爱华网现在学术界比较公认的看法是，今天的日本人是绳文人和弥生人的混血民族。
现发现最古老的日本人人骨、大约属于2万年前至3万年前的冰河期时代。一般认为绳文人最早于冰河期时代到达日本列岛。冰河期之前的西伯利亚北部气候比较温暖，有大型动物、草木生长，进入冰河期时代以后则再找不到人类生活的痕迹。西伯利亚特有的石器如楔形石核的遗迹被发现于西伯利亚北部、库页岛、北海道、与日本列岛等地如弧型分布，故一般认为绳文人是于冰河期由西伯利亚北部经库页岛、北海道、再进入日本列岛居住。冰河时代，库页岛、北海道与日本列岛之间的海峡是可以步行通过的。
冰河时期的日本列岛
同时，由渡过南海而来的南岛语族与越人、西南夷，把中国长江下流域开始的照叶树林文化（烧垦文化）与水稻带来日本。
所谓的照叶树林文化是指以种植野芋，水稻，食用发酵食物、黑齿、漆器、干栏式建筑、纹身、贯头衣、走婚与养鸬鹚为特色。喜玛拉雅山以南至日本关西有一常绿阔叶树林带，其中以云南为中心，日本的水稻种植与此文化有关。云南是最集中体现的地方，也被认为是倭人发源地。
这就是绳文时代，日本列岛居民的大体情况，简单来说绳文人来自于西伯利亚，倭人来自于中国云南，日本列岛有两拨人，一拨从西伯利亚、库页岛、北海道而来，另一拨从中国西南、东南渡海而来。
绳文末期、弥生时代开始，弥生人是由中国大陆与朝鲜方面移居日本列岛的新蒙古人种。关西一帯日本人多数是弥生人后人，关东是绳文人（老蒙古人种）的后裔，他们不断反复混血形成日本人。大和民族基本的体质与语言是在公元前400年开始形成的。
中国大陆中原民族大量移民到日本，是在秦汉时期。在日本被称为“渡来人”，当然渡来人也包括朝鲜、越南、南亚')'>东南亚等亚洲大陆的海外移民，但多数是中原汉人，这些人喜欢自称是秦始皇或汉高祖后人，他们大多是为躲避战国、秦汉时期的战乱通过朝鲜半岛渡海到达日本。
渡来人到达日本，日本才真正进入文明时代，这些拥有高度文明的渡来人把诸如农耕技术、土木建筑技术，以及烧制陶器、锻铁、纺织等农业文明的技术知识传到日本列岛。日本的稻作文化，虽然在弥生时代和绳纹后期得到一定程度的发展，但是真正普及开了，要等到渡来人到达日本以后。
秦汉以后，中原人移民日本的活动并没有停止，这一过程一直延续到明末清初，直至日本现代国家的形成。
这就是日本人与中国人的关系，其中只有渡来人才算得上是真正的汉人的后裔，绳文人属于西伯利亚老蒙古人种，与今天俄罗斯西伯利亚的尼夫赫人、和库页岛、北海道的阿伊努人的关系比较密切。弥生人则和中国东北、内蒙古等地的少数民族的关系比较密切。倭人则和中国云南的少数民族的关系比较密切，这些人至迟在公元前4世纪形成古倭人。公元4世纪以后，中国中原的汉人开始大规模移民日本，日本在秦汉时期开始形成最早的国家，并开始与中国的中央王朝取得联系，一度被纳入朝贡体系，但是在隋唐以后，日本基本游离于中央王朝的朝贡体系之外。
现代日本人的长相和中国人还是有一定区别的。
