爱华网对于上述鉴定结论，XX市农科院持有异议，认为被鉴定的玉米杂交种中有46%的籽粒与“XX9号”杂交种不一样，不是自交或接受外来花粉而致，而是遗传变异引起。理由为：XX种业授权的“XX9号”玉米杂交种所使用的亲本种子中的父本DH8723、2与XX市农科院自有的H8723是相同的。对此，鉴定人认为：
(1)送检样品中与“XX9号”不同的籽粒，绝大多数与标准“XX9号”中的自交苗一样，为了检验这一结论的正确性，专门对制种田父本也进行了化验分析，发现父本中有与送检样品中杂交种一样的籽粒，说明部分父本接受了母本花粉，因此可以肯定，由于母本抽雄不彻底，有散粉植株存在，该部分籽粒是自交苗。
(2)与“XX9号”不同的籽粒，有一部分籽粒的基因型与母本不一样，也是杂合体，但其中没有发现来自父本的基因型，只能是接受外来花粉引起。基于以上两点，46%不一样并非遗传变异引起。因此，可以认定“掖单53号”与“XX9号”为同一杂交种。XX市农科院侵害了XX种业关于“XX9号”的植物新品种权。
此外，XX市农科院主张自己的育种行为属于单位正常的科研活动，不构成侵权。《植物新品种保护条例》第10条规定：“在下列情况下使用授权品种的，可以不经品种权人许可，不向其支付使用费，但是不得侵犯品种权人依照本条例享有的其他权利：
(一)利用授权品种进行育种及其他科研活动;
(二)农民自繁自用授权品种的繁殖材料。”据此，XX市农科院认为其自己的行为属于“利用授权品种进行育种及其他科研活动”。经呼和浩特市中级人民法院查证，XX市农科院在内蒙古赤峰市宁城县山头乡山头村繁殖的玉米杂交种不但在内蒙古种子管理站领取了“主要农作物种子生产许可证”，而且与山头村村委会主任马*签订了《农作物种子预约生产合同》。其种植行为为制种(生产种子)，而非科研活动。
所以，XX市农科院认为其制种行为属正常的科研活动的抗辩理由也不能成立，其生产(繁殖)行为依然构成侵权。
内蒙古呼和浩特市中级人民法院一审判决生效的XX种业诉XX市农科院侵犯“XX9号”玉米品种权纠纷案，是我国《植物新品种保护条例》发布以来，人民法院审理判决的第一起植物新品种侵权案件。呼和浩特市中级人民法院在《植物新品种保护条例》及其实施细则和司法解释尚未有明确规定的情况下，创造性地比照专利法有关侵权损害赔偿的标准对XX市农科院侵权赔偿数额进行了判决。
该判例曾登载于《最高人民法院公报》之上，此种赔偿标准和方式也被最高人民法院相关司法解释所采纳，对全国各级法院审理植物新品种权案件具有指导意义。
【法条链接】
《植物新品种保护条例》(1997年)
第2条本条例所称植物新品种，是指经过人工培育的或者对发现的野生植物加以开发，具备新颖性、特异性、一致性和稳定性并有适当命名的植物品种。
第6条完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他的独占权。任何单位或者个人未经品种权所有人(以下称品种权人)许可，不得为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料;但是，本条例另有规定的除外。
《民法通则》(1987年)
第118条公民、法人的著作权(版权)，专利权、商标专用权、发现权、发明权和其他科技成果权受到剽窃、篡改、假冒等侵害的，有权要求停止侵害，消除影响，赔偿损失。
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侵权的行为分类
(1)按构成要件分
一般侵权行为：指行为人基于过错直接致人损害，因而适用民法上一般责任条款的行为。
特殊侵权行为：行为人虽无过错 但依民法特别责任条款或民事特别法应承担责任的行为 。
(2)按侵害对象分
侵害财产权行为：包括侵害物权及知识产权中的财产权行为。
侵害人身权行为：包括侵害他人身体和心理的行为。
(3)按致害人的人数分
单独侵权行为：致害人仅为一人的侵权行为。
共同侵权行为：致害人为二人以上的侵权行为 致害人应负连带的损害赔偿责任。
(4)按行为性质分
积极侵权行为：指致害人以积极作为的形式致人损害的行为。
消极侵权行为：指致害人以消极不作为的形式致人损害的行为。
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