爱华网许多相关的论着都曾指出：毛泽东和彭德怀两人在历史上矛盾较大，相互间的成见很深，有很多历史上的疙瘩没有解开。黄克诚回忆说：毛泽东和彭德怀在历史上“因为某些观点的分歧和性格的差异，产生了一系列的矛盾，形成颇深的成见。”毛泽东曾开玩笑似的对彭德怀说过：“老总，咱们定个协议，我死以后，你别造反，行不行？”毛泽东在1959年4月中央政治局（上海）会议上也说过：“我这个人是被许多人恨的，特别是彭德怀同志，他是恨死我了；不恨死了，也有若干恨。我跟彭德怀同志的政策是这样的：‘人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人’。”师哲在回忆录中也说：历史上毛泽东与彭德怀误会很深。毛泽东对彭在七大上的检讨很不满意，曾说过：“他承认错误的态度十分勉强！也难说他是心悦诚服的。”又说：“此人刚愎自用，目空一切。”师哲由此认为1959年的庐山会议，“如果不是彭总，也不是那种硬性方式，可能结局会不同于此。”刘少奇在庐山会议上则提到关向应在死前曾流着泪说：“彭总，你不要反对毛主席，闹派别。我是快死的人了”。
那么，毛泽东与彭德怀在历史上究竟有些什么误会和纠葛呢？具体而言，彭德怀历史上几件事，使毛泽东难以释怀。首先是袁文才、王佐事件。1930年2月中旬，在毛泽东等率领红四军向赣南进军时，留守井冈山的彭德怀误信谗言，酿成了“袁文才、王佐事件”，给湘赣边革命根据地的建设造成了极大的损失，井冈山也从此落入国民党之手，直到1950年人民解放军南下才获得解放。为此，彭德怀被批评是犯了流寇主义、不要根据地的错误。其次是长征途中的会理风波。遵义会议后，重获军权的毛泽东为摆脱敌人的重重包围，指挥中央红军与敌人进行了频繁的战斗和大踏步的回旋转移。红军中一些指战员极端疲惫，又对中央战略意图不明，产生了埋怨情绪。当时担任红一军团军团长的林彪给中央军委写信，说毛泽东指挥军队作战不行，应解除其军事指挥权，让彭德怀指挥中央红军。
在随后召开的会理中央政治局扩大会议上，毛泽东在严厉批评林彪的同时，又指责彭德怀说：“林彪的信就是由你鼓动起来的。”尽管彭德怀曾严正声明：“这封信，事先我不知道”，并还批评林彪此举不妥，但彭德怀对此事抱着日久自然明的态度，未对毛泽东做过多的解释。再次，就是抗战中的几次争论了，特别是关于彭德怀亲自组织领导的百团大战。毛泽东认为彭德怀此举在组织程序上有违党指挥枪的原则，独断专行，更为严重的是，这种和敌人拼实力的做法，不仅过早地暴露了自己的力量，从而在客观上引来了敌人的疯狂报复，而且也违反了自己所始终坚决主张的持久战和游击战的战略战术思想。为此，毛泽东在百团大战结束后的一个时期内主持起草的一些电报和党内文件中，都曾有针对性地重申了他的一贯主张。
1941年6月9日，中共中央发布指示，要求各部队注意“隐蔽自己保存实力”，避免“单纯的军事斗争”和“表面上的尖锐对立政策”，反对“一切只着眼到一时的痛快拼命斗争，而不知转弯的办法”。11月7日，中央军委发出“关于抗日根据地军事建设的指示”，指出在今后一个阶段中，我之方针应当是“熬时间的长期战争、分散的游击战争，采取一切斗争形式（从最激烈的武装斗争方式到最和平的革命两面派的方式）与敌人周旋，节省与保存自己的实力（武装实力与民众实力），以待有利时机。”针对苏德战争爆发后，党内外一些人要求打大战的压力，毛泽东一再强调：我们的方针仍然是与敌进行无时间的不冒险的亦不消极的熬时间的游击战争。相反，“假若不顾一切牺牲来动作，有使我们被打坍，不能长期坚持根据地的可能，这不管在哪一方面都是不利的”。太平洋战争发生后，毛泽东再次强调：八路军的任务只能是“积蓄力量，巩固内部”，“休养兵力，恢复元气”，“对敌伪以政治攻势为主，以游击战争为辅”，“熬过今明两年”，才可能争取大一些的作战行动。在庐山会议上，毛泽东在讲到百团大战一事时指出：“当时打大战观念转不过来，本应该分散发动群众的。”并批评彭看不到抗战时期阶级斗争与民族斗争的复杂性。同时指责彭“党性、组织观念、纪律观念差”。第四，在朝鲜战争、高饶事件中的分歧及在彭主持军委工作期间的矛盾。在朝鲜战争期间特别是第四、五次战役中，毛泽东对彭德怀的指挥不甚满意。两人的争论虽非原则性的，但却是日后矛盾公开化的潜在因素。在高饶事件中，彭起初与许多领导人一样，对高岗的阴谋活动缺乏应有的警惕，嗅觉不灵，还在不少场合有意识地讲了不少好话。历史已经证明，彭德怀这样做并无个人目的，也没有搞过什么不正当的阴谋活动。但在庐山会议上，毛泽东却认为彭陷得很深，“高饶联盟”应改为“彭高联盟”。在主持军委工作期间，彭给毛泽东所留下的不好印象主要有如下几件事情：首先，彭几次违背毛泽东的意愿提出辞去国防部长一职。彭这样做主要出于以下几个方面的考虑：一是身体不好，很难承受军委繁重的工作负担；二是一直在军队工作，实战经验多而理论知识少，想让贤；三是想脱离军队，从事经济建设，以适应国家经济建设的需要。而在毛泽东看来，彭德怀此举是不尊重他的决定，甚至是个人名位思想在作怪。毛泽东曾对彭德怀说：“给你个副总理兼国防部长还不够吗？”其次，在军队建设上，毛泽东对彭德怀比较重视正规化、现代化，相对轻视革命化的做法也有意见；第三，在工作方法上，毛泽东认为彭在搞封锁，既少请示汇报，也不写信，更不面谈。问题的复杂性在于，在当时的认识水平下，全党一致地认为，毛泽东在中共党内的历次斗争中都站在正确路线的一面，几乎就是正确领导的化身。彭德怀跟毛泽东“三分合作，七分不合作”，不服从毛泽东的领导，就不仅仅是个个人感情的问题了。因此，庐山会议认定彭德怀参加中共，不是入党，而是搭伙、入股，复杂的历史纠葛是铸成彭德怀错案的重要因素。
