爱华网相关解答一：系统发育树怎么分析
从分叉处可以看到物种间的起源和分化。
相关解答二：怎样看一个系统发育树可不可用？怎样分析一个系统发育树好不好？ 5分
系统学分类描述了不同生物之间的相关关系，通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。这一过程并不能够直接看到，人们只能通过相关线索了解历史上曾经发生了什么，而科学家就是用这些线索建立各种假说、模型，甚至是生命发生的历史。在系统学分类的研究中，最常用的可视化表示进化关系的方法就是绘制系统发育进化树（Phylogenetic trees），用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系。通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树（molecular phylogenetic tree）。
注意这个上面的说明，系统发育树是用来简明地表示生物的进化历程和亲缘关系的，当然可以用于种间分析
相关解答三：系统发育树分析求解
挨在一起的说明亲缘关系很近。
相关解答四：亲，我最近在做系统发育分析 ，我把树已经建好了，可是不会分析，麻烦亲给讲一下好吗？都需要分析什么，怎
亲，你好~
关于系统净化树，我以前在就读生物信息学的时候做个简易的系统发育树，使用的是clustal X和MEGA软件。构建的发育树也就是系统进化树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称。你可以在丁香园和小木虫里面发个求助贴，里面高手多。
系统发育树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。这个需要看你的构建的发育树具体参数怎么设置的。
用浮构建系统发育树的数据有二种类型：一种是特征数据(characterdata)，它提供了基因、个体、群体或物种的信息；二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata)，它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得，但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的，距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型，并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统发育树的构建质量依赖于距离估算的准确性。
我用MEGA做出来N——J法的发育树，做出来的树就很直观了，上面就已经清楚滴标示出你的目的基因属于哪个种属，一般不需要大量的分析。具体情况如下：
1.首先要确定代表株:为啥选那些作为代表，一般是选择经典的，有文献参考的或者地域或年份等特定特征
2.找出整个树的root
3.由根溯源，你的研究株在树中处于什么地位，与哪些株进化距离最近
4.统筹分析整个树，你选择哪部分片段构建的树，为什么这样选择，作出这样的树能揭示怎样的进化规律
5. 有没有相关文献资料以及实验结论对你的分析结果作支撑
这个是我以前参照的方法。详细情况你可以查查 生物信息学 这本书籍，里面有关于这个的详细介绍。
参考资料：生物信息学
相关解答五：如何制作系统发育树
构建系统发育树需要注意的几个问题
1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时，它们才是同源的。
2 序列和片段可能会彼此相似，但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故，序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子；再就是非特异性序列相似。
3 系统发育树法：物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。
4 自然界中的分类系统是武断的，也就是说，没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。
5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。
6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。
7 没有一种方法能够保证一颗系统发育树一定代表了真实进化途径。然而，有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一，如果用不同方法构建树能得到同样的结果，这可以很好的证明该树是可信的；第二，数据可以被重新取样，来检测他们统计上的重要性。
相关解答六：如何构建系统发育树
构建系统发育树需要注意的几个问题 1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时，它们才是同源的。 2 序列和片段可能会彼此相似，但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故，序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子；再就是非特异性序列相似。 3 系统发育树法：物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的，也就是说，没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。 5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。 6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。 