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朱元璋手里本有一支亲军，是皇帝的私人卫队。洪武十五年（1382）四月，朱元璋撤掉亲军中的都尉府和仪鸾司，改置锦衣卫。锦衣卫的职责有明暗两条，明的就是皇帝最贴身的卫队和仪仗队，穿飞鱼服、配绣春刀，随侍皇帝左右；暗的就是秘密侦缉调查，主要负责这一任务的是锦衣卫北镇抚司，这一机构可以不经过刑部、大理寺、都察院三大国家司法机关，直接根据皇帝的旨意，执行侦察、逮捕、关押、审理，等于独立于三法司之外的一套司法部门。而由锦衣卫至东西厂，到厂卫制度大盛，却都是从锦衣卫统帅纪纲的谋反说起。
锦衣卫纪纲谋反，东厂应运而生 纪纲是历史上第一个颇有“作为”的锦衣卫领导人，深受朱棣宠信。他得到藩王的冠服后穿在身上，命令伶人呼万岁。还在家中私养了大批亡命之徒，暗中修建隧道制造了数以万计的刀枪和弓箭。维护皇权的工具第一次直接威胁皇权，这一点朱棣不是不知道，他需要纪纲镇压异己势力。血雨腥风之后，大概朱棣觉得纪纲的使命已近完成，永乐十四年，一名和纪纲有仇的宦官适时地揭露纪纲的罪状，纪纲被凌迟。关键时刻，宦官们没有辜负朱棣对他们的信任。连亲兵都不可信，朱棣能倚重的似乎只有宦官了，此前，他曾使用过宦官监视自己的儿子朱高炽，那么现在再用宦官牵制一下锦衣卫也没什么大不了的。迁都北京后的永乐十八年（1420），一个由宦官提督控制的侦缉机构在东安门北侧创立，被命名为东厂。
东厂低调，隐于史籍，却是明代特务界的常青树东厂成立后几十年中一直非常低调和隐秘，不见于史籍，所谓成立于永乐年间，都是后世的追述。东厂首次出现在史料中是景泰时的笔记《双槐岁钞》，到明宪宗朱见深的成化十三年（1477）六月，东厂才出现在官修国史《明实录》中。尚铭是史籍上第一个以“东厂太监”名义出现的人。东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小绦。役长各统帅番役数名，番役又叫“番子”，又叫“干事”，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。这样算下来，东厂番子至少有几千人。
西厂只短时间出现过两次，但气焰一时无二成化十二年（1476），李子龙私入大内，据传其意欲弑君。朱见深为防止类似事情发生，派太监汪直担起侦察大任，并于第二年设置西厂，命汪直提督。短短几个月，西厂人员极度扩充，遍布侦缉网。西厂最盛时，校尉倍于东厂，而且连东厂和锦衣卫都是它的缉查目标。后汪直失势，成化十八年（1482年）三月，宪宗罢西厂。西厂在历史上还出现过一次，就是明武宗朱厚照时宦官刘瑾当权的年代。刘瑾得势后令亲信掌管东厂，锦衣卫指挥使石文义也是刘瑾的亲信。接着刘瑾恢复西厂，在这之上又设立内行厂，由自己指挥。刘瑾势力最大的时候，被时人视为“立皇帝”，朱厚照则是“坐皇帝”，看起来无人能撼动刘瑾分毫。
三厂一卫连成一气，秘密警察只手遮天 刘瑾掌权之后干的第一件事情就是把特刑机关抓在手里，先杀东厂太监王岳，令自己的亲信掌管，而东厂从此例由司礼监掌印太监之下、排在第二、三位的秉笔太监掌管。锦衣卫指挥使石文义也是刘瑾的亲信。接着刘瑾又恢复西厂，在这之上又设立内行厂，由自己指挥。三厂一卫连成一气，特务多如牛毛，厂卫布满天下。刘瑾死后，西厂和内行厂被撤销，然而接管东厂和锦衣卫的张锐和钱宁继承了刘瑾的酷烈，东厂抓侦缉、锦衣卫管刑讯，“厂卫”从此并称。人们说：“一瑾死，百瑾生”，此话不虚，天启年间的魏忠贤，为祸则又远在刘瑾之上了。
