建立各种层级的神经功能真实模型，从突触至微循环。这些模型将使研究人员更深度的了解神经讯息，并且对于脑部神经异常再现研究具有极大的帮助。
