爱华网常用量4-12克。古时用石菖蒲、贯仲置于水缸中，饮其水可防止瘟疫的蔓延。临床上常用于以下疾病的治疗。
神识昏乱因痰湿蒙蔽清窍所致用石菖蒲9克，远志12克，茯苓12克，龙齿15克，水煎服。
湿温证见神昏、胸闷、苔腻用石菖蒲9克，郁金12克，竹沥30克，水煎服。
中风因风痰阻络，证见语言蹇涩、舌暗不语。用石菖蒲12克，制南星6克，全蝎9克，天麻2克，木香9克。若见痰涎壅盛，肢冷神昏者，再加姜半夏9克，胆南星9克同用，水煎服，以增强祛痰之功。
湿阻脾胃证见胸脘痞闷、腹部胀痛、不思饮食、苔腻等证，单用或用石菖蒲9克，广藿香12克，香附9克，陈皮12克，佩兰9克，炒薏仁6克，水煎服。有食滞再加山楂、神曲各12克。
健忘因心肾虚损引起，用石菖蒲9克，远志12克，熟地15克，菟丝子12克，益智仁9克，水煎服。
耳聋肾虚不纳、气虚窍闭导致耳聋，可单用石菖蒲12克水煎服。另可用石菖蒲鲜品适量与l粒巴豆仁捣烂为丸，绵帛包裹塞耳，每晚使用。如痰气上冲所致可用石菖蒲9克，远志9克，天竺黄9克，姜半夏9克，蝉衣6克，细辛3克，陈皮9克，茯苓12克，香附9克，生代赭石15克，槟榔9克，磁石15克，水煎服。
癫狂因气郁导致用石菖蒲12克，远志12克，香附9克，郁金12克，琥珀9克，朱砂水飞3克(兑水服)，僵虫9克，全蝎9克，胆南星9克，防风9克，龙齿15克，茯苓12克，水煎服。
抽搐因热入心包和痰迷心窍所致神志昏迷、精神失常、昏懵不语用石菖蒲12克，胆南星6克，远志12克，天麻12克，全蝎9克，蜈蚣2条(煅制)，天竺黄9克，郁金9克，茯苓12克，朱砂水飞3克(兑水服)，川贝母12克，水煎服。
惊恐忧愁悲伤、惊恐不卧，石菖蒲9克，党参15克，茯苓12克，龙齿24克，琥珀6克(细末另包)，朱砂3克水飞(兑水服)，水煎服。
泻痢因湿热阻滞用石菖蒲9克，石莲子9克，黄连6克，陈皮9克，陈仓米15克，水煎服。
霍乱吐泻用石菖蒲9克，高良姜9克，青皮9克，白术12克，甘草3克，水煎服。
聪耳明目石菖蒲12克，猪腰l对，葱白、米适量作羹，常服用可通窍聪耳明目。
另外在心绞痛方剂中加入石菖蒲6-9克，可除胸闷增强止痛功效；在使用滋腻药如地黄、玉竹、麦冬、山药等药时，佐用些石菖蒲可使其宣导而不生滞。
凡阴虚阳亢、吐血、滑精、心气散者慎用，因石菖蒲辛温之性能伤阴夺血、助阳动火而耗气。
《本草正义》称石菖蒲：“味辛气温，故主风寒湿邪之痹着，冶咳逆上气者……辛能开气滞、舌苔白腻垢秽或黄厚者，非此芬芳利窍，不通疏通。且清芬之气，能助人振刷精神，故使耳目聪明，九窍通利。凡寒饮闭塞，肺气不宣，则令人音暗，菖蒲能逐饮宣窍，而声自开，以视虚劳金破之不鸣，显然有别。”石菖蒲用于开窍辟秽，和中化湿，且药源广，价格低廉，值得推广。