厂卫酷刑“廷杖”生死全看监刑太监的靴尖：外八字则活，内八字必死刘瑾之前，廷杖不至于出人命。刘瑾改进廷杖之后，受刑者非死即残。皇帝签发了廷杖“驾帖”后，锦衣卫随即将受杖者朝服剥去，换上囚衣，反缚双手，拽至午门。司礼监数十头面太监捧着“驾帖”而来，为首大喝一声：“带上犯人来”。底下数百锦衣校尉一齐大喝回应，声震殿陛。太监再大喝一声“跪下”，然后宣读驾帖。开打之后，打手五棍一换人，打80棍就要用16人，以免力气不足下手不重。校尉们边打边喝：“着实打”、“阁上棍”（意为要打在屁股上），喊声动地，闻者股栗。一般说“着实打”还能活命，要是说“用心打”，受刑人则难逃一死。还有一种说法是，锦衣卫打手们会看监刑太监的靴尖，外八字留活口，内八字则往死里打。杖毕，还要将受杖者举起，再掷于地，再吆喝一声：“踩下去”，四名校尉把受刑者拖拽走。监刑的是司礼监、行刑的是锦衣卫，受刑的是士大夫，这是对明代政治格局的最佳写照。
锦衣卫专属“诏狱”：残酷到连朱元璋都不好意思了诏狱即为锦衣卫狱，独立于正常司法体系之外，只对皇帝一人负责，刑罚残酷但无人敢过问。朱元璋本就重典吏治，驭下极严。但得知诏狱凌虐犯人之状，大怒之下烧掉了诏狱的刑具，并把囚徒移送刑部大牢。洪武二十六年，锦衣卫故态复萌，朱元璋下诏，大小罪案不得再经锦衣卫，审理全部通过正常的司法机构，锦衣卫只有侦查立案权。由此可见“诏狱”之惨烈。之后诏狱复起，太监王振执掌锦衣卫时，翰林侍讲刘球上疏提出“皇帝应亲自处理政务，不可使权力下移”等项建议，王振看到刘球的建议有侵己之处，大怒，立即下令逮捕刘球入诏狱。马顺则在深夜带一名小校带刀进了刘球的牢房，刘球刚躺下，见来人知道自己绝无生机，站起来大呼太祖太宗??刘球的脖子被砍断，身体犹保持站立，马顺肢解了他的尸体，埋在狱门下。
“剥皮”“抽肠”的执行人明代有一种酷刑是“剥皮”，但《明史》却没有明白记载。《二十二史札记》引《草木子》对此有述，野史更是多有笔墨。剥的时候由脊椎下刀，一刀把背部皮肤分成两半，慢慢用刀分开皮肤跟肌肉，像蝴蝶展翅一样的撕开来。朱元璋定下条律，朱棣“乐此不疲”，如此冷血的刑罚，执行者自是厂卫。类似酷刑野史中还记有“铲头会”“刷洗”“钩背”“抽肠”等。祝允明《野记》中记有两则。一是“国初重辟，凌迟处死外，有刷洗，裸置铁床，沃以沸汤，以铁刷刷去皮肉。”又如“有枭令，以钩钩背悬之。有秤竿，缚置彼末，悬石称之。有抽肠，亦挂架上，以钩入谷道，钩肠出，却放彼端石，尸起肠出。”
狂热的刑具改造者有明一代，刑罚本就惨烈，厂卫中人更是挖空心思改造刑具，几近狂热。比如枷这种刑罚，在古代本很普通，但是到了明代被不断改进，成为酷刑。太监王振枷国子祭酒李时勉时，一用到一百斤的重枷。到了刘瑾，枷“重至百五十斤，不数日辄死”。直至魏忠贤控制厂卫，“其头号者，至重三百斤。为期至两月，已百无一全。而最毒则为立枷，荷此者不旬日立绝”。至于一般的刑具，锦衣卫中有十八套。有一种叫“昼夜用刑”，即受刑者全天都处于刑罚之中。还有一种叫“琵琶”，“每上白骨尽脱”。这些刑罚下手的轻重，则只在厂卫头目的一道手谕。
