明成祖朱棣当年篡位,攻陷了南京城,建文帝化装成和尚远遁,朱棣谎称建文已经自焚致死,自己便坐了皇位。他如此做是想极力宣扬自己不是篡位,而是合理合法地继承皇位。然而当时建文的儿子还在,为什么他不做辅佐成王的周公呢?而将人家儿子禁锢了起来。
因此对成祖朱棣来说,帝位继承的不合法是他一生最大的伤疤,谁揭这个伤疤将会得到最残酷的报复,由此也能说明他为什么要诛人家十族那样残忍。明末清初的张怡在《玉光剑气集》中说道:“文皇(朱棣谥号为“成祖文皇帝”)诛杀忠义,不遗余力,虽从来待帝国巨憝,未有若此者。”当时建文朝忠臣被杀后,儿孙或被杀或充军,妻女被发配到教坊司当妓女。张怡举例说,茅大芳的妻子在教坊司被凌辱致死后,朱棣御笔批示:“着锦衣卫分付上元县,抬去门外,着狗吃了。”黄子澄的四位女亲属,被二十几个汉子轮奸,怀了身孕,生了男孩令作妓院的小龟奴,生了女孩,朱棣亲批:“由他不得,长到大,便是一个淫贱材儿。”
朱棣的篡位和对建文朝忠臣的残害,是留给他后代子孙最大的历史包袱。他的儿子、孙子、曾孙即位,都不能也不敢怀疑自己祖先对这一重大历史问题所作出的定性,否则的话就说明自己屁股下的龙椅来路不正,简而言之,当年造反有理不容怀疑。尽管包括皇帝在内心里都明白,那些被成祖残酷迫害的建文旧臣都是忠义之士。在最推崇道德礼法的大明朝,一群道义上最值得人尊重的士人,其冤屈却没人敢为其鸣冤。——因为这不是简单的刑事案件平反,亦非一般的政治案件翻案,而是直接动摇皇权合法性来源的根本性事件,包括皇帝在内没谁敢轻易作主。
到了万历帝时,距朱棣篡位已经近两百年了,皇帝这把龙椅,当年是骗来的,是抢来的还是合法继承来的,已经不重要了,时间让不合法变成了合法。万历帝本人对建文帝非常感兴趣,他登基后多次问张居正建文帝最终下落,是不是真的去当和尚了。而且让张居正将一首传为建文所写的七律抄录进呈。诗中说道:“沦落江湖数十秋,归来白发已盈头。乾坤有恨家何在,江汉无情水自流。”万历和建文性格有些相似,优柔寡断而文才出众,这大约也是为建文忠臣平反的一个原因,但不是主要原因,主要原因是政治需要。而恢复被朱棣削夺的建文年号,追谥建文为惠宗,也就是说恢复历史的本来面目,承认建文是合法的皇帝。