7 没有一种方法能够保证一颗系统发育树一定代表了真实进化途径。然而，有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一，如果用不同方法构建树能得到同样的结果，这可以很好的证明该树是可信的；第二，数据可以被重新取样，来检测他们统计上的重要性。 分子进化研究的基本方法对于进化研究，主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性，而遗传性关系含有祖先的信息，因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间，而表型分枝图则不需要时间概念。文献中，更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称. 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。用于构建系统进化树的数据有二种类型：一种是特征数据(characterdata)，它提供了基因、个体、群体或物种的信息；二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata)，它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得，但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的，距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型，并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统进化树的构建质量依赖于距离估算的准确性。
相关解答七：怎么运用系统发育树？ 20分
近年来叶绿体基因间序列已被广泛应用于苔藓、球兰、骨碎补科、蓼科、常绿植物、角果木等植物系统发育性及地理亲缘关系。通过本实验来学习和研究如何运用软件基于trnT-trnL序列分析同科植物的遗传关系。 通过本实验能够熟练掌握数据采集和分析等分子实验中的常用方法进一步提高自己的收集数据的能力和数据分析工具的使用能力。 关键词trnT-trnL 物种 遗传关
系统发育 系统发育phylogeny也称系统发展是与个体发育相对而言的它是指某一个类群的形成和发展过程。大类群有大类群的发展史小类群有小类群的发展史从大的方面看如果研究整个植物界的发生与发展便称之为植物界的系统发育。同样也可以研究某个门、纲、目、科、属的系统发育甚至在一个包含较多种以下单位亚种变种的种中也存在种的系统发育问题。例如在单子叶植物的菝葜科Smilacaceae中有各种类型的植物有木本的、草本的有直立的、攀缘的有单花序的、也有复合花序的等等。这些类群之间在进化上有何联系哪个类群较为原始哪个类群较为进化对这类问题的探讨就是探讨各类群的系统发育。种是分类的基本单位但在种之下又有亚种、变种、变型这说明在一个种的范围内也有变化和发展这就是种的系统发育。同样道理纲、目、科、属各个分类等级均有其系统发育。 系统发育树 系统学分类描述了不同生物之间的相关关系通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。这一过程并不能够直接看到人们只能通过相关线索了解历史上曾经发生了什么而科学家就是用这些线索建立各种假说、模型甚至是生命发生的历史。在系统学分类的研究中最常用的可视化表示进化关系的方法就是绘制系统发育进化树Phylogenetic trees用一种类似树状分支的图形来概括各种类生物之间的亲缘关系。通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树molecular phylogenetic tree。 进化树由结点node和进化分支branch组成每一结点表示一个分类学单元属、种群、个体等进化分支定义了分类单元祖先与后代之间的关系一个分支只能连接连个相邻的结点。进化树分支的图像称为进化的拓扑结构其中分支长度表示该分枝进化过程中变化的程度标有分枝长度的进化分支叫标度枝scaled branch。校正后的标度树scaled tree常常用年代表示这样的树通常根据某一或部分基因的理论分析而得出。进化分支可以......余下全文>>
相关解答八：系统发育树的介绍
系统发育树又名分子进化树，是生物信息学中描述不同生物之间的相关关系的方法。通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。
相关解答九：怎么在word里面做这种系统发育树图啊？急~~
抚慰着石头一样的沉默，无言坚心，不以物喜，不以己悲，常怀我对着心，自言自语。有些不可思议，无论你。各人有自己的无奈，只是这三言两语，是哈哈霍。当那些花儿拼了全力总有一些相遇，是久别重逢
相关解答十：有了16SrDNA的序列，构建系统发育树要怎么做啊？
我只知道大致的方法，还望大牛指正
先用Clustal或者MUSCLE把序列做对位处理（可能需要用GBLOCKS从中获取有效的序列）。如果只想知道大致的结构（比如像你这样需要用于帮助分类），可以用Clustal或者Phylip里的NJ树会比较快。否则的话，需要选取合适的构造算法及模型（比如比较常见的ML法和Bayesian法）。下面两个连接可以参考一下，不过里面还是有很多复杂的东西。如果你对此完全没概念的话，最好找些做进化或者生物信息的同学参考一下。
blog.sina.com.cn/s/blog_59b2eb470100del6.html
abc.cbi.pku.edu.cn/lectures/caas08f1c.pdf
另外，如果你已经有了这些序列，建议你去NCBI看看。我记得那里有批量BLAST的工具，可能不需要构树，应该也会对你有帮助。
百度搜索“爱华网”,专业资料,生活学习,尽在爱华网
