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早期恢复喂养对预防急性营养不良很重要。如果非母乳喂养的婴儿再发生腹泻，应试用无乳糖配方奶。如果发生长期腹泻（持续超过2周），常需使用要素饮食或酪蛋白水解物配方奶，有时外加静脉补液。
通常不使用抗生素，因为急性细菌性胃肠炎常常是自限性的。然而防止肠道病原菌的全身播散和肠道正常寄生菌的继发侵入是重要的。不同地区的肠道病原菌对药物的敏感性不一样，并可随时间而变化。
对新生儿胃肠炎使用抗肠蠕动或止泻药是禁忌的，破坏肠活动不仅增加肠道病原菌在宿主形成持久的定植，而且明显地使水分在肠道内滞留，虽然减少了大便次数但脱水增加，并且阻碍了对体重的监测。
必须认真地遵循肠道感染的，特别是洗手和接触人群的建立。即使大便培养阴性的病例也应遵循这些预防方法，因为通过常规实验室检查仅少数病原菌可以被确定。如果婴儿室内有暴发流行，必须进行流行病学调查。
新生儿志贺菌感染，应给予肠道外氨苄青霉素治疗，50~100mg/（kg。d），共用5~6日。如果分离到氨苄青霉素耐药菌株，或在药物敏感试验结果前有怀疑，则用第三代头孢菌素（如头孢氨噻肟）。对病情严重，怀疑有败血症的婴儿，有指征肠道外应用第三代头孢菌素。在生后的最初几天，禁用磺胺药，因为它们会加重黄疸。抗生素通常对沙门菌胃肠炎无用。尽管如此，由于沙门菌的侵袭性可能引起菌血症，故所有患沙门菌胃肠炎的新生儿都应接受抗生素治疗。在了解菌株敏感的抗生素以前使用头孢氨噻肟静注（剂量见表260-6）。在新生儿中避免使用氯霉素，第三代头孢菌素对控制全身性沙门菌感染较好；治疗胃肠炎用3~5日，治疗全身性感染用10~14日。许多新生儿在治疗后成为无症状带菌者。虽然在这些病例不需要进一步治疗，但是在住院期间应采取预防肠道感染的措施。
对空肠弯曲菌，通常使用无味红霉素效果较好，剂量为30~40mg/（kg。d），分3次，共治疗5日。如给予则只能在疾病的早期使用。怀疑有菌血症时，加用肠道外庆大霉素5~7。5mg/（kg。d）。在新生儿中抗生素对于其他侵袭性细菌（如肠炎耶尔森菌，侵袭性大肠杆菌）的药效没有资料。尽管如此，这些病原菌通常对氨基糖苷类和第三代头孢菌素敏感，因此，受感染的新生儿应接受肠道外抗生素。
在非侵袭性细菌性腹泻，例如产毒性大肠杆菌，致病性大肠杆菌引起的腹泻，分2次口服多粘菌素10~15mg/（kg。d）；或分3次口服庆大霉素5~7。5mg/（kg。d），（＜7日的婴儿每日用5mg/kg，分2次口服）。在暴发流行时，治疗应持续到大便培养产毒性大肠杆菌或致病性大肠杆菌阴性为止（通常3~5日）。然而，对炎症性或出血性腹泻的婴儿使用这些药物时，因此必须权衡其益处和由于药物被吸收入血液而导致的潜在性毒性作用。
