南瓜是雌雄异花授粉的植物，依靠蜜蜂、蝴蝶等昆虫媒介传粉，受精结果。下图为南瓜雄花。
在自然授粉的情况下，异株授粉结果率占65%，本株自交授粉的结果率占35%。从人工授粉和自然授粉的效果来看，人工授粉的结果率可高达72.6%，而自然授粉的结果率仅有25.9%，所以人工授粉对提高南瓜的结果率极为有利，特别是在南方楼顶、露台栽培南瓜，开花时期，正值梅雨季节，湿度大，光照少，温度低，往往影响南瓜授粉与结果，造成僵蕾、僵果或化果。在北方的封闭阳台栽培南瓜，依靠蜜蜂、蝴蝶等昆虫媒介传粉的几率很低，所以采用人工授粉的方法，可以防止落花，提高坐果率。下图为南瓜雌花。
人工授粉的具体做法是：一般南瓜在凌晨开放，早晨4～6时授粉最好，所以人工授粉要选择晴天上午8时前进行，可采摘几朵开放旺盛的雄花，用蓬松的毛笔轻轻地将花粉刷入干燥的小碟内，然后再蘸取混合花粉轻轻涂满开放雌花的柱头上，授粉以后，顺手摘张瓜叶覆盖，勿使雨水侵入，以提高授粉效果。
采用混合花粉授粉，有利于提高坐瓜率和果实质量，也有的将雄花采摘后，去掉花瓣直接套在雌花上，使花粉自行散落在雌花柱头上，或把雄蕊在雌花柱头上轻轻涂抹，这样也可达到人工授粉的目的。如遇阴雨天则可把翌日欲开的雌花、雄花用发夹或细保险丝束住花冠，待翌日雨停时，将花冠打开授粉，然后再用叶片覆盖授过粉的雌花。
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