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江河、湖泊等水域环境，受到酸雨的污染，影响最大的是水生动物，特别是鱼类。其主要危害主要表现在以下方面：
首先，水域酸化可引起鱼类血液与组织失去营养盐分，导致鱼类烂腮、变形，甚至死亡。首先，水体的酸化抑制细菌的繁殖，使细菌总数减少，降低了对有机物的分解速度，从而使真菌数则迅速增加。这些变化加速了水体的富营养化，导致水体生产力的丧失。在酸化的水体中，浮游动物的种类和数量会减少，多样性降低，生物量下降。这些变化最终将影响鱼类的种群和数量。因为鱼类处于食物链的末端，鱼类食物的短缺，必然造成鱼类种群和数量的减少。
其次，鱼类本身对酸度的变化特别敏感。一方面，由于水体pH值的突然改变，使鱼类不能很快适应，而造成大批鱼类死亡;另一方面,长期的酸雨使水体的pH值逐渐下降，鱼类虽有一定的适应能力，不至于突然死亡，但经受不住持续的酸性压力,导致功能失常、组织病变、繁殖能力下降，从而鱼群的数量逐渐减少，最后消失。
据有关报道，如在瑞典的9万多个湖泊中，已有2万多个遭到酸雨危害，4千多个成为无鱼湖。挪威有260多个湖泊鱼虾绝迹。北美的加拿大和美国，已有几万个大小湖泊遭到酸雨的破坏，其中加拿大就有4500多个湖泊无鱼类生存，成为“死湖”。国内报道重庆南山等地水体酸化，PH值小于4.7，鱼类不能生存，农户多次养鱼，均无收获。
最后，水域酸化还导致水生植物死亡消失，破坏各类生物间的营养结构，造成严重的水域生态系统紊乱。
水体的酸化影响水生生物的种类。在pH值高于6.0的湖泊中，浮游植物种群正常，随着pH值的降低，种群会发生变化。例如，在pH值大于6. 0时，湖泊中以硅藻为主;而pH值小于6 .0时，则被绿藻所取代;当pH值等于4.0时，转板藻成为优势种。
