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由于目前尚不明确阿德福韦酯对发育中的人类胚胎的危险性，药师建议在怀孕期间不要服用阿德福韦酯，如必须服用，请权衡利弊后再决定；同时正在服用阿德福韦酯的育龄妇女要采取有效的避孕措施。2010版《慢性乙型肝炎防治指南》中建议“育龄期女性慢性乙型肝炎患者，若有治疗适应症，未妊娠者可应用干扰素或核苷（酸）类似物治疗，并且在治疗期间应采取可靠措施避孕。妊娠中出现乙型肝炎发作者，视病情程度决定是否给予抗病毒治疗，在充分告知风险、权衡利弊，患者签署知情同意书的情况下，可以使用拉米夫定，替比夫定或替诺福韦治疗。”
相关研究表明，阿德福韦酯对雄性和雌性动物的生育能力没有影响，而阿德福韦酯在妊娠妇女中的应用目前还没有足够的资料。阿德福韦酯静脉给药的动物研究表明其有生殖毒性，因此已怀孕的妇女尽可能不要服用阿德福韦酯，如确需使用，应权衡利弊，只有在潜在的受益肯定大于对胎儿的风险的情况下才能考虑在怀孕期间使用阿德福韦酯。
对于阿德福韦酯对乙肝病毒母婴传播的作用目前还没有相关的资料。因此，正在服用阿德福韦酯的母亲应当遵照标准的推荐方案对婴儿实施预防免疫，以防止新生儿感染乙肝病毒。目前还不清楚阿德福韦是否会分泌到人的乳汁中，所以正在服用阿德福韦酯的母亲不要给婴儿哺乳。
