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水稻的僵苗有肥害型僵苗、药害型僵苗、病害型僵苗和渍害型僵苗，应针对不同病因，进行综合防治。
一、培育壮秧，提高秧苗素质。健壮秧苗体内积蓄了较多的碳水化合物，特别是叶鞘内碳水化合物含量高，移栽后发根力强，发根量多，形成强大的根系，对秧苗的健壮生长有较大的促进作用。
二、平衡施肥，优化土壤供肥条件。在施用基面肥时，不仅注意大量元素肥的充分施用，同时也要兼顾元素之间的平衡，防止单一元素的过量而带来其他元素的不足。在大量元素满足的同时要防止个别微量元素的缺乏。
三、科学用药，减少土壤药残量。一是用药量要准确，喷洒要均匀，不漏喷、不重喷。二是使用时期要提早。采用苗后早期喷雾，以达到降低用量、降低残留的目的。使用时提倡加助剂或增效剂，以提高药效，降低用药量。三是合理施药。绿黄隆与2，4-滴丁酯混用，可使绿黄隆用药量减少50%。
四、及时治虫防病。一是治麦田防秧田。结合防治小麦穗蚜、蜘蛛等麦田后期虫害，每亩麦田加用吡虫啉15-20克兼治灰飞虱，减少灰飞虱向嫩绿秧田的迁飞量。二是治秧田防大田。水稻秧田在5月下旬及小麦收割前2天普遍防治两次灰飞虱，降低灰飞虱带入大田的基数。三是治大田保秧苗。在秧苗返青活棵后，结合防治水稻僵苗，喷洒吡虫啉防治灰飞虱，降低大田的灰飞虱基数。
五、浅水勤灌，提高根系活力。根据水稻各生育期对水分的要求，科学地灌水，以改善土壤温湿度及田间小气候，能有效地降低僵苗危害。在水稻移栽活棵后以浅水为主，以利增加水温和土温，促进根系生长。
六、生化调节，提高植株的健壮度。在水稻移栽活棵后，每亩用惠满丰100毫升加金榜僵苗灵80克对水40-50公斤喷雾，促使秧苗分蘖发生快，根系发达，生长健壮，能有效地遏制水稻僵苗的发生，达到较好的防僵治僵效果。
