爱华网中国出兵朝鲜后在一段时间里，中朝军队是分别作战的。在要求中国出兵的电报中，斯大林说过，中国军队“当然由中国指挥”。
1950年10月8日，金日成派朴一禹到沈阳见彭德怀时提出，要彭德怀的指挥部设在德川，与金日成的指挥所合在一起，意即由金统一指挥。彭德怀没有同意。中朝军队互不相识，作战当中又不协调，经常出现矛盾和误会，甚至有误把对方作为敌军的情况。如在第一次战役中，中国人民志愿军第三十九军正在围攻敌24师，突然遭到人民军坦克部队轰击，致使敌军逃脱。
此外，中国军队的后勤运输主要靠汽车，因敌机轰炸，损失极大，而朝鲜的铁路又实行管制，中方无法利用。为此，彭德怀提出两军如何配合作战的问题。但金日成反对，他只是向志愿军派出参谋进行联络，而不同意两军联合作战。
1950年11月15日彭、金会晤在此问题上发生争论，对于彭提出的建立一个由金日成、什特科夫和彭德怀组成的三人小组协商指挥的建议，也没有达成协议。直到第二次战役开始后，12月3日至4日，金日成到北京与毛泽东会面，才解决这一问题，决定建立中朝联合司令部。12月7日金日成回国后与彭德怀商谈了具体办法。
联合司令部的指挥权在彭德怀，他是司令员兼政委。副手有朝鲜人，朴一禹作为朝鲜代表常驻司令部。具体作战由司令部统一指挥和部署，因为斯大林有话在先，一切听彭德怀指挥，所以后来金日成没有干预作战问题。但金日成作为朝鲜领导人，并不是归彭德怀指挥的，相反，一些重大问题，比如停战问题，都需要同金日成协商。简单说，军事上，朝鲜部队归彭德怀统一指挥，政治上、战略上的事情，彭德怀必须征求金日成的意见。
