1）必须明确感染的性质：一旦临床上发生泌尿系感染的症状，必须明确是否为细菌性，究属那一类细菌等最好作培养和药敏，然后针对细菌的种类用药。但是往往在临床上未曾获得细菌检查已经给以用药，更等不及培养结果，这样在治疗上缺乏目标，易造成盲目性。
2）必须鉴别下尿路感染还是上尿路感染：二者在治疗上有所不同，前者预后差，易复发；后者预后佳，很少复发。
3）血行性感染和上行性感染问题：血行性与上行性感染在治疗上有所区别。血行性感染发病急剧，有高热寒战，全身症状明显，应用血浓度高的药物或用静脉给药；而上行性感染以膀胱刺激征为主，应用尿浓度高的药物和解痉药物，血行性者需经静脉给药。
4）必须查明泌尿系有无梗阻：因为泌尿系梗阻为引起感染的直接诱因，同时在感染后若有梗阻存在则不易治愈，易产生耐药性菌株，同时亦易复发。
5）必须明确有无泌尿系感染的诱发因素应加以纠正。
